SAXSdb — 6t7f

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

E3 ubiquitin-protein ligase MYCBP2

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D3 × 1 （P61077） Polyubiquitin-C × 1 （P0CG48） ZINC ION × 6 3,3-bis(sulfanyl)-~{N}-(1~{H}-1,2,3-triazol-4-ylmethyl)propanamide × 1 water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MYCB2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 6–261； UniProt 4423–4678

Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D3

Homo sapiens

UniProt P61077

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	E3 ubiquitin-protein ligase MYCBP2 × 1 （O75592） Polyubiquitin-C × 1 （P0CG48） ZINC ION × 6 3,3-bis(sulfanyl)-~{N}-(1~{H}-1,2,3-triazol-4-ylmethyl)propanamide × 1 water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	UB2D3_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 5–150； UniProt 2–147

Polyubiquitin-C

Homo sapiens

UniProt P0CG48

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	E3 ubiquitin-protein ligase MYCBP2 × 1 （O75592） Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D3 × 1 （P61077） ZINC ION × 6 3,3-bis(sulfanyl)-~{N}-(1~{H}-1,2,3-triazol-4-ylmethyl)propanamide × 1 water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	UBC_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–73； UniProt 1–73

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6t7f
沉积日期 deposition_date	2019-10-21
结构标题 title	RCR E3 ligase E2-Ubiquitin transthiolation intermediate
关键词 keywords	RING-Cys-Relay, RCR, Activity based probe, Ubiquitination, threonine E3 ligase., LIGASE; LIGASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6t7f__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6t7f__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6t7f__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	24.99 Å
Rg（电子密度）	23.88 Å
总 Rg	24.82 Å
原子数	3676
残基数	471
排除体积	65253 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6t7f__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	E3 ubiquitin-protein ligase MYCBP2
分子量 formula_weight	29410.9 kDa
EC 编号 ec_number	2.3.2.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3717

GPLGSDADDMCMICFTEALSAAPAIQLDCSHIFHLQCCRRVLENRWLGPRITFGFISCPICKNKINHIVLKDLLDPIKELYEDVRRKALMRLEYEGLHKSEAITTPGVRFYNDPAGYAMNRYAYYVCYKCRKAYFGGEARCDAEAGRGDDYDPRELICGACSDVSRAQMCPKHGTDFLEYKCRYCCSVAVFFCFGTTHFCNACHDDFQRMTSIPKEELPHCPAGPKGKQLEGTECPLHVVHPPTGEEFALGCGVCRNAHTF

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D3
分子量 formula_weight	16895.2 kDa
EC 编号 ec_number	2.3.2.23,2.3.2.24
突变 mutation	C21S, S22R, C107S, C111S
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

GPGSALKRINKELSDLARDPPAQSRAGPVGDDMFHWQATIMGPNDSPYQGGVFFLTIHFPTDYPFKPPKVAFTTRIYHPNINSNGSICLDILRSQWSPALTISKVLLSISSLLSDPNPDDPLVPEIARIYKTDRDKYNRISREWTQKYAM

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Polyubiquitin-C
分子量 formula_weight	8305.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MQIFVKTLTGKTITLEVEPSDTIENVKAKIQDKEGIPPDQQRLIFAGKQLEDGRTLSDYNIQKESTLHLVLRL

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	3,3-bis(sulfanyl)-~{N}-(1~{H}-1,2,3-triazol-4-ylmethyl)propanamide
分子量 formula_weight	218.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	41

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d6t7fb1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.20 — UBC-like
超家族 Superfamily superfamily	d.20.1 — UBC-like
家族 Family family	d.20.1.1 — UBC-related

结构域编号 domain_id	d6t7fb2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d6t7fc_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.15.1 — Ubiquitin-like
家族 Family family	d.15.1.1 — Ubiquitin-related

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	6t7fC01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1

▶

晶胞边长 a length_a	179.008 Å
晶胞边长 b length_b	179.008 Å
晶胞边长 c length_c	87.276 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	18

空间群 space_group	H 3 2
空间群编号 int_tables_number	155
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.580 Å
最低分辨率 resolution_low	48.690 Å
R 因子 r_factor	0.1983
R_work r_work	0.1951
R_free r_free	0.2561

RCR E3 ligase E2-Ubiquitin transthiolation intermediate

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

E3 ubiquitin-protein ligase MYCBP2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Polyubiquitin-C

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6t7f__assembly_1__model_1

6t7f__assembly_1__model_1 | I(q)

6t7f__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (1)

RCR E3 ligase E2-Ubiquitin transthiolation intermediate

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

E3 ubiquitin-protein ligase MYCBP2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Polyubiquitin-C

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6t7f__assembly_1__model_1

6t7f__assembly_1__model_1 | I(q)

6t7f__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (1)