6sze

RIP2 Kinase Catalytic Domain complex with 5-Amino-1-Phenylpyrazole-4-Carboxamide.

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 90.3 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 2

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–310 链 B； UniProt 1–310	未记录	M2B 5-Amino-1-Phenylpyrazole-4-Carboxamide × 2 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；100mM buffer (Mes or Hepes pH6.8-7.5), 12-28% PEG 400, 50-250mM CaCl2, 0-200mM NaCl	分辨率 2.94 Å R-free 0.234

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 6SZE	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2N7Z Solution structure of RIP2 CARD 提交 2015-09-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 434–539（106 aa）片段：UNP residues 434-539	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 301 K；压力 ambient NMR样品组成 0.8 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] CARD-1, 50 mM [U-98% 2H] DTT-2, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2N83 p75NTR DD:RIP2 CARD 提交 2015-10-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 434–539（106 aa）片段：UNP residues 435-539	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 301 K；压力 ambient NMR样品组成 0.5 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] p75NTR DD-1, 10 mM [U-98% 2H] DTT-2, 1 mM RIP2 CARD-3, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O NMR样品组成 0.5 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] RIP2 CARD-4, 1 mM p75NTR DD-5, 10 mM [U-98% 2H] DTT-6, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O	分辨率未提供
4C8B Structure of the kinase domain of human RIPK2 in complex with ponatinib 提交 2013-09-30	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 8–317（310 aa）片段：KINASE DOMAIN, RESIDUES 8-317 链 B 8–317（310 aa）片段：KINASE DOMAIN, RESIDUES 8-317	未记录	0LI 3-(imidazo[1,2-b]pyridazin-3-ylethynyl)-4-methyl-N-{4-[(4-methylpiperazin-1-yl)methyl]-3-(trifluoromethyl)phenyl}benzam ide × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 16% PEG3350, 0.1M AMMONIUM CITRATE	分辨率 2.75 Å R-free 0.244
5AR2 RIP2 Kinase Catalytic Domain (1 - 310) 提交 2015-09-23	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–310（310 aa）片段：KINASE DOMAIN, UNP RESIDUES 1-310 链 B 1–310（310 aa）片段：KINASE DOMAIN, UNP RESIDUES 1-310	未记录	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；28% PEG400, 5% GLYCEROL, 0.1M HEPES PH7.5, 0.2M CACL2	分辨率 2.44 Å R-free 0.211
5AR3 RIP2 Kinase Catalytic Domain (1 - 310) complex with AMP-PCP 提交 2015-09-23	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–310（310 aa）片段：KINASE DOMAIN, UNP RESIDUES 1-310 链 B 1–310（310 aa）片段：KINASE DOMAIN, UNP RESIDUES 1-310	未记录	ACP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER × 2 MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 20% PEG3350, 0.2M NAKTARTRATE	分辨率 3.23 Å R-free 0.254
5AR4 RIP2 Kinase Catalytic Domain (1 - 310) complex with SB-203580 提交 2015-09-24	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–310（310 aa）片段：KINASE DOMAIN, UNP RESIDUES 1-310 链 B 1–310（310 aa）片段：KINASE DOMAIN, UNP RESIDUES 1-310	未记录	SB2 4-[5-(4-FLUORO-PHENYL)-2-(4-METHANESULFINYL-PHENYL)-3H-IMIDAZOL-4-YL]-PYRIDINE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；0.1M TRIS HCL PH8.5, 0.7M DINH4TARTRATE.	分辨率 2.70 Å R-free 0.216
5AR5 RIP2 Kinase Catalytic Domain (1 - 310) complex with Benzimidazole 提交 2015-09-24	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–310（310 aa）片段：KINASE DOMAIN, UNP RESIDUES 1-310 链 B 1–310（310 aa）片段：KINASE DOMAIN, UNP RESIDUES 1-310	未记录	CA CALCIUM ION × 1 IQ7 2-(2-(4-CHLOROPHENYL)-1H-IMIDAZOL-5-YL)-N,1-BIS(2-METHOXYETHYL)-1H-BENZO[D]IMIDAZOLE-5-CARBOXAMIDE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；0.2M CACL2, 5% GLYCEROL, 0.1M HEPES PH 7.5, 26.6% PEG400	分辨率 2.66 Å R-free 0.217
5AR7 RIP2 Kinase Catalytic Domain (1 - 310) complex with Biaryl Urea 提交 2015-09-24	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–310（310 aa）片段：KINASE DOMAIN, UNP RESIDUES 1-310 链 B 1–310（310 aa）片段：KINASE DOMAIN, UNP RESIDUES 1-310	未记录	SR8 1-(5-TERT-BUTYL-1,2-OXAZOL-3-YL)-3-(4-PYRIDIN-4-YLOXYPHENYL)UREA × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；30% PEG300, 0.1M MES PH6.5	分辨率 2.71 Å R-free 0.225
5AR8 RIP2 Kinase Catalytic Domain (1 - 310) complex with Biphenylsulfonamide 提交 2015-09-24	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–310（310 aa）片段：KINASE DOMAIN, RESIDUES 1-310 链 B 1–310（310 aa）片段：KINASE DOMAIN, RESIDUES 1-310	未记录	XYW 2,6-bis(fluoranyl)-N-[3-[5-[2-[(3-methylsulfonylphenyl)amino]pyrimidin-4-yl]-2-morpholin-4-yl-1,3-thiazol-4-yl]phenyl]benzenesulfonamide × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.6；30% GLYCEROL, 0.07M NA OAC PH4.6, 1.4M NA FORMATE	分辨率 2.79 Å R-free 0.233
5J79 The identification and pharmacological characterization of 6-(tert-butylsulfonyl)-N-(5-fluoro-1H-indazol-3-yl)quinolin-4-amine (GSK583), a highly potent and selective inhibitor of RIP2 Kinase, Compound 3 complex 提交 2016-04-06	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–310（310 aa）片段：UNP residues 1-310 链 B 1–310（310 aa）片段：UNP residues 1-310	未记录	6GE 4-methyl-3-{[6-(methylsulfonyl)quinolin-4-yl]amino}phenol × 2 SO4 SULFATE ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；1.5M Ammonium sulphate, 25% glycerol	分辨率 2.69 Å R-free 0.219
5J7B The identification and pharmacological characterization of 6-(tert-butylsulfonyl)-N-(5-fluoro-1H-indazol-3-yl)quinolin-4-amine (GSK583), a highly potent and selective inhibitor of RIP2 Kinase, GSK583 complex 提交 2016-04-06	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–310（310 aa）片段：UNP residues 1-310 链 B 1–310（310 aa）片段：UNP residues 1-310	未记录	6GD 6-(tert-butylsulfonyl)-N-(5-fluoro-2H-indazol-3-yl)quinolin-4-amine × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7；293 K；100mM Mes pH7, 12% PEG 400, 250mM CaCl2. Crystals soaked in compound for 2 hours.	分辨率 2.53 Å R-free 0.233
5NG0 Structure of RIP2K(L294F) with bound AMPPCP 提交 2017-03-16	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–300（300 aa）链 B 1–300（300 aa）	未记录	ACP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 CO COBALT (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；Hepes 100 mM pH 7.5, 1 mM MgCl2, 2.0 M LiCl and 5% PEG 6000	分辨率 2.00 Å R-free 0.191
5NG2 Structure of RIP2K(D146N) with bound Staurosporine 提交 2017-03-16	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–300（300 aa）链 B 1–300（300 aa）	未记录	STU STAUROSPORINE × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；.1 M MES pH6.5, 2M NaCl, 0.1 mM Na(H2PO4), 0.1 mM of K(H2PO4)	分辨率 2.80 Å R-free 0.226
5NG3 Structure of inactive kinase RIP2K(K47R) 提交 2017-03-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 1–300（300 aa）	突变：K47R 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M Tris pH 8.5, 0.5 mM (NH4)2SO4	分辨率 2.60 Å R-free 0.269
5NG3 Structure of inactive kinase RIP2K(K47R) 提交 2017-03-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–300（300 aa）	突变：K47R	SO4 SULFATE ION × 7	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M Tris pH 8.5, 0.5 mM (NH4)2SO4	分辨率 2.60 Å R-free 0.269
5NG3 Structure of inactive kinase RIP2K(K47R) 提交 2017-03-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–300（300 aa）	突变：K47R 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M Tris pH 8.5, 0.5 mM (NH4)2SO4	分辨率 2.60 Å R-free 0.269
5NG3 Structure of inactive kinase RIP2K(K47R) 提交 2017-03-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1–300（300 aa）	突变：K47R	SO4 SULFATE ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M Tris pH 8.5, 0.5 mM (NH4)2SO4	分辨率 2.60 Å R-free 0.269
5W5J Identification of potent and selective RIPK2 inhibitors for the treatment of inflammatory diseases 提交 2017-06-15	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–311（310 aa）链 B 2–311（310 aa）	未记录	9WS N-(2-chlorophenyl)pyrazolo[1,5-a]pyridine-3-carboxamide × 2 SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；293 K；1.6M ammonium sulfate, 0.1M citric acid pH 5.0	分辨率 2.85 Å R-free 0.268
5W5O Identification of potent and selective RIPK2 inhibitors for the treatment of inflammatory diseases. 提交 2017-06-15	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–311（310 aa）片段：UNP residues 2-311 链 B 2–311（310 aa）片段：UNP residues 2-311	未记录	9XA 4-{6-(tert-butylsulfonyl)-7-[2-(4-methylpiperazin-1-yl)ethoxy]imidazo[1,2-a]pyridin-3-yl}-6-chloropyridin-2-amine × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；1.0M lithium chloride, 10.0% polyethylene glycol 6000, 0.1M TRIS pH 8.0	分辨率 2.89 Å R-free 0.252
5W5O Identification of potent and selective RIPK2 inhibitors for the treatment of inflammatory diseases. 提交 2017-06-15	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 2–311（310 aa）片段：UNP residues 2-311 链 D 2–311（310 aa）片段：UNP residues 2-311	未记录	9XA 4-{6-(tert-butylsulfonyl)-7-[2-(4-methylpiperazin-1-yl)ethoxy]imidazo[1,2-a]pyridin-3-yl}-6-chloropyridin-2-amine × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；1.0M lithium chloride, 10.0% polyethylene glycol 6000, 0.1M TRIS pH 8.0	分辨率 2.89 Å R-free 0.252
5W5O Identification of potent and selective RIPK2 inhibitors for the treatment of inflammatory diseases. 提交 2017-06-15	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 2–311（310 aa）片段：UNP residues 2-311 链 F 2–311（310 aa）片段：UNP residues 2-311	未记录	9XA 4-{6-(tert-butylsulfonyl)-7-[2-(4-methylpiperazin-1-yl)ethoxy]imidazo[1,2-a]pyridin-3-yl}-6-chloropyridin-2-amine × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；1.0M lithium chloride, 10.0% polyethylene glycol 6000, 0.1M TRIS pH 8.0	分辨率 2.89 Å R-free 0.252
5W5O Identification of potent and selective RIPK2 inhibitors for the treatment of inflammatory diseases. 提交 2017-06-15	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 2–311（310 aa）片段：UNP residues 2-311 链 H 2–311（310 aa）片段：UNP residues 2-311	未记录	9XA 4-{6-(tert-butylsulfonyl)-7-[2-(4-methylpiperazin-1-yl)ethoxy]imidazo[1,2-a]pyridin-3-yl}-6-chloropyridin-2-amine × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；1.0M lithium chloride, 10.0% polyethylene glycol 6000, 0.1M TRIS pH 8.0	分辨率 2.89 Å R-free 0.252
5W5O Identification of potent and selective RIPK2 inhibitors for the treatment of inflammatory diseases. 提交 2017-06-15	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 I 2–311（310 aa）片段：UNP residues 2-311 链 J 2–311（310 aa）片段：UNP residues 2-311	未记录	9XA 4-{6-(tert-butylsulfonyl)-7-[2-(4-methylpiperazin-1-yl)ethoxy]imidazo[1,2-a]pyridin-3-yl}-6-chloropyridin-2-amine × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；1.0M lithium chloride, 10.0% polyethylene glycol 6000, 0.1M TRIS pH 8.0	分辨率 2.89 Å R-free 0.252
5W5O Identification of potent and selective RIPK2 inhibitors for the treatment of inflammatory diseases. 提交 2017-06-15	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 K 2–311（310 aa）片段：UNP residues 2-311 链 L 2–311（310 aa）片段：UNP residues 2-311	未记录	9XA 4-{6-(tert-butylsulfonyl)-7-[2-(4-methylpiperazin-1-yl)ethoxy]imidazo[1,2-a]pyridin-3-yl}-6-chloropyridin-2-amine × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；1.0M lithium chloride, 10.0% polyethylene glycol 6000, 0.1M TRIS pH 8.0	分辨率 2.89 Å R-free 0.252
5W5O Identification of potent and selective RIPK2 inhibitors for the treatment of inflammatory diseases. 提交 2017-06-15	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 7 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 M 2–311（310 aa）片段：UNP residues 2-311 链 N 2–311（310 aa）片段：UNP residues 2-311	未记录	9XA 4-{6-(tert-butylsulfonyl)-7-[2-(4-methylpiperazin-1-yl)ethoxy]imidazo[1,2-a]pyridin-3-yl}-6-chloropyridin-2-amine × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；1.0M lithium chloride, 10.0% polyethylene glycol 6000, 0.1M TRIS pH 8.0	分辨率 2.89 Å R-free 0.252
5W5O Identification of potent and selective RIPK2 inhibitors for the treatment of inflammatory diseases. 提交 2017-06-15	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 8 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 O 2–311（310 aa）片段：UNP residues 2-311 链 P 2–311（310 aa）片段：UNP residues 2-311	未记录	9XA 4-{6-(tert-butylsulfonyl)-7-[2-(4-methylpiperazin-1-yl)ethoxy]imidazo[1,2-a]pyridin-3-yl}-6-chloropyridin-2-amine × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；1.0M lithium chloride, 10.0% polyethylene glycol 6000, 0.1M TRIS pH 8.0	分辨率 2.89 Å R-free 0.252
5YRN Structure of RIP2 CARD domain 提交 2017-11-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 434–540（107 aa）片段：CARD domain 链 B 434–540（107 aa）片段：CARD domain 链 C 434–540（107 aa）片段：CARD domain 链 D 434–540（107 aa）片段：CARD domain 链 E 434–540（107 aa）片段：CARD domain 链 F 434–540（107 aa）片段：CARD domain 链 G 434–540（107 aa）片段：CARD domain 链 H 434–540（107 aa）片段：CARD domain 链 I 434–540（107 aa）片段：CARD domain 链 J 434–540（107 aa）片段：CARD domain 链 K 434–540（107 aa）片段：CARD domain 链 L 434–540（107 aa）片段：CARD domain	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 METHANE	分辨率 4.10 Å
6ES0 Crystal structure of the kinase domain of human RIPK2 in complex with the activation loop targeting inhibitor CS-R35 提交 2017-10-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 3–317（315 aa）	未记录	BW8 2-[2-fluoranyl-4-[[2-fluoranyl-4-[2-(methylcarbamoyl)pyridin-4-yl]oxy-phenyl]carbamoylamino]phenyl]sulfanylethanoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；25% PEG Smear Low -- 0.1M MES pH 6.5 -- 0.05M magnesium acetate -- 0.05M magnesium chloride	分辨率 2.38 Å R-free 0.258
6ES0 Crystal structure of the kinase domain of human RIPK2 in complex with the activation loop targeting inhibitor CS-R35 提交 2017-10-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 3–317（315 aa）	未记录	BW8 2-[2-fluoranyl-4-[[2-fluoranyl-4-[2-(methylcarbamoyl)pyridin-4-yl]oxy-phenyl]carbamoylamino]phenyl]sulfanylethanoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；25% PEG Smear Low -- 0.1M MES pH 6.5 -- 0.05M magnesium acetate -- 0.05M magnesium chloride	分辨率 2.38 Å R-free 0.258
6FU5 Structure of the kinase domain of human RIPK2 in complex with the inhibitor CSLP18 提交 2018-02-26	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 3–317（315 aa）链 B 3–317（315 aa）	未记录	E7N ~{N}-[5-[2-azanyl-5-(4-piperazin-1-ylphenyl)pyridin-3-yl]-2-methoxy-phenyl]propane-1-sulfonamide × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；150 nL sitting drops containing 50 nL protein and 100 nL of a reservoir solution containing 0.2 M potassium formate and 20% (w/v) PEG3350	分辨率 3.26 Å R-free 0.271
6GFJ Structure of RIP2 CARD domain fused to crystallisable MBP tag 提交 2018-04-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 435–540（106 aa）链 B 435–540（106 aa）链 C 435–540（106 aa）链 D 435–540（106 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.25 M NaNO3, and 22% (w/v) PEG 3350	分辨率 3.30 Å R-free 0.266
6GGS Structure of RIP2 CARD filament 提交 2018-05-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 A 431–540（110 aa）链 B 431–540（110 aa）链 C 431–540（110 aa）链 D 431–540（110 aa）链 E 431–540（110 aa）链 F 431–540（110 aa）链 G 431–540（110 aa）链 H 431–540（110 aa）链 I 431–540（110 aa）链 J 431–540（110 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.94 Å
6HMX RIP2 Kinase Catalytic Domain complex with N(4,5dimethyl1Hpyrazol3yl)7methoxy6(2methylpropane2sulfonyl)quinolin4amine 提交 2018-09-13	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–310（310 aa）链 B 1–310（310 aa）	未记录	GEZ 6-~{tert}-butylsulfonyl-~{N}-(3,4-dimethyl-1~{H}-pyrazol-5-yl)-7-methoxy-quinolin-4-amine × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；100mM Mes pH7 12% PEG400 250mM CaCl2	分辨率 2.53 Å R-free 0.192
6RN8 RIP2 Kinase Catalytic Domain complex with 2(4[(1,3benzothiazol5yl)amino]6(2methylpropane2sulfonyl)quinazolin7yl)oxy)ethyl phosphate 提交 2019-05-08	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–310（310 aa）链 B 1–310（310 aa）	未记录	K9T 2-[4-(1,3-benzothiazol-5-ylamino)-6-~{tert}-butylsulfonyl-quinazolin-7-yl]oxyethyl dihydrogen phosphate × 2 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；Morpheus G2. 0.1M Carboxylic acids, 0.1M buffer system 1 pH6.5, 50% Precipitant Mix 2	分辨率 2.69 Å R-free 0.212
6RNA RIP2 Kinase Catalytic Domain complex with 2({4[(1,3benzothiazol5yl)amino]6(2methylpropane2sulfonyl)quinazolin7yl}oxy)ethan1ol 提交 2019-05-08	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–310（310 aa）链 B 1–310（310 aa）	未记录	KA2 2-[4-(1,3-benzothiazol-5-ylamino)-6-~{tert}-butylsulfonyl-quinazolin-7-yl]oxyethanol × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；100mM Mes pH7, 12% PEG 400, 250mM CaCl2	分辨率 2.62 Å R-free 0.190
6S1F Structure of the kinase domain of human RIPK2 in complex with the inhibitor CSLP3 提交 2019-06-18	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 3–317（315 aa）链 B 3–317（315 aa）	未记录	KRE ~{N}-[3-[2-azanyl-5-(4-piperazin-1-ylphenyl)pyridin-3-yl]-5-methoxy-phenyl]methanesulfonamide × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；150 nL sitting drops containing 100 nL protein and 50 nL of a reservoir solution containing the BCS5 condition 20% PEG Smear High, 0.1M citrate pH 5.5	分辨率 3.11 Å R-free 0.300
6S1F Structure of the kinase domain of human RIPK2 in complex with the inhibitor CSLP3 提交 2019-06-18	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 3–317（315 aa）链 D 3–317（315 aa）	未记录	KRE ~{N}-[3-[2-azanyl-5-(4-piperazin-1-ylphenyl)pyridin-3-yl]-5-methoxy-phenyl]methanesulfonamide × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；150 nL sitting drops containing 100 nL protein and 50 nL of a reservoir solution containing the BCS5 condition 20% PEG Smear High, 0.1M citrate pH 5.5	分辨率 3.11 Å R-free 0.300
6SZJ RIP2 Kinase Catalytic Domain complex with 5amino1tertbutyl3(3methoxyphenyl)1H pyrazole4carboxamide. 提交 2019-10-02	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–310（310 aa）链 B 1–310（310 aa）	未记录	M5W 5-amino-1-~{tert}-butyl-3-(3-methoxyphenyl)pyrazole-4-carboxamide × 2 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；100mM buffer (Mes or Hepes pH6.8-7.5), 12-28% PEG 400, 50-250mM CaCl2, 0-200mM NaCl	分辨率 2.53 Å R-free 0.241
6UL8 RIP2 kinase catalytic domain complex with (5S,6S,8R)-2-(benzo[d]thiazol-5-yl)-6-hydroxy-4,5,6,7,8,9-hexahydro-5,8-methanopyrazolo[1,5-a][1,3]diazocine-3-carboxamide 提交 2019-10-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 5–310（306 aa）	突变：C7S, S168C	Q9J (5S,6S,8R)-2-(1,3-benzothiazol-5-yl)-6-hydroxy-4,5,6,7,8,9-hexahydro-5,8-methanopyrazolo[1,5-a][1,3]diazocine-3-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；295 K；85 mM Tris, pH 7.5, 200 mM calcium chloride, 10% PEG400, 5% glycerol, in 24 well Linbro trays at 22 degrees C. Crystals were frozen directly from the tray using paraffin oil as a cryoprotectant.	分辨率 2.68 Å R-free 0.220
6UL8 RIP2 kinase catalytic domain complex with (5S,6S,8R)-2-(benzo[d]thiazol-5-yl)-6-hydroxy-4,5,6,7,8,9-hexahydro-5,8-methanopyrazolo[1,5-a][1,3]diazocine-3-carboxamide 提交 2019-10-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 5–310（306 aa）	突变：C7S, S168C	Q9J (5S,6S,8R)-2-(1,3-benzothiazol-5-yl)-6-hydroxy-4,5,6,7,8,9-hexahydro-5,8-methanopyrazolo[1,5-a][1,3]diazocine-3-carboxamide × 1 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；295 K；85 mM Tris, pH 7.5, 200 mM calcium chloride, 10% PEG400, 5% glycerol, in 24 well Linbro trays at 22 degrees C. Crystals were frozen directly from the tray using paraffin oil as a cryoprotectant.	分辨率 2.68 Å R-free 0.220
7OBS Crystal structure of 14-3-3 sigma in complex with RIPK2 phosphopeptide 提交 2021-04-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 530–540（11 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CA CALCIUM ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277.15 K；0.095 M Hepes pH7.7, 23%PEG 400, 0.19 M CaCl2 and 5 % Glycerol	分辨率 1.80 Å R-free 0.189
7OBT Crystal structure of 14-3-3 sigma in complex with RIPK2 phosphopeptide and stabilizer Fusicoccin-A 提交 2021-04-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 530–540（11 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	FSC FUSICOCCIN × 2 MG MAGNESIUM ION × 4 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277.15 K；0.095 M Hepes pH7.7, 23%PEG 400, 0.19 M CaCl2 and 5 % Glycerol	分辨率 2.30 Å R-free 0.246
8AZA Structure of RIP2K dimer bound to the XIAP BIR2 domain 提交 2022-09-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–317（317 aa）链 B 1–317（317 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.15 Å
8X2O RIPK2 in complex with K252 提交 2023-11-10	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–316（316 aa）链 B 1–316（316 aa）	未记录	6IL ~{N}-[(1~{R})-4-[4-[(6-fluoranyl-1,3-benzothiazol-5-yl)amino]thieno[2,3-d]pyrimidin-6-yl]cyclohex-3-en-1-yl]cyclopropanecarboxamide × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；100mM Mes pH7,12% PEG 400, 250mM CaCl2	分辨率 2.26 Å R-free 0.254
9F3V RIP2K kinase domain dimer with bound compound 37 (N399), a speific NOD1 pathway inhibitor 提交 2024-04-26	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–316（316 aa）链 B 1–316（316 aa）	未记录	A1H90 N-[2,4-bis(chloranyl)-5-methoxy-phenyl]-7-[2-(diethylamino)ethoxy]-6-methoxy-quinazolin-4-amine × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；Compound 37, in powder form was solubilized in DMSO at 5 mM concentration. One aliquot of protein at 1.14 mg/ml was thawed and mixed with 50 microM inhibitor and kept on ice for 10 minutes. The complex was than concentrated to 3.8 mg/ml. solutions containing 3.8 mg/ml of protein-inhibitor complex equilibrated against 0.1 M citric acid and 0.8 M sodium formate at pH 5.	分辨率 1.94 Å R-free 0.256

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查看构建体与数据证据

UniProt名称	RIPK2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–311； UniProt 1–310 作者链 B； PDB构建体 2–311； UniProt 1–310

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6sze
沉积日期 deposition_date	2019-10-02
结构标题 title	RIP2 Kinase Catalytic Domain complex with 5-Amino-1-Phenylpyrazole-4-Carboxamide.
关键词 keywords	;Fragment Based Drug Design (FBDD), Receptor interacting protein 2 kinase, RIPK2, RIP2K, RIP2, Structure based drug design (SBDD), TRANSFERASE ;; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	26.21 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	25.04 Å
零角强度 I(0) i0	61495300.00
分子量 molecular_weight	63383.0 kDa
排除体积 excluded_volume	80242 Å³
包络体积 envelope_volume	96837 Å³
水化壳体积 shell_volume	32061 Å³
包络直径 envelope_diameter	94.4 Å
壳层 Rg shell_rg	32.64 Å
包络 Rg envelope_rg	25.22 Å
形状 Rg shape_rg	25.05 Å
总 Rg total_rg	25.85 Å
总原子数 total_atoms	4480
残基数 n_residues	550
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	90.3 Å
Rg (实空间) rg_real	26.19 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.72 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.1500e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	9.2840e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	26.19 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	61500000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8609
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	31.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.401
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.090
角度范围 angular_range	— – 0.3050 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	20800000.0000
实空间数据点数 n_real_points	62
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.749; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.990; Smooth: 0.954

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 2
分子量 formula_weight	35683.0 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.11.1
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	4646

GMNGEAICSALPTIPYHKLADLRYLSRGASGTVSSARHADWRVQVAVKHLHIHTPLLDSERKDVLREAEILHKARFSYILPILGICNEPEFLGIVTEYMPNGSLNELLHRKTEYPDVAWPLRFRILHEIALGVNYLHNMTPPLLHHDLKTQNILLDNEFHVKIADFGLSKWRMMSLSQSRSSKSAPEGGTIIYMPPENYEPGQKSRASIKHDIYSYAVITWEVLSRKQPFEDVTNPLQIMYSVSQGHRPVINEESLPYDIPHRARMISLIESGWAQNPDERPSFLKCLIELEPVLRTFEEITFLEAVIQLK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	5-Amino-1-Phenylpyrazole-4-Carboxamide
分子量 formula_weight	202.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	158

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d6szea_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.144 — Protein kinase-like (PK-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.144.1 — Protein kinase-like (PK-like)
家族 Family family	d.144.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d6szeb_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.144 — Protein kinase-like (PK-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.144.1 — Protein kinase-like (PK-like)
家族 Family family	d.144.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	6szeA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	510 — Transferase(Phosphotransferase); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Transferase(Phosphotransferase) domain 1

结构域编号 domain_id	6szeB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	510 — Transferase(Phosphotransferase); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Transferase(Phosphotransferase) domain 1

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	131.660 Å
晶胞边长 b length_b	131.660 Å
晶胞边长 c length_c	107.084 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 32 2 1
空间群编号 int_tables_number	154
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.940 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	0.1791
R_work r_work	0.1761
R_free r_free	0.2341

fit	/app/data/saxs_computation/sz/6sze/6sze.fit
pddf	/app/data/pr_computation/sz/6sze/6sze.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/sz/6sze/6sze.dat