6uz1

Noncanonical binding of single-chain A6 TCR variant S3-4 in complex with Tax/HLA-A2

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

MHC class I antigen, A-2 alpha chain

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	Beta-2-microglobulin × 1 （P61769） LEU-LEU-PHE-GLY-TYR-PRO-VAL-TYR-VAL × 1 T cell receptor, alpha chain × 1 T cell receptor, beta chain × 1 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	Beta-2-microglobulin × 1 （P61769） LEU-LEU-PHE-GLY-TYR-PRO-VAL-TYR-VAL × 1 T cell receptor, alpha chain × 1 T cell receptor, beta chain × 1 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A5B8RNS7_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–275； UniProt 25–299 作者链 F； PDB构建体 1–275； UniProt 25–299

Beta-2-microglobulin

Homo sapiens

UniProt P61769

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	MHC class I antigen, A-2 alpha chain × 1 （A0A5B8RNS7） LEU-LEU-PHE-GLY-TYR-PRO-VAL-TYR-VAL × 1 T cell receptor, alpha chain × 1 T cell receptor, beta chain × 1 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	MHC class I antigen, A-2 alpha chain × 1 （A0A5B8RNS7） LEU-LEU-PHE-GLY-TYR-PRO-VAL-TYR-VAL × 1 T cell receptor, alpha chain × 1 T cell receptor, beta chain × 1 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	B2MG_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 2–100； UniProt 21–119 作者链 G； PDB构建体 2–100； UniProt 21–119

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6uz1
沉积日期 deposition_date	2019-11-14
结构标题 title	Noncanonical binding of single-chain A6 TCR variant S3-4 in complex with Tax/HLA-A2
关键词 keywords	single-chain T cell receptor, peptide Major Histocompatibility complex, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6uz1__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6uz1__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6uz1__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	27.79 Å
Rg（电子密度）	26.84 Å
总 Rg	27.68 Å
原子数	4858
残基数	604
排除体积	85197 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6uz1__assembly_1__model_1`	pentameric （5）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`6uz1__assembly_2__model_1`	pentameric （5）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	MHC class I antigen, A-2 alpha chain
分子量 formula_weight	31854.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,F
原子数 atom_count	9752

GSHSMRYFFTSVSRPGRGEPRFIAVGYVDDTQFVRFDSDAASQRMEPRAPWIEQEGPEYWDGETRKVKAHSQTHRVDLGTLRGYYNQSEAGSHTVQRMYGCDVGSDWRFLRGYHQYAYDGKDYIALKEDLRSWTAADMAAQTTKHKWEAAHVAEQLRAYLEGTCVEWLRRYLENGKETLQRTDAPKTHMTHHAVSDHEATLRCWALSFYPAEITLTWQRDGEDQTQDTELVETRPAGDGTFQKWAAVVVPSGQEQRYTCHVQHEGLPKPLTLRWE

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Beta-2-microglobulin
分子量 formula_weight	11879.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,G

MIQRTPKIQVYSRHPAENGKSNFLNCYVSGFHPSDIEVDLLKNGERIEKVEHSDLSFSKDWSFYLLYYTEFTPTEKDEYACRVNHVTLSQPKIVKWDRDM

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	LEU-LEU-PHE-GLY-TYR-PRO-VAL-TYR-VAL
分子量 formula_weight	1070.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,H

LLFGYPVYV

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	T cell receptor, alpha chain
分子量 formula_weight	11995.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I,D

EVEQNSGPLSVPEGAIASLNCTYSIRSSTSFFWYRQYSGKSPELIMSIYSNGDKEDGRFTAQLNKASQYVSLLIRDSQPSDSATYLCAVTTDRSGKLQFGAGTQVVVTPD

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	T cell receptor, beta chain
分子量 formula_weight	12547.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	J,E

AGVTQTPKFQVLKTGQSMTLQCAQDMNHEYMAWYRQDPGMGLRLIHYSVGVGITDQGDVPDGYKVSRSTTEDFPLRLLSAAPSQTSVYFCASRPGAAGGRPELYFGPGTRLTVTE

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID
分子量 formula_weight	195.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 7 Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	8

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晶胞边长 a length_a	236.650 Å
晶胞边长 b length_b	236.650 Å
晶胞边长 c length_c	63.146 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 61
空间群编号 int_tables_number	169
晶系 crystal_system	hexagonal

分辨率 resolution	3.140 Å
最低分辨率 resolution_low	44.720 Å
R 因子 r_factor	0.1920
R_work r_work	0.1891
R_free r_free	0.2394

Noncanonical binding of single-chain A6 TCR variant S3-4 in complex with Tax/HLA-A2

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

MHC class I antigen, A-2 alpha chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Beta-2-microglobulin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6uz1__assembly_1__model_1

6uz1__assembly_1__model_1 | I(q)

6uz1__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

7. 引用文献 (1)

Noncanonical binding of single-chain A6 TCR variant S3-4 in complex with Tax/HLA-A2

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

MHC class I antigen, A-2 alpha chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Beta-2-microglobulin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6uz1__assembly_1__model_1

6uz1__assembly_1__model_1 | I(q)

6uz1__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

7. 引用文献 (1)