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6v2r

Crystal Structure of chromodomain of CBX7 mutant V13A in complex with inhibitor UNC3866

Method: X-RAY DIFFRACTION
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Chromobox protein homolog 7

Homo sapiens

UniProt O95931

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 7–62 片段：Chromodomain 突变：V13A UNC3866 × 1 UNX UNKNOWN LIGAND × 17 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；1.5 M ammonium sulfate, 0.1 M bis-tris propane, pH 7 分辨率 1.60 Å R-free 0.235

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 6V2R Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
2K1B Solution NMR structure of the chromo domain of the chromobox protein homolog 7 提交 2008-02-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 7–62（56 aa） 片段：Chromo domain: Residues 7-62
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7.4；298 K；离子强度（mmCIF原始值）300；压力 ambient
NMR样品组成 10 mM phosphate, 300 mM sodium chloride, 2 mM DTT, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
2L1B Solution NMR structure of the chromobox protein Cbx7 with H3K27me3 提交 2010-07-27 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 8–62（55 aa） 片段：UNP Residues 7-62
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7.4；298 K；离子强度（mmCIF原始值）300；压力 ambient
NMR样品组成 0.5 mM [U-13C; U-15N] protein, 2.7 mM peptide, 10 mM sodium phosphate, 300 mM sodium chloride, 0.5 mM PMSF, 0.5 mM TCEP, 1 mM Benzamidine, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
3GS2 Ring1B C-terminal domain/Cbx7 Cbox Complex 提交 2009-03-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 219–248（30 aa） 片段：Cbox domain, residues 219-248
链 D 219–248（30 aa） 片段：Cbox domain, residues 219-248
未记录 SO4 SULFATE ION × 2 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；289 K；25% PEG MME 550, 0.1 M MES, 0.01 M zinc sulfate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K
分辨率 1.70 Å R-free 0.243
3GS2 Ring1B C-terminal domain/Cbx7 Cbox Complex 提交 2009-03-26 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 219–248（30 aa） 片段：Cbox domain, residues 219-248
未记录 SO4 SULFATE ION × 2 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；289 K；25% PEG MME 550, 0.1 M MES, 0.01 M zinc sulfate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K
分辨率 1.70 Å R-free 0.243
3GS2 Ring1B C-terminal domain/Cbx7 Cbox Complex 提交 2009-03-26 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 219–248（30 aa） 片段：Cbox domain, residues 219-248
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；289 K；25% PEG MME 550, 0.1 M MES, 0.01 M zinc sulfate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K
分辨率 1.70 Å R-free 0.243
4MN3 Chromodomain antagonists that target the polycomb-group methyllysine reader protein Chromobox homolog 7 (CBX7) 提交 2013-09-09 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 7–62（56 aa） 片段：protein
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 MG MAGNESIUM ION × 1 P33 3,6,9,12,15,18-HEXAOXAICOSANE-1,20-DIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；40% ethylene glycol, 0.1M HEPES pH 7.5, 5% PEG 3000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 1.54 Å R-free 0.213
5EPJ Crystal Structure of chromodomain of CBX7 in complex with inhibitor UNC3866 提交 2015-11-11 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 7–62（56 aa）
未记录 UNX UNKNOWN LIGAND × 13 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20% PEG 3350, 0.2 M ammonium formate
分辨率 1.60 Å R-free 0.260
8SII Crystal Structure of CBX7 with compound UNC4976 提交 2023-04-16 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 7–62（56 aa） 片段：chromodomain
未记录 SO4 SULFATE ION × 2 CA CALCIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；2.5 M Ammonium Sulfate, 0.1 M BIS-Tris propane PH7.0
分辨率 1.37 Å R-free 0.223
8SII Crystal Structure of CBX7 with compound UNC4976 提交 2023-04-16 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 7–62（56 aa） 片段：chromodomain
未记录 SO4 SULFATE ION × 2 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；2.5 M Ammonium Sulfate, 0.1 M BIS-Tris propane PH7.0
分辨率 1.37 Å R-free 0.223
9V9P Cryo-EM structure of the cPRC1-di-nucleosome (CBX7) complex 提交 2025-06-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 22 PDB 声明：24-meric
链 S 1–251（251 aa）
链 Y 1–251（251 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.40 Å

共 7 个其他 PDB 条目、10 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CBX7_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–56； UniProt 7–62

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

暂无 SAXS 图

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

暂无 P(r) 图
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6v2r
沉积日期 deposition_date2019-11-25
结构标题 titleCrystal Structure of chromodomain of CBX7 mutant V13A in complex with inhibitor UNC3866
关键词 keywordsstructural genomics, Structural Genomics Consortium, SGC, GENE REGULATION; GENE REGULATION
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

该条目暂无 SAXS 数据。

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

该条目暂无 P(r) 分析数据。

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id6v2rA00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40 —
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (0)