SAXSdb — 6vbi

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

;cGMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase ;

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白单体	单体	蛋白 1	(13bS)-4,9-dimethoxy-14-methyl-8,13,13b,14-tetrahydroindolo[2',3':3,4]pyrido[2,1-b]quinazolin-5(7H)-one × 1 water × 1	与蛋白数一致
2	蛋白单体	单体	蛋白 1	(13bS)-4,9-dimethoxy-14-methyl-8,13,13b,14-tetrahydroindolo[2',3':3,4]pyrido[2,1-b]quinazolin-5(7H)-one × 1 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PDE5A_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–325； UniProt 535–859 作者链 B； PDB构建体 1–325； UniProt 535–859

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6vbi
沉积日期 deposition_date	2019-12-18
结构标题 title	crystal structure of PDE5 in complex with a non-competitive inhibitor
关键词 keywords	PDE5, allosteric regulation, non-competitive inhibitors, HYDROLASE, HYDROLASE-INHIBITOR complex; HYDROLASE/INHIBITOR
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6vbi__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6vbi__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6vbi__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	19.99 Å
Rg（电子密度）	18.77 Å
总 Rg	19.79 Å
原子数	2490
残基数	304
排除体积	44624 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6vbi__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`6vbi__assembly_2__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	;cGMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase ;
分子量 formula_weight	37660.4 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.4.35
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	5096

EETRELQSLAAAVVPSAQTLKITDFSFSDFELSDLETALCTIRMFTDLNLVQNFQMKHEVLCRWILSVKKNYRKNVAYHNWRHAFNTAQCMFAALKAGKIQNKLTDLEILALLIAALSHDLDHRGVNNSYIQRSEHPLAQLYCHSIMEHHHFDQCLMILNSPGNQILSGLSIEEYKTTLKIIKQAILATDLALYIKRRGEFFELIRKNQFNLEDPHQKELFLAMLMTACDLSAITKPWPIQQRIAELVATEFFDQGDRERKELNIEPTDLMNREKKNKIPSMQVGFIDAICLQLYEALTHVSEDCFPLLDGCRKNRQKWQALAEQ

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	(13bS)-4,9-dimethoxy-14-methyl-8,13,13b,14-tetrahydroindolo[2',3':3,4]pyrido[2,1-b]quinazolin-5(7H)-one
分子量 formula_weight	363.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	146

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d6vbia_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.211 — HD-domain/PDEase-like
超家族 Superfamily superfamily	a.211.1 — HD-domain/PDEase-like
家族 Family family	a.211.1.2 — PDEase

结构域编号 domain_id	d6vbib_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.211 — HD-domain/PDEase-like
超家族 Superfamily superfamily	a.211.1 — HD-domain/PDEase-like
家族 Family family	a.211.1.2 — PDEase

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晶胞边长 a length_a	65.975 Å
晶胞边长 b length_b	85.519 Å
晶胞边长 c length_c	124.381 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	2.300 Å
最低分辨率 resolution_low	22.459 Å
R 因子 r_factor	0.1922
R_work r_work	0.1892
R_free r_free	0.2525

crystal structure of PDE5 in complex with a non-competitive inhibitor

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

;cGMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase ;

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6vbi__assembly_1__model_1

6vbi__assembly_1__model_1 | I(q)

6vbi__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

crystal structure of PDE5 in complex with a non-competitive inhibitor

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

;cGMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase ;

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6vbi__assembly_1__model_1

6vbi__assembly_1__model_1 | I(q)

6vbi__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

7. 引用文献 (1)