SAXSdb — 9d72

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9d72
沉积日期 deposition_date	2024-08-16
结构标题 title	CryoEM structure of anti-MHC-I Fab M1/42 complex with H2-Dd
关键词 keywords	;MHC-I, anti-mouse-mAb, H2-Dd, M1/42, anti-MHC-I antibody, anti-tumor, cancer immunotherapy, ANTITUMOR PROTEIN, ANTITUMOR PROTEIN-Immune System complex ;; ANTITUMOR PROTEIN/Immune System
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	35.71 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	35.92 Å
零角强度 I(0) i0	119798000.00
分子量 molecular_weight	85612.0 kDa
排除体积 excluded_volume	106090 Å³
包络体积 envelope_volume	146170 Å³
水化壳体积 shell_volume	36819 Å³
包络直径 envelope_diameter	130.0 Å
壳层 Rg shell_rg	38.59 Å
包络 Rg envelope_rg	36.20 Å
形状 Rg shape_rg	35.92 Å
总 Rg total_rg	36.12 Å
总原子数 total_atoms	6040
残基数 n_residues	790
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	122.4 Å
Rg (实空间) rg_real	36.09 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.07 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.1980e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.9840e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	35.85 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	119800000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8139
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	36.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.599
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.233
角度范围 angular_range	— – 0.2200 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	12000000.0000
实空间数据点数 n_real_points	45
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.733; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.771; Smooth: 0.606

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	Beta-2-microglobulin
分子量 formula_weight	11529.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B
原子数 atom_count	6040

IQKTPQIQVYSRHPPENGKPNILNCYVTQFHPPHIEIQMLKNGKKIPKVEMSDMSFSKDWSFYILAHTEFTPTETDTYACRVKHASMAEPKTVYWDRD

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	house mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 polymer

描述 description	Fab M1/42 Light Chain
分子量 formula_weight	23556.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

DIQMTQSPSSMSASLGDKVTINCLASEDIGNYLSWYQQRPGKSPKLMIYGVTNLEDGVPSRFSGSRSGSDYSLTINSLGYDDEGIYHCHEYYEYPFTFGSGTKLEIKRADAAPTVSIFPPSTEQLATGGASVVCLMNNFYPRDISVKWKIDGTERRDGVLDSVTDQDSKDSTYSMSSTLSLTKADYESHNLYTCEVVHKTSSSPVVKSFNRNE

来源 Source

来源生物 organism	Rattus norvegicus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10116
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 3 polymer

描述 description	Surface protein gp120
分子量 formula_weight	1075.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	P

RGPGRAFVTI

Entity 4 polymer

描述 description	H-2 class I histocompatibility antigen, D-D alpha chain
分子量 formula_weight	31819.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A

SHSLRYFVTAVSRPGFGEPRYMEVGYVDNTEFVRFDSDAENPRYEPRARWIEQEGPEYWERETRRAKGNEQSFRVDLRTALRYYNQSAGGSHTLQWMAGCDVESDGRLLRGYWQFAYDGCDYIALNEDLKTWTAADMAAQITRRKWEQAGAAERDRAYLEGECVEWLRRYLKNGNATLLRTDPPKAHVTHHRRPEGDVTLRCWALGFYPADITLTWQLNGEELTQEMELVETRPAGDGTFQKWASVVVPLGKEQKYTCHVEHEGLPEPLTLRW

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	house mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 5 polymer

描述 description	Fab M1/42 Heavy Chain
分子量 formula_weight	23754.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

QVTLKESGPGMLQPSKTLSLTCSFSGFSLSTSGLVVNWIRQPSGKSLEWLAAIDWDGDEYYNPSPKSRLTVSKDTSNTQVFLKITSVDTVDTATYYCARSRRYGRYSGAFDYWGLGVMVTVSSAETTAPSVYPLAPGTALKSNSMVTLGCLVKGYFPEPVTVTWNSGALSSGVHTFPAVLQSGLYTLTSSVTVPSSTWSSQAVTCNVAHPASSTKVDKKIVP

来源 Source

来源生物 organism	Rattus norvegicus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10116
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.67 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	320842

fit	/app/data/saxs_computation/d7/9d72/9d72.fit
pddf	/app/data/pr_computation/d7/9d72/9d72.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/d7/9d72/9d72.dat

CryoEM structure of anti-MHC-I Fab M1/42 complex with H2-Dd

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)