SAXSdb — 6vhr

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PE family immunomodulator PE5

Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv)

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	PPE family protein PPE4 × 1 （P9WI43） ESX-3 secretion-associated protein EspG3 × 1 （B2HNX0）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PE05_MYCTU
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 4–100； UniProt 6–102

PPE family protein PPE4

Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv)

UniProt P9WI43

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	PE family immunomodulator PE5 × 1 （L7N695） ESX-3 secretion-associated protein EspG3 × 1 （B2HNX0）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PPE04_MYCTU
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–178； UniProt 1–178

ESX-3 secretion-associated protein EspG3

Mycobacterium marinum (strain ATCC BAA-535 / M)

UniProt B2HNX0

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	PE family immunomodulator PE5 × 1 （L7N695） PPE family protein PPE4 × 1 （P9WI43）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	B2HNX0_MYCMM
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 3–288； UniProt 5–290

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6vhr
沉积日期 deposition_date	2020-01-10
结构标题 title	Structure of PE5-PPE4-EspG3 complex from the type VII (ESX-3) secretion system, space group I422
关键词 keywords	chaperone, protein secretion, PROTEIN TRANSPORT; PROTEIN TRANSPORT
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6vhr__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6vhr__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6vhr__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	34.00 Å
Rg（电子密度）	34.79 Å
总 Rg	34.63 Å
原子数	7206
残基数	497
排除体积	64751 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6vhr__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	PE family immunomodulator PE5
分子量 formula_weight	9228.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	7206

GAMVPEGLAAASAAVEALTARLAAAHASAAPVITAVVPPAADPVSLQTAAGFSAQGVEHAVVTAEGVEELGRAGVGVGESGASYLAGDAAAAATYGVVGG

来源 Source

来源生物 organism	Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83332
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	PPE family protein PPE4
分子量 formula_weight	18099.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MAAPIWMASPPEVHSALLSNGPGPGSLVAAATAWSQLSAEYASTAAELSGLLGAVPGWAWQGPSAEWYVAAHLPYVAWLTQASADAAGAAAQHEAAAAAYTTALAAMPTLAELAANHVIHTVLVATNFFGINTIPITLNEADYVRMWLQAAAVMGLYQAASGAALASAPRTVPAPTVM

来源 Source

来源生物 organism	Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83332
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	ESX-3 secretion-associated protein EspG3
分子量 formula_weight	30875.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MAPNAVELTVENAWFIAEMVGAGTFPWVLAITTPYSDEAQRSAFFARQRDELTQLGLLSSDGVVNPAVAEWIKVVCFPERWLDLRYVGPGTGNGGEDLLRGIVAQSAGIMGKAGKAHPSFNTVVALRNAQLVTFTAMDIDDPRALVPVLGVGLSARPPARFEEFSMPMRVGARADERLRSGESLDEVLDYLGIPVSARPVVQAVFSGPRSYVEIVAGCNRDGEHTTTDVGLSIVDTTAGRVLVSPSRAFDGEWVSTFSAGTPFATAVAIDQLIANLPDGQWFPGQRLS

来源 Source

来源生物 organism	Mycobacterium marinum (strain ATCC BAA-535 / M)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	216594
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

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晶胞边长 a length_a	219.090 Å
晶胞边长 b length_b	219.090 Å
晶胞边长 c length_c	104.430 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	I 4 2 2
空间群编号 int_tables_number	97
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.300 Å
最低分辨率 resolution_low	35.727 Å
R 因子 r_factor	0.2485
R_work r_work	0.2476
R_free r_free	0.2662

Structure of PE5-PPE4-EspG3 complex from the type VII (ESX-3) secretion system, space group I422

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PE family immunomodulator PE5

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

PPE family protein PPE4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

ESX-3 secretion-associated protein EspG3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6vhr__assembly_1__model_1

6vhr__assembly_1__model_1 | I(q)

6vhr__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

Structure of PE5-PPE4-EspG3 complex from the type VII (ESX-3) secretion system, space group I422

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PE family immunomodulator PE5

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

PPE family protein PPE4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

ESX-3 secretion-associated protein EspG3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6vhr__assembly_1__model_1

6vhr__assembly_1__model_1 | I(q)

6vhr__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)