6tlq

ROR(gamma)t ligand binding domain in complex with cholesterol and allosteric ligand Glenmark

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 64.5 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Nuclear receptor ROR-gamma

Homo sapiens

UniProt P51449

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 265–507 未记录 CLR CHOLESTEROL × 1 MJE 4-[1-[2,6-bis(chloranyl)phenyl]carbonyl-5-methyl-thieno[3,2-c]pyrazol-3-yl]benzoic acid × 1 GOL GLYCEROL × 3 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 8.5;293 K;1.6M AmSO4 + 0.1M Tris 分辨率 1.76 Å R-free 0.212

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 161 个其他 PDB 条目、267 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RORG_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 21–263; UniProt 265–507

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6tlq

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6tlq
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6tlq
沉积日期 deposition_date2019-12-03
结构标题 titleROR(gamma)t ligand binding domain in complex with cholesterol and allosteric ligand Glenmark
关键词 keywordsNuclear Receptor, Allosteric, Inverse Agonist, Inhibitor, GENE REGULATION; GENE REGULATION
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier19.69
回转半径 Rg (电子) rg_electron18.32
零角强度 I(0) i014263800.00
分子量 molecular_weight28861.0 kDa
排除体积 excluded_volume36344 ų
包络体积 envelope_volume41526 ų
水化壳体积 shell_volume18955 ų
包络直径 envelope_diameter67.3
壳层 Rg shell_rg24.52
包络 Rg envelope_rg18.60
形状 Rg shape_rg18.32
总 Rg total_rg19.22
总原子数 total_atoms2028
残基数 n_residues240
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax64.5
Rg (实空间) rg_real19.59
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.42
I(0) (实空间) i0_real1.4260e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.6790e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal19.61
I(0) (倒空间) i0_reciprocal14260000.0000
解质量估计 total_estimate0.8029
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks3
主峰位置 r_peak_primary24.5
偏度 Skewness skewness0.239
峰度 Kurtosis kurtosis-0.285
角度范围 angular_range— – 0.4050 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha2749000.0000
实空间数据点数 n_real_points72
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.812; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd6tlqa_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.123 — Nuclear receptor ligand-binding domain
超家族 Superfamily superfamilya.123.1 — Nuclear receptor ligand-binding domain
家族 Family familya.123.1.0 — automated matches

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)