6st6

Crystal Structure of Domain Swapped Trp Repressor V58I Variant

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 92.2 Å Quality: REASONABLE

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Trp operon repressor

Escherichia coli (strain K12)

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–105	突变：V58I	IPA ISOPROPYL ALCOHOL × 12	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；100 mM Na HEPES, 100 mM sodium chloride, 27.5-35%(v/v) isopropanol, pH 7.5	分辨率 2.05 Å R-free 0.311

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 6ST6	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1CO0 NMR STUDY OF TRP REPRESSOR-MTR OPERATOR DNA COMPLEX 提交 1999-05-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–107（107 aa）链 B 1–107（107 aa）	未记录	TRP TRYPTOPHAN × 2	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 5.7	分辨率未提供
1JHG TRP REPRESSOR MUTANT V58I 提交 1996-07-19	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 7–107（101 aa）	突变：CHAIN A, V58I	PO4 PHOSPHATE ION × 2 TRP TRYPTOPHAN × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；HANGING DROP VAPOR DIFFUSION 2.0 M SODIUM PHOSPHATE, PH 5.0 600 MM AMMONIUM CHLORIDE 5 MM L-TRYPTOPHAN, vapor diffusion - hanging drop	分辨率 1.30 Å R-free 0.172
1MI7 Crystal Structure of Domain Swapped trp Aporepressor in 30%(v/v) Isopropanol 提交 2002-08-22	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 R 1–107（107 aa）	未记录	IPA ISOPROPYL ALCOHOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；295 K；100 mM Na HEPES, 100 mM sodium chloride, 30%(v/v) isopropanol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.50 Å R-free 0.288
1RCS NMR STUDY OF TRP REPRESSOR-OPERATOR DNA COMPLEX 提交 1995-05-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 3–106（104 aa）链 B 3–106（104 aa）	未记录	TRP TRYPTOPHAN × 2	SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件	分辨率未提供
1TRO CRYSTAL STRUCTURE OF TRP REPRESSOR OPERATOR COMPLEX AT ATOMIC RESOLUTION 提交 1992-08-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 0–107（108 aa）链 C 0–107（108 aa）	未记录	TRP TRYPTOPHAN × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；VAPOR DIFFUSION	分辨率 1.90 Å
1TRO CRYSTAL STRUCTURE OF TRP REPRESSOR OPERATOR COMPLEX AT ATOMIC RESOLUTION 提交 1992-08-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 E 0–107（108 aa）链 G 0–107（108 aa）	未记录	TRP TRYPTOPHAN × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；VAPOR DIFFUSION	分辨率 1.90 Å
1TRR TANDEM BINDING IN CRYSTALS OF A TRP REPRESSOR/OPERATOR HALF-SITE COMPLEX 提交 1993-10-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric	链 A 1–107（107 aa）链 B 1–107（107 aa）链 G 1–107（107 aa）链 H 1–107（107 aa）	未记录	TRP TRYPTOPHAN × 4	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.40 Å
1TRR TANDEM BINDING IN CRYSTALS OF A TRP REPRESSOR/OPERATOR HALF-SITE COMPLEX 提交 1993-10-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric	链 D 1–107（107 aa）链 E 1–107（107 aa）链 J 1–107（107 aa）链 K 1–107（107 aa）	未记录	TRP TRYPTOPHAN × 4	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.40 Å
1WRP FLEXIBILITY OF THE DNA-BINDING DOMAINS OF TRP REPRESSOR 提交 1987-12-01	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 R 1–107（107 aa）	未记录	TRP TRYPTOPHAN × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.20 Å
1WRS NMR STUDY OF HOLO TRP REPRESSOR 提交 1995-05-12	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 R 3–107（105 aa）链 S 3–107（105 aa）	未记录	TRP TRYPTOPHAN × 2	SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件	分辨率未提供
1WRT NMR STUDY OF APO TRP REPRESSOR 提交 1995-05-12	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 R 3–107（105 aa）链 S 3–107（105 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件	分辨率未提供
1ZT9 E. coli trp repressor, tetragonal crystal form 提交 2005-05-26	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–107（107 aa）链 B 1–107（107 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 4 TRP TRYPTOPHAN × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.6；294 K；2.8 M ammonium sulfate plus 50 mM sodium, potassium phosphate buffer, 5 mM L-tryptophan, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K, pH 5.60	分辨率 2.00 Å R-free 0.219
1ZT9 E. coli trp repressor, tetragonal crystal form 提交 2005-05-26	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 1–107（107 aa）链 E 1–107（107 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 4 TRP TRYPTOPHAN × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.6；294 K；2.8 M ammonium sulfate plus 50 mM sodium, potassium phosphate buffer, 5 mM L-tryptophan, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K, pH 5.60	分辨率 2.00 Å R-free 0.219
1ZT9 E. coli trp repressor, tetragonal crystal form 提交 2005-05-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–107（107 aa）链 B 1–107（107 aa）链 D 1–107（107 aa）链 E 1–107（107 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 8 TRP TRYPTOPHAN × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.6；294 K；2.8 M ammonium sulfate plus 50 mM sodium, potassium phosphate buffer, 5 mM L-tryptophan, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K, pH 5.60	分辨率 2.00 Å R-free 0.219
1ZT9 E. coli trp repressor, tetragonal crystal form 提交 2005-05-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–107（107 aa）链 B 1–107（107 aa）链 D 1–107（107 aa）链 E 1–107（107 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 8 TRP TRYPTOPHAN × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.6；294 K；2.8 M ammonium sulfate plus 50 mM sodium, potassium phosphate buffer, 5 mM L-tryptophan, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K, pH 5.60	分辨率 2.00 Å R-free 0.219
1ZT9 E. coli trp repressor, tetragonal crystal form 提交 2005-05-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–107（107 aa）链 B 1–107（107 aa）链 D 1–107（107 aa）链 E 1–107（107 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 8 TRP TRYPTOPHAN × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.6；294 K；2.8 M ammonium sulfate plus 50 mM sodium, potassium phosphate buffer, 5 mM L-tryptophan, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K, pH 5.60	分辨率 2.00 Å R-free 0.219
2OZ9 E. coli TRP holorepressor, orthorhombic crystal form 提交 2007-02-25	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 R 2–108（107 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 2 SO4 SULFATE ION × 2 TRP TRYPTOPHAN × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 5；298 K；crystallization conditions: 2.5 M sodium phosphate, 0.6 M ammonium chloride, 2.5 mM L-tryptophan. Prior to data collection the crystal was equilibrated to 2.4 M ammonium sulfate, 0.4 M sodium chloride, 2.4 mM L-tryptophan, 50 mM sodium acetate., pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K	分辨率 1.65 Å
3SSW E. coli trp aporepressor 提交 2011-07-08	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 N 2–108（107 aa）链 R 2–108（107 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；294 K；Hampton Research Crystal Screen condition #6: 30% (w/v) PEG 4000, 200 mM MgCl2, 100 mM Tris HCl pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 1.67 Å R-free 0.219
3SSX E. coli trp aporeporessor L75F mutant 提交 2011-07-08	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 N 2–108（107 aa）链 R 2–108（107 aa）	突变：L75F 突变：L75F	TAM TRIS(HYDROXYETHYL)AMINOMETHANE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；294 K；Hampton Research Crystal Screen condition #6: 30% (w/v) PEG 4000, 200 mM MgCl2, 100 mM Tris HCl pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 1.58 Å R-free 0.218
3WRP FLEXIBILITY OF THE DNA-BINDING DOMAINS OF TRP REPRESSOR 提交 1987-12-01	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–107（107 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.80 Å
6EJW Tryptophan Repressor TrpR from E.coli wildtype with Indole-3-acetic acid as ligand 提交 2017-09-23	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–108（108 aa）链 B 1–108（108 aa）	未记录	IAC 1H-INDOL-3-YLACETIC ACID × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；0.1 M Bis-Tris pH 5.5 2 M Ammonium sulfate	分辨率 1.99 Å R-free 0.243
6EJW Tryptophan Repressor TrpR from E.coli wildtype with Indole-3-acetic acid as ligand 提交 2017-09-23	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–108（108 aa）链 D 1–108（108 aa）	未记录	IAC 1H-INDOL-3-YLACETIC ACID × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；0.1 M Bis-Tris pH 5.5 2 M Ammonium sulfate	分辨率 1.99 Å R-free 0.243
6EKP Tryptophan Repressor TrpR from E.coli variant T44L T81M S88Y with Indole-3-acetic acid as ligand 提交 2017-09-26	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–108（108 aa）链 B 1–108（108 aa）	未记录	IAC 1H-INDOL-3-YLACETIC ACID × 2 P3G 3,6,9,12,15-PENTAOXAHEPTADECANE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；0.05 Calcium Chloride 0.1M Bis-Tris pH 6.5 30% PEG 550 MME	分辨率 1.46 Å R-free 0.190
6ELB Tryptophan Repressor TrpR from E.coli variant M42F T44L T81M N87G S88Y with Indole-3-acetic acid as ligand 提交 2017-09-28	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–108（108 aa）链 B 1–108（108 aa）	未记录	IAC 1H-INDOL-3-YLACETIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；25% PEG 3350 0.17M KCl 3% D-(+) Trehalose dihydrate	分辨率 1.44 Å R-free 0.193
6ELF Tryptophan Repressor TrpR from E.coli variant M42F T44L T81I S88Y with Indole-3-acetic acid as ligand 提交 2017-09-28	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–108（108 aa）链 B 1–108（108 aa）	未记录	IAC 1H-INDOL-3-YLACETIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；0.1M MES pH 6.5 12 % PEG 20000	分辨率 1.83 Å R-free 0.217
6ELG Tryptophan Repressor TrpR from E.coli variant M42F T44L T81I S88Y with Indole-3-acetonitrile 提交 2017-09-28	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–108（108 aa）链 B 1–108（108 aa）	未记录	3BO 1H-indol-3-ylacetonitrile × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；0.2 M Ammonium Formate 20% PEG 3350	分辨率 1.38 Å R-free 0.176
6ENI Tryptophan Repressor TrpR from E.coli variant T44L S88Y with Indole-3-acetic acid as ligand 提交 2017-10-04	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–108（108 aa）链 B 1–108（108 aa）	未记录	IAC 1H-INDOL-3-YLACETIC ACID × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4；293 K；0.1 M MMT buffer pH 4 25 % PEG 1500	分辨率 1.10 Å R-free 0.175
6ENN Tryptophan Repressor TrpR from E.coli variant T44L T81M N87G S88Y with Indole-3-acetic acid as ligand 提交 2017-10-05	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–108（108 aa）链 B 1–108（108 aa）	未记录	IAC 1H-INDOL-3-YLACETIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；293 K；0.1 M MMT buffer pH 5 25 % PEG 1500	分辨率 1.17 Å R-free 0.180
6F7F Tryptophan Repressor TrpR from E.coli with 3-Indolepropionic acid 提交 2017-12-08	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 4–106（103 aa）链 B 4–106（103 aa）	未记录	IOP INDOLYLPROPIONIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；0.2 M Calcium Chloride 0.1 M HEPES pH7.5 30% PEG 4000	分辨率 2.13 Å R-free 0.229
6F7F Tryptophan Repressor TrpR from E.coli with 3-Indolepropionic acid 提交 2017-12-08	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 4–106（103 aa）链 D 4–106（103 aa）	未记录	IOP INDOLYLPROPIONIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；0.2 M Calcium Chloride 0.1 M HEPES pH7.5 30% PEG 4000	分辨率 2.13 Å R-free 0.229
6F7G Tryptophan Repressor TrpR from E.coli with 5-Methyltryptamine 提交 2017-12-08	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 4–106（103 aa）链 C 4–106（103 aa）	未记录	CVW 2-(5-methyl-1~{H}-indol-3-yl)ethanamine × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 Sodium Chloride 0.1 M HEPES pH7.5 25% PEG 3350	分辨率 1.66 Å R-free 0.226
6F9K Tryptophan Repressor TrpR from E.coli with 5-methyl-L-tryptophan as ligand 提交 2017-12-14	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–107（107 aa）	未记录	D0Q 5-methyl-L-tryptophan × 8 SO4 SULFATE ION × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4；293 K；0.1M Citric acid pH3.5, 2.4M Ammonium sulfate, pH4.0 cryo: +25% glycerol	分辨率 1.40 Å R-free 0.206
6FAL Tryptophan Repressor TrpR from E.coli with 3-Indolepropionic acid as ligand 提交 2017-12-15	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–108（107 aa）链 B 2–108（107 aa）	未记录	IOP INDOLYLPROPIONIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；0.2M MgCl2 0.1M Tris HCl, pH8.5 30% PEG 4000	分辨率 1.20 Å R-free 0.179
6ST7 Crystal Structure of Domain Swapped Trp Repressor V58I Variant with bound L-trp 提交 2019-09-10	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–105（105 aa）	突变：V58I	TRP TRYPTOPHAN × 2 IPA ISOPROPYL ALCOHOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；100 mM Na HEPES, 100 mM sodium chloride, 27.5-35%(v/v) isopropanol, pH 7.5	分辨率 2.45 Å R-free 0.287

共 26 个其他 PDB 条目、34 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TRPR_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–107； UniProt 1–105

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6st6
沉积日期 deposition_date	2019-09-10
结构标题 title	Crystal Structure of Domain Swapped Trp Repressor V58I Variant
关键词 keywords	HOSTAL, L-trp binding, Domain swapping, DNA BINDING PROTEIN; DNA BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	29.76 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	30.47 Å
零角强度 I(0) i0	2744490.00
分子量 molecular_weight	12379.0 kDa
排除体积 excluded_volume	15633 Å³
包络体积 envelope_volume	29185 Å³
水化壳体积 shell_volume	9528 Å³
包络直径 envelope_diameter	95.5 Å
壳层 Rg shell_rg	31.56 Å
包络 Rg envelope_rg	29.59 Å
形状 Rg shape_rg	30.49 Å
总 Rg total_rg	30.56 Å
总原子数 total_atoms	868
残基数 n_residues	105
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	92.2 Å
Rg (实空间) rg_real	30.28 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.86 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.7440e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.0860e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	30.07 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	2744000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6625
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	26.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.434
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.769
角度范围 angular_range	— – 0.2650 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	97360.0000
实空间数据点数 n_real_points	54
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.453; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.249; Smooth: 0.002

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Trp operon repressor
分子量 formula_weight	12393.2 kDa
突变 mutation	V58I
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	920

GPMAQQSPYSAAMAEQRHQEWLRFVDLLKNAYQNDLHLPLLNLMLTPDEREALGTRVRIIEELLRGEMSQRELKNELGAGIATITRGSNSLKAAPVELRQWLEEVLLW

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli (strain K12)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83333
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	ISOPROPYL ALCOHOL
分子量 formula_weight	60.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	52

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d6st6a_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.4 — DNA/RNA-binding 3-helical bundle
超家族 Superfamily superfamily	a.4.12 — TrpR-like
家族 Family family	a.4.12.1 — Trp repressor, TrpR

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	85.260 Å
晶胞边长 b length_b	85.260 Å
晶胞边长 c length_c	115.320 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 61 2 2
空间群编号 int_tables_number	178
晶系 crystal_system	hexagonal

分辨率 resolution	2.050 Å
最低分辨率 resolution_low	39.990 Å
R 因子 r_factor	0.2786
R_work r_work	0.2770
R_free r_free	0.3106

fit	/app/data/saxs_computation/st/6st6/6st6.fit
pddf	/app/data/pr_computation/st/6st6/6st6.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/st/6st6/6st6.dat