6rse

Structure based optimization of JAK1-ATP binding pocket Inhibitors in the aminopyrazole class

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 98.6 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Tyrosine-protein kinase JAK1

Homo sapiens

UniProt P23458

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 854–1154 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) KHH methyl ~{N}-[4-aminocarbonyl-1-[(3~{R},4~{R})-4-(cyanomethyl)-1-[(4-ethenyl-2-fluoranyl-5-oxidanyl-phenyl)methyl]-3-fluoranyl-piperidin-4-yl]pyrazol-3-yl]carbamate × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION;pH 5.6;277 K;0.1M MES. 25-35% PEG6000 分辨率 1.80 Å R-free 0.303
2 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 854–1154 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) KHH methyl ~{N}-[4-aminocarbonyl-1-[(3~{R},4~{R})-4-(cyanomethyl)-1-[(4-ethenyl-2-fluoranyl-5-oxidanyl-phenyl)methyl]-3-fluoranyl-piperidin-4-yl]pyrazol-3-yl]carbamate × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION;pH 5.6;277 K;0.1M MES. 25-35% PEG6000 分辨率 1.80 Å R-free 0.303

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 49 个其他 PDB 条目、84 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 JAK1_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 2–302; UniProt 854–1154 作者链 B; PDB构建体 2–302; UniProt 854–1154

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6rse

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6rse
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6rse
沉积日期 deposition_date2019-05-21
结构标题 titleStructure based optimization of JAK1-ATP binding pocket Inhibitors in the aminopyrazole class
关键词 keywordsInhibitor, Complex, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier30.61
回转半径 Rg (电子) rg_electron30.16
零角强度 I(0) i070791000.00
分子量 molecular_weight66673.0 kDa
排除体积 excluded_volume83648 ų
包络体积 envelope_volume104410 ų
水化壳体积 shell_volume29718 ų
包络直径 envelope_diameter102.2
壳层 Rg shell_rg36.21
包络 Rg envelope_rg30.02
形状 Rg shape_rg30.18
总 Rg total_rg30.69
总原子数 total_atoms4681
残基数 n_residues563
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax98.6
Rg (实空间) rg_real30.73
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.62
I(0) (实空间) i0_real7.0790e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error9.9540e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal30.68
I(0) (倒空间) i0_reciprocal70790000.0000
解质量估计 total_estimate0.8753
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary28.4
偏度 Skewness skewness0.348
峰度 Kurtosis kurtosis-0.686
角度范围 angular_range— – 0.2600 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha23630000.0000
实空间数据点数 n_real_points53
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.867; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.873; Smooth: 0.901

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd6rsea_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.144 — Protein kinase-like (PK-like)
超家族 Superfamily superfamilyd.144.1 — Protein kinase-like (PK-like)
家族 Family familyd.144.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd6rseb_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.144 — Protein kinase-like (PK-like)
超家族 Superfamily superfamilyd.144.1 — Protein kinase-like (PK-like)
家族 Family familyd.144.1.0 — automated matches

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)