6url

Barrier-to-autointegration factor soaked in isopropanol: 1 of 14 in MSCS set

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 56.4 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Barrier-to-autointegration factor

Homo sapiens

UniProt O75531

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–89 链 B; UniProt 1–89 未记录 EOH ETHANOL × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 8.5;277.15 K;80 mM Tris pH 8.5, 16% Ethanol, 10% PEG-1450 分辨率 1.72 Å R-free 0.201

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 27 个其他 PDB 条目、29 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 BAF_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–89; UniProt 1–89 作者链 B; PDB构建体 1–89; UniProt 1–89

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6url

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6url
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6url
沉积日期 deposition_date2019-10-23
结构标题 titleBarrier-to-autointegration factor soaked in isopropanol: 1 of 14 in MSCS set
关键词 keywordsalpha helical, MSCS, minor groove binder, DNA BINDING PROTEIN; DNA BINDING PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier17.74
回转半径 Rg (电子) rg_electron16.33
零角强度 I(0) i07500860.00
分子量 molecular_weight20076.0 kDa
排除体积 excluded_volume25137 ų
包络体积 envelope_volume28111 ų
水化壳体积 shell_volume14692 ų
包络直径 envelope_diameter54.7
壳层 Rg shell_rg22.18
包络 Rg envelope_rg16.76
形状 Rg shape_rg16.28
总 Rg total_rg17.47
总原子数 total_atoms2808
残基数 n_residues177
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax56.4
Rg (实空间) rg_real17.68
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.24
I(0) (实空间) i0_real7.5010e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error7.7050e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal17.69
I(0) (倒空间) i0_reciprocal7501000.0000
解质量估计 total_estimate0.7391
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary20.3
偏度 Skewness skewness0.251
峰度 Kurtosis kurtosis-0.441
角度范围 angular_range— – 0.4500 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha1512000.0000
实空间数据点数 n_real_points76
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.914; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.291; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 0.993

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd6urla_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.60 — SAM domain-like
超家族 Superfamily superfamilya.60.5 — Barrier-to-autointegration factor, BAF
家族 Family familya.60.5.1 — Barrier-to-autointegration factor, BAF
结构域编号 domain_idd6urlb_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.60 — SAM domain-like
超家族 Superfamily superfamilya.60.5 — Barrier-to-autointegration factor, BAF
家族 Family familya.60.5.1 — Barrier-to-autointegration factor, BAF

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)