6rur

Structure of the SCIN stabilized C3bBb convertase bound to properdin

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Properdin

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 12 其他聚合物 14	Complement C3 × 2 （P01024） Complement C3 × 2 （P01024） Complement factor B × 2 （P00751） Inhibitor × 2 （A0A0H2DUF0） beta-D-glucopyranose-(1-3)-alpha-L-fucopyranose × 4 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 alpha-D-mannopyranose × 18 MAGNESIUM ION × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PROP_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1, 2
链与序列区间	作者链 U； PDB构建体 1–228； UniProt 28–255 作者链 X； PDB构建体 1–228； UniProt 28–255 作者链 V； PDB构建体 2–215； UniProt 256–469 作者链 Y； PDB构建体 2–215； UniProt 256–469

Complement C3

物种未注明

UniProt P01024

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 12 其他聚合物 14	Properdin × 2 （P27918） Properdin × 2 （P27918） Complement factor B × 2 （P00751） Inhibitor × 2 （A0A0H2DUF0） beta-D-glucopyranose-(1-3)-alpha-L-fucopyranose × 4 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 alpha-D-mannopyranose × 18 MAGNESIUM ION × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CO3_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3, 4
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–645； UniProt 23–667 作者链 G； PDB构建体 1–645； UniProt 23–667 作者链 B； PDB构建体 1–915； UniProt 749–1663 作者链 H； PDB构建体 1–915； UniProt 749–1663

Complement factor B

Homo sapiens

UniProt P00751

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 12 其他聚合物 14	Properdin × 2 （P27918） Properdin × 2 （P27918） Complement C3 × 2 （P01024） Complement C3 × 2 （P01024） Inhibitor × 2 （A0A0H2DUF0） beta-D-glucopyranose-(1-3)-alpha-L-fucopyranose × 4 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 alpha-D-mannopyranose × 18 MAGNESIUM ION × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CFAB_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 J； PDB构建体 1–505； UniProt 260–764 作者链 L； PDB构建体 1–505； UniProt 260–764

Inhibitor

Staphylococcus aureus

UniProt A0A0H2DUF0

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 12 其他聚合物 14	Properdin × 2 （P27918） Properdin × 2 （P27918） Complement C3 × 2 （P01024） Complement C3 × 2 （P01024） Complement factor B × 2 （P00751） beta-D-glucopyranose-(1-3)-alpha-L-fucopyranose × 4 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 alpha-D-mannopyranose × 18 MAGNESIUM ION × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A0H2DUF0_STAAU
Isoform	—
PDB实体	6
链与序列区间	作者链 N； PDB构建体 1–85； UniProt 32–116 作者链 Q； PDB构建体 1–85； UniProt 32–116

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6rur
沉积日期 deposition_date	2019-05-29
结构标题 title	Structure of the SCIN stabilized C3bBb convertase bound to properdin
关键词 keywords	innate immunity, complement, protease, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6rur__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6rur__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6rur__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	69.60 Å
Rg（电子密度）	69.05 Å
总 Rg	69.15 Å
原子数	39456
残基数	4926
排除体积	703210 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6rur__assembly_1__model_1`	dodecameric （12）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (11)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Properdin
分子量 formula_weight	25494.7 kDa
突变 mutation	TSR2 and TSR3 are not modelled
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	U,X
原子数 atom_count	39456

DPVLCFTQYEESSGKCKGLLGGGVSVEDCCLNTAFAYQKRSGGLCQPCRSPRWSLWSTWAPCSVTCSEGSQLRYRRCVGWNGQCSGKVAPGTLEWQLQACEDQQCCPEMGGWSGWGPWEPCSVTCSKGTRTRRRACNHPAPKCGGHCPGQAQESEACDTQQVCPTHGAWATWGPWTPCSASCHGGPHEPKETRSRKCSAPEPSQKPPGKPCPGLAYEQRRCTGLPPCPENLYFQ

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Properdin
分子量 formula_weight	23929.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	V,Y

GVAGGWGPWGPVSPCPVTCGLGQTMEQRTCNHPVPQHGGPFCAGDATRTHICNTAVPCPVDGEWDSWGEWSPCIRRNMKSISCQEIPGQQSRGRTCRGRKFDGHRCAGQQQDIRHCYSIQHCPLKGSWSEWSTWGLCMPPCGPNPTRARQRLCTPLLPKYPPTVSMVEGQGEKNVTFWGRPLPRCEELQGQKLVVEEKRPCLHVPACKDPEEEEL

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Complement C3
分子量 formula_weight	71393.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,G

SPMYSIITPNILRLESEETMVLEAHDAQGDVPVTVTVHDFPGKKLVLSSEKTVLTPATNHMGNVTFTIPANREFKSEKGRNKFVTVQATFGTQVVEKVVLVSLQSGYLFIQTDKTIYTPGSTVLYRIFTVNHKLLPVGRTVMVNIENPEGIPVKQDSLSSQNQLGVLPLSWDIPELVNMGQWKIRAYYENSPQQVFSTEFEVKEYVLPSFEVIVEPTEKFYYIYNEKGLEVTITARFLYGKKVEGTAFVIFGIQDGEQRISLPESLKRIPIEDGSGEVVLSRKVLLDGVQNPRAEDLVGKSLYVSATVILHSGSDMVQAERSGIPIVTSPYQIHFTKTPKYFKPGMPFDLMVFVTNPDGSPAYRVPVAVQGEDTVQSLTQGDGVAKLSINTHPSQKPLSITVRTKKQELSEAEQATRTMQALPYSTVGNSNNYLHLSVLRTELRPGETLNVNFLLRMDRAHEAKIRYYTYLIMNKGRLLKAGRQVREPGQDLVVLPLSITTDFIPSFRLVAYYTLIGASGQREVVADSVWVDVKDSCVGSLVVKSGQSEDRQPVPGQQMTLKIEGDHGARVVLVAVDKGVFVLNKKNKLTQSKIWDVVEKADIGCTPGSGKDYAGVFSDAGLTFTSSSGQQTAQRAELQCPQPAA

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Complement C3
分子量 formula_weight	104073.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,H

SNLDEDIIAEENIVSRSEFPESWLWNVEDLKEPPKNGISTKLMNIFLKDSITTWEILAVSMSDKKGICVADPFEVTVMQDFFIDLRLPYSVVRNEQVEIRAVLYNYRQNQELKVRVELLHNPAFCSLATTKRRHQQTVTIPPKSSLSVPYVIVPLKTGLQEVEVKAAVYHHFISDGVRKSLKVVPEGIRMNKTVAVRTLDPERLGREGVQKEDIPPADLSDQVPDTESETRILLQGTPVAQMTEDAVDAERLKHLIVTPSGCGEQNMIGMTPTVIAVHYLDETEQWEKFGLEKRQGALELIKKGYTQQLAFRQPSSAFAAFVKRAPSTWLTAYVVKVFSLAVNLIAIDSQVLCGAVKWLILEKQKPDGVFQEDAPVIHQEMIGGLRNNNEKDMALTAFVLISLQEAKDICEEQVNSLPGSITKAGDFLEANYMNLQRSYTVAIAGYALAQMGRLKGPLLNKFLTTAKDKNRWEDPGKQLYNVEATSYALLALLQLKDFDFVPPVVRWLNEQRYYGGGYGSTQATFMVFQALAQYQKDAPDHQELNLDVSLQLPSRSSKITHRIHWESASLLRSEETKENEGFTVTAEGKGQGTLSVVTMYHAKAKDQLTCNKFDLKVTIKPAPETEKRPQDAKNTMILEICTRYRGDQDATMSILDISMMTGFAPDTDDLKQLANGVDRYISKYELDKAFSDRNTLIIYLDKVSHSEDDCLAFKVHQYFNVELIQPGAVKVYAYYNLEESCTRFYHPEKEDGKLNKLCRDELCRCAEENCFIQKSDDKVTLEERLDKACEPGVDYVYKTRLVKVQLSNDFDEYIMAIEQTIKSGSDEVQVGQQRTFISPIKCREALKLEEKKHYLMWGLSSDFWGEKPNLSYIIGKDTWVEHWPEEDECQDEENQKQCQDLGAFTESMVVFGCPN

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	Complement factor B
分子量 formula_weight	57042.1 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.21.47
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	J,L

KIVLDPSGSMNIYLVLDGSGSIGASNFTGAKKCLVNLIEKVASYGVKPRYGLVTYATYPKIWVKVSEADSSNADWVTKQLNEINYEDHKLKSGTNTKKALQAVYSMMSWPDDVPPEGWNRTRHVIILMTDGLHNMGGDPITVIDEIRDLLYIGKDRKNPREDYLDVYVFGVGPLVNQVNINALASKKDNEQHVFKVKDMENLEDVFYQMIDESQSLSLCGMVWEHRKGTDYHKQPWQAKISVIRPSKGHESCMGAVVSEYFVLTAAHCFTVDDKEHSIKVSVGGEKRDLEIEVVLFHPNYNINGKKEAGIPEFYDYDVALIKLKNKLKYGQTIRPICLPCTEGTTRALRLPPTTTCQQQKEELLPAQDIKALFVSEEEKKLTRKEVYIKNGDKKGSCERDAQYAPGYDKVKDISEVVTPRFLCTGGVSPYADPNTCRGDAGGPLIVHKRSRFIQVGVISWGVVDVCKNQKRQKQVPAHARDFHINLFQVLPWLKEKLQDEDLGFL

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	Inhibitor
分子量 formula_weight	9819.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	N,Q

STSLPTSNEYQNEKLANELKSLLDELNVNELATGSLNTYYKRTIKISGQKAMYALKSKDFKKMSEAKYQLQKIYNEIDEALKSKY

来源 Source

来源生物 organism	Staphylococcus aureus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1280
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 7 Entity 7 branched

描述 description	beta-D-glucopyranose-(1-3)-alpha-L-fucopyranose
分子量 formula_weight	326.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

实体 8 Entity 8 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	570.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

实体 9 Entity 9 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

实体 10 Entity 10 non-polymer

描述 description	alpha-D-mannopyranose
分子量 formula_weight	180.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	18

实体 11 Entity 11 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

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晶胞边长 a length_a	634.870 Å
晶胞边长 b length_b	121.980 Å
晶胞边长 c length_c	264.420 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	112.91 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	6.000 Å
最低分辨率 resolution_low	48.764 Å
R 因子 r_factor	0.2345
R_work r_work	0.2336
R_free r_free	0.2721

Structure of the SCIN stabilized C3bBb convertase bound to properdin

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Properdin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Complement C3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Complement factor B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Inhibitor

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6rur__assembly_1__model_1

6rur__assembly_1__model_1 | I(q)

6rur__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (11)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 7 Entity 7 branched

实体 8 Entity 8 branched

实体 9 Entity 9 branched

实体 10 Entity 10 non-polymer

实体 11 Entity 11 non-polymer

7. 引用文献 (3)