6vid

The Crystal Structure of Aps Domain-Swapped Trimer Q108K:K40D:T53A:R58L:Q38F:Q4F Variant of HCRBPII

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 133.7 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Retinol-binding protein 2

Homo sapiens

UniProt P50120

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 2–134 链 B; UniProt 2–134 链 D; UniProt 2–134 突变:Q108K, K40D, T53A, R58L, Q38F, Q4F ACT ACETATE ION × 3 GOL GLYCEROL × 5 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;298 K;PEG 4000, Sodium acetate, Ammonium acetate 分辨率 2.89 Å R-free 0.308
2 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 2–134 链 E; UniProt 2–134 链 F; UniProt 2–134 突变:Q108K, K40D, T53A, R58L, Q38F, Q4F ACT ACETATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;298 K;PEG 4000, Sodium acetate, Ammonium acetate 分辨率 2.89 Å R-free 0.308

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 101 个其他 PDB 条目、199 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RET2_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–133; UniProt 2–134 作者链 B; PDB构建体 1–133; UniProt 2–134 作者链 C; PDB构建体 1–133; UniProt 2–134 作者链 D; PDB构建体 1–133; UniProt 2–134 作者链 E; PDB构建体 1–133; UniProt 2–134 作者链 F; PDB构建体 1–133; UniProt 2–134

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6vid

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6vid
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6vid
沉积日期 deposition_date2020-01-12
结构标题 titleThe Crystal Structure of Aps Domain-Swapped Trimer Q108K:K40D:T53A:R58L:Q38F:Q4F Variant of HCRBPII
关键词 keywordsDomain Swapped Trimer, iLBP, LIPID BINDING PROTEIN; LIPID BINDING PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier40.47
回转半径 Rg (电子) rg_electron40.72
零角强度 I(0) i0119915000.00
分子量 molecular_weight87193.0 kDa
排除体积 excluded_volume108200 ų
包络体积 envelope_volume155830 ų
水化壳体积 shell_volume35212 ų
包络直径 envelope_diameter134.9
壳层 Rg shell_rg41.37
包络 Rg envelope_rg39.88
形状 Rg shape_rg40.74
总 Rg total_rg40.71
总原子数 total_atoms6151
残基数 n_residues796
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax133.7
Rg (实空间) rg_real40.80
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.49
I(0) (实空间) i0_real1.1990e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.2500e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal40.48
I(0) (倒空间) i0_reciprocal119900000.0000
解质量估计 total_estimate0.5674
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary37.7
偏度 Skewness skewness0.448
峰度 Kurtosis kurtosis-0.718
角度范围 angular_range— – 0.1950 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha8598000.0000
实空间数据点数 n_real_points40
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.689; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.025; Positv: 1.000; Valcen: 0.615; Smooth: 0.614

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_idd6vida_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.60 — Lipocalins
超家族 Superfamily superfamilyb.60.1 — Lipocalins
家族 Family familyb.60.1.2 — Fatty acid binding protein-like
结构域编号 domain_idd6vidb_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.60 — Lipocalins
超家族 Superfamily superfamilyb.60.1 — Lipocalins
家族 Family familyb.60.1.2 — Fatty acid binding protein-like
结构域编号 domain_idd6vidc_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.60 — Lipocalins
超家族 Superfamily superfamilyb.60.1 — Lipocalins
家族 Family familyb.60.1.2 — Fatty acid binding protein-like
结构域编号 domain_idd6vidd_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.60 — Lipocalins
超家族 Superfamily superfamilyb.60.1 — Lipocalins
家族 Family familyb.60.1.2 — Fatty acid binding protein-like
结构域编号 domain_idd6vide_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.60 — Lipocalins
超家族 Superfamily superfamilyb.60.1 — Lipocalins
家族 Family familyb.60.1.2 — Fatty acid binding protein-like
结构域编号 domain_idd6vidf_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.60 — Lipocalins
超家族 Superfamily superfamilyb.60.1 — Lipocalins
家族 Family familyb.60.1.2 — Fatty acid binding protein-like

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)