6soa

BamABCDE in MSP1D1 nanodisc ensemble 0-9

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 136.0 Å Quality: EXCELLENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Outer membrane protein assembly factor BamA

Escherichia coli

UniProt B7MBF8

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 24–806 未记录 Outer membrane protein assembly factor BamB × 1 (A0A2S5ZNM3) Outer membrane protein assembly factor BamC × 1 (A0A4T5IPK3) Outer membrane protein assembly factor BamD × 1 (P0AC04) Outer membrane protein assembly factor BamE × 1 (P0A938) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 10.80 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 17 个其他 PDB 条目、17 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 BAMA_ECO45
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–783; UniProt 24–806

Outer membrane protein assembly factor BamB

Escherichia coli

UniProt A0A2S5ZNM3

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 22–392 未记录 Outer membrane protein assembly factor BamA × 1 (B7MBF8) Outer membrane protein assembly factor BamC × 1 (A0A4T5IPK3) Outer membrane protein assembly factor BamD × 1 (P0AC04) Outer membrane protein assembly factor BamE × 1 (P0A938) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 10.80 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 16 个其他 PDB 条目、16 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A0A2S5ZNM3_ECOLX
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–371; UniProt 22–392

Outer membrane protein assembly factor BamC

Escherichia coli

UniProt A0A4T5IPK3

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 25–83 未记录 Outer membrane protein assembly factor BamA × 1 (B7MBF8) Outer membrane protein assembly factor BamB × 1 (A0A2S5ZNM3) Outer membrane protein assembly factor BamD × 1 (P0AC04) Outer membrane protein assembly factor BamE × 1 (P0A938) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 10.80 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 16 个其他 PDB 条目、16 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A0A4T5IPK3_ECOLX
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 1–59; UniProt 25–83

Outer membrane protein assembly factor BamD

Escherichia coli

UniProt P0AC04

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 26–243 未记录 Outer membrane protein assembly factor BamA × 1 (B7MBF8) Outer membrane protein assembly factor BamB × 1 (A0A2S5ZNM3) Outer membrane protein assembly factor BamC × 1 (A0A4T5IPK3) Outer membrane protein assembly factor BamE × 1 (P0A938) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 10.80 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 18 个其他 PDB 条目、18 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 BAMD_ECO57
Isoform
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 D; PDB构建体 1–218; UniProt 26–243

Outer membrane protein assembly factor BamE

Escherichia coli

UniProt P0A938

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 E; UniProt 24–110 未记录 Outer membrane protein assembly factor BamA × 1 (B7MBF8) Outer membrane protein assembly factor BamB × 1 (A0A2S5ZNM3) Outer membrane protein assembly factor BamC × 1 (A0A4T5IPK3) Outer membrane protein assembly factor BamD × 1 (P0AC04) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 10.80 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 18 个其他 PDB 条目、18 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 BAME_ECOL6
Isoform
PDB实体 5
链与序列区间 作者链 E; PDB构建体 1–87; UniProt 24–110

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6soa

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6soa
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6soa
沉积日期 deposition_date2019-08-29
结构标题 titleBamABCDE in MSP1D1 nanodisc ensemble 0-9
关键词 keywordsOuter membrane, OMP, beta-barrel, folding, insertion, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier43.54
回转半径 Rg (电子) rg_electron43.11
零角强度 I(0) i0432374000.00
分子量 molecular_weight168110.0 kDa
排除体积 excluded_volume208970 ų
包络体积 envelope_volume278120 ų
水化壳体积 shell_volume54927 ų
包络直径 envelope_diameter133.2
壳层 Rg shell_rg47.68
包络 Rg envelope_rg41.14
形状 Rg shape_rg43.11
总 Rg total_rg43.32
总原子数 total_atoms11866
残基数 n_residues1518
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax136.0
Rg (实空间) rg_real43.36
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.93
I(0) (实空间) i0_real4.3240e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error7.3790e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal43.54
I(0) (倒空间) i0_reciprocal432500000.0000
解质量估计 total_estimate0.9053
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary64.2
偏度 Skewness skewness0.029
峰度 Kurtosis kurtosis-0.726
角度范围 angular_range— – 0.1800 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha24540000.0000
实空间数据点数 n_real_points37
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.948; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.920

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)