6tcx

Papain bound to a natural cysteine protease inhibitor from Streptomyces mobaraensis

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 58.4 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Papain

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 AAA； UniProt 134–345	未记录	EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 N1W (2~{R})-2-[[(1~{S})-1-[(6~{S})-2-azanyl-1,4,5,6-tetrahydropyrimidin-6-yl]-2-[[(2~{S})-3-methyl-1-oxidanylidene-1-[[(2~{S})-1-oxidanyl-3-phenyl-propan-2-yl]amino]butan-2-yl]amino]-2-oxidanylidene-ethyl]carbamoylamino]-3-(4-hydroxyphenyl)propanoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；100 mM HEPES pH 7.5 and 80% 2-Methyl-2,4-pentanediol (MPD)	分辨率 1.65 Å R-free 0.221

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 6TCX	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1BP4 USE OF PAPAIN AS A MODEL FOR THE STRUCTURE-BASED DESIGN OF CATHEPSIN K INHIBITORS. CRYSTAL STRUCTURES OF TWO PAPAIN INHIBITOR COMPLEXES DEMONSTRATE BINDING TO S'-SUBSITES. 提交 1998-08-12	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 134–345（212 aa）片段：NON	未记录	ALD N-[(benzyloxy)carbonyl]-L-leucyl-N-[(2S)-1-hydroxy-4-methylpentan-2-yl]-L-leucinamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；pH 8.5	分辨率 2.20 Å R-free 0.240
1BQI USE OF PAPAIN AS A MODEL FOR THE STRUCTURE-BASED DESIGN OF CATHEPSIN K INHIBITORS. CRYSTAL STRUCTURES OF TWO PAPAIN INHIBITOR COMPLEXES DEMONSTRATE BINDING TO S'-SUBSITES. 提交 1998-08-16	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 134–345（212 aa）	未记录	SBA CARBOBENZYLOXY-(L)-LEUCINYL-(L)LEUCINYL METHOXYMETHYLKETONE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；pH 8.5	分辨率 2.50 Å R-free 0.306
1CVZ CRYSTAL STRUCTURE ANALYSIS OF PAPAIN WITH CLIK148(CATHEPSIN L SPECIFIC INHIBITOR) 提交 1999-08-24	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 134–345（212 aa）片段：RESIDUES 134-345	未记录	C48 N1-(1-DIMETHYLCARBAMOYL-2-PHENYL-ETHYL)-2-OXO-N4-(2-PYRIDIN-2-YL-ETHYL)-SUCCINAMIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.9；277 K；sodium chloride, methanol, pH 8.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.0K	分辨率 1.70 Å R-free 0.214
1KHP Monoclinic form of papain/ZLFG-DAM covalent complex 提交 2001-11-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 134–345（212 aa）片段：Papain, Residues 134-345	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9.2；292 K；68% methanol/ethanol (2:1), 34 mM NaCl, 50 mM 2-aminoethanol/HCl, pH 9.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K	分辨率 2.00 Å R-free 0.229
1KHQ ORTHORHOMBIC FORM OF PAPAIN/ZLFG-DAM COVALENT COMPLEX 提交 2001-11-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 134–345（212 aa）片段：Papain, Residues 134-345	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9.2；292 K；72% methanol/ethanol (2:1), 34 mM NaCl, 50 mM 2-aminoethanol/HCl, pH 9.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K	分辨率 1.60 Å R-free 0.169
1PAD Binding of chloromethyl ketone substrate analogues to crystalline papain 提交 1976-11-01	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 134–345（212 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.80 Å
1PE6 REFINED X-RAY STRUCTURE OF PAPAIN(DOT)E-64-C COMPLEX AT 2.1-ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1991-05-14	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 134–345（212 aa）	未记录	E6C N-[1-HYDROXYCARBOXYETHYL-CARBONYL]LEUCYLAMINO-2-METHYL-BUTANE × 1 MOH METHANOL × 14	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.10 Å
1PIP CRYSTAL STRUCTURE OF PAPAIN-SUCCINYL-GLN-VAL-VAL-ALA-ALA-P-NITROANILIDE COMPLEX AT 1.7 ANGSTROMS RESOLUTION: NONCOVALENT BINDING MODE OF A COMMON SEQUENCE OF ENDOGENOUS THIOL PROTEASE INHIBITORS 提交 1992-10-03	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 134–345（212 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.70 Å
1POP X-RAY CRYSTALLOGRAPHIC STRUCTURE OF A PAPAIN-LEUPEPTIN COMPLEX 提交 1993-06-24	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 134–345（212 aa）	未记录	MOH METHANOL × 24	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.10 Å
1PPD RESTRAINED LEAST-SQUARES REFINEMENT OF THE SULFHYDRYL PROTEASE PAPAIN TO 2.0 ANGSTROMS 提交 1984-11-06	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 134–345（212 aa）	未记录	BME BETA-MERCAPTOETHANOL × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.00 Å
1PPN STRUCTURE OF MONOCLINIC PAPAIN AT 1.60 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1991-10-25	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 134–345（212 aa）	未记录	UNL UNKNOWN LIGAND × 1 MOH METHANOL × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.60 Å
1PPP CRYSTAL STRUCTURE OF PAPAIN-E64-C COMPLEX. BINDING DIVERSITY OF E64-C TO PAPAIN S2 AND S3 SUBSITES 提交 1993-03-17	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 134–345（212 aa）	未记录	E6C N-[1-HYDROXYCARBOXYETHYL-CARBONYL]LEUCYLAMINO-2-METHYL-BUTANE × 1 MOH METHANOL × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.90 Å
1STF THE REFINED 2.4 ANGSTROMS X-RAY CRYSTAL STRUCTURE OF RECOMBINANT HUMAN STEFIN B IN COMPLEX WITH THE CYSTEINE PROTEINASE PAPAIN: A NOVEL TYPE OF PROTEINASE INHIBITOR INTERACTION 提交 1993-04-21	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 134–345（212 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.37 Å
2CIO The high resolution x-ray structure of papain complexed with fragments of the Trypanosoma brucei cysteine protease inhibitor ICP. 提交 2006-03-24	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 134–345（212 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	GOL GLYCEROL × 2 ACT ACETATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；50% ETHANOL, 0.01M NA ACETATE, pH 7.50	分辨率 1.50 Å R-free 0.225
2PAD BINDING OF CHLOROMETHYL KETONE SUBSTRATE ANALOGUES TO CRYSTALLINE PAPAIN 提交 1976-11-01	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 134–345（212 aa）	未记录	CYS CYSTEINE × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.80 Å
3E1Z Crystal structure of the parasite protesase inhibitor chagasin in complex with papain 提交 2008-08-05	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 134–345（212 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 FMT FORMIC ACID × 10 ACY ACETIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；2.0M ammonium formate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 1.86 Å R-free 0.208
3IMA Complex structure of tarocystatin and papain 提交 2009-08-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 134–345（212 aa）片段：Papain domain	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ACT ACETATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；298 K；30% PEG MME 2000, 0.1M Sodium Acetate trihydrate pH 4.6, 0.2M Ammonium Sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.03 Å R-free 0.233
3IMA Complex structure of tarocystatin and papain 提交 2009-08-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 134–345（212 aa）片段：Papain domain	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ACT ACETATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；298 K；30% PEG MME 2000, 0.1M Sodium Acetate trihydrate pH 4.6, 0.2M Ammonium Sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.03 Å R-free 0.233
3LFY CTD of Tarocystatin in complex with papain 提交 2010-01-19	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 134–345（212 aa）片段：Papain DOMAIN	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SER SERINE × 1 ASN ASPARAGINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；0.1M Hepes pH 7.5, 70% v/v MPD, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.60 Å R-free 0.267
3LFY CTD of Tarocystatin in complex with papain 提交 2010-01-19	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 134–345（212 aa）片段：Papain DOMAIN	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SER SERINE × 1 ASN ASPARAGINE × 1 GLY GLYCINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；0.1M Hepes pH 7.5, 70% v/v MPD, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.60 Å R-free 0.267
3TNX Structure of the precursor of a thermostable variant of papain at 2.6 Angstroem resolution 提交 2011-09-02	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 27–345（319 aa）片段：UNP residues 27-345	突变：C132A, V139S, G143S, K281R	CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；8.0% PEG 3350, 0.1M Na-acetate pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.62 Å R-free 0.236
3TNX Structure of the precursor of a thermostable variant of papain at 2.6 Angstroem resolution 提交 2011-09-02	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 27–345（319 aa）片段：UNP residues 27-345	突变：C132A, V139S, G143S, K281R	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；8.0% PEG 3350, 0.1M Na-acetate pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.62 Å R-free 0.236
3USV Structure of the precursor of a thermostable variant of papain at 3.8 A resolution from a crystal soaked at pH 4 提交 2011-11-24	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 27–345（319 aa）片段：UNP residues 27-345	突变：C132A, V139S, G143S, K281R	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；CS37 of Hampton Research, soaked overnight in NaOAc buffer pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 3.80 Å R-free 0.408
3USV Structure of the precursor of a thermostable variant of papain at 3.8 A resolution from a crystal soaked at pH 4 提交 2011-11-24	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 27–345（319 aa）片段：UNP residues 27-345	突变：C132A, V139S, G143S, K281R	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；CS37 of Hampton Research, soaked overnight in NaOAc buffer pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 3.80 Å R-free 0.408
4PAD Binding of chloromethyl ketone substrate analogues to crystalline papain 提交 1976-11-01	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 134–345（212 aa）	未记录	TCK N-[(1S)-5-amino-1-(chloroacetyl)pentyl]-4-methylbenzenesulfonamide × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.80 Å
4QRG Crystal structure of I86L mutant of papain 提交 2014-07-01	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 27–345（319 aa）片段：UNP RESIDUES 27-345	突变：I86L, C132A, V139S, G143S, K281R	NA SODIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 hanging drop；pH 7.5；298 K；8% PEG 4000, pH 7.5, hanging drop, temperature 298K	分辨率 2.50 Å R-free 0.223
4QRG Crystal structure of I86L mutant of papain 提交 2014-07-01	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 27–345（319 aa）片段：UNP RESIDUES 27-345	突变：I86L, C132A, V139S, G143S, K281R	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 hanging drop；pH 7.5；298 K；8% PEG 4000, pH 7.5, hanging drop, temperature 298K	分辨率 2.50 Å R-free 0.223
4QRV Crystal structure of I86F mutant of papain 提交 2014-07-02	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 27–345（319 aa）片段：UNP RESIDUES 27-345	突变：I86F, C132A, V139S, G143S, K281R	CL CHLORIDE ION × 1 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 hanging drop；pH 7.5；298 K；8% PEG 4000, pH 7.5, hanging drop, temperature 298K	分辨率 1.98 Å R-free 0.249
4QRV Crystal structure of I86F mutant of papain 提交 2014-07-02	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 27–345（319 aa）片段：UNP RESIDUES 27-345	突变：I86F, C132A, V139S, G143S, K281R	CL CHLORIDE ION × 1 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 hanging drop；pH 7.5；298 K；8% PEG 4000, pH 7.5, hanging drop, temperature 298K	分辨率 1.98 Å R-free 0.249
4QRX Crystal structure of pro-papain mutant at pH 4.0 提交 2014-07-02	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 27–345（319 aa）片段：UNP RESIDUES 27-345	突变：C132A, V139S, G143S, K281R	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 hanging drop；pH 7.5；298 K；8% PEG 4000, pH 7.5, hanging drop, temperature 298K	分辨率 3.14 Å R-free 0.254
4QRX Crystal structure of pro-papain mutant at pH 4.0 提交 2014-07-02	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 27–345（319 aa）片段：UNP RESIDUES 27-345	突变：C132A, V139S, G143S, K281R	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 hanging drop；pH 7.5；298 K；8% PEG 4000, pH 7.5, hanging drop, temperature 298K	分辨率 3.14 Å R-free 0.254
5PAD BINDING OF CHLOROMETHYL KETONE SUBSTRATE ANALOGUES TO CRYSTALLINE PAPAIN 提交 1976-11-01	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 134–345（212 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.80 Å
6H8T Crystal structure of Papain modify by achiral Ru(II)complex 提交 2018-08-03	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 134–345（212 aa）	未记录	ACT ACETATE ION × 3 CL CHLORIDE ION × 1 YXZ chloro[N,N-di(pyridin-2-yl-kappaN)pentane-1,5-diamine]ruthenium × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 4.7；277 K；35% PEG400, 50mM sodium acetate, 100mM lithium sulfate	分辨率 2.10 Å R-free 0.249
6H8T Crystal structure of Papain modify by achiral Ru(II)complex 提交 2018-08-03	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 J 134–345（212 aa）	未记录	ACT ACETATE ION × 6 YXX chloro(1-{5-[di(pyridin-2-yl-kappaN)amino]pentyl}pyrrolidine-2,5-dione)ruthenium × 1 SO4 SULFATE ION × 1 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 4.7；277 K；35% PEG400, 50mM sodium acetate, 100mM lithium sulfate	分辨率 2.10 Å R-free 0.249
6PAD Binding of chloromethyl ketone substrate analogues to crystalline papain 提交 1976-11-01	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 134–345（212 aa）	未记录	0PC Nalpha-[(benzyloxy)carbonyl]-N-[(1S)-3-chloro-1-methyl-2-oxopropyl]-L-phenylalaninamide × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.80 Å
9CKT X-ray diffraction structure of papain co-crystallized with E-64 提交 2024-07-09	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 134–345（212 aa）	未记录	MOH METHANOL × 1 E64 N-[N-[1-HYDROXYCARBOXYETHYL-CARBONYL]LEUCYLAMINO-BUTYL]-GUANIDINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；66% methanol (in sitting drop); 59% methanol, 889 mM NaCl (in reservoir).	分辨率 1.50 Å R-free 0.219
9CKW X-ray diffraction structure of papain co-crystallized with E-64D 提交 2024-07-10	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 134–345（212 aa）	未记录	MOH METHANOL × 1 E6D ethyl (3S)-3-hydroxy-4-({(2S)-4-methyl-1-[(3-methylbutyl)amino]-1-oxopentan-2-yl}amino)-4-oxobutanoate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；66% methanol (in sitting drop); 59% methanol, 889 mM NaCl (in reservoir).	分辨率 1.40 Å R-free 0.175
9CKY X-ray diffraction structure of papain co-crystallized with novel biosynthetic inhibitor amine-65 提交 2024-07-10	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 134–345（212 aa）	未记录	MOH METHANOL × 1 A1AXI (3S)-4-({(1S)-2-[(8-aminooctyl)amino]-1-cyclobutyl-2-oxoethyl}amino)-3-hydroxy-4-oxobutanoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；66% methanol (in sitting drop); 59% methanol, 889 mM NaCl (in reservoir).	分辨率 1.40 Å R-free 0.199
9CLH X-ray diffraction structure of the apo form of papain 提交 2024-07-11	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 134–345（212 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	MOH METHANOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；66% methanol (in sitting drop); 59% methanol, 889 mM NaCl (in reservoir).	分辨率 1.60 Å R-free 0.191
9EG7 X-ray diffraction structure of papain co-crystallized with E64-C 提交 2024-11-20	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 134–345（212 aa）	未记录	E6C N-[1-HYDROXYCARBOXYETHYL-CARBONYL]LEUCYLAMINO-2-METHYL-BUTANE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；66% methanol (sitting well); 66% methanol, sodium chloride	分辨率 1.50 Å R-free 0.165
9N9D MicroED structure of papain co-crystallized with E-64C 提交 2025-02-10	配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 134–345（212 aa）	未记录	E6C N-[1-HYDROXYCARBOXYETHYL-CARBONYL]LEUCYLAMINO-2-METHYL-BUTANE × 1	ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.20 Å R-free 0.236
9NAE MicroED structure of papain co-crystallized with E-64 提交 2025-02-11	配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 134–345（212 aa）	未记录	E64 N-[N-[1-HYDROXYCARBOXYETHYL-CARBONYL]LEUCYLAMINO-BUTYL]-GUANIDINE × 1	ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.30 Å R-free 0.257
9NAG MicroED structure of the apo-form of papain 提交 2025-02-12	配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 134–345（212 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.50 Å R-free 0.248
9NAO MicroED structure of papain complexed with natural product E64-A65 提交 2025-02-12	配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 134–345（212 aa）	未记录	A1AXI (3S)-4-({(1S)-2-[(8-aminooctyl)amino]-1-cyclobutyl-2-oxoethyl}amino)-3-hydroxy-4-oxobutanoic acid × 1	ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.50 Å R-free 0.265
9NAR MicroED structure of papain microcrystals soaked with E-64 for 10 minutes 提交 2025-02-12	配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 134–345（212 aa）	未记录	E64 N-[N-[1-HYDROXYCARBOXYETHYL-CARBONYL]LEUCYLAMINO-BUTYL]-GUANIDINE × 1	ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.50 Å R-free 0.206
9NAT X-ray diffraction structure of papain co-crystallized with leupeptin 提交 2025-02-12	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 134–345（212 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；59% methanol, 889 mM NaCl in reservoir, 66% methanol in sitting well	分辨率 1.60 Å R-free 0.198
9NAX MicroED structure of the papain-E-64 complex from microcrystals soaked with crude biosynthetic reaction mixture 提交 2025-02-13	配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 134–345（212 aa）	未记录	E64 N-[N-[1-HYDROXYCARBOXYETHYL-CARBONYL]LEUCYLAMINO-BUTYL]-GUANIDINE × 1	ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.30 Å R-free 0.247
9NAY MicroED structure of papain complexed with natural product E-64-A65 from microcrystals soaked in crude biosynthetic reaction mixture 提交 2025-02-13	配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 134–345（212 aa）	未记录	A1AXI (3S)-4-({(1S)-2-[(8-aminooctyl)amino]-1-cyclobutyl-2-oxoethyl}amino)-3-hydroxy-4-oxobutanoic acid × 1	ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.50 Å R-free 0.228
9NB2 X-ray diffraction structure of papain soaked with E-64 提交 2025-02-13	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 134–345（212 aa）	未记录	E64 N-[N-[1-HYDROXYCARBOXYETHYL-CARBONYL]LEUCYLAMINO-BUTYL]-GUANIDINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；889 mM NaCl and 59% methanol in reservoir. 66% methanol in sitting drop.	分辨率 1.50 Å R-free 0.212
9NB4 Serial synchrotron X-ray diffraction structure of papain microcrystals soaked with natural product E-64-A65 提交 2025-02-13	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 134–345（212 aa）	未记录	A1AXI (3S)-4-({(1S)-2-[(8-aminooctyl)amino]-1-cyclobutyl-2-oxoethyl}amino)-3-hydroxy-4-oxobutanoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；889 mM NaCl, 59% methanol in reservoir. 66% methanol in sitting drop.	分辨率 1.80 Å R-free 0.210
9NB7 Serial synchrotron X-ray diffraction structure of papain microcrystals soaked with natural product E405 提交 2025-02-13	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 134–345（212 aa）	未记录	A1BWT (3R)-4-({(2S)-1-[(5-acetamidopentyl)amino]-1-oxo-3-phenylpropan-2-yl}amino)-3-hydroxy-4-oxobutanoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；889 mM NaCl, 58% methanol in reservoir. 66% methanol in sitting drop	分辨率 1.80 Å R-free 0.215
9NBF Serial synchrotron X-ray diffraction structure of papain microcrystals soaked with E-64 提交 2025-02-13	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 134–345（212 aa）	未记录	E64 N-[N-[1-HYDROXYCARBOXYETHYL-CARBONYL]LEUCYLAMINO-BUTYL]-GUANIDINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；889 mM NaCl, 58% methanol in reservoir. 66% methanol in sitting drop.	分辨率 1.80 Å R-free 0.239
9NBJ Serial synchrotron X-ray diffraction structure of papain microcrystals soaked with E-64C 提交 2025-02-13	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 134–345（212 aa）	未记录	E6C N-[1-HYDROXYCARBOXYETHYL-CARBONYL]LEUCYLAMINO-2-METHYL-BUTANE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；889 mM NaCl, 58% methanol in reservoir. 66% methanol in sitting drop.	分辨率 1.80 Å R-free 0.210
9NBK Serial synchrotron X-ray diffraction structure of papain microcrystals soaked with E-64D 提交 2025-02-13	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 134–345（212 aa）	未记录	E6D ethyl (3S)-3-hydroxy-4-({(2S)-4-methyl-1-[(3-methylbutyl)amino]-1-oxopentan-2-yl}amino)-4-oxobutanoate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；889 mM NaCl, 58% methanol in reservoir. 66% methanol in sitting drop.	分辨率 1.80 Å R-free 0.198
9NBN Serial synchrotron X-ray diffraction structure of papain microcrystals soaked with a mixture of E-64, E-64C, and E-64D 提交 2025-02-14	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 134–345（212 aa）	未记录	A1BWS (3S)-4-{[(2S)-1-amino-4-methyl-1-oxopentan-2-yl]amino}-3-hydroxy-4-oxobutanoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；889 mM NaCl, 58% methanol in reservoir. 66% methanol in sitting drop.	分辨率 1.80 Å R-free 0.238
9NBP MicroED structure of the papain-E-64 complex from microcrystals mixed on-grid with microarrayed ligand 提交 2025-02-14	配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 134–345（212 aa）	未记录	E64 N-[N-[1-HYDROXYCARBOXYETHYL-CARBONYL]LEUCYLAMINO-BUTYL]-GUANIDINE × 1	ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.80 Å R-free 0.246
9NBQ MicroED structure of papain co-crystallized with E-64D 提交 2025-02-14	配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 134–345（212 aa）	未记录	E6D ethyl (3S)-3-hydroxy-4-({(2S)-4-methyl-1-[(3-methylbutyl)amino]-1-oxopentan-2-yl}amino)-4-oxobutanoate × 1	ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.30 Å R-free 0.247
9NC1 MicroED structure of papain-E-64 complex from microcrystals soaked with protease inhibitor cocktail 提交 2025-02-14	配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 134–345（212 aa）	未记录	E64 N-[N-[1-HYDROXYCARBOXYETHYL-CARBONYL]LEUCYLAMINO-BUTYL]-GUANIDINE × 1	ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.40 Å R-free 0.261
9NCA MicroED structure of microcrystals soaked with a mixture of E-64, E-64C, and E-64D 提交 2025-02-15	配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 134–345（212 aa）	未记录	E64 N-[N-[1-HYDROXYCARBOXYETHYL-CARBONYL]LEUCYLAMINO-BUTYL]-GUANIDINE × 1 E6C N-[1-HYDROXYCARBOXYETHYL-CARBONYL]LEUCYLAMINO-2-METHYL-BUTANE × 1	ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.50 Å R-free 0.276
9NCC Serial synchrotron X-ray diffraction structure of the apo form of papain 提交 2025-02-15	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 134–345（212 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；889 mM sodium chloride, 59% methanol in reservoir, 66% methanol in sitting drop	分辨率 1.80 Å R-free 0.233
9PAP STRUCTURE OF PAPAIN REFINED AT 1.65 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1986-03-31	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 134–345（212 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	MOH METHANOL × 29	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.65 Å

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查看构建体与数据证据

UniProt名称	PAPA1_CARPA
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 AAA； PDB构建体 1–212； UniProt 134–345

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6tcx
沉积日期 deposition_date	2019-11-06
结构标题 title	Papain bound to a natural cysteine protease inhibitor from Streptomyces mobaraensis
关键词 keywords	Peptide Inhibitor, Cysteine Protease, Papain, Structural Genomics Consortium, SGC, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	17.31 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	16.13 Å
零角强度 I(0) i0	10641600.00
分子量 molecular_weight	24003.0 kDa
排除体积 excluded_volume	29884 Å³
包络体积 envelope_volume	32841 Å³
水化壳体积 shell_volume	16747 Å³
包络直径 envelope_diameter	57.0 Å
壳层 Rg shell_rg	22.52 Å
包络 Rg envelope_rg	16.45 Å
形状 Rg shape_rg	16.12 Å
总 Rg total_rg	17.16 Å
总原子数 total_atoms	1695
残基数 n_residues	212
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	58.4 Å
Rg (实空间) rg_real	17.19 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.32 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.0640e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.1900e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	17.21 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	10640000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7917
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	22.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.156
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.377
角度范围 angular_range	— – 0.4600 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	3437000.0000
实空间数据点数 n_real_points	77
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.763; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.000

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Papain
分子量 formula_weight	23452.3 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.22.2
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	AAA
原子数 atom_count	1810

IPEYVDWRQKGAVTPVKNQGSCGSCWAFSAVVTIEGIIKIRTGNLNEYSEQELLDCDRRSYGCNGGYPWSALQLVAQYGIHYRNTYPYEGVQRYCRSREKGPYAAKTDGVRQVQPYNEGALLYSIANQPVSVVLEAAGKDFQLYRGGIFVGPCGNKVDHAVAAVGYGPNYILIKNSWGTGWGENGYIRIKRGTGNSYGVCGLYTSSFYPVKN

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID
分子量 formula_weight	238.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	;(2~{R})-2-[[(1~{S})-1-[(6~{S})-2-azanyl-1,4,5,6-tetrahydropyrimidin-6-yl]-2-[[(2~{S})-3-methyl-1-oxidanylidene-1-[[(2~{S})-1-oxidanyl-3-phenyl-propan-2-yl]amino]butan-2-yl]amino]-2-oxidanylidene-ethyl]carbamoylamino]-3-(4-hydroxyphenyl)propanoic acid ;
分子量 formula_weight	611.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	107

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	42.644 Å
晶胞边长 b length_b	48.921 Å
晶胞边长 c length_c	101.547 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.650 Å
最低分辨率 resolution_low	44.112 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1964
R_free r_free	0.2214

fit	/app/data/saxs_computation/tc/6tcx/6tcx.fit
pddf	/app/data/pr_computation/tc/6tcx/6tcx.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/tc/6tcx/6tcx.dat