SAXSdb — 6slo

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Thioredoxin,Poly(U)-binding-splicing factor PUF60

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	信息不足单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–109	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；pH 7；293 K；1.4M ammonium sulfate, 0.05M K-formate,	分辨率 1.94 Å R-free 0.207
2	信息不足单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1–109	未记录	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；pH 7；293 K；1.4M ammonium sulfate, 0.05M K-formate,	分辨率 1.94 Å R-free 0.207
3	信息不足单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 1–109	未记录	LJT 2-[4-[3-(8-chloranyl-2,3-dimethoxy-phenothiazin-10-yl)propyl]piperazin-1-yl]ethanol × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；pH 7；293 K；1.4M ammonium sulfate, 0.05M K-formate,	分辨率 1.94 Å R-free 0.207
4	信息不足单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 1–109	未记录	LJT 2-[4-[3-(8-chloranyl-2,3-dimethoxy-phenothiazin-10-yl)propyl]piperazin-1-yl]ethanol × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；pH 7；293 K；1.4M ammonium sulfate, 0.05M K-formate,	分辨率 1.94 Å R-free 0.207

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A064CXU8_CITFR
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 10–118； UniProt 1–109 作者链 B； PDB构建体 10–118； UniProt 1–109 作者链 C； PDB构建体 10–118； UniProt 1–109 作者链 D； PDB构建体 10–118； UniProt 1–109

Thioredoxin,Poly(U)-binding-splicing factor PUF60

Homo sapiens

UniProt Q9UHX1

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	信息不足单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 417–516	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；pH 7；293 K；1.4M ammonium sulfate, 0.05M K-formate,	分辨率 1.94 Å R-free 0.207
2	信息不足单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 417–516	未记录	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；pH 7；293 K；1.4M ammonium sulfate, 0.05M K-formate,	分辨率 1.94 Å R-free 0.207
3	信息不足单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 417–516	未记录	LJT 2-[4-[3-(8-chloranyl-2,3-dimethoxy-phenothiazin-10-yl)propyl]piperazin-1-yl]ethanol × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；pH 7；293 K；1.4M ammonium sulfate, 0.05M K-formate,	分辨率 1.94 Å R-free 0.207
4	信息不足单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 417–516	未记录	LJT 2-[4-[3-(8-chloranyl-2,3-dimethoxy-phenothiazin-10-yl)propyl]piperazin-1-yl]ethanol × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；pH 7；293 K；1.4M ammonium sulfate, 0.05M K-formate,	分辨率 1.94 Å R-free 0.207

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 6SLO	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2KXF Solution structure of the first two RRM domains of FBP-interacting repressor (FIR) 提交 2010-05-04	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 119–314（196 aa）片段：UNP residues 119-314	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 8；310 K；离子强度（mmCIF原始值）0.06；压力 ambient NMR样品组成 0.3-0.4 mM [U-15N] entity-1, 10 mM TRIS-HCl pH 8.0-2, 50 mM sodium chloride-3, 2 mM TCEP-4, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.3-0.4 mM [U-13C; U-15N] entity-5, 10 mM TRIS-HCl pH 8.0-6, 50 mM sodium chloride-7, 2 mM TCEP-8, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.3-0.4 mM [U-13C; U-15N; U70%-2H] entity-9, 10 mM TRIS-HCl pH 8.0-10, 50 mM sodium chloride-11, 2 mM TCEP-12, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2KXH Solution structure of the first two RRM domains of FIR in the complex with FBP Nbox peptide 提交 2010-05-05	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 119–314（196 aa）片段：UNP residues 119-314	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 8；310 K；离子强度（mmCIF原始值）0.06；压力 ambient NMR测量条件 pH 8；318 K；离子强度（mmCIF原始值）0.06；压力 ambient NMR样品组成 0.6 mM [U-15N] protein_1-1, 10 mM TRIS-HCl pH 8.0-2, 50 mM sodium chloride-3, 2 mM TCEP-4, 1.25 mM protein_2-5, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 mM [U-13C; U-15N] protein_1-6, 10 mM TRIS-HCl pH 8.0-7, 50 mM sodium chloride-8, 2 mM TCEP-9, mM protein_2-10, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.3 mM [U-13C; U-15N] protein_2-11, 10 mM TRIS-HCl pH 8.0-12, 50 mM sodium chloride-13, 2 mM TCEP-14, mM protein_1-15, 100% D2O \| 100% D2O NMR样品组成 mM [U-13C; U-15N] protein_1-16, 10 mM TRIS-HCl pH 8.0-17, 50 mM sodium chloride-18, 2 mM TCEP-19, mM protein_2-20, 100% D2O \| 100% D2O	分辨率未提供
3DXB Structure of the UHM domain of Puf60 fused to thioredoxin 提交 2008-07-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 460–499（40 aa）片段：Chimera of Thioredoxin 1-109 and Puf60 C-terminal 460-559 链 F 460–499（40 aa）片段：Chimera of Thioredoxin 1-109 and Puf60 C-terminal 460-559	未记录	CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；1.4M ammonium sulfate, 0.05M K-formate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.20 Å R-free 0.271
3DXB Structure of the UHM domain of Puf60 fused to thioredoxin 提交 2008-07-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 460–499（40 aa）片段：Chimera of Thioredoxin 1-109 and Puf60 C-terminal 460-559 链 D 460–499（40 aa）片段：Chimera of Thioredoxin 1-109 and Puf60 C-terminal 460-559	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；1.4M ammonium sulfate, 0.05M K-formate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.20 Å R-free 0.271
3DXB Structure of the UHM domain of Puf60 fused to thioredoxin 提交 2008-07-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 460–499（40 aa）片段：Chimera of Thioredoxin 1-109 and Puf60 C-terminal 460-559 链 G 460–499（40 aa）片段：Chimera of Thioredoxin 1-109 and Puf60 C-terminal 460-559	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；1.4M ammonium sulfate, 0.05M K-formate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.20 Å R-free 0.271
3DXB Structure of the UHM domain of Puf60 fused to thioredoxin 提交 2008-07-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 460–499（40 aa）片段：Chimera of Thioredoxin 1-109 and Puf60 C-terminal 460-559 链 H 460–499（40 aa）片段：Chimera of Thioredoxin 1-109 and Puf60 C-terminal 460-559	未记录	CL CHLORIDE ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；1.4M ammonium sulfate, 0.05M K-formate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.20 Å R-free 0.271
3DXB Structure of the UHM domain of Puf60 fused to thioredoxin 提交 2008-07-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 信息不足同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 460–499（40 aa）片段：Chimera of Thioredoxin 1-109 and Puf60 C-terminal 460-559 链 B 460–499（40 aa）片段：Chimera of Thioredoxin 1-109 and Puf60 C-terminal 460-559 链 C 460–499（40 aa）片段：Chimera of Thioredoxin 1-109 and Puf60 C-terminal 460-559 链 D 460–499（40 aa）片段：Chimera of Thioredoxin 1-109 and Puf60 C-terminal 460-559 链 E 460–499（40 aa）片段：Chimera of Thioredoxin 1-109 and Puf60 C-terminal 460-559 链 F 460–499（40 aa）片段：Chimera of Thioredoxin 1-109 and Puf60 C-terminal 460-559 链 G 460–499（40 aa）片段：Chimera of Thioredoxin 1-109 and Puf60 C-terminal 460-559 链 H 460–499（40 aa）片段：Chimera of Thioredoxin 1-109 and Puf60 C-terminal 460-559	未记录	CL CHLORIDE ION × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；1.4M ammonium sulfate, 0.05M K-formate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.20 Å R-free 0.271
3UE2 Crystal structure of a RNA binding domain of poly-U binding splicing factor 60KDa (PUF60) from Homo sapiens at 1.23 A resolution 提交 2011-10-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 443–559（117 aa）片段：RNA binding domain	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；277 K；2.4 M ammonium sulfate, 0.1M MES pH 6.0, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 1.23 Å R-free 0.160
3US5 Crystal structure of a RNA-binding domain of a poly-U binding splicing factor 60KDa (PUF60) from Homo sapiens at 1.38 A resolution 提交 2011-11-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 443–559（117 aa）片段：RRM 3 domain residues 443-559	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；277 K；2.40M ammonium sulfate, 0.1M TRIS pH 8.0, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 1.38 Å R-free 0.181
3UWT Crystal structure of a RNA binding domain of poly-U binding splicing factor 60KDa (PUF60) from Homo sapiens at 2.50 A resolution 提交 2011-12-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 118–316（199 aa）片段：RNA binding domain	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9.5；293 K；0.2M sodium chloride, 1.26M ammonium sulfate, 0.1M CHES pH 9.5, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.50 Å R-free 0.240
5KVY CRYSTAL STRUCTURE OF THE TWO TANDEM RRM DOMAINS OF PUF60 BOUND TO A PORTION OF AN ADML PRE-MRNA 3' SPLICE SITE ANALOG 提交 2016-07-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric	链 A 118–316（199 aa）片段：tandem RRM domains 链 B 118–316（199 aa）片段：tandem RRM domains	突变：R123G, C129S, C255A 突变：R123G, C129S, C255A	CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.7；293 K；0.1 M TRIS-HCl, 25% PEG 4000, 5-10 mM Barium Chloride Dihydrate, pH 8.7, mixed with 10 mg/ml protein-nucleic acid mixture in 50 mM TRIS-HCl, pH 8.0, 150 mM NaCl, 20 micromolar EDTA.	分辨率 1.95 Å R-free 0.232
5KW1 Crystal Structure of the Two Tandem RRM Domains of PUF60 Bound to a Modified AdML Pre-mRNA 3' Splice Site Analogue 提交 2016-07-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric	链 A 118–316（199 aa）片段：unp residues 118-316 链 B 118–316（199 aa）片段：unp residues 118-316	突变：R123G, C129S, C255A 突变：R123G, C129S, C255A	CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.7；293 K；0.1 M Tris-HCl, 25% PEG 4000, 5-10 mM barium chloride dihydrate, pH 8.7, mixed with 10 mg/ml protein-nucleic acid mixture in 50 mM Tris-HCl, pH 8.0, 150 mM NaCl, 20 micromolar EDTA	分辨率 2.10 Å R-free 0.237
5KW6 Two Tandem RRM Domains of PUF60 Bound to an AdML Pre-mRNA 3' Splice Site Analogue with a Modified Binding-Site Nucleic Acid Base 提交 2016-07-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric	链 A 118–316（199 aa）片段：unp residues 118-316 链 B 118–316（199 aa）片段：unp residues 118-316	突变：R123G, C129S, C255A 突变：R123G, C129S, C255A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.7；293 K；0.1 M Tris-HCl, 25% PEG 4000, 5-10 mM barium chloride dihydrate, pH 8.7, mixed with 10 mg/ml protein-nucleic acid mixture in 50 mM Tris-HCl, pH 8.0, 150 mM NaCl, 20 micromolar EDTA	分辨率 1.91 Å R-free 0.226
5KWQ Two Tandem RRM Domains of FBP-Interacting Repressor (FIR), also Known as PUF60 提交 2016-07-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 118–316（199 aa）	突变：R106G, C112S, C238A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；1M Lithium sulfate, 0.1M HEPES (pH 7.5), 5% glycerol, mixed with an equal volume of 10 mg/ml protein	分辨率 2.80 Å R-free 0.256
5KWQ Two Tandem RRM Domains of FBP-Interacting Repressor (FIR), also Known as PUF60 提交 2016-07-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 118–316（199 aa）	突变：R106G, C112S, C238A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；1M Lithium sulfate, 0.1M HEPES (pH 7.5), 5% glycerol, mixed with an equal volume of 10 mg/ml protein	分辨率 2.80 Å R-free 0.256
5KWQ Two Tandem RRM Domains of FBP-Interacting Repressor (FIR), also Known as PUF60 提交 2016-07-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 118–316（199 aa）链 B 118–316（199 aa）	突变：R106G, C112S, C238A 突变：R106G, C112S, C238A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；1M Lithium sulfate, 0.1M HEPES (pH 7.5), 5% glycerol, mixed with an equal volume of 10 mg/ml protein	分辨率 2.80 Å R-free 0.256
6LUR Human PUF60 UHM domain (thioredoxin fusion) in complex with a small molecule binder 提交 2020-01-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 460–559（100 aa）链 B 460–559（100 aa）链 C 460–559（100 aa）链 D 460–559（100 aa）链 E 460–559（100 aa）链 F 460–559（100 aa）链 G 460–559（100 aa）链 H 460–559（100 aa）	未记录	EVU 4-[2-[4-(aminomethyl)phenyl]phenyl]piperazin-2-one × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；1.3-1.6M AmSO4, 0.2M potassium formate	分辨率 2.00 Å R-free 0.253
7Q8A Crystal structure of tandem domain RRM1-2 of FUBP-interacting repressor (FIR) bound to FUSE ssDNA fragment 提交 2021-11-10	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 A 114–310（197 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；25% w/v PEG3350, 0.2M Sodium acetate trihydrate, 0.1M Bis-Tris , pH5.5	分辨率 2.05 Å R-free 0.247
7Q8A Crystal structure of tandem domain RRM1-2 of FUBP-interacting repressor (FIR) bound to FUSE ssDNA fragment 提交 2021-11-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 B 114–310（197 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；25% w/v PEG3350, 0.2M Sodium acetate trihydrate, 0.1M Bis-Tris , pH5.5	分辨率 2.05 Å R-free 0.247
7Z3X Crystal structure of FIR RRM1-2 Y115F mutant bound to FUSE ssDNA 提交 2022-03-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 A 114–308（195 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；25% PEG3350 0.1M Bis-Tris, pH5.5	分辨率 1.65 Å R-free 0.214
7Z3X Crystal structure of FIR RRM1-2 Y115F mutant bound to FUSE ssDNA 提交 2022-03-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 B 114–308（195 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；25% PEG3350 0.1M Bis-Tris, pH5.5	分辨率 1.65 Å R-free 0.214

共 13 个其他 PDB 条目、21 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PUF60_HUMAN
Isoform	Q9UHX1-3
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 123–222； UniProt 417–516 作者链 B； PDB构建体 123–222； UniProt 417–516 作者链 C； PDB构建体 123–222； UniProt 417–516 作者链 D； PDB构建体 123–222； UniProt 417–516

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6slo
沉积日期 deposition_date	2019-08-20
结构标题 title	Crystal structure of PUF60 UHM domain in complex with 7,8 dimethoxyperphenazine
关键词 keywords	UHM domain, Splicing Inhibitor, SPLICING; SPLICING
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	32.45 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	31.69 Å
零角强度 I(0) i0	133665000.00
分子量 molecular_weight	92806.0 kDa
排除体积 excluded_volume	116530 Å³
包络体积 envelope_volume	157450 Å³
水化壳体积 shell_volume	41685 Å³
包络直径 envelope_diameter	110.8 Å
壳层 Rg shell_rg	38.54 Å
包络 Rg envelope_rg	31.04 Å
形状 Rg shape_rg	31.70 Å
总 Rg total_rg	32.23 Å
总原子数 total_atoms	6529
残基数 n_residues	846
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	104.7 Å
Rg (实空间) rg_real	32.41 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.61 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.3370e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.0090e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	32.43 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	133700000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8935
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	40.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.313
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.361
角度范围 angular_range	— – 0.2450 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	37100000.0000
实空间数据点数 n_real_points	50
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.906; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.891

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Thioredoxin,Poly(U)-binding-splicing factor PUF60
分子量 formula_weight	24671.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	7231

MKHHHHHHPMSDKIIHLTDDSFDTDVLKADGAILVDFWAEWCGPCKMIAPILDEIADEYQGKLTVAKLNIDQNPGTAPKYGIRGIPTLLLFKNGEVAATKVGALSKGQLKEFLDANLAGSAMESTVMVLRNMVDPKDIDDDLEGEVTEECGKFGAVNRVIIYQEKQGEEEDAEIIVKIFVEFSIASETHKAIQALNGRWFAGRKVVAEVYDQERFDNSDLSA

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	2-[4-[3-(8-chloranyl-2,3-dimethoxy-phenothiazin-10-yl)propyl]piperazin-1-yl]ethanol
分子量 formula_weight	464.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	670

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	81.520 Å
晶胞边长 b length_b	89.400 Å
晶胞边长 c length_c	149.210 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.940 Å
最低分辨率 resolution_low	55.036 Å
R 因子 r_factor	0.1776
R_work r_work	0.1760
R_free r_free	0.2073

fit	/app/data/saxs_computation/sl/6slo/6slo.fit
pddf	/app/data/pr_computation/sl/6slo/6slo.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/sl/6slo/6slo.dat

Crystal structure of PUF60 UHM domain in complex with 7,8 dimethoxyperphenazine

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Thioredoxin,Poly(U)-binding-splicing factor PUF60

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Thioredoxin,Poly(U)-binding-splicing factor PUF60

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)