SAXSdb — 6tpu

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Receptor-type tyrosine-protein phosphatase F

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 513–706	未记录	CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；pH 7；277 K；1.8 M Ammonium citrate tribasic pH 7.0	分辨率 1.55 Å R-free 0.193
2	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 513–706	未记录	CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；pH 7；277 K；1.8 M Ammonium citrate tribasic pH 7.0	分辨率 1.55 Å R-free 0.193

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 6TPU	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1LAR CRYSTAL STRUCTURE OF THE TANDEM PHOSPHATASE DOMAINS OF RPTP LAR 提交 1999-04-20	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1323–1897（575 aa）片段：PHOSPHATASE	突变：P1307M	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；pH 8.0	分辨率 2.00 Å R-free 0.274
1LAR CRYSTAL STRUCTURE OF THE TANDEM PHOSPHATASE DOMAINS OF RPTP LAR 提交 1999-04-20	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1323–1897（575 aa）片段：PHOSPHATASE	突变：P1307M	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；pH 8.0	分辨率 2.00 Å R-free 0.274
2DJU Solution structures of the fn3 domain of human receptor-type tyrosine-protein phosphatase F 提交 2006-04-05	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 309–401（93 aa）片段：Fibronectin type III domain	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）120mM；压力 ambient NMR样品组成 1mM fn3 domain U-15N, 13C; 20mM d-Tris HCl; 100mM NaCl; 1mM d-DTT; 0.02% NaN3; 90% H2O, 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2DN7 Solution structures of the 6th fn3 domain of human receptor-type tyrosine-protein phosphatase F 提交 2006-04-25	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 811–904（94 aa）片段：Fibronectin type III domain	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；296 K；离子强度（mmCIF原始值）120mM；压力 ambient NMR样品组成 1mM fn3 domain U-15N,13C; 20mM d-Tris HCl; 100mM NaCl; 1mM d-DTT; 0.02% NaN3; 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2EDY Solution structures of the fn3 domain of human receptor-type tyrosine-protein phosphatase F 提交 2007-02-15	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 905–1000（96 aa）片段：Fibronectin type III domain	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）120mM；压力 ambient NMR样品组成 1mM fn3 domain U-15N, 13C; 20mM d-Tris HCl; 100mM NaCl; 1mM d-DTT; 0.02% NaN3; 90% H2O, 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2YD5 Crystal structure of the N-terminal Ig1-2 module of Human Receptor Protein Tyrosine Phosphatase LAR 提交 2011-03-17	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 29–231（203 aa）片段：IG1-2, RESIDUES 29-231	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.6；0.1 M SODIUM ACETATE TRIHYDRATE, 20% ISOPROPANOL, 20% (W/V) PEG 4000, 0.25 MM HEPARIN DP10, PH 5.6 .	分辨率 2.20 Å R-free 0.233
2YD8 Crystal structure of the N-terminal Ig1-2 module of Human Receptor Protein Tyrosine Phosphatase LAR in complex with sucrose octasulphate 提交 2011-03-18	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 29–231（203 aa）片段：IG1-2, RESIDUES 29-231	未记录	YYJ 1,3,4,6-tetra-O-sulfo-beta-D-fructofuranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；0.1 M MES, 30% PEG 6000, PH 6.0 .	分辨率 2.05 Å R-free 0.227
4N5U Crystal structure of the 4th FN3 domain of human Protein Tyrosine phosphatase, receptor type F [PSI-NYSGRC-006240] 提交 2013-10-10	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 601–705（105 aa）片段：Fibronectin type-III 4 domain, residues 601-705	未记录	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 10.5；298 K；Protein (20 mM Hepes, pH 7.5, 150 mM NaCl, 5% glycerol, Reservoir (0.2M Lithium Sulfate, 0.1M CAPS, 1.2M NaH2PO4/0.8M K2HPO4), Cryoprotection (2M Li2SO4), VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 1.46 Å R-free 0.198
6KR4 Crystal structure of the liprin-alpha3_SAM123/LAR_D1D2 complex 提交 2019-08-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1332–1907（576 aa）	未记录	PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；296 K；50mM Tris-HCl, 200mM NaCl, 1mM ethylenediaminetetraacetic acid, 1mM dithiothreitol	分辨率 2.85 Å R-free 0.230
6KR4 Crystal structure of the liprin-alpha3_SAM123/LAR_D1D2 complex 提交 2019-08-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1332–1907（576 aa）	未记录	PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；296 K；50mM Tris-HCl, 200mM NaCl, 1mM ethylenediaminetetraacetic acid, 1mM dithiothreitol	分辨率 2.85 Å R-free 0.230
6KR4 Crystal structure of the liprin-alpha3_SAM123/LAR_D1D2 complex 提交 2019-08-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1332–1907（576 aa）	未记录	PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；296 K；50mM Tris-HCl, 200mM NaCl, 1mM ethylenediaminetetraacetic acid, 1mM dithiothreitol	分辨率 2.85 Å R-free 0.230
6KR4 Crystal structure of the liprin-alpha3_SAM123/LAR_D1D2 complex 提交 2019-08-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 1332–1907（576 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 1 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 P6G HEXAETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；296 K；50mM Tris-HCl, 200mM NaCl, 1mM ethylenediaminetetraacetic acid, 1mM dithiothreitol	分辨率 2.85 Å R-free 0.230
6TPT Crystal structures of FNIII domain three and four of the human leucocyte common antigen-related protein, LAR 提交 2019-12-14	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 512–706（195 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；277 K；0.2 M Sodium fluoride, 0.1 M Bis-tris propane pH 6.5, and 20% PEG3350	分辨率 3.20 Å R-free 0.269
6TPV Crystal structures of FNIII domain one and two of the human leucocyte common antigen-related protein, LAR 提交 2019-12-14	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 319–512（194 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.3；277 K；0.2 M Sodium citrate tribasic dihydrate pH 8.3, 20 % PEG 3,350	分辨率 1.80 Å R-free 0.220
6TPV Crystal structures of FNIII domain one and two of the human leucocyte common antigen-related protein, LAR 提交 2019-12-14	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 319–512（194 aa）	未记录	IMD IMIDAZOLE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.3；277 K；0.2 M Sodium citrate tribasic dihydrate pH 8.3, 20 % PEG 3,350	分辨率 1.80 Å R-free 0.220
6TPW Crystal structures of FNIII domain one through four of the human leucocyte common antigen-related protein ( LAR) 提交 2019-12-14	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 319–706（388 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；277 K；0.2 M Ammonium sulfate and 30% PEG8000	分辨率 2.90 Å R-free 0.301

共 11 个其他 PDB 条目、16 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PTPRF_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–195； UniProt 513–706 作者链 B； PDB构建体 2–195； UniProt 513–706

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6tpu
沉积日期 deposition_date	2019-12-14
结构标题 title	Crystal structures of FNIII domain three and four of the human leucocyte common antigen-related protein, LAR
关键词 keywords	Fibronectin type-III, adhesion protein, CELL ADHESION; CELL ADHESION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	28.18 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	27.90 Å
零角强度 I(0) i0	33623600.00
分子量 molecular_weight	43412.0 kDa
排除体积 excluded_volume	53648 Å³
包络体积 envelope_volume	68694 Å³
水化壳体积 shell_volume	22375 Å³
包络直径 envelope_diameter	100.9 Å
壳层 Rg shell_rg	32.07 Å
包络 Rg envelope_rg	28.08 Å
形状 Rg shape_rg	27.85 Å
总 Rg total_rg	28.50 Å
总原子数 total_atoms	3059
残基数 n_residues	387
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	95.8 Å
Rg (实空间) rg_real	28.38 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.98 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.3620e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.4980e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	28.32 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	33620000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8587
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	34.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.459
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.251
角度范围 angular_range	— – 0.2800 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	3249000.0000
实空间数据点数 n_real_points	57
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.861; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.832; Smooth: 0.745

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Receptor-type tyrosine-protein phosphatase F
分子量 formula_weight	21862.1 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.3.48
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	3616

GAQPADFQAEVESDTRIQLSWLLPPQERIIMYELVYWAAEDEDQQHKVTFDPTSSYTLEDLKPDTLYRFQLAARSDMGVGVFTPTIEARTAQSTPSAPPQKVMCVSMGSTTVRVSWVPPPADSRNGVITQYSVAYEAVDGEDRGRHVVDGISREHSSWDLVGLEKWTEYRVWVRAHTDVGPGPESSPVLVRTDED

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	467

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 9 domains

SCOP 2.08 (5 domains)

结构域编号 domain_id	d6tpua1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.2 — Fibronectin type III
家族 Family family	b.1.2.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d6tpua2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.2 — Fibronectin type III
家族 Family family	b.1.2.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d6tpua3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d6tpub1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.2 — Fibronectin type III
家族 Family family	b.1.2.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d6tpub2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.2 — Fibronectin type III
家族 Family family	b.1.2.0 — automated matches

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	6tpuA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	6tpuA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	6tpuB01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	6tpuB02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	85.290 Å
晶胞边长 b length_b	105.100 Å
晶胞边长 c length_c	62.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	135.56 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.550 Å
最低分辨率 resolution_low	43.410 Å
R 因子 r_factor	0.1664
R_work r_work	0.1654
R_free r_free	0.1933

fit	/app/data/saxs_computation/tp/6tpu/6tpu.fit
pddf	/app/data/pr_computation/tp/6tpu/6tpu.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/tp/6tpu/6tpu.dat

Crystal structures of FNIII domain three and four of the human leucocyte common antigen-related protein, LAR

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Receptor-type tyrosine-protein phosphatase F

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction