6vwu

X-ray structure of ALKS 4230, a fusion of circularly permuted human Interleukin-2 and Interleukin-2 Receptor alpha

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 81.4 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Interleukin-2,Interleukin-2 receptor subunit alpha

Homo sapiens

UniProt P01589

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 22–186 未记录 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;293 K;An equal volume of protein was mixed with crystallization buffer, 25 % (w/v) PEG 3350, 0.2 M MgCl2, 0.1 M Hepes 7.5. Large crystals appeared within 48-72 hours, and were frozen in a cryoprotectant consisting of mother liquor with 10 % glycerol 分辨率 3.40 Å R-free 0.297

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 9 个其他 PDB 条目、13 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 IL2RA_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 139–303; UniProt 22–186

Interleukin-2,Interleukin-2 receptor subunit alpha

Homo sapiens

UniProt P60568

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 24–94 未记录 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;293 K;An equal volume of protein was mixed with crystallization buffer, 25 % (w/v) PEG 3350, 0.2 M MgCl2, 0.1 M Hepes 7.5. Large crystals appeared within 48-72 hours, and were frozen in a cryoprotectant consisting of mother liquor with 10 % glycerol 分辨率 3.40 Å R-free 0.297

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 33 个其他 PDB 条目、77 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 IL2_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 62–132; UniProt 24–94

Interleukin-2,Interleukin-2 receptor subunit alpha

Homo sapiens

UniProt Q6QWN0

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 75–133 未记录 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;293 K;An equal volume of protein was mixed with crystallization buffer, 25 % (w/v) PEG 3350, 0.2 M MgCl2, 0.1 M Hepes 7.5. Large crystals appeared within 48-72 hours, and were frozen in a cryoprotectant consisting of mother liquor with 10 % glycerol 分辨率 3.40 Å R-free 0.297

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 Q6QWN0_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–59; UniProt 75–133

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6vwu

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6vwu
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6vwu
沉积日期 deposition_date2020-02-20
结构标题 titleX-ray structure of ALKS 4230, a fusion of circularly permuted human Interleukin-2 and Interleukin-2 Receptor alpha
关键词 keywordscircular permutation, ALKS 4230, CYTOKINE; CYTOKINE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier22.01
回转半径 Rg (电子) rg_electron21.33
零角强度 I(0) i015963300.00
分子量 molecular_weight29421.0 kDa
排除体积 excluded_volume36610 ų
包络体积 envelope_volume45500 ų
水化壳体积 shell_volume18947 ų
包络直径 envelope_diameter81.6
壳层 Rg shell_rg26.72
包络 Rg envelope_rg21.66
形状 Rg shape_rg21.31
总 Rg total_rg22.14
总原子数 total_atoms2057
残基数 n_residues258
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax81.4
Rg (实空间) rg_real22.15
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.88
I(0) (实空间) i0_real1.5960e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.2070e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal22.12
I(0) (倒空间) i0_reciprocal15960000.0000
解质量估计 total_estimate0.8151
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary23.1
偏度 Skewness skewness0.556
峰度 Kurtosis kurtosis0.116
角度范围 angular_range— – 0.3600 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha2891000.0000
实空间数据点数 n_real_points68
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.631; Stabil: 0.995; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.751; Smooth: 0.963

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)