6swe

IC2 head of cryo-EM structure of a full archaeal ribosomal translation initiation complex devoid of aIF1 in P. abyssi

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

30S ribosomal protein S7

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 13 RNA 2	16S ribosomal RNA × 1 30S ribosomal protein S9 × 1 （Q9V195） 30S ribosomal protein S10 × 1 （Q9V0V6） 30S ribosomal protein S13 × 1 （Q9V1A0） 30S ribosomal protein S14 type Z × 1 （P62012） 30S ribosomal protein S17e × 1 （Q9V0G0） 30S ribosomal protein S19 × 1 （Q9V1T9） 30S ribosomal protein S19e × 1 （Q9V0G8） 30S ribosomal protein S28e × 1 （P61029） 30S ribosomal protein S27ae × 1 （P61238） 30S ribosomal protein S3 × 1 （Q9V1U1） 50S ribosomal protein L7Ae × 1 （P62008） initiator Met-tRNA fMet from E. coli (A1U72 variant) × 1 Translation initiation factor 1A × 1 （Q9V138） MAGNESIUM ION × 8 ZINC ION × 1 water × 3	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RS7_PYRAB
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 H； PDB构建体 1–215； UniProt 1–215

30S ribosomal protein S9

物种未注明

UniProt Q9V195

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 13 RNA 2	16S ribosomal RNA × 1 30S ribosomal protein S7 × 1 （Q9V109） 30S ribosomal protein S10 × 1 （Q9V0V6） 30S ribosomal protein S13 × 1 （Q9V1A0） 30S ribosomal protein S14 type Z × 1 （P62012） 30S ribosomal protein S17e × 1 （Q9V0G0） 30S ribosomal protein S19 × 1 （Q9V1T9） 30S ribosomal protein S19e × 1 （Q9V0G8） 30S ribosomal protein S28e × 1 （P61029） 30S ribosomal protein S27ae × 1 （P61238） 30S ribosomal protein S3 × 1 （Q9V1U1） 50S ribosomal protein L7Ae × 1 （P62008） initiator Met-tRNA fMet from E. coli (A1U72 variant) × 1 Translation initiation factor 1A × 1 （Q9V138） MAGNESIUM ION × 8 ZINC ION × 1 water × 3	与全部聚合物一致

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UniProt名称	RS9_PYRAB
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 K； PDB构建体 1–135； UniProt 1–135

30S ribosomal protein S10

物种未注明

UniProt Q9V0V6

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 13 RNA 2	16S ribosomal RNA × 1 30S ribosomal protein S7 × 1 （Q9V109） 30S ribosomal protein S9 × 1 （Q9V195） 30S ribosomal protein S13 × 1 （Q9V1A0） 30S ribosomal protein S14 type Z × 1 （P62012） 30S ribosomal protein S17e × 1 （Q9V0G0） 30S ribosomal protein S19 × 1 （Q9V1T9） 30S ribosomal protein S19e × 1 （Q9V0G8） 30S ribosomal protein S28e × 1 （P61029） 30S ribosomal protein S27ae × 1 （P61238） 30S ribosomal protein S3 × 1 （Q9V1U1） 50S ribosomal protein L7Ae × 1 （P62008） initiator Met-tRNA fMet from E. coli (A1U72 variant) × 1 Translation initiation factor 1A × 1 （Q9V138） MAGNESIUM ION × 8 ZINC ION × 1 water × 3	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RS10_PYRAB
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 L； PDB构建体 1–102； UniProt 1–102

30S ribosomal protein S13

物种未注明

UniProt Q9V1A0

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 13 RNA 2	16S ribosomal RNA × 1 30S ribosomal protein S7 × 1 （Q9V109） 30S ribosomal protein S9 × 1 （Q9V195） 30S ribosomal protein S10 × 1 （Q9V0V6） 30S ribosomal protein S14 type Z × 1 （P62012） 30S ribosomal protein S17e × 1 （Q9V0G0） 30S ribosomal protein S19 × 1 （Q9V1T9） 30S ribosomal protein S19e × 1 （Q9V0G8） 30S ribosomal protein S28e × 1 （P61029） 30S ribosomal protein S27ae × 1 （P61238） 30S ribosomal protein S3 × 1 （Q9V1U1） 50S ribosomal protein L7Ae × 1 （P62008） initiator Met-tRNA fMet from E. coli (A1U72 variant) × 1 Translation initiation factor 1A × 1 （Q9V138） MAGNESIUM ION × 8 ZINC ION × 1 water × 3	与全部聚合物一致

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UniProt名称	RS13_PYRAB
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 O； PDB构建体 1–148； UniProt 1–148

30S ribosomal protein S14 type Z

物种未注明

UniProt P62012

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 13 RNA 2	16S ribosomal RNA × 1 30S ribosomal protein S7 × 1 （Q9V109） 30S ribosomal protein S9 × 1 （Q9V195） 30S ribosomal protein S10 × 1 （Q9V0V6） 30S ribosomal protein S13 × 1 （Q9V1A0） 30S ribosomal protein S17e × 1 （Q9V0G0） 30S ribosomal protein S19 × 1 （Q9V1T9） 30S ribosomal protein S19e × 1 （Q9V0G8） 30S ribosomal protein S28e × 1 （P61029） 30S ribosomal protein S27ae × 1 （P61238） 30S ribosomal protein S3 × 1 （Q9V1U1） 50S ribosomal protein L7Ae × 1 （P62008） initiator Met-tRNA fMet from E. coli (A1U72 variant) × 1 Translation initiation factor 1A × 1 （Q9V138） MAGNESIUM ION × 8 ZINC ION × 1 water × 3	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RS14Z_PYRAB
Isoform	—
PDB实体	6
链与序列区间	作者链 P； PDB构建体 1–56； UniProt 1–56

30S ribosomal protein S17e

物种未注明

UniProt Q9V0G0

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 13 RNA 2	16S ribosomal RNA × 1 30S ribosomal protein S7 × 1 （Q9V109） 30S ribosomal protein S9 × 1 （Q9V195） 30S ribosomal protein S10 × 1 （Q9V0V6） 30S ribosomal protein S13 × 1 （Q9V1A0） 30S ribosomal protein S14 type Z × 1 （P62012） 30S ribosomal protein S19 × 1 （Q9V1T9） 30S ribosomal protein S19e × 1 （Q9V0G8） 30S ribosomal protein S28e × 1 （P61029） 30S ribosomal protein S27ae × 1 （P61238） 30S ribosomal protein S3 × 1 （Q9V1U1） 50S ribosomal protein L7Ae × 1 （P62008） initiator Met-tRNA fMet from E. coli (A1U72 variant) × 1 Translation initiation factor 1A × 1 （Q9V138） MAGNESIUM ION × 8 ZINC ION × 1 water × 3	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RS17E_PYRAB
Isoform	—
PDB实体	7
链与序列区间	作者链 S； PDB构建体 1–67； UniProt 1–67

30S ribosomal protein S19

物种未注明

UniProt Q9V1T9

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 13 RNA 2	16S ribosomal RNA × 1 30S ribosomal protein S7 × 1 （Q9V109） 30S ribosomal protein S9 × 1 （Q9V195） 30S ribosomal protein S10 × 1 （Q9V0V6） 30S ribosomal protein S13 × 1 （Q9V1A0） 30S ribosomal protein S14 type Z × 1 （P62012） 30S ribosomal protein S17e × 1 （Q9V0G0） 30S ribosomal protein S19e × 1 （Q9V0G8） 30S ribosomal protein S28e × 1 （P61029） 30S ribosomal protein S27ae × 1 （P61238） 30S ribosomal protein S3 × 1 （Q9V1U1） 50S ribosomal protein L7Ae × 1 （P62008） initiator Met-tRNA fMet from E. coli (A1U72 variant) × 1 Translation initiation factor 1A × 1 （Q9V138） MAGNESIUM ION × 8 ZINC ION × 1 water × 3	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RS19_PYRAB
Isoform	—
PDB实体	8
链与序列区间	作者链 T； PDB构建体 1–132； UniProt 1–132

30S ribosomal protein S19e

物种未注明

UniProt Q9V0G8

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 13 RNA 2	16S ribosomal RNA × 1 30S ribosomal protein S7 × 1 （Q9V109） 30S ribosomal protein S9 × 1 （Q9V195） 30S ribosomal protein S10 × 1 （Q9V0V6） 30S ribosomal protein S13 × 1 （Q9V1A0） 30S ribosomal protein S14 type Z × 1 （P62012） 30S ribosomal protein S17e × 1 （Q9V0G0） 30S ribosomal protein S19 × 1 （Q9V1T9） 30S ribosomal protein S28e × 1 （P61029） 30S ribosomal protein S27ae × 1 （P61238） 30S ribosomal protein S3 × 1 （Q9V1U1） 50S ribosomal protein L7Ae × 1 （P62008） initiator Met-tRNA fMet from E. coli (A1U72 variant) × 1 Translation initiation factor 1A × 1 （Q9V138） MAGNESIUM ION × 8 ZINC ION × 1 water × 3	与全部聚合物一致

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UniProt名称	RS19E_PYRAB
Isoform	—
PDB实体	9
链与序列区间	作者链 U； PDB构建体 1–150； UniProt 1–150

30S ribosomal protein S28e

物种未注明

UniProt P61029

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 13 RNA 2	16S ribosomal RNA × 1 30S ribosomal protein S7 × 1 （Q9V109） 30S ribosomal protein S9 × 1 （Q9V195） 30S ribosomal protein S10 × 1 （Q9V0V6） 30S ribosomal protein S13 × 1 （Q9V1A0） 30S ribosomal protein S14 type Z × 1 （P62012） 30S ribosomal protein S17e × 1 （Q9V0G0） 30S ribosomal protein S19 × 1 （Q9V1T9） 30S ribosomal protein S19e × 1 （Q9V0G8） 30S ribosomal protein S27ae × 1 （P61238） 30S ribosomal protein S3 × 1 （Q9V1U1） 50S ribosomal protein L7Ae × 1 （P62008） initiator Met-tRNA fMet from E. coli (A1U72 variant) × 1 Translation initiation factor 1A × 1 （Q9V138） MAGNESIUM ION × 8 ZINC ION × 1 water × 3	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RS28_PYRAB
Isoform	—
PDB实体	10
链与序列区间	作者链 X； PDB构建体 1–71； UniProt 1–71

30S ribosomal protein S27ae

物种未注明

UniProt P61238

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 13 RNA 2	16S ribosomal RNA × 1 30S ribosomal protein S7 × 1 （Q9V109） 30S ribosomal protein S9 × 1 （Q9V195） 30S ribosomal protein S10 × 1 （Q9V0V6） 30S ribosomal protein S13 × 1 （Q9V1A0） 30S ribosomal protein S14 type Z × 1 （P62012） 30S ribosomal protein S17e × 1 （Q9V0G0） 30S ribosomal protein S19 × 1 （Q9V1T9） 30S ribosomal protein S19e × 1 （Q9V0G8） 30S ribosomal protein S28e × 1 （P61029） 30S ribosomal protein S3 × 1 （Q9V1U1） 50S ribosomal protein L7Ae × 1 （P62008） initiator Met-tRNA fMet from E. coli (A1U72 variant) × 1 Translation initiation factor 1A × 1 （Q9V138） MAGNESIUM ION × 8 ZINC ION × 1 water × 3	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RS27A_PYRAB
Isoform	—
PDB实体	11
链与序列区间	作者链 Y； PDB构建体 1–51； UniProt 1–51

30S ribosomal protein S3

物种未注明

UniProt Q9V1U1

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 13 RNA 2	16S ribosomal RNA × 1 30S ribosomal protein S7 × 1 （Q9V109） 30S ribosomal protein S9 × 1 （Q9V195） 30S ribosomal protein S10 × 1 （Q9V0V6） 30S ribosomal protein S13 × 1 （Q9V1A0） 30S ribosomal protein S14 type Z × 1 （P62012） 30S ribosomal protein S17e × 1 （Q9V0G0） 30S ribosomal protein S19 × 1 （Q9V1T9） 30S ribosomal protein S19e × 1 （Q9V0G8） 30S ribosomal protein S28e × 1 （P61029） 30S ribosomal protein S27ae × 1 （P61238） 50S ribosomal protein L7Ae × 1 （P62008） initiator Met-tRNA fMet from E. coli (A1U72 variant) × 1 Translation initiation factor 1A × 1 （Q9V138） MAGNESIUM ION × 8 ZINC ION × 1 water × 3	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RS3_PYRAB
Isoform	—
PDB实体	12
链与序列区间	作者链 Z； PDB构建体 1–210； UniProt 1–210

50S ribosomal protein L7Ae

物种未注明

UniProt P62008

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 13 RNA 2	16S ribosomal RNA × 1 30S ribosomal protein S7 × 1 （Q9V109） 30S ribosomal protein S9 × 1 （Q9V195） 30S ribosomal protein S10 × 1 （Q9V0V6） 30S ribosomal protein S13 × 1 （Q9V1A0） 30S ribosomal protein S14 type Z × 1 （P62012） 30S ribosomal protein S17e × 1 （Q9V0G0） 30S ribosomal protein S19 × 1 （Q9V1T9） 30S ribosomal protein S19e × 1 （Q9V0G8） 30S ribosomal protein S28e × 1 （P61029） 30S ribosomal protein S27ae × 1 （P61238） 30S ribosomal protein S3 × 1 （Q9V1U1） initiator Met-tRNA fMet from E. coli (A1U72 variant) × 1 Translation initiation factor 1A × 1 （Q9V138） MAGNESIUM ION × 8 ZINC ION × 1 water × 3	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RL7A_PYRAB
Isoform	—
PDB实体	13
链与序列区间	作者链 3； PDB构建体 1–123； UniProt 1–123

Translation initiation factor 1A

Pyrococcus abyssi (strain GE5 / Orsay)

UniProt Q9V138

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 13 RNA 2	16S ribosomal RNA × 1 30S ribosomal protein S7 × 1 （Q9V109） 30S ribosomal protein S9 × 1 （Q9V195） 30S ribosomal protein S10 × 1 （Q9V0V6） 30S ribosomal protein S13 × 1 （Q9V1A0） 30S ribosomal protein S14 type Z × 1 （P62012） 30S ribosomal protein S17e × 1 （Q9V0G0） 30S ribosomal protein S19 × 1 （Q9V1T9） 30S ribosomal protein S19e × 1 （Q9V0G8） 30S ribosomal protein S28e × 1 （P61029） 30S ribosomal protein S27ae × 1 （P61238） 30S ribosomal protein S3 × 1 （Q9V1U1） 50S ribosomal protein L7Ae × 1 （P62008） initiator Met-tRNA fMet from E. coli (A1U72 variant) × 1 MAGNESIUM ION × 8 ZINC ION × 1 water × 3	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	IF1A_PYRAB
Isoform	—
PDB实体	15
链与序列区间	作者链 6； PDB构建体 1–113； UniProt 1–113

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6swe
沉积日期 deposition_date	2019-09-20
结构标题 title	IC2 head of cryo-EM structure of a full archaeal ribosomal translation initiation complex devoid of aIF1 in P. abyssi
关键词 keywords	Translation initiation, cryo-EM, ribosome, tRNA, evolution, archaea, rRNA modifications; RIBOSOME
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6swe__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6swe__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6swe__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	44.53 Å
Rg（电子密度）	45.99 Å
总 Rg	46.05 Å
原子数	22719
残基数	1998
排除体积	367940 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6swe__assembly_1__model_1`	pentadecameric （15）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (18)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	16S ribosomal RNA
分子量 formula_weight	152069.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	2
原子数 atom_count	22737

GUAAGGCGGGGGAGCACUACAAGGGGUGGAGCGUGCGGUUUAAUUGGAUUCAACGCCGGGAACCUCACNGGGGGCGACGGCAGGAUGAAGGCCAGGCUGAAGGUCUUGCCGGACGCGCCGAGAGGAGGUGCAUGGCCGCNGUCAGCUCGGCGUCCACUUAAGUGUGGUAACGAGCGAGACCCGCGCCCCCAGUUGCCAGUCCCUCCCGCUCGGGAGGGAGGCACUCUGGGGGGACUGCCGGCGAUAAGCNGGAGGAAGGGGCGGGCGACGGUAGGUCAGUAUGCCCNGAAACCCCNGGGCUACACGCGCGCUACAAUGGGCGGGACAAUGGGUGCNGACCCNGAAAGGGGGAGGUAAUCCCCUAAACCCGCCCUCAGUUCGGAUCGCGGGCUGCAACUCGCCCGCGUGAAGCUGGAAUCCCUAGUACCCGCGCGUCAUCAUCGCGCGGCGAAUACGUCCCUGCUCCUU

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	30S ribosomal protein S7
分子量 formula_weight	24662.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

MAKPLSERFFIPHEIKVMGRWSTEDVEVRDPSLKPYINLEPRLLPHTHGRHAKKHFGKANVHIVERLINKIMRSGGSHYKVAGHFMRREHRSLNSKKVKAYEVVKEAFKIIEKRTGKNPIQVLVWAIENAAPREDTTSVMFGGIRYHVAVDISPMRRLDVALRNIALGASAKCYRTKMSFAEALAEEIILAANKDPKSYAYSKKLEIERIAESSR

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	30S ribosomal protein S9
分子量 formula_weight	15293.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K

MRIIQTTGKRKTAIARAVIREGKGRVRINGKPVELVEPEIARFTILEPLILAGEEIWNSVDIDVKVQGGGFMGQAEAARIAIARALVEWTGDMNLKEKFIKYDRTMLVGDPRRTEPHKPNRSTKGPRAKRQKSYR

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	30S ribosomal protein S10
分子量 formula_weight	11795.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

MQKARIKLASTNVRSLEEVANQIKQIAERTGVRMSGPIPLPTKRIRIVTRKSPDGEGSATFDRWELRIHKRLIDIEADERAMRQIMRIRVPEDVTIEIELIS

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	30S ribosomal protein S13
分子量 formula_weight	16992.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	O

MADFRHIVRVAGVDLDGNKQLRWALTAIKGVGINFATMVCRVAGLDPFMKAGYLTDEQVKKIEEILQDPVAHGIPRWAVNRPKDYETGRDLHLITAKLDMAIREDIMRLRRIRAYRGIRHELGLPVRGQRTRSNFRRGQTVGVSRKKK

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	30S ribosomal protein S14 type Z
分子量 formula_weight	6644.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	P

MAKADYNKRKPRKFGKGARRCIRCGQYGPIIRIHGLMLCRHCFREVAPKLGFRKYE

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	30S ribosomal protein S17e
分子量 formula_weight	8059.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	S

MGKIRQGFIKRVARELFNKYPNEFTRDFEHNKKKVEELTNVTSKKIRNRIAGYITKLVRMKEEGKIL

实体 8 Entity 8 polymer

描述 description	30S ribosomal protein S19
分子量 formula_weight	15307.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	T

MARKEFRYRGYTLEQLMNMSLEELAKLLPARQRRSLKRGLTPEQKKLLRKIRLAKKGKYNKPIRTHCRDMIVLPEMVGLTIYVHNGKEFVPVEIKPEMIGHYLGEFAPTRKRVQHGAPGIGATRSSMFVAVK

实体 9 Entity 9 polymer

描述 description	30S ribosomal protein S19e
分子量 formula_weight	17422.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	U

MATVYDVPGDLLVERVAQRLKEIPEIKPPEWAPFVKTGRHKERLPEQEDWWYYRVASILRRVYLDGPVGIERLRTYYGGRKNRGHAPERFYKAGGSIIRKALQQLEAAGFVEKVPGKGRVITPKGRSFLDKIATELKKELEEIIPELKKY

实体 10 Entity 10 polymer

描述 description	30S ribosomal protein S28e
分子量 formula_weight	8102.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	X

MAEDEGYPAEVIEIIGRTGTTGDVTQVKVRILEGRDKGRVIRRNVRGPVRVGDILILRETEREAREIKSRR

实体 11 Entity 11 polymer

描述 description	30S ribosomal protein S27ae
分子量 formula_weight	5992.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Y

MGQKWKLYIVKDGKVIRKNKFCPRCGPGVFMADHGDRWACGRCGYTEWKKK

实体 12 Entity 12 polymer

描述 description	30S ribosomal protein S3
分子量 formula_weight	23472.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Z

MAIERYFIREAVKEMLIDEFLEKELRRAGYGGLDIKKTPLGTKVIIFAANPGYVIGRGGRRIRELTRILERQFGLENPQIDVQEIKNPYLNAKVQAVRIAQALERGIHFRRAAYAAMRAIMSNGARGVEIRISGKLTGERAKSVRFYQGYLAKVGNPAETLVSKGYAQALLKLGVIGVKVAIMPPDARLPDEIEIIEKPVEEEVSSNEAE

实体 13 Entity 13 polymer

描述 description	50S ribosomal protein L7Ae
分子量 formula_weight	13442.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	3

MAKPSYVKFEVPKELAEKALQAVEIARDTGKIRKGTNETTKAVERGQAKLVIIAEDVDPEEIVAHLPPLCEEKEIPYIYVPSKKELGAAAGIEVAAASVAIIEPGKARDLVEEIAMKVRELMK

实体 14 Entity 14 polymer

描述 description	initiator Met-tRNA fMet from E. coli (A1U72 variant)
分子量 formula_weight	5761.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	4

GUCGGGCUCAUAACCCGA

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 15 Entity 15 polymer

描述 description	Translation initiation factor 1A
分子量 formula_weight	13078.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	6

MPKKERKVEGDEVIRVPLPEGNQLFGVVEQALGAGWMDVRCEDGKIRRCRIPGKLRRRVWIRVGDLVIVQPWPVQSDKRGDIVYRYTQTQVDWLLRKGKITQEFLTGGSLLVE

来源 Source

来源生物 organism	Pyrococcus abyssi (strain GE5 / Orsay)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	272844
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 16 Entity 16 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

实体 17 Entity 17 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 18 Entity 18 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	18

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	6swe300
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1330 — 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Ribosomal protein L30/S12

结构域编号 domain_id	6swe600
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	140 — Nucleic acid-binding proteins

结构域编号 domain_id	6sweH00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	455 — Ribosomal Protein S7
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ribosomal protein S7/S5

结构域编号 domain_id	6sweK00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	230 — Ribosomal Protein S5; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	6sweL00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	600 — Ribosomal protein S10

结构域编号 domain_id	6sweP00
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	830 — 30s Ribosomal Protein S14; Chain N
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ribosomal Protein S14/S29

结构域编号 domain_id	6sweS00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	60 — Diphtheria Toxin Repressor; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Ribosomal protein S17

结构域编号 domain_id	6sweX00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	140 — Nucleic acid-binding proteins

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	1

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.10 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	142000

IC2 head of cryo-EM structure of a full archaeal ribosomal translation initiation complex devoid of aIF1 in P. abyssi

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

30S ribosomal protein S7

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

30S ribosomal protein S9

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

30S ribosomal protein S10

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

30S ribosomal protein S13

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

30S ribosomal protein S14 type Z

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

30S ribosomal protein S17e

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

30S ribosomal protein S19

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

30S ribosomal protein S19e

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

30S ribosomal protein S28e

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

30S ribosomal protein S27ae

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体