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6thd

Multiple Genomic RNA-Coat Protein Contacts Play Vital Roles in the Assembly of Infectious Enterovirus-E

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 92.5 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Genome polyprotein

物种未注明

UniProt P12915

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 240 PDB 声明：240-meric（240） 与蛋白拷贝数一致 链 1； UniProt 560–840 链 2； UniProt 70–317 链 3； UniProt 318–559 链 4； UniProt 18–69 未记录 MYR MYRISTIC ACID × 120 SO4 SULFATE ION × 120 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.4；PBS cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.23 Å
2 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白拷贝数一致 链 1； UniProt 560–840 链 2； UniProt 70–317 链 3； UniProt 318–559 链 4； UniProt 18–69 未记录 MYR MYRISTIC ACID × 2 SO4 SULFATE ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.4；PBS cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.23 Å
3 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 20 PDB 声明：eicosameric（20） 与蛋白拷贝数一致 链 1； UniProt 560–840 链 2； UniProt 70–317 链 3； UniProt 318–559 链 4； UniProt 18–69 未记录 MYR MYRISTIC ACID × 10 SO4 SULFATE ION × 10 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.4；PBS cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.23 Å
4 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric（24） 与蛋白拷贝数一致 链 1； UniProt 560–840 链 2； UniProt 70–317 链 3； UniProt 318–559 链 4； UniProt 18–69 未记录 MYR MYRISTIC ACID × 12 SO4 SULFATE ION × 12 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.4；PBS cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.23 Å
5 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白拷贝数一致 链 1； UniProt 560–840 链 2； UniProt 70–317 链 3； UniProt 318–559 链 4； UniProt 18–69 未记录 MYR MYRISTIC ACID × 2 SO4 SULFATE ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.4；PBS cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.23 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 6THD Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1BEV BOVINE ENTEROVIRUS VG-5-27 提交 1996-04-03 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 240 PDB 声明：240-MERIC
链 1 559–839（281 aa）
链 2 69–316（248 aa）
链 3 317–558（242 aa）
链 4 1–68（68 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 120 MYR MYRISTIC ACID × 60 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.00 Å
1BEV BOVINE ENTEROVIRUS VG-5-27 提交 1996-04-03 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 1 559–839（281 aa）
链 2 69–316（248 aa）
链 3 317–558（242 aa）
链 4 1–68（68 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 2 MYR MYRISTIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.00 Å
1BEV BOVINE ENTEROVIRUS VG-5-27 提交 1996-04-03 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 20 PDB 声明：eicosameric
链 1 559–839（281 aa）
链 2 69–316（248 aa）
链 3 317–558（242 aa）
链 4 1–68（68 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 10 MYR MYRISTIC ACID × 5 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.00 Å
1BEV BOVINE ENTEROVIRUS VG-5-27 提交 1996-04-03 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric
链 1 559–839（281 aa）
链 2 69–316（248 aa）
链 3 317–558（242 aa）
链 4 1–68（68 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 12 MYR MYRISTIC ACID × 6 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.00 Å
1BEV BOVINE ENTEROVIRUS VG-5-27 提交 1996-04-03 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 5 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 1 559–839（281 aa）
链 2 69–316（248 aa）
链 3 317–558（242 aa）
链 4 1–68（68 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 2 MYR MYRISTIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.00 Å
1BEV BOVINE ENTEROVIRUS VG-5-27 提交 1996-04-03 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 6 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 240 PDB 声明：240-meric
链 1 559–839（281 aa）
链 2 69–316（248 aa）
链 3 317–558（242 aa）
链 4 1–68（68 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 120 MYR MYRISTIC ACID × 60 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.00 Å
6THN Multiple Genomic RNA-Coat Protein Contacts Play Vital Roles in the Assembly of Infectious Enterovirus-E symmetry expansion+2fold focused classification 提交 2019-11-20 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 同源多聚体；蛋白 × 240 PDB 声明：300-meric
链 1 560–840（281 aa）
链 2 70–317（248 aa）
链 3 318–559（242 aa）
链 4 18–69（52 aa）
未记录 MYR MYRISTIC ACID × 120 SO4 SULFATE ION × 120 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4；PBS
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.60 Å
6THN Multiple Genomic RNA-Coat Protein Contacts Play Vital Roles in the Assembly of Infectious Enterovirus-E symmetry expansion+2fold focused classification 提交 2019-11-20 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–RNA 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：pentameric
链 1 560–840（281 aa）
链 2 70–317（248 aa）
链 3 318–559（242 aa）
链 4 18–69（52 aa）
未记录 MYR MYRISTIC ACID × 2 SO4 SULFATE ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4；PBS
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.60 Å
6THN Multiple Genomic RNA-Coat Protein Contacts Play Vital Roles in the Assembly of Infectious Enterovirus-E symmetry expansion+2fold focused classification 提交 2019-11-20 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白–RNA 同源多聚体；蛋白 × 20 PDB 声明：25-meric
链 1 560–840（281 aa）
链 2 70–317（248 aa）
链 3 318–559（242 aa）
链 4 18–69（52 aa）
未记录 MYR MYRISTIC ACID × 10 SO4 SULFATE ION × 10 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4；PBS
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.60 Å
6THN Multiple Genomic RNA-Coat Protein Contacts Play Vital Roles in the Assembly of Infectious Enterovirus-E symmetry expansion+2fold focused classification 提交 2019-11-20 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白–RNA 同源多聚体；蛋白 × 24 PDB 声明：30-meric
链 1 560–840（281 aa）
链 2 70–317（248 aa）
链 3 318–559（242 aa）
链 4 18–69（52 aa）
未记录 MYR MYRISTIC ACID × 12 SO4 SULFATE ION × 12 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4；PBS
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.60 Å
6THN Multiple Genomic RNA-Coat Protein Contacts Play Vital Roles in the Assembly of Infectious Enterovirus-E symmetry expansion+2fold focused classification 提交 2019-11-20 聚集状态不同 结构质量不同 Assembly 5 蛋白–RNA 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：pentameric
链 1 560–840（281 aa）
链 2 70–317（248 aa）
链 3 318–559（242 aa）
链 4 18–69（52 aa）
未记录 MYR MYRISTIC ACID × 2 SO4 SULFATE ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4；PBS
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.60 Å

共 2 个其他 PDB 条目、11 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 POLG_BOVEV
Isoform —
PDB实体 1, 2, 3, 4
链与序列区间 作者链 1； PDB构建体 1–281； UniProt 560–840 作者链 2； PDB构建体 1–248； UniProt 70–317 作者链 3； PDB构建体 1–242； UniProt 318–559 作者链 4； PDB构建体 1–52； UniProt 18–69

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6thd

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6thd
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6thd
沉积日期 deposition_date2019-11-19
结构标题 titleMultiple Genomic RNA-Coat Protein Contacts Play Vital Roles in the Assembly of Infectious Enterovirus-E
关键词 keywordsBEV1, enterovirus, picornavirus, RNA, VIRUS; VIRUS
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier29.12 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron28.11 Å
零角强度 I(0) i0131041000.00
分子量 molecular_weight90331.0 kDa
排除体积 excluded_volume112790 ų
包络体积 envelope_volume138060 ų
水化壳体积 shell_volume39720 ų
包络直径 envelope_diameter100.8 Å
壳层 Rg shell_rg36.44 Å
包络 Rg envelope_rg28.71 Å
形状 Rg shape_rg28.08 Å
总 Rg total_rg28.97 Å
总原子数 total_atoms6364
残基数 n_residues812
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax92.5 Å
Rg (实空间) rg_real29.04 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.60 Å
I(0) (实空间) i0_real1.3100e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.8520e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal29.07 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal131000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8977
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary34.3 Å
偏度 Skewness skewness0.281
峰度 Kurtosis kurtosis-0.367
角度范围 angular_range— – 0.2700 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha22420000.0000
实空间数据点数 n_real_points55
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.904; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.995; Smooth: 0.957
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd6thd1_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamilyb.121.4 — Positive stranded ssRNA viruses
家族 Family familyb.121.4.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd6thd3_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamilyb.121.4 — Positive stranded ssRNA viruses
家族 Family familyb.121.4.1 — Picornaviridae-like VP (VP1, VP2, VP3 and VP4)
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)