SAXSdb — 6s5t

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

SidJ

Legionella pneumophila

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–873	未记录	Calmodulin-2 × 1 （P0DP24） ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.15 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 6S5T	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
6K4K Crystal structure of SidJ-CaM binary complex at 2.71 A 提交 2019-05-24	配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–873（873 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；299 K；20% PEG 3350, 0.2M NaI	分辨率 2.71 Å R-free 0.243
6K4K Crystal structure of SidJ-CaM binary complex at 2.71 A 提交 2019-05-24	配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–873（873 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；299 K；20% PEG 3350, 0.2M NaI	分辨率 2.71 Å R-free 0.243
6K4L Crystal structure of Se-labelled SidJ complex with CaM at 2.95 A 提交 2019-05-24	突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–873（873 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CL CHLORIDE ION × 2 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；299 K；25% PEG 3350, 0.2M NaI	分辨率 2.95 Å R-free 0.269
6K4L Crystal structure of Se-labelled SidJ complex with CaM at 2.95 A 提交 2019-05-24	突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–873（873 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CL CHLORIDE ION × 2 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；299 K；25% PEG 3350, 0.2M NaI	分辨率 2.95 Å R-free 0.269
6K4R Crystal structure of SidJ-CaM-AMP ternary complex at 3.11 A 提交 2019-05-26	配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–873（873 aa）	未记录	AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 CL CHLORIDE ION × 2 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；299 K；25% PEG 3350, 0.2M NaI, 0.1M HEPES 7.5	分辨率 3.11 Å R-free 0.279
6K4R Crystal structure of SidJ-CaM-AMP ternary complex at 3.11 A 提交 2019-05-26	配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–873（873 aa）	未记录	AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 CL CHLORIDE ION × 2 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 2 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；299 K；25% PEG 3350, 0.2M NaI, 0.1M HEPES 7.5	分辨率 3.11 Å R-free 0.279
6OQQ Legionella pneumophila SidJ/Saccharomyces cerevisiae calmodulin complex 提交 2019-04-28	配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–873（873 aa）	未记录	AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 POP PYROPHOSPHATE 2- × 1 MG MAGNESIUM ION × 4 NA SODIUM ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 9 CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；0.2 M sodium malonate, 0.01 M sodium chloride, 0.001 M magnesium chloride, 0.001 mM calcium chloride, 0.001 M AMP-CPP, 16-17% PEG 3350, 35-40% ethylene glycol	分辨率 2.10 Å R-free 0.234
6OQQ Legionella pneumophila SidJ/Saccharomyces cerevisiae calmodulin complex 提交 2019-04-28	配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–873（873 aa）	未记录	AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 POP PYROPHOSPHATE 2- × 2 MG MAGNESIUM ION × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；0.2 M sodium malonate, 0.01 M sodium chloride, 0.001 M magnesium chloride, 0.001 mM calcium chloride, 0.001 M AMP-CPP, 16-17% PEG 3350, 35-40% ethylene glycol	分辨率 2.10 Å R-free 0.234
6PLM Legionella pneumophila SidJ/ Calmodulin 2 complex 提交 2019-07-01	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 97–853（757 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 3 POP PYROPHOSPHATE 2- × 1 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；0.1 M Tris pH 9.2, 0.2 M Sodium Iodide , 15% PEG 3350, 1 mM Calcium Chloride, 1 mM ATP	分辨率 2.59 Å R-free 0.241
6PLM Legionella pneumophila SidJ/ Calmodulin 2 complex 提交 2019-07-01	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 97–853（757 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 3 POP PYROPHOSPHATE 2- × 1 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；0.1 M Tris pH 9.2, 0.2 M Sodium Iodide , 15% PEG 3350, 1 mM Calcium Chloride, 1 mM ATP	分辨率 2.59 Å R-free 0.241
7MIR Cryo-EM structure of SidJ-SdeA-CaM reaction intermediate complex 提交 2021-04-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 97–851（755 aa）	未记录	AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.5；25 mM Bis-tris pH 6.5, 100 mM NaCl, 1 mM TCEP, 2 mM MgCl2, 1 mM ATP cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.50 Å
7MIS Cryo-EM structure of SidJ-SdeC-CaM reaction intermediate complex 提交 2021-04-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 97–851（755 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 NA SODIUM ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.5；25 mM Bis-tris pH 6.5, 100 mM NaCl, 1 mM TCEP, 2 mM MgCl2, 1 mM ATP cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.80 Å
7PPO Structure of SidJ/CaM bound to SdeA in pre-glutamylation state 提交 2021-09-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 99–873（775 aa）	突变：E565A	MG MAGNESIUM ION × 1 CA CALCIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.91 Å
7PQE Structure of SidJ/CaM bound to SdeA in post-catalysis state 提交 2021-09-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 99–873（775 aa）	突变：E565A	MG MAGNESIUM ION × 1 CA CALCIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.70 Å

共 9 个其他 PDB 条目、14 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q5ZTK6_LEGPH
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–873； UniProt 1–873

Calmodulin-2

Homo sapiens

UniProt P0DP24

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1–149	未记录	SidJ × 1 （Q5ZTK6） ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.15 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 6S5T	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
6PLM Legionella pneumophila SidJ/ Calmodulin 2 complex 提交 2019-07-01	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 2–148（147 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 3 POP PYROPHOSPHATE 2- × 1 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；0.1 M Tris pH 9.2, 0.2 M Sodium Iodide , 15% PEG 3350, 1 mM Calcium Chloride, 1 mM ATP	分辨率 2.59 Å R-free 0.241
6PLM Legionella pneumophila SidJ/ Calmodulin 2 complex 提交 2019-07-01	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 2–148（147 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 3 POP PYROPHOSPHATE 2- × 1 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；0.1 M Tris pH 9.2, 0.2 M Sodium Iodide , 15% PEG 3350, 1 mM Calcium Chloride, 1 mM ATP	分辨率 2.59 Å R-free 0.241
6SZ5 Human calmodulin bound to a peptide of human NADPH oxidase 5 提交 2019-10-02	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–149（149 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.4；293 K；30 mM Tris-HCl at pH 7.4, 2.5 mM CaCl2 and 2.5% (v/v) glycerol	分辨率 2.23 Å R-free 0.294
6XXF 1.7 Angstrom crystal structure of Ca/CaM:RyR2 peptide complex 提交 2020-01-27	配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 AAA 1–149（149 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M sodium acetate pH4.5, 0.2M ammonium acetate, 10% PEG4000	分辨率 1.70 Å R-free 0.205
6Y4O Calmodulin bound to cardiac ryanodine receptor (RyR2) calmodulin binding domain 提交 2020-02-21	配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–149（149 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298.15 K；0.1 M Sodium Acetate pH 4.70 and 23 % PEG 550 MME	分辨率 1.84 Å R-free 0.208
7MIR Cryo-EM structure of SidJ-SdeA-CaM reaction intermediate complex 提交 2021-04-17	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–149（149 aa）	未记录	AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.5；25 mM Bis-tris pH 6.5, 100 mM NaCl, 1 mM TCEP, 2 mM MgCl2, 1 mM ATP cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.50 Å
7MIS Cryo-EM structure of SidJ-SdeC-CaM reaction intermediate complex 提交 2021-04-17	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–149（149 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 NA SODIUM ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.5；25 mM Bis-tris pH 6.5, 100 mM NaCl, 1 mM TCEP, 2 mM MgCl2, 1 mM ATP cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.80 Å
7PPO Structure of SidJ/CaM bound to SdeA in pre-glutamylation state 提交 2021-09-14	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–149（149 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 CA CALCIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.91 Å
7PQE Structure of SidJ/CaM bound to SdeA in post-catalysis state 提交 2021-09-17	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–149（149 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 CA CALCIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.70 Å
8K9Z Crystal structure of Vibrio vulnificus RID-dependent transforming NADase domain (RDTND)/calmodulin-binding domain of Rho inactivation domain (RID-CBD) complexed with Ca2+-bound calmodulin 提交 2023-08-02	配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–149（149 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；17% (w/v) PEG 3350 and 0.18 M magnesium acetate	分辨率 2.90 Å R-free 0.304
8K9Z Crystal structure of Vibrio vulnificus RID-dependent transforming NADase domain (RDTND)/calmodulin-binding domain of Rho inactivation domain (RID-CBD) complexed with Ca2+-bound calmodulin 提交 2023-08-02	配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 1–149（149 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；17% (w/v) PEG 3350 and 0.18 M magnesium acetate	分辨率 2.90 Å R-free 0.304
8KA0 Crystal structure of Vibrio vulnificus RID-dependent transforming NADase domain (RDTND)/calmodulin-binding domain of Rho inactivation domain (RID-CBD) complexed with Ca2+-bound calmodulin and a nicotinamide adenine dinucleotide (NAD+) 提交 2023-08-02	配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–149（149 aa）	未记录	NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 1 CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；0.1 M Tris-HCl (pH 8.5), 32.5% (w/v) PEG 4000 and 0.15 M sodium acetate. 10 mM NAD+ soaking	分辨率 2.35 Å R-free 0.263
8KA0 Crystal structure of Vibrio vulnificus RID-dependent transforming NADase domain (RDTND)/calmodulin-binding domain of Rho inactivation domain (RID-CBD) complexed with Ca2+-bound calmodulin and a nicotinamide adenine dinucleotide (NAD+) 提交 2023-08-02	配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 1–149（149 aa）	未记录	NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 1 CA CALCIUM ION × 2 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；0.1 M Tris-HCl (pH 8.5), 32.5% (w/v) PEG 4000 and 0.15 M sodium acetate. 10 mM NAD+ soaking	分辨率 2.35 Å R-free 0.263
8KA0 Crystal structure of Vibrio vulnificus RID-dependent transforming NADase domain (RDTND)/calmodulin-binding domain of Rho inactivation domain (RID-CBD) complexed with Ca2+-bound calmodulin and a nicotinamide adenine dinucleotide (NAD+) 提交 2023-08-02	配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 1–149（149 aa）	未记录	NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 1 CA CALCIUM ION × 2 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；0.1 M Tris-HCl (pH 8.5), 32.5% (w/v) PEG 4000 and 0.15 M sodium acetate. 10 mM NAD+ soaking	分辨率 2.35 Å R-free 0.263
8KA0 Crystal structure of Vibrio vulnificus RID-dependent transforming NADase domain (RDTND)/calmodulin-binding domain of Rho inactivation domain (RID-CBD) complexed with Ca2+-bound calmodulin and a nicotinamide adenine dinucleotide (NAD+) 提交 2023-08-02	配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 1–149（149 aa）	未记录	NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 1 CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；0.1 M Tris-HCl (pH 8.5), 32.5% (w/v) PEG 4000 and 0.15 M sodium acetate. 10 mM NAD+ soaking	分辨率 2.35 Å R-free 0.263
8KA1 Crystal structure of Vibrio vulnificus RID-dependent transforming NADase domain (RDTND)/calmodulin-binding domain of Rho inactivation domain (RID-CBD) complexed with Ca2+-free calmodulin 提交 2023-08-02	突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–149（149 aa）	突变：E124Q 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；20% (w/v) PEG 3350, 0.1 M HEPES-NaOH (pH 7.5), 0.28 M MgCl2, and 6 mM MnCl2	分辨率 2.82 Å R-free 0.342
8KA1 Crystal structure of Vibrio vulnificus RID-dependent transforming NADase domain (RDTND)/calmodulin-binding domain of Rho inactivation domain (RID-CBD) complexed with Ca2+-free calmodulin 提交 2023-08-02	突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 1–149（149 aa）	突变：E124Q 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；20% (w/v) PEG 3350, 0.1 M HEPES-NaOH (pH 7.5), 0.28 M MgCl2, and 6 mM MnCl2	分辨率 2.82 Å R-free 0.342
8KA1 Crystal structure of Vibrio vulnificus RID-dependent transforming NADase domain (RDTND)/calmodulin-binding domain of Rho inactivation domain (RID-CBD) complexed with Ca2+-free calmodulin 提交 2023-08-02	突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 1–149（149 aa）	突变：E124Q 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	MG MAGNESIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；20% (w/v) PEG 3350, 0.1 M HEPES-NaOH (pH 7.5), 0.28 M MgCl2, and 6 mM MnCl2	分辨率 2.82 Å R-free 0.342
8KA1 Crystal structure of Vibrio vulnificus RID-dependent transforming NADase domain (RDTND)/calmodulin-binding domain of Rho inactivation domain (RID-CBD) complexed with Ca2+-free calmodulin 提交 2023-08-02	突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 1–149（149 aa）	突变：E124Q 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；20% (w/v) PEG 3350, 0.1 M HEPES-NaOH (pH 7.5), 0.28 M MgCl2, and 6 mM MnCl2	分辨率 2.82 Å R-free 0.342

共 11 个其他 PDB 条目、19 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CALM2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–149； UniProt 1–149

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6s5t
沉积日期 deposition_date	2019-07-02
结构标题 title	Legionella pneumophila SidJ-Human calmodulin complex
关键词 keywords	Bacterial glutamylase, pseudo kinase, calmodulin-dependent, Legionella, SidJ, SdeA, serine ubiquitination, transferase; TRANSFERASE
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	31.35 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	30.28 Å
零角强度 I(0) i0	153773000.00
分子量 molecular_weight	98562.0 kDa
排除体积 excluded_volume	123430 Å³
包络体积 envelope_volume	163560 Å³
水化壳体积 shell_volume	43995 Å³
包络直径 envelope_diameter	103.8 Å
壳层 Rg shell_rg	38.27 Å
包络 Rg envelope_rg	30.51 Å
形状 Rg shape_rg	30.27 Å
总 Rg total_rg	31.02 Å
总原子数 total_atoms	6958
残基数 n_residues	896
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	98.7 Å
Rg (实空间) rg_real	31.22 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.59 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.5380e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.1270e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	31.28 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	153800000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6909
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	38.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.240
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.360
角度范围 angular_range	— – 0.2550 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	41350000.0000
实空间数据点数 n_real_points	52
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.914; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.115; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.891

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	SidJ
分子量 formula_weight	100338.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	6958

MFGFIKKVLDFFGVDQSEDNPSETAVETTDVSTKIKTTDTTQEESSVKTKTVVPTQPGGSVKPETIAPDQQKKHQIKTETTTSTTKQKGPKVTLMDGHVKQYYFARRGETSTHDTSLPPPVKVLSGRSIPLKEIPFEATRNELVQIYLTSIDKLIKSNKLNSIPSQQIASHYLFLRSLANSETDGIKKNQILSLAKPLGTYLASKEPHVWKMINELIEKSEYPIIHYLKNNRAHSNFMLALIHEYHKEPLTKNQSAFVQKFRDSSVFLFPNPIYTAWLAHSYDEDSSFNPMFRERLSTNFYHSTLTDNLLLRTEPKEVTLSSEHHYKKEKGPIDSSFRYQMSSDRLLRIQGRTLLFSTPQNDVVAVKVQKKGEPKSTLEEEFEMADYLLKHQRRLDVHSKLPQPLGQYSVKKSEILEISRGSLDFERFKTLIDDSKDLEVYVYKAPQSYFTYLHDKNQDLEDLTASVKTNVHDLFVLLREGIVFPQLADIFHTHFGEDEREDKGRYQALVQLLNVLQFQLGRIDKWQKAVEYVNLRSSGLADLGDSLPITSLFTSSDFTKHYFSELLTGGYHPTFFDKSSGTANSLFTGKRRLFGNYLYLNTIAEYLLVIQLTLGSYGDKVTRDMMDKPKKEAVWRELANVMFTSCAEAIHIMTGIPQSRALTLLKQRANIEKHFRQTQFWMTPDYSKLDEDTLQMEQYSIYSGEPEYEFTDKLVSGVGLSVDGVHQDLGGYNRESPLRELEKLLYATVTLIEGTMQLDKEFFKQLEQVEKILSGEIKTDANSCFEAVAQLLDLARPGCHFQKRLVLSYYEEAKLKYPSAPTDAYDSRFQVVARTNAAITIQRFWREARKNLSEKSDIDSEKPESERTTDKRL

来源 Source

来源生物 organism	Legionella pneumophila
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	446
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Calmodulin-2
分子量 formula_weight	16852.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MADQLTEEQIAEFKEAFSLFDKDGDGTITTKELGTVMRSLGQNPTEAELQDMINEVDADGNGTIDFPEFLTMMARKMKDTDSEEEIREAFRVFDKDGNGYISAAELRHVMTNLGEKLTDEEVDEMIREADIDGDGQVNYEEFVQMMTAK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER
分子量 formula_weight	506.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	4.15 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	19851

fit	/app/data/saxs_computation/s5/6s5t/6s5t.fit
pddf	/app/data/pr_computation/s5/6s5t/6s5t.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/s5/6s5t/6s5t.dat

Legionella pneumophila SidJ-Human calmodulin complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

SidJ

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Calmodulin-2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)