SAXSdb — 6v7j

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Canavalin

Canavalia ensiformis

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–445 链 B； UniProt 1–445 链 C； UniProt 1–445	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	BEZ BENZOIC ACID × 3 GOL GLYCEROL × 3 CA CALCIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；298 K；Vapor diffusion in Cryschem sitting drop plates at room temperature. Reservoirs were Dulbeccos Phosphate buffered saline at pH 6.5. Drops were equal amounts of the reservoir and a 40 mg/ml solution of the protein dissolved in water with a trace of ammonium hydroxide. Crystallization time was 24 to 48 hours.	分辨率 2.00 Å R-free 0.247

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 6V7J	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1CAU DETERMINATION OF THREE CRYSTAL STRUCTURES OF CANAVALIN BY MOLECULAR REPLACEMENT 提交 1993-07-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 44–224（181 aa）链 B 241–424（184 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.30 Å
1CAV THE THREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF CANAVALIN FROM JACK BEAN (CANAVALIA ENSIFORMIS) 提交 1993-05-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 44–224（181 aa）链 B 241–424（184 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.60 Å
1CAW DETERMINATION OF THREE CRYSTAL STRUCTURES OF CANAVALIN BY MOLECULAR REPLACEMENT 提交 1993-06-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 44–224（181 aa）链 B 241–424（184 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.60 Å
1CAX DETERMINATION OF THREE CRYSTAL STRUCTURES OF CANAVALIN BY MOLECULAR REPLACEMENT 提交 1993-06-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 44–224（181 aa）链 B 241–424（184 aa）链 C 44–224（181 aa）链 D 241–424（184 aa）链 E 44–224（181 aa）链 F 241–424（184 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.60 Å
1DGR Refined crystal structure of canavalin from jack bean 提交 1999-11-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 A 46–223（178 aa）片段：RESIDUES 46-223 链 B 46–223（178 aa）片段：RESIDUES 46-223 链 C 46–223（178 aa）片段：RESIDUES 46-223 链 M 331–423（93 aa）片段：RESIDUES 331-423 链 N 246–324（79 aa）片段：RESIDUES 246-324 链 V 246–324（79 aa）片段：RESIDUES 246-324 链 W 331–423（93 aa）片段：RESIDUES 331-423 链 X 246–324（79 aa）片段：RESIDUES 246-324 链 Y 331–423（93 aa）片段：RESIDUES 331-423	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.8；277 K；Dulbeccos phosphate buffered saline, ammonium hydroxide, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.60 Å R-free 0.226
1DGW Structure of the rhombohedral crystal of canavalin from jack bean 提交 1999-11-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 A 46–223（178 aa）片段：RESIDUES 46-223 链 X 246–324（79 aa）片段：RESIDUES 246-324 链 Y 331–423（93 aa）片段：RESIDUES 331-423	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 LIQUID DIFFUSION；pH 6.8；293 K；DULBECCO'S PHOSPHATE BUFFERED SALINE, AMMONIUM HYDROXIDE (TRACE), MICROGRAVITY, pH 6.8, LIQUID DIFFUSION, temperature 293K	分辨率 1.70 Å R-free 0.252
2CAU CANAVALIN FROM JACK BEAN 提交 1998-11-20	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–445（445 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.8；THIS CRYSTAL FORM COULD BE GROWN ONLY OCCASIONALLY. BASICALLY IT WAS CRYSTALLIZED FROM PURIFIED PROTEIN AFTER TRYPSIN TREATMENT IN PHOSPHATE BUFFERED SALINE, BUT WAS DIFFICULT TO REPRODUCE., pH 6.8	分辨率 2.10 Å R-free 0.235
2CAV CANAVALIN FROM JACK BEAN 提交 1998-11-20	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–445（445 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.8；30 - 40 MG/ML PROTEIN SOLUTION WAS PREPARED BY DISSOLVING 4-TIME RECRYSTALLIZED CANAVALIN IN DISTILLED WATER PLUS TRACE NH4OH. RESERVOIR SOLUTION CONTAINED 2.0 % NACL IN 50 MM PHOSPHATE BUFFER AT PH 6.8. CRYSTALS WERE OBTAINED BY MIXING PROTEIN AND RESERVOIR SOLUTION IN SITTING DROPS FOLLOWED BY VAPOR DIFFUSION AGAINST THE RESERVOIR., vapor diffusion	分辨率 2.00 Å R-free 0.264
6V7G Binding of Benzoic Acid and Anions Within the Cupin Domains of the Vicillin Protein Canavalin from Jack Bean (canavalia ensiformis): Crystal Structures 提交 2019-12-08	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–445（445 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ACT ACETATE ION × 3 BEZ BENZOIC ACID × 3 CIT CITRIC ACID × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；298 K；Vapor diffusion in sitting drop Cryschem plates. Reservoirs were 1.0 M sodium citrate titrated with acetic acid to pH6.0. Drops were initially equal amounts of the reservoir solution with a protein stock solution of 30 mg/ml canavalin in water with a trace of ammonium hydroxide. At room temperature crystallization time was about three weeks.	分辨率 1.40 Å R-free 0.188
6V7L The structure of the P212121 crystal form of canavalin at 173 K 提交 2019-12-08	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–445（445 aa）链 B 1–445（445 aa）链 C 1–445（445 aa）	未记录	BEZ BENZOIC ACID × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；Crystals were grown by sitting drop vapor diffusion from 18% PEG 3350 in 0.1 M HEPES reservoirs. The drops were equal amounts of a 40 mg/ml solution of precanavalin (not treated with any exogenous protease) in water. Crystals grew only after six to eight weeks at room temperature.	分辨率 2.80 Å R-free 0.252

共 10 个其他 PDB 条目、10 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CANA_CANEN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–445； UniProt 1–445 作者链 B； PDB构建体 1–445； UniProt 1–445 作者链 C； PDB构建体 1–445； UniProt 1–445

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6v7j
沉积日期 deposition_date	2019-12-08
结构标题 title	The C2221 crystal form of canavalin at 173 K
关键词 keywords	plant protein, storage protein, trimer, benzoic acid, enzyme; PLANT PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	33.84 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	32.67 Å
零角强度 I(0) i0	225879000.00
分子量 molecular_weight	121140.0 kDa
排除体积 excluded_volume	151740 Å³
包络体积 envelope_volume	186270 Å³
水化壳体积 shell_volume	46380 Å³
包络直径 envelope_diameter	104.0 Å
壳层 Rg shell_rg	40.69 Å
包络 Rg envelope_rg	32.39 Å
形状 Rg shape_rg	32.66 Å
总 Rg total_rg	33.31 Å
总原子数 total_atoms	8544
残基数 n_residues	1052
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	104.9 Å
Rg (实空间) rg_real	33.75 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.57 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.2590e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.3790e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	33.81 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	225900000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9102
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	35.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.176
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.672
角度范围 angular_range	— – 0.2350 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	144600000.0000
实空间数据点数 n_real_points	48
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.955; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.965

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Canavalin
分子量 formula_weight	50431.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C
原子数 atom_count	9121

MAFSARFPLWLLLGVVLLASVSASFAHSGHSGGEAEDESEESRAQNNPYLFRSNKFLTLFKNQHGSLRLLQRFNEDTEKLENLRDYRVLEYCSKPNTLLLPHHSDSDLLVLVLEGQAILVLVNPDGRDTYKLDQGDAIKIQAGTPFYLINPDNNQNLRILKFAITFRRPGTVEDFFLSSTKRLPSYLSAFSKNFLEASYDSPYDEIEQTLLQEEQEGVIVKMPKDQIQEISKHAQSSSRKTLSSQDKPFNLRSRDPIYSNNYGKLYEITPEKNSQLRDLDILLNCLQMNEGALFVPHYNSRATVILVANEGRAEVELVGLEQQQQQGLESMQLRRYAATLSEGDIIVIPSSFPVALKAASDLNMVGIGVNAENNERNFLAGHKENVIRQIPRQVSDLTFPGSGEEVEELLENQKESYFVDGQPRHIDAGGKARRAHLPNLFRTFY

来源 Source

来源生物 organism	Canavalia ensiformis
通用名 common_name	Jack bean
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	3823
宿主生物 host_organism	Canavalia ensiformis

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	BENZOIC ACID
分子量 formula_weight	122.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	477

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_id	d6v7ja1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.82 — Double-stranded beta-helix
超家族 Superfamily superfamily	b.82.1 — RmlC-like cupins
家族 Family family	b.82.1.2 — Germin/Seed storage 7S protein

结构域编号 domain_id	d6v7ja2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.82 — Double-stranded beta-helix
超家族 Superfamily superfamily	b.82.1 — RmlC-like cupins
家族 Family family	b.82.1.2 — Germin/Seed storage 7S protein

结构域编号 domain_id	d6v7jb1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.82 — Double-stranded beta-helix
超家族 Superfamily superfamily	b.82.1 — RmlC-like cupins
家族 Family family	b.82.1.2 — Germin/Seed storage 7S protein

结构域编号 domain_id	d6v7jb2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.82 — Double-stranded beta-helix
超家族 Superfamily superfamily	b.82.1 — RmlC-like cupins
家族 Family family	b.82.1.2 — Germin/Seed storage 7S protein

结构域编号 domain_id	d6v7jc1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.82 — Double-stranded beta-helix
超家族 Superfamily superfamily	b.82.1 — RmlC-like cupins
家族 Family family	b.82.1.2 — Germin/Seed storage 7S protein

结构域编号 domain_id	d6v7jc2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.82 — Double-stranded beta-helix
超家族 Superfamily superfamily	b.82.1 — RmlC-like cupins
家族 Family family	b.82.1.2 — Germin/Seed storage 7S protein

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	136.347 Å
晶胞边长 b length_b	149.247 Å
晶胞边长 c length_c	128.046 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.000 Å
最低分辨率 resolution_low	50.010 Å
R 因子 r_factor	0.1982
R_work r_work	0.1957
R_free r_free	0.2474

fit	/app/data/saxs_computation/v7/6v7j/6v7j.fit
pddf	/app/data/pr_computation/v7/6v7j/6v7j.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/v7/6v7j/6v7j.dat

The C2221 crystal form of canavalin at 173 K

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Canavalin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction