SAXSdb — 6tvw

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Envelope glycoprotein

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	信息不足异源复合物蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric（9）计数不一致，待复核	链 CCC； UniProt 1–38	未记录	Transmembrane protein gp41,Envelope glycoprotein gp160 × 3 （P04582,A0A650FAD5）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；293.15 K；PEG 3350, ammonium sulfate	分辨率 1.45 Å R-free 0.298

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q5VGF0_9HIV1
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 CCC； PDB构建体 1–38； UniProt 1–38

Transmembrane protein gp41,Envelope glycoprotein gp160

物种未注明

UniProt A0A650FAD5

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	信息不足异源复合物蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric（9）计数不一致，待复核	链 DbD； UniProt 626–641	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	Envelope glycoprotein × 3 （Q5VGF0）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；293.15 K；PEG 3350, ammonium sulfate	分辨率 1.45 Å R-free 0.298

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A650FAD5_9HIV1
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 DbD； PDB构建体 16–31； UniProt 626–641

Transmembrane protein gp41,Envelope glycoprotein gp160

物种未注明

UniProt P04582

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	信息不足异源复合物蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric（9）计数不一致，待复核	链 DbD； UniProt 631–644	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	Envelope glycoprotein × 3 （Q5VGF0）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；293.15 K；PEG 3350, ammonium sulfate	分辨率 1.45 Å R-free 0.298

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 6TVW	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1DDH MHC CLASS I H-2DD HEAVY CHAIN COMPLEXED WITH BETA-2 MICROGLOBULIN AND AN IMMUNODOMINANT PEPTIDE P18-I10 FROM THE HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS ENVELOPE GLYCOPROTEIN 120 提交 1998-06-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 P 311–320（10 aa）片段：RESIDUES 308-322	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.5	分辨率 3.10 Å R-free 0.337
1HHG THE ANTIGENIC IDENTITY OF PEPTIDE(SLASH)MHC COMPLEXES: A COMPARISON OF THE CONFORMATION OF FIVE PEPTIDES PRESENTED BY HLA-A2 提交 1993-06-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 192–200（9 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.60 Å
1HHG THE ANTIGENIC IDENTITY OF PEPTIDE(SLASH)MHC COMPLEXES: A COMPARISON OF THE CONFORMATION OF FIVE PEPTIDES PRESENTED BY HLA-A2 提交 1993-06-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 F 192–200（9 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.60 Å
1QO3 Complex between NK cell receptor Ly49A and its MHC class I ligand H-2Dd 提交 1999-11-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 P 311–320（10 aa）片段：RESIDUES 318-327	突变：YES	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.50	分辨率 2.30 Å R-free 0.238
1QO3 Complex between NK cell receptor Ly49A and its MHC class I ligand H-2Dd 提交 1999-11-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 P 311–320（10 aa）片段：RESIDUES 318-327	突变：YES	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.50	分辨率 2.30 Å R-free 0.238
1SZT ATOMIC STRUCTURE OF A THERMOSTABLE SUBDOMAIN OF HIV-1 GP41 提交 1997-07-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 541–574（34 aa）片段：RESIDUES 546 - 579 AND 628 - 655 CONNECTED BY A SIX-RESIDUE LINKER (SER-GLY-GLY-ARG-GLY-GLY)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.40 Å R-free 0.269
6TVU Structure of native gp41 derived peptide fusion inhibitor 提交 2020-01-10	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric	链 BBB 616–645（30 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 5.6；293.15 K；PEG 4000, 2-Propanol, Citrate	分辨率 1.25 Å R-free 0.210
9D72 CryoEM structure of anti-MHC-I Fab M1/42 complex with H2-Dd 提交 2024-08-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 P 311–320（10 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.67 Å

共 6 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ENV_HV1B8
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 DbD； PDB构建体 2–15； UniProt 631–644

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6tvw
沉积日期 deposition_date	2020-01-10
结构标题 title	Structure of native gp41 derived peptide fusion inhibitor
关键词 keywords	Inhibitor, helix bundle, HIV, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	16.62 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	16.22 Å
零角强度 I(0) i0	1227900.00
分子量 molecular_weight	7431.0 kDa
排除体积 excluded_volume	9315 Å³
包络体积 envelope_volume	11982 Å³
水化壳体积 shell_volume	7531 Å³
包络直径 envelope_diameter	61.5 Å
壳层 Rg shell_rg	19.28 Å
包络 Rg envelope_rg	16.79 Å
形状 Rg shape_rg	16.20 Å
总 Rg total_rg	17.02 Å
总原子数 total_atoms	1047
残基数 n_residues	60
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	63.2 Å
Rg (实空间) rg_real	16.97 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.73 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.2280e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.5370e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	16.93 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1228000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7807
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	62.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.680
峰度 Kurtosis kurtosis	0.111
角度范围 angular_range	— – 0.4800 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	92930.0000
实空间数据点数 n_real_points	78
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.622; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.325; Smooth: 0.956

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Envelope glycoprotein
分子量 formula_weight	4491.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	CCC
原子数 atom_count	1171

NNLLRAIEAQQHLLQLTVWGIKQLQARILAVERYLKDQ

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Transmembrane protein gp41,Envelope glycoprotein gp160
分子量 formula_weight	3967.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	DbD

XNNYTSLIHSLIEESQEQIWNNMTWMEWDRE

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	74

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	44.706 Å
晶胞边长 b length_b	44.706 Å
晶胞边长 c length_c	208.857 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	18

空间群 space_group	H 3 2
空间群编号 int_tables_number	155
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.450 Å
最低分辨率 resolution_low	69.619 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2338
R_free r_free	0.2983

fit	/app/data/saxs_computation/tv/6tvw/6tvw.fit
pddf	/app/data/pr_computation/tv/6tvw/6tvw.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/tv/6tvw/6tvw.dat

Structure of native gp41 derived peptide fusion inhibitor

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Envelope glycoprotein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Transmembrane protein gp41,Envelope glycoprotein gp160

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Transmembrane protein gp41,Envelope glycoprotein gp160

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 water

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)