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6va5

Tudor Domain of Tumor suppressor p53BP1 with MFP-4184

Method: X-RAY DIFFRACTION
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

TP53-binding protein 1

Homo sapiens

UniProt Q12888

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1488–1611 未记录 QSS 2-(4-methylpiperazin-1-yl)aniline × 1 GOL GLYCEROL × 1 SO4 SULFATE ION × 4 UNX UNKNOWN LIGAND × 3 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；2M ammonium sulfate, 0.1 M HEPES pH 7.5, 2% PEG 400 分辨率 1.28 Å R-free 0.185

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 6VA5 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1GZH Crystal structure of the BRCT domains of human 53BP1 bound to the p53 tumor supressor 提交 2002-05-22 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1724–1972（249 aa） 片段：BRCT TANDEM REPEAT, RESIDUES 1724-1972
未记录 ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.4；50 MM TRIS PH 7.4, 250 MM AMMONIUM SULFATE, 25% POLYETHYLENE GLYCOL 4000
分辨率 2.60 Å R-free 0.288
1GZH Crystal structure of the BRCT domains of human 53BP1 bound to the p53 tumor supressor 提交 2002-05-22 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 1724–1972（249 aa） 片段：BRCT TANDEM REPEAT, RESIDUES 1724-1972
未记录 ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.4；50 MM TRIS PH 7.4, 250 MM AMMONIUM SULFATE, 25% POLYETHYLENE GLYCOL 4000
分辨率 2.60 Å R-free 0.288
1KZY Crystal Structure of the 53bp1 BRCT Region Complexed to Tumor Suppressor P53 提交 2002-02-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 1714–1972（259 aa） 片段：TANDEM-BRCT DOMAIN
链 D 1714–1972（259 aa） 片段：TANDEM-BRCT DOMAIN
未记录 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；PEG4000, sodium citrate, ammonium acetate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.50 Å R-free 0.256
1XNI Tandem Tudor Domain of 53BP1 提交 2004-10-05 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1485–1602（118 aa） 片段：residues 1485-1602
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.8；277 K；PEG 3350, magnesium nitrate, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.80 Å R-free 0.269
1XNI Tandem Tudor Domain of 53BP1 提交 2004-10-05 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 10 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 J 1485–1602（118 aa） 片段：residues 1485-1602
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.8；277 K；PEG 3350, magnesium nitrate, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.80 Å R-free 0.269
1XNI Tandem Tudor Domain of 53BP1 提交 2004-10-05 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1485–1602（118 aa） 片段：residues 1485-1602
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.8；277 K；PEG 3350, magnesium nitrate, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.80 Å R-free 0.269
1XNI Tandem Tudor Domain of 53BP1 提交 2004-10-05 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 1485–1602（118 aa） 片段：residues 1485-1602
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.8；277 K；PEG 3350, magnesium nitrate, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.80 Å R-free 0.269
1XNI Tandem Tudor Domain of 53BP1 提交 2004-10-05 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 D 1485–1602（118 aa） 片段：residues 1485-1602
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.8；277 K；PEG 3350, magnesium nitrate, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.80 Å R-free 0.269
1XNI Tandem Tudor Domain of 53BP1 提交 2004-10-05 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 5 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 E 1485–1602（118 aa） 片段：residues 1485-1602
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.8；277 K；PEG 3350, magnesium nitrate, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.80 Å R-free 0.269
1XNI Tandem Tudor Domain of 53BP1 提交 2004-10-05 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 6 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 F 1485–1602（118 aa） 片段：residues 1485-1602
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.8；277 K；PEG 3350, magnesium nitrate, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.80 Å R-free 0.269
1XNI Tandem Tudor Domain of 53BP1 提交 2004-10-05 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 7 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 G 1485–1602（118 aa） 片段：residues 1485-1602
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.8；277 K；PEG 3350, magnesium nitrate, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.80 Å R-free 0.269
1XNI Tandem Tudor Domain of 53BP1 提交 2004-10-05 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 8 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 H 1485–1602（118 aa） 片段：residues 1485-1602
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.8；277 K；PEG 3350, magnesium nitrate, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.80 Å R-free 0.269
1XNI Tandem Tudor Domain of 53BP1 提交 2004-10-05 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 9 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 I 1485–1602（118 aa） 片段：residues 1485-1602
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.8；277 K；PEG 3350, magnesium nitrate, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.80 Å R-free 0.269
2G3R Crystal Structure of 53BP1 tandem tudor domains at 1.2 A resolution 提交 2006-02-20 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1484–1603（120 aa） 片段：Tandem tutor domains, residues 1484-1603 (SWS-Q12888)
未记录 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；2% PEG 400, 0.1MHEPES/Na, 2M ammonium sulfate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 1.25 Å R-free 0.241
2G3R Crystal Structure of 53BP1 tandem tudor domains at 1.2 A resolution 提交 2006-02-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1484–1603（120 aa） 片段：Tandem tutor domains, residues 1484-1603 (SWS-Q12888)
未记录 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；2% PEG 400, 0.1MHEPES/Na, 2M ammonium sulfate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 1.25 Å R-free 0.241
2IG0 Structure of 53BP1/methylated histone peptide complex 提交 2006-09-22 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1484–1603（120 aa） 片段：tandem tudor domains (resiudes 1484-1603)
未记录 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；2% PEG 400, 0.1M HEPES/NA, 2M AMMONIUM SULFATE, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 1.70 Å R-free 0.251
2LVM Solution structure of human 53BP1 tandem Tudor domains in complex with a histone H4K20me2 peptide 提交 2012-07-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1484–1603（120 aa） 片段：UNP residues 1484-1603
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）50；压力 ambient
NMR样品组成 1.7 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein_1, 8.5 mM protein_2, 25 mM sodium phosphate, 0.001 % DSS, 0.001 % NaN3, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 1.7 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein_1, 8.5 mM protein_2, 25 mM sodium phosphate, 0.001 % DSS, 0.001 % NaN3, 100% D2O | 100% D2O
NMR样品组成 5 mM protein_1, 4 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein_2, 25 mM sodium phosphate, 0.001 % DSS, 0.001 % NaN3, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 5 mM protein_1, 4 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein_2, 25 mM sodium phosphate, 0.001 % DSS, 0.001 % NaN3, 100% D2O | 100% D2O
分辨率未提供
2MWO Solution structure of 53BP1 tandem Tudor domains in complex with a p53K370me2 peptide 提交 2014-11-15 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1484–1603（120 aa） 片段：Tudor-like region residues 1484-1603
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）25；压力 ambient
NMR样品组成 25 mM sodium phosphate, 1.5 mM sodium azide, 2.0 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] 53BP1-Tudor, 6.0 mM p53K370me2, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 25 mM sodium phosphate, 1.5 mM sodium azide, 2.0 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] 53BP1-Tudor, 6.0 mM p53K370me2, 100% D2O | 100% D2O
NMR样品组成 25 mM sodium phosphate, 1.5 mM sodium azide, 5.0 mM 53BP1-Tudor, 2.0 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] p53Kc370me2, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 25 mM sodium phosphate, 1.5 mM sodium azide, 5.0 mM 53BP1-Tudor, 2.0 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] p53Kc370me2, 100% D2O | 100% D2O
NMR样品组成 25 mM sodium phosphate, 1.5 mM sodium azide, 2.0 mM [U-100% 15N] 53BP1-Tudor, 6.0 mM p53K370me2, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 35 mM sodium phosphate, 1.5 mM sodium azide, 2.0 mM p53K370me2, 100% D2O | 100% D2O
NMR样品组成 25 mM sodium phosphate, 1.5 mM sodium azide, 2.0 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] p53Kc370me2, 100% D2O | 100% D2O
分辨率未提供
2MWP Solution structure of 53BP1 tandem Tudor domains in complex with a p53K382me2 peptide 提交 2014-11-15 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1484–1603（120 aa） 片段：Tudor-like region residues 1484-1603
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）25；压力 ambient
NMR样品组成 25 mM sodium phosphate, 1.5 mM sodium azide, 2.0 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] 53BP1-Tudor, 6.0 mM p53K382me2, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 25 mM sodium phosphate, 1.5 mM sodium azide, 2.0 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] 53BP1-Tudor, 6.0 mM p53K382me2, 100% D2O | 100% D2O
NMR样品组成 25 mM sodium phosphate, 1.5 mM sodium azide, 2.0 mM 53BP1-Tudor, 0.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] p53Kc382me2, 100% D2O | 100% D2O
NMR样品组成 25 mM sodium phosphate, 1.5 mM sodium azide, 2.0 mM [U-100% 15N] 53BP1-Tudor, 6.0 mM p53K382me2, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 25 mM sodium phosphate, 1.5 mM sodium azide, 2.0 mM p53K382me2, 100% D2O | 100% D2O
NMR样品组成 25 mM sodium phosphate, 1.5 mM sodium azide, 0.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] p53Kc382me2, 100% D2O | 100% D2O
分辨率未提供
3LGF Crystal structure of the 53BP1 tandem tudor domain in complex with p53K370me2 提交 2010-01-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1484–1603（120 aa） 片段：Tandem tudor domains (RESIUDES 1484-1603)
未记录 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 4 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；0.1 M HEPES-Na pH 7.0, 2% PEG 400 and 2.4 M ammonium sulphate., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 1.50 Å R-free 0.232
3LGF Crystal structure of the 53BP1 tandem tudor domain in complex with p53K370me2 提交 2010-01-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1484–1603（120 aa） 片段：Tandem tudor domains (RESIUDES 1484-1603)
未记录 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 2 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；0.1 M HEPES-Na pH 7.0, 2% PEG 400 and 2.4 M ammonium sulphate., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 1.50 Å R-free 0.232
3LGL Crystal structure of the 53BP1 tandem tudor domain in complex with p53K382me2 提交 2010-01-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1484–1603（120 aa） 片段：TANDEM TUDOR DOMAINS (RESIUDES 1484-1603)
未记录 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；0.1 M HEPES-Na pH 7.0, 2% PEG 400 and 2.4 M ammonium sulphate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 1.60 Å R-free 0.251
3LH0 Crystal structure of the 53BP1 tandem tudor domain in complex with p53K372me2 提交 2010-01-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1484–1603（120 aa） 片段：TANDEM TUDOR DOMAINS (RESIUDES 1484-1603)
未记录 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 4 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；0.1 M HEPES-Na pH 7.0, 2% PEG 400 and 2.4 M ammonium sulphate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 1.90 Å R-free 0.232
3LH0 Crystal structure of the 53BP1 tandem tudor domain in complex with p53K372me2 提交 2010-01-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1484–1603（120 aa） 片段：TANDEM TUDOR DOMAINS (RESIUDES 1484-1603)
未记录 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 2 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；0.1 M HEPES-Na pH 7.0, 2% PEG 400 and 2.4 M ammonium sulphate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 1.90 Å R-free 0.232
4CRI Crystal Structure of 53BP1 tandem tudor domains in complex with methylated K810 Rb peptide 提交 2014-02-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1459–1634（176 aa） 片段：TANDEM TUDOR DOMAIN, RESIDUES 1459-1634
链 B 1459–1634（176 aa） 片段：TANDEM TUDOR DOMAIN, RESIDUES 1459-1634
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；5%(W/V) PEG10K. 0.15M MAGNESIUM CHLORIDE, 0.1M TRIS PH 7.5
分辨率 2.35 Å R-free 0.230
4RG2 Tudor Domain of Tumor suppressor p53BP1 with small molecule ligand 提交 2014-09-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1483–1606（124 aa） 片段：Tudor domain (UNP residues 1483-1606)
链 B 1483–1606（124 aa） 片段：Tudor domain (UNP residues 1483-1606)
未记录 3OO 3-bromo-N-[3-(tert-butylamino)propyl]benzamide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 UNX UNKNOWN LIGAND × 12 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；293 K；19% PEG3350, 0.15 M DL-malic acid, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 1.50 Å R-free 0.220
4X34 Crystal structure of the 53BP1 tandem tudor domain in complex with p53K381acK382me2 提交 2014-11-27 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1489–1608（120 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 7.5；291 K；0.1 M sodium chloride and 4.0 M sodium formate
分辨率 1.80 Å R-free 0.218
4X34 Crystal structure of the 53BP1 tandem tudor domain in complex with p53K381acK382me2 提交 2014-11-27 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1489–1608（120 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 7.5；291 K；0.1 M sodium chloride and 4.0 M sodium formate
分辨率 1.80 Å R-free 0.218
5ECG Crystal structure of the BRCT domains of 53BP1 in complex with p53 and H2AX-pSer139 (gammaH2AX) 提交 2015-10-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 1713–1972（260 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；200mM NaF, 100mM Bis-Tris Propane pH 6.5, 20% (w/v) PEG 3,350
分辨率 3.00 Å R-free 0.264
5ECG Crystal structure of the BRCT domains of 53BP1 in complex with p53 and H2AX-pSer139 (gammaH2AX) 提交 2015-10-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 1713–1972（260 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；200mM NaF, 100mM Bis-Tris Propane pH 6.5, 20% (w/v) PEG 3,350
分辨率 3.00 Å R-free 0.264
5J26 Crystal structure of a 53BP1 Tudor domain in complex with a ubiquitin variant 提交 2016-03-29 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1492–1608（117 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；0.1 M Sodium Cacodylate pH 6.0, 0.2 M Sodium Acetate, 27% (w/v) PEG8000
分辨率 2.50 Å R-free 0.287
5Z78 Structure of TIRR/53BP1 complex 提交 2018-01-27 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 1484–1603（120 aa） 片段：UNP residues 1484-1603
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；Bis-Tris propane,PEG MME550
分辨率 1.76 Å R-free 0.222
5ZCJ Crystal structure of complex 提交 2018-02-17 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 1459–1634（176 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；293 K；0.7 M Ammonium tartrate, 0.1 M Sodium acetate pH 4.6
分辨率 2.00 Å R-free 0.219
6CO1 Structure of human TIRR in complex with 53BP1 Tudor domains 提交 2018-03-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 E 1484–1603（120 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；0.1 M MES, pH 5.5, 0.2 M calcium acetate, 7% isopropanol
分辨率 2.18 Å R-free 0.203
6CO1 Structure of human TIRR in complex with 53BP1 Tudor domains 提交 2018-03-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 F 1484–1603（120 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；0.1 M MES, pH 5.5, 0.2 M calcium acetate, 7% isopropanol
分辨率 2.18 Å R-free 0.203
6CO2 Structure of an engineered protein (NUDT16TI) in complex with 53BP1 Tudor domains 提交 2018-03-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 1484–1603（120 aa）
链 D 1484–1603（120 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；0.1 M sodium citrate tribasic dehydrate, pH 5.6, 0.2 M ammonium acetate, 10% PEG 4,000
分辨率 2.49 Å R-free 0.270
6IU7 Crystal structure of importin-alpha1 bound to the 53BP1 nuclear localization signal (wild-type) 提交 2018-11-27 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1665–1686（22 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.7；293 K；sodium citrate, HEPES, DTT
分辨率 1.90 Å R-free 0.185
6IUA Crystal structure of importin-alpha1 bound to the 53BP1 nuclear localization signal (S1678D) 提交 2018-11-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1665–1686（22 aa）
突变：S1678D 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.7；293 K；sodium citrate, HEPES, DTT
分辨率 1.70 Å R-free 0.179
6MXX Structure of 53BP1 tandem Tudor domains in complex with small molecule UNC2991 提交 2018-10-31 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1484–1603（120 aa）
链 B 1484–1603（120 aa）
未记录 PO4 PHOSPHATE ION × 3 K6P N-[3-(tert-butylamino)propyl]-3-iodobenzamide × 1 FMT FORMIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；1 M sodium formate; 0.1 M Bis-Tris propane, pH 7.0
分辨率 2.30 Å R-free 0.232
6MXX Structure of 53BP1 tandem Tudor domains in complex with small molecule UNC2991 提交 2018-10-31 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 1484–1603（120 aa）
链 D 1484–1603（120 aa）
未记录 PO4 PHOSPHATE ION × 6 K6P N-[3-(tert-butylamino)propyl]-3-iodobenzamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；1 M sodium formate; 0.1 M Bis-Tris propane, pH 7.0
分辨率 2.30 Å R-free 0.232
6MXX Structure of 53BP1 tandem Tudor domains in complex with small molecule UNC2991 提交 2018-10-31 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 E 1484–1603（120 aa）
链 F 1484–1603（120 aa）
未记录 PO4 PHOSPHATE ION × 4 K6P N-[3-(tert-butylamino)propyl]-3-iodobenzamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；1 M sodium formate; 0.1 M Bis-Tris propane, pH 7.0
分辨率 2.30 Å R-free 0.232
6MXX Structure of 53BP1 tandem Tudor domains in complex with small molecule UNC2991 提交 2018-10-31 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 G 1484–1603（120 aa）
链 H 1484–1603（120 aa）
未记录 PO4 PHOSPHATE ION × 4 K6P N-[3-(tert-butylamino)propyl]-3-iodobenzamide × 1 FMT FORMIC ACID × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；1 M sodium formate; 0.1 M Bis-Tris propane, pH 7.0
分辨率 2.30 Å R-free 0.232
6MXX Structure of 53BP1 tandem Tudor domains in complex with small molecule UNC2991 提交 2018-10-31 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 5 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 I 1484–1603（120 aa）
链 J 1484–1603（120 aa）
未记录 PO4 PHOSPHATE ION × 4 K6P N-[3-(tert-butylamino)propyl]-3-iodobenzamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；1 M sodium formate; 0.1 M Bis-Tris propane, pH 7.0
分辨率 2.30 Å R-free 0.232
6MXY Structure of 53BP1 tandem Tudor domains in complex with small molecule UNC3351 提交 2018-10-31 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1484–1603（120 aa）
链 B 1484–1603（120 aa）
未记录 PO4 PHOSPHATE ION × 5 K6M N-[3-(tert-butylamino)propyl]-3-(trifluoromethyl)benzamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；295 K；0.1 M sodium citrate tribasic, pH 5.6; 1M ammonium phosphate monobasic
分辨率 1.62 Å R-free 0.213
6MXZ Structure of 53BP1 Tudor domains in complex with small molecule UNC3474 提交 2018-10-31 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1484–1603（120 aa）
链 B 1484–1603（120 aa）
未记录 K6S N-[3-(tert-butylamino)propyl]-3-(propan-2-yl)benzamide × 1 FMT FORMIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；295 K；2 M sodium formate; 0.1 M bis-tris propane, pH 7.0
分辨率 2.50 Å R-free 0.223
6MXZ Structure of 53BP1 Tudor domains in complex with small molecule UNC3474 提交 2018-10-31 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 1484–1603（120 aa）
链 D 1484–1603（120 aa）
未记录 K6S N-[3-(tert-butylamino)propyl]-3-(propan-2-yl)benzamide × 1 FMT FORMIC ACID × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；295 K；2 M sodium formate; 0.1 M bis-tris propane, pH 7.0
分辨率 2.50 Å R-free 0.223
6MXZ Structure of 53BP1 Tudor domains in complex with small molecule UNC3474 提交 2018-10-31 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 E 1484–1603（120 aa）
链 F 1484–1603（120 aa）
未记录 K6S N-[3-(tert-butylamino)propyl]-3-(propan-2-yl)benzamide × 1 FMT FORMIC ACID × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；295 K；2 M sodium formate; 0.1 M bis-tris propane, pH 7.0
分辨率 2.50 Å R-free 0.223
6MXZ Structure of 53BP1 Tudor domains in complex with small molecule UNC3474 提交 2018-10-31 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 G 1484–1603（120 aa）
链 H 1484–1603（120 aa）
未记录 K6S N-[3-(tert-butylamino)propyl]-3-(propan-2-yl)benzamide × 1 FMT FORMIC ACID × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；295 K；2 M sodium formate; 0.1 M bis-tris propane, pH 7.0
分辨率 2.50 Å R-free 0.223
6MXZ Structure of 53BP1 Tudor domains in complex with small molecule UNC3474 提交 2018-10-31 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 5 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 I 1484–1603（120 aa）
链 J 1484–1603（120 aa）
未记录 K6S N-[3-(tert-butylamino)propyl]-3-(propan-2-yl)benzamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；295 K；2 M sodium formate; 0.1 M bis-tris propane, pH 7.0
分辨率 2.50 Å R-free 0.223
6MY0 Structure of 53BP1 Tandem Tudor domains with E1549P and D1550N mutations 提交 2018-10-31 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1484–1603（120 aa）
突变：E1549P, D1550N 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；295 K；1.5 M sodium/potassium phosphate, pH 6.0
分辨率 2.20 Å R-free 0.233
6MY0 Structure of 53BP1 Tandem Tudor domains with E1549P and D1550N mutations 提交 2018-10-31 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1484–1603（120 aa）
突变：E1549P, D1550N 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；295 K；1.5 M sodium/potassium phosphate, pH 6.0
分辨率 2.20 Å R-free 0.233
6VIP TUDOR DOMAIN OF TUMOR SUPPRESSOR P53BP1 WITH MFP-6008 提交 2020-01-13 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1488–1611（124 aa）
未记录 QXY {4-[(3,5-dimethyl-1H-pyrazol-1-yl)methyl]phenyl}(4-ethylpiperazin-1-yl)methanone × 1 UNX UNKNOWN LIGAND × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；2M ammonium sulfate, 0.1 M HEPES pH 7.5, 2% PEG 400
分辨率 1.36 Å R-free 0.211
6VIP TUDOR DOMAIN OF TUMOR SUPPRESSOR P53BP1 WITH MFP-6008 提交 2020-01-13 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1488–1611（124 aa）
未记录 QXY {4-[(3,5-dimethyl-1H-pyrazol-1-yl)methyl]phenyl}(4-ethylpiperazin-1-yl)methanone × 1 UNX UNKNOWN LIGAND × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；2M ammonium sulfate, 0.1 M HEPES pH 7.5, 2% PEG 400
分辨率 1.36 Å R-free 0.211
7LIN X-ray structure of SPOP MATH domain (D140G) in complex with a 53BP1 peptide 提交 2021-01-27 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1636–1650（15 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；SPOP MATH was at 24 mg/ml and 1:5 protein:53BP1 peptide molar ratio. Crystals were grown by the hanging drop method, mixing 2 ul of the protein sample in 20 mM Tris-HCl, pH 7.6, 150 mM NaCl, 5 mM DTT and 2 ul of the reservoir solution for the drop. The reservoir solution was 0.5 ml. Reservoir solution: 0.1 M sodium citrate tribasic dihydrate, pH 5.6, 0.2 M (NH4)2SO4, 1 M Li2SO4
分辨率 1.44 Å R-free 0.186
7LIO X-ray structure of SPOP MATH domain (S119D) in complex with a 53BP1 peptide 提交 2021-01-27 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 1636–1650（15 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；SPOP MATH (S119D) was at a concentration of 20 mg/ml with a 1:5 protein:53BP1 peptide molar ratio. Crystals were grown by the hanging drop method, mixing 2 ul of the protein sample in 20 mM Tris-HCl, pH 7.6, 150 mM NaCl, 5 mM DTT and 2 ul of the reservoir solution for the drop. The reservoir solution was 0.5 ml of 2 M (NH4)2SO4.
分辨率 3.01 Å R-free 0.277
7LIO X-ray structure of SPOP MATH domain (S119D) in complex with a 53BP1 peptide 提交 2021-01-27 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 1636–1650（15 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；SPOP MATH (S119D) was at a concentration of 20 mg/ml with a 1:5 protein:53BP1 peptide molar ratio. Crystals were grown by the hanging drop method, mixing 2 ul of the protein sample in 20 mM Tris-HCl, pH 7.6, 150 mM NaCl, 5 mM DTT and 2 ul of the reservoir solution for the drop. The reservoir solution was 0.5 ml of 2 M (NH4)2SO4.
分辨率 3.01 Å R-free 0.277
8EOM TUDOR DOMAIN OF TUMOR SUPPRESSOR P53BP1 WITH MFP-5973 提交 2022-10-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1488–1611（124 aa）
链 B 1488–1611（124 aa）
未记录 WNQ 4-(4-methylpiperazine-1-sulfonyl)benzamide × 2 UNX UNKNOWN LIGAND × 3 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；2M ammonium sulfate, 0.1 M HEPES pH 7.5, 2% PEG 400
分辨率 1.70 Å R-free 0.244
8F0W Tudor Domain of Tumor suppressor p53BP1 with MFP-5956 提交 2022-11-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1488–1611（124 aa）
链 B 1488–1611（124 aa）
未记录 X9N 1-[4-(4-ethylpiperazin-1-yl)-3-fluorophenyl]butan-1-one × 2 UNX UNKNOWN LIGAND × 35 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；2M ammonium sulfate, 0.1 M HEPES pH 7.5, 2% PEG 400
分辨率 1.52 Å R-free 0.234
8HKW Crystal structure of importin-alpha3 bound to the 53BP1 nuclear localization signal 提交 2022-11-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 1665–1686（22 aa）
链 D 1665–1686（22 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；Mother liquor contained PEG3350 and lithium nitrate. Crystal was grown in the presence of a synthetic peptide (amino acid sequence: GTSFSGRKIKTAVRRRK) that corresponds to human Nup153 residues 1459-1475).
分辨率 1.90 Å R-free 0.221
8SWJ Co-crystal structure of 53BP1 tandem Tudor domains in complex with UNC8531 提交 2023-05-18 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1488–1611（124 aa）
未记录 WWQ (3S)-N-(4'-carbamoyl[1,1'-biphenyl]-3-yl)-1-[4-(4-methylpiperazin-1-yl)pyridine-2-carbonyl]piperidine-3-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；20% PEG3350, 0.2M Ammonium Formate
分辨率 1.60 Å R-free 0.262
8SWJ Co-crystal structure of 53BP1 tandem Tudor domains in complex with UNC8531 提交 2023-05-18 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1488–1611（124 aa）
未记录 WWQ (3S)-N-(4'-carbamoyl[1,1'-biphenyl]-3-yl)-1-[4-(4-methylpiperazin-1-yl)pyridine-2-carbonyl]piperidine-3-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；20% PEG3350, 0.2M Ammonium Formate
分辨率 1.60 Å R-free 0.262
8SWJ Co-crystal structure of 53BP1 tandem Tudor domains in complex with UNC8531 提交 2023-05-18 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 1488–1611（124 aa）
未记录 WWQ (3S)-N-(4'-carbamoyl[1,1'-biphenyl]-3-yl)-1-[4-(4-methylpiperazin-1-yl)pyridine-2-carbonyl]piperidine-3-carboxamide × 1 UNX UNKNOWN LIGAND × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；20% PEG3350, 0.2M Ammonium Formate
分辨率 1.60 Å R-free 0.262
8SWJ Co-crystal structure of 53BP1 tandem Tudor domains in complex with UNC8531 提交 2023-05-18 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 D 1488–1611（124 aa）
未记录 WWQ (3S)-N-(4'-carbamoyl[1,1'-biphenyl]-3-yl)-1-[4-(4-methylpiperazin-1-yl)pyridine-2-carbonyl]piperidine-3-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；20% PEG3350, 0.2M Ammonium Formate
分辨率 1.60 Å R-free 0.262
8U4U Crystal structure of 53BP1 tandem Tudor domain homodimer engineered with two disulfide bridges 提交 2023-09-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1484–1603（120 aa）
链 B 1484–1603（120 aa）
突变：E1549C, E1567C 突变：E1549C, E1567C 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；Crystals of the protein (15 mg/mL) were obtained by the hanging drop vapor diffusion method, mixing 1 microliter of the sample in 50 mM Tris-HCl, pH 7.0, 100 mM NaCl and 1 microliter of the reservoir solution (0.1 M Bis-Tris, pH 6.5) at 293 K. The crystals were cryoprotected with 25% (w/v) xylitol
分辨率 3.79 Å R-free 0.300
8U4U Crystal structure of 53BP1 tandem Tudor domain homodimer engineered with two disulfide bridges 提交 2023-09-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 1484–1603（120 aa）
链 D 1484–1603（120 aa）
突变：E1549C, E1567C 突变：E1549C, E1567C 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；Crystals of the protein (15 mg/mL) were obtained by the hanging drop vapor diffusion method, mixing 1 microliter of the sample in 50 mM Tris-HCl, pH 7.0, 100 mM NaCl and 1 microliter of the reservoir solution (0.1 M Bis-Tris, pH 6.5) at 293 K. The crystals were cryoprotected with 25% (w/v) xylitol
分辨率 3.79 Å R-free 0.300
8U4U Crystal structure of 53BP1 tandem Tudor domain homodimer engineered with two disulfide bridges 提交 2023-09-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 E 1484–1603（120 aa）
链 F 1484–1603（120 aa）
突变：E1549C, E1567C 突变：E1549C, E1567C 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；Crystals of the protein (15 mg/mL) were obtained by the hanging drop vapor diffusion method, mixing 1 microliter of the sample in 50 mM Tris-HCl, pH 7.0, 100 mM NaCl and 1 microliter of the reservoir solution (0.1 M Bis-Tris, pH 6.5) at 293 K. The crystals were cryoprotected with 25% (w/v) xylitol
分辨率 3.79 Å R-free 0.300
8U4U Crystal structure of 53BP1 tandem Tudor domain homodimer engineered with two disulfide bridges 提交 2023-09-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 G 1484–1603（120 aa）
链 H 1484–1603（120 aa）
突变：E1549C, E1567C 突变：E1549C, E1567C 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；Crystals of the protein (15 mg/mL) were obtained by the hanging drop vapor diffusion method, mixing 1 microliter of the sample in 50 mM Tris-HCl, pH 7.0, 100 mM NaCl and 1 microliter of the reservoir solution (0.1 M Bis-Tris, pH 6.5) at 293 K. The crystals were cryoprotected with 25% (w/v) xylitol
分辨率 3.79 Å R-free 0.300
8U4U Crystal structure of 53BP1 tandem Tudor domain homodimer engineered with two disulfide bridges 提交 2023-09-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 5 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 I 1484–1603（120 aa）
链 J 1484–1603（120 aa）
突变：E1549C, E1567C 突变：E1549C, E1567C 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；Crystals of the protein (15 mg/mL) were obtained by the hanging drop vapor diffusion method, mixing 1 microliter of the sample in 50 mM Tris-HCl, pH 7.0, 100 mM NaCl and 1 microliter of the reservoir solution (0.1 M Bis-Tris, pH 6.5) at 293 K. The crystals were cryoprotected with 25% (w/v) xylitol
分辨率 3.79 Å R-free 0.300

共 34 个其他 PDB 条目、68 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TP53B_HUMAN
Isoform Q12888-3
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 2–125； UniProt 1488–1611

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

暂无 SAXS 图

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

暂无 P(r) 图
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6va5
沉积日期 deposition_date2019-12-16
结构标题 titleTudor Domain of Tumor suppressor p53BP1 with MFP-4184
关键词 keywords53BP1, Tudor, MFP-4184, Structural Genomics, Structural Genomics Consortium, SGC, TRANSCRIPTION; TRANSCRIPTION
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

该条目暂无 SAXS 数据。

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

该条目暂无 P(r) 分析数据。

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd6va5a1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.34 — SH3-like barrel
超家族 Superfamily superfamilyb.34.9 — Tudor/PWWP/MBT
家族 Family familyb.34.9.1 — Tudor domain
结构域编号 domain_idd6va5a2
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.34 — SH3-like barrel
超家族 Superfamily superfamilyb.34.9 — Tudor/PWWP/MBT
家族 Family familyb.34.9.1 — Tudor domain

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id6va5A01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture30 — Roll
拓扑 Topology topology30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily140 —
结构域编号 domain_id6va5A02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture30 — Roll
拓扑 Topology topology30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 —
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (0)