SAXSdb — 6snw

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Capsid protein VP1

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 300	Kremen protein 1 × 60 （Q96MU8） SPHINGOSINE × 60 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 120	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q6JKR9_9ENTO
Isoform	—
PDB实体	1, 2, 3, 4
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–298； UniProt 565–862 作者链 B； PDB构建体 1–255； UniProt 70–324 作者链 C； PDB构建体 1–240； UniProt 325–564 作者链 D； PDB构建体 1–69； UniProt 1–69

Kremen protein 1

Homo sapiens

UniProt Q96MU8

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 300	Capsid protein VP1 × 60 （Q6JKR9） Coxsackievirus VP2 × 60 （Q6JKR9） Capsid protein VP3 × 60 （Q6JKR9） Coxsackievirus VP4 × 60 （Q6JKR9） SPHINGOSINE × 60 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 120	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	KREM1_HUMAN
Isoform	Q96MU8-3
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 4–367； UniProt 23–375

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6snw
沉积日期 deposition_date	2019-08-27
结构标题 title	Structure of Coxsackievirus A10 complexed with its receptor KREMEN1
关键词 keywords	CV-A10, KREMEN1, Virus-receptor complex, Hand, foot and mouth disease, VIRUS, picornavirus uncoating intermediate; VIRUS
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6snw__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6snw__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6snw__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	0.00 Å
Rg（电子密度）	142.00 Å
总 Rg	142.00 Å
原子数	523200
残基数	66840
排除体积	9248700 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6snw__assembly_1__model_1`	300-meric （300）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Capsid protein VP1
分子量 formula_weight	33191.4 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.22.29,3.6.1.15,3.4.22.28,2.7.7.48
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	8720

GDPVEDIIHDALSSTVRRAITSGQDVNTAAGTAPSSHRLETGRVPALQAAETGATSNATDENMIETRCVMNRNGVLEATISHFFSRSGLVGVVNLTDGGTDTTGYAVWDIDIMGFVQLRRKCEMFTYMRFNAEFTFVTTTENGEARPFMLQYMYVPPGAPKPTGRDAFQWQTATNPSVFVKLTDPPAQVSVPFMSPASAYQWFYDGYPTFGQHPETSNTTYGQCPNNMMGTFAVRVVSRVASQLKLQTRVYMKLKHVRAWIPRPIRSQPYLLKNFPNYDSSKITYSARDRASIKQANM

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Coxsackievirus VP2
分子量 formula_weight	27730.0 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.22.29,3.6.1.15,3.4.22.28,2.7.7.48
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

SPSVEACGYSDRVAQLTVGNSSITTQEAANIVLAYGEWPEYCPDTDATAVDKPTRPDVSVNRFYTLDSKMWQENSTGWYWKFPDVLNKTGVFGQNAQFHYLYRSGFCLHVQCNASKFHQGALLVAVIPEFVLAGRGSNTKPNEAPHPGFNTTFPGTAGASFNDPYVLDSGVPLSQSLIYPHQWINLRTNNCATIIVPYINAVPFDSAINHSNFGLIVVPVSPLKYSSGATTAIPITVTIAPLNSEFGGLRQAVSQ

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Capsid protein VP3
分子量 formula_weight	26219.7 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.22.29,3.6.1.15,3.4.22.28,2.7.7.48
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

GLPTELRPGTNQFLTTEDDTAAPILPGFSPTPSIHIPGEVRSLLELCRVETILEVNNTTDATGLNRLLIPVSAQNKADELCAAFMVDPGRIGPWQSTLVGQICRYYTQWSGSLKVTFMFTGSFMATGKMLIAYSPPGSAQPANRETAMLGTHVIWDFGLQSSVSLVIPWISNTHFRTAKTGGNYDYYTAGVVTLWYQTNYVVPPETPGEAYIIAMGAAQDNFTLKICKDTDEVTQQAVLQ

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Coxsackievirus VP4
分子量 formula_weight	7464.1 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.22.29,3.6.1.15,3.4.22.28,2.7.7.48
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

MGAQVSSQRSGSHETGNVATGGSTINFTNINYYKDSYAASASRQDFTQDPKKFTQPVLDSIRELSAPLN

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	Kremen protein 1
分子量 formula_weight	41786.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

ETGAPSPGLGPGPECFTANGADYRGTQNWTALQGGKPCLFWNETFQHPYNTLKYPNGEGGLGEHNYCRNPDGDVSPWCYVAEHEDGVYWKYCEIPACQMPGNLGCYKDHGNPPPLTGTSKTSNKLTIQTCISFCRSQRFKFAGMESGYACFCGNNPDYWKYGEAASTECNSVCFGDHTQPCGGDGRIILFDTLVGACGGNYSAMSSVVYSPDFPDTYATGRVCYWTIRVPGASHIHFSFPLFDIRDSADMVELLDGYTHRVLARFHGRSRPPLSFNVSLDFVILYFFSDRINQAQGFAVLYQAVKEEGSENLYFQGGSLPQERPAVNQTVAEVITEQANLSVSAARSSKVLYVITTSPSHPPQTVPGTHHHHHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	SPHINGOSINE
分子量 formula_weight	299.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	6snwA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	6snwB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	6snwC00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	6snwE01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — Plasminogen Kringle 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Plasminogen Kringle 4

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	1

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.90 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	1597

Structure of Coxsackievirus A10 complexed with its receptor KREMEN1

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Capsid protein VP1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Kremen protein 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6snw__assembly_1__model_1

6snw__assembly_1__model_1 | I(q)

6snw__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)

Structure of Coxsackievirus A10 complexed with its receptor KREMEN1

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Capsid protein VP1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Kremen protein 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6snw__assembly_1__model_1

6snw__assembly_1__model_1 | I(q)

6snw__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)