6urg

Cryo-EM structure of human CPSF160-WDR33-CPSF30-CPSF100 PIM complex

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 125.0 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 1

Homo sapiens

UniProt Q10570

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–1443 未记录 ;pre-mRNA 3' end processing protein WDR33 ; × 1 (Q9C0J8) Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 4 × 1 (O95639) Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 2 × 1 (Q9P2I0) ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8;25 mM Tris-HCl, pH 8.0, 150 mM NaCl, 5 mM DTT cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 12 个其他 PDB 条目、12 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CPSF1_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–1443; UniProt 1–1443

;pre-mRNA 3' end processing protein WDR33 ;

Homo sapiens

UniProt Q9C0J8

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 1–572 未记录 Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 1 × 1 (Q10570) Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 4 × 1 (O95639) Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 2 × 1 (Q9P2I0) ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8;25 mM Tris-HCl, pH 8.0, 150 mM NaCl, 5 mM DTT cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 12 个其他 PDB 条目、12 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 WDR33_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 16–587; UniProt 1–572

Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 4

Homo sapiens

UniProt O95639

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 1–244 未记录 Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 1 × 1 (Q10570) ;pre-mRNA 3' end processing protein WDR33 ; × 1 (Q9C0J8) Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 2 × 1 (Q9P2I0) ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8;25 mM Tris-HCl, pH 8.0, 150 mM NaCl, 5 mM DTT cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 11 个其他 PDB 条目、17 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CPSF4_HUMAN
Isoform O95639-2
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 1–244; UniProt 1–244

Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 2

Homo sapiens

UniProt Q9P2I0

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 F; UniProt 1–782 未记录 Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 1 × 1 (Q10570) ;pre-mRNA 3' end processing protein WDR33 ; × 1 (Q9C0J8) Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 4 × 1 (O95639) ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8;25 mM Tris-HCl, pH 8.0, 150 mM NaCl, 5 mM DTT cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 5 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CPSF2_HUMAN
Isoform
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 F; PDB构建体 1–782; UniProt 1–782

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6urg

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6urg
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6urg
沉积日期 deposition_date2019-10-23
结构标题 titleCryo-EM structure of human CPSF160-WDR33-CPSF30-CPSF100 PIM complex
关键词 keywords;pre-mRNA 3'-end processing, mammalin cleavage factor(mCF), CPSF100, mPSF, PROTEIN BINDING ;; PROTEIN BINDING
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier37.37
回转半径 Rg (电子) rg_electron36.72
零角强度 I(0) i0516120000.00
分子量 molecular_weight187750.0 kDa
排除体积 excluded_volume236150 ų
包络体积 envelope_volume297600 ų
水化壳体积 shell_volume65584 ų
包络直径 envelope_diameter127.7
壳层 Rg shell_rg44.33
包络 Rg envelope_rg36.67
形状 Rg shape_rg36.72
总 Rg total_rg37.21
总原子数 total_atoms13214
残基数 n_residues1660
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax125.0
Rg (实空间) rg_real37.33
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.32
I(0) (实空间) i0_real5.1610e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error9.9320e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal37.35
I(0) (倒空间) i0_reciprocal516100000.0000
解质量估计 total_estimate0.8666
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary44.6
偏度 Skewness skewness0.385
峰度 Kurtosis kurtosis-0.178
角度范围 angular_range— – 0.2100 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha177500000.0000
实空间数据点数 n_real_points43
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.810; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.995; Smooth: 0.837

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id6urgA01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture130 — 7 Propeller
拓扑 Topology topology10 — Methylamine Dehydrogenase; Chain H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)