9es7

Cryo-EM structure of Spinacia oleracea cytochrome b6f complex with water molecules at 1.94 A resolution

Method: ELECTRON MICROSCOPY
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cytochrome b6

物种未注明

UniProt P00165

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 18 Cytochrome b6-f complex subunit 4 × 2 (P00166) Cytochrome f × 2 (P16013) Cytochrome b6-f complex iron-sulfur subunit, chloroplastic × 2 (P08980) Cytochrome b6-f complex subunit 6 × 2 (Q9M3L0) Cytochrome b6-f complex subunit 7 × 2 (A0A9R0IV89) Cytochrome b6-f complex subunit 5 × 2 (P69461) Cytochrome b6-f complex subunit 8 × 2 (P61045) Thylakoid soluble phosphoprotein × 2 (Q8GT36) PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 HEME C × 4 UNDECYL-MALTOSIDE × 4 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE × 2 CHLOROPHYLL A × 2 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL × 2 FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 BETA-CAROTENE × 2 water × 16 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称 CYB6_SPIOL
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–215; UniProt 1–215 作者链 I; PDB构建体 1–215; UniProt 1–215

Cytochrome b6-f complex subunit 4

物种未注明

UniProt P00166

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 18 Cytochrome b6 × 2 (P00165) Cytochrome f × 2 (P16013) Cytochrome b6-f complex iron-sulfur subunit, chloroplastic × 2 (P08980) Cytochrome b6-f complex subunit 6 × 2 (Q9M3L0) Cytochrome b6-f complex subunit 7 × 2 (A0A9R0IV89) Cytochrome b6-f complex subunit 5 × 2 (P69461) Cytochrome b6-f complex subunit 8 × 2 (P61045) Thylakoid soluble phosphoprotein × 2 (Q8GT36) PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 HEME C × 4 UNDECYL-MALTOSIDE × 4 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE × 2 CHLOROPHYLL A × 2 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL × 2 FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 BETA-CAROTENE × 2 water × 16 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称 PETD_SPIOL
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–160; UniProt 1–160 作者链 J; PDB构建体 1–160; UniProt 1–160

Cytochrome f

物种未注明

UniProt P16013

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 18 Cytochrome b6 × 2 (P00165) Cytochrome b6-f complex subunit 4 × 2 (P00166) Cytochrome b6-f complex iron-sulfur subunit, chloroplastic × 2 (P08980) Cytochrome b6-f complex subunit 6 × 2 (Q9M3L0) Cytochrome b6-f complex subunit 7 × 2 (A0A9R0IV89) Cytochrome b6-f complex subunit 5 × 2 (P69461) Cytochrome b6-f complex subunit 8 × 2 (P61045) Thylakoid soluble phosphoprotein × 2 (Q8GT36) PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 HEME C × 4 UNDECYL-MALTOSIDE × 4 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE × 2 CHLOROPHYLL A × 2 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL × 2 FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 BETA-CAROTENE × 2 water × 16 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称 CYF_SPIOL
Isoform —
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 1–320; UniProt 1–320 作者链 K; PDB构建体 1–320; UniProt 1–320

Cytochrome b6-f complex iron-sulfur subunit, chloroplastic

物种未注明

UniProt P08980

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 18 Cytochrome b6 × 2 (P00165) Cytochrome b6-f complex subunit 4 × 2 (P00166) Cytochrome f × 2 (P16013) Cytochrome b6-f complex subunit 6 × 2 (Q9M3L0) Cytochrome b6-f complex subunit 7 × 2 (A0A9R0IV89) Cytochrome b6-f complex subunit 5 × 2 (P69461) Cytochrome b6-f complex subunit 8 × 2 (P61045) Thylakoid soluble phosphoprotein × 2 (Q8GT36) PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 HEME C × 4 UNDECYL-MALTOSIDE × 4 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE × 2 CHLOROPHYLL A × 2 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL × 2 FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 BETA-CAROTENE × 2 water × 16 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称 UCRIA_SPIOL
Isoform —
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 D; PDB构建体 1–230; UniProt 1–230 作者链 L; PDB构建体 1–230; UniProt 1–230

Cytochrome b6-f complex subunit 6

物种未注明

UniProt Q9M3L0

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 18 Cytochrome b6 × 2 (P00165) Cytochrome b6-f complex subunit 4 × 2 (P00166) Cytochrome f × 2 (P16013) Cytochrome b6-f complex iron-sulfur subunit, chloroplastic × 2 (P08980) Cytochrome b6-f complex subunit 7 × 2 (A0A9R0IV89) Cytochrome b6-f complex subunit 5 × 2 (P69461) Cytochrome b6-f complex subunit 8 × 2 (P61045) Thylakoid soluble phosphoprotein × 2 (Q8GT36) PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 HEME C × 4 UNDECYL-MALTOSIDE × 4 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE × 2 CHLOROPHYLL A × 2 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL × 2 FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 BETA-CAROTENE × 2 water × 16 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称 PETL_SPIOL
Isoform —
PDB实体 5
链与序列区间 作者链 E; PDB构建体 1–31; UniProt 1–31 作者链 M; PDB构建体 1–31; UniProt 1–31

Cytochrome b6-f complex subunit 7

物种未注明

UniProt A0A9R0IV89

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 18 Cytochrome b6 × 2 (P00165) Cytochrome b6-f complex subunit 4 × 2 (P00166) Cytochrome f × 2 (P16013) Cytochrome b6-f complex iron-sulfur subunit, chloroplastic × 2 (P08980) Cytochrome b6-f complex subunit 6 × 2 (Q9M3L0) Cytochrome b6-f complex subunit 5 × 2 (P69461) Cytochrome b6-f complex subunit 8 × 2 (P61045) Thylakoid soluble phosphoprotein × 2 (Q8GT36) PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 HEME C × 4 UNDECYL-MALTOSIDE × 4 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE × 2 CHLOROPHYLL A × 2 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL × 2 FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 BETA-CAROTENE × 2 water × 16 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称 A0A9R0IV89_SPIOL
Isoform —
PDB实体 6
链与序列区间 作者链 F; PDB构建体 1–131; UniProt 1–131 作者链 N; PDB构建体 1–131; UniProt 1–131

Cytochrome b6-f complex subunit 5

物种未注明

UniProt P69461

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 18 Cytochrome b6 × 2 (P00165) Cytochrome b6-f complex subunit 4 × 2 (P00166) Cytochrome f × 2 (P16013) Cytochrome b6-f complex iron-sulfur subunit, chloroplastic × 2 (P08980) Cytochrome b6-f complex subunit 6 × 2 (Q9M3L0) Cytochrome b6-f complex subunit 7 × 2 (A0A9R0IV89) Cytochrome b6-f complex subunit 8 × 2 (P61045) Thylakoid soluble phosphoprotein × 2 (Q8GT36) PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 HEME C × 4 UNDECYL-MALTOSIDE × 4 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE × 2 CHLOROPHYLL A × 2 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL × 2 FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 BETA-CAROTENE × 2 water × 16 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称 PETG_SPIOL
Isoform —
PDB实体 7
链与序列区间 作者链 G; PDB构建体 1–37; UniProt 1–37 作者链 O; PDB构建体 1–37; UniProt 1–37

Cytochrome b6-f complex subunit 8

物种未注明

UniProt P61045

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 18 Cytochrome b6 × 2 (P00165) Cytochrome b6-f complex subunit 4 × 2 (P00166) Cytochrome f × 2 (P16013) Cytochrome b6-f complex iron-sulfur subunit, chloroplastic × 2 (P08980) Cytochrome b6-f complex subunit 6 × 2 (Q9M3L0) Cytochrome b6-f complex subunit 7 × 2 (A0A9R0IV89) Cytochrome b6-f complex subunit 5 × 2 (P69461) Thylakoid soluble phosphoprotein × 2 (Q8GT36) PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 HEME C × 4 UNDECYL-MALTOSIDE × 4 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE × 2 CHLOROPHYLL A × 2 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL × 2 FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 BETA-CAROTENE × 2 water × 16 与蛋白数一致

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UniProt名称 PETN_SPIOL
Isoform —
PDB实体 8
链与序列区间 作者链 H; PDB构建体 1–29; UniProt 1–29 作者链 P; PDB构建体 1–29; UniProt 1–29

Thylakoid soluble phosphoprotein

物种未注明

UniProt Q8GT36

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 18 Cytochrome b6 × 2 (P00165) Cytochrome b6-f complex subunit 4 × 2 (P00166) Cytochrome f × 2 (P16013) Cytochrome b6-f complex iron-sulfur subunit, chloroplastic × 2 (P08980) Cytochrome b6-f complex subunit 6 × 2 (Q9M3L0) Cytochrome b6-f complex subunit 7 × 2 (A0A9R0IV89) Cytochrome b6-f complex subunit 5 × 2 (P69461) Cytochrome b6-f complex subunit 8 × 2 (P61045) PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 HEME C × 4 UNDECYL-MALTOSIDE × 4 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE × 2 CHLOROPHYLL A × 2 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL × 2 FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 BETA-CAROTENE × 2 water × 16 与蛋白数一致

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UniProt名称 Q8GT36_SPIOL
Isoform —
PDB实体 9
链与序列区间 作者链 Q; PDB构建体 1–103; UniProt 1–103 作者链 R; PDB构建体 1–103; UniProt 1–103

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9es7
沉积日期 deposition_date2024-03-25
结构标题 titleCryo-EM structure of Spinacia oleracea cytochrome b6f complex with water molecules at 1.94 A resolution
关键词 keywords;b6f complex, photosynthesis, membrane protein, electron transport, proton transport, quinone catalysis, water channels, OXIDOREDUCTASE ;; OXIDOREDUCTASE
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

9es7__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

9es7__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 106 107 108 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点;横轴和纵轴均采用对数尺度。

9es7__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置,不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg(Guinier)44.41 Å
Rg(电子密度)43.26 Å
总 Rg43.65 Å
原子数16068
残基数1950
排除体积294570 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 9es7__assembly_1__model_1 18-meric (18) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (18)

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7. 引用文献 (1)