SAXSdb — 6tqr

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Vesicle-associated membrane protein-associated protein A

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白单体	单体	蛋白 1	CHLORIDE ION × 3 water × 1	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	StAR-related lipid transfer protein 3 × 1 （Q14849） water × 2	与蛋白数一致
3	蛋白单体	单体	蛋白 1	CHLORIDE ION × 2 water × 1	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	StAR-related lipid transfer protein 3 × 1 （Q14849） CHLORIDE ION × 2 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	VAPA_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–205； UniProt 8–212 作者链 B； PDB构建体 1–205； UniProt 8–212 作者链 C； PDB构建体 1–205； UniProt 8–212 作者链 D； PDB构建体 1–205； UniProt 8–212

StAR-related lipid transfer protein 3

物种未注明

UniProt Q14849

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Vesicle-associated membrane protein-associated protein A × 1 （Q9P0L0） water × 2	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Vesicle-associated membrane protein-associated protein A × 1 （Q9P0L0） CHLORIDE ION × 2 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	STAR3_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–17； UniProt 200–216 作者链 F； PDB构建体 1–17； UniProt 200–216

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6tqr
沉积日期 deposition_date	2019-12-17
结构标题 title	The crystal structure of the MSP domain of human VAP-A in complex with the Phospho-FFAT motif of STARD3.
关键词 keywords	Membrane contact sites, FFAT motif, MSP domain, Endoplasmic reticulum, PROTEIN BINDING; PROTEIN BINDING
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6tqr__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6tqr__assembly_2__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6tqr__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	17.38 Å
Rg（电子密度）	16.12 Å
总 Rg	17.09 Å
原子数	1083
残基数	135
排除体积	19347 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6tqr__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`6tqr__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`6tqr__assembly_3__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`6tqr__assembly_4__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Vesicle-associated membrane protein-associated protein A
分子量 formula_weight	24478.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	4579

MAKHEQILVLDPPTDLKFKGPFTDVVTTNLKLRNPSDRKVCFKVKTTAPRRYCVRPNSGIIDPGSTVTVSVMLQPFDYDPNEKSKHKFMVQTIFAPPNTSDMEAVWKEAKPDELMDSKLRCVFEMPNENDKLNDMEPSKAVPLNASKQDGPMPKPHSVSLNDTETRKLMEECKRLQGEMMKLSEENRHLRDEGLRLRKVAHSDKPALEHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	StAR-related lipid transfer protein 3
分子量 formula_weight	1983.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,F

GALSEGQFYSPPESFAG

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	7

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	287

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晶胞边长 a length_a	39.140 Å
晶胞边长 b length_b	43.780 Å
晶胞边长 c length_c	83.640 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	89.46 °
晶胞夹角 β angle_beta	92.91 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	105.13 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.850 Å
最低分辨率 resolution_low	42.260 Å
R 因子 r_factor	0.2068
R_work r_work	0.2043
R_free r_free	0.2543

The crystal structure of the MSP domain of human VAP-A in complex with the Phospho-FFAT motif of STARD3.

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Vesicle-associated membrane protein-associated protein A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

StAR-related lipid transfer protein 3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6tqr__assembly_2__model_1

6tqr__assembly_2__model_1 | I(q)

6tqr__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

7. 引用文献 (1)

The crystal structure of the MSP domain of human VAP-A in complex with the Phospho-FFAT motif of STARD3.

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Vesicle-associated membrane protein-associated protein A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

StAR-related lipid transfer protein 3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6tqr__assembly_2__model_1

6tqr__assembly_2__model_1 | I(q)

6tqr__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

7. 引用文献 (1)