6wat

complex structure of PHF1

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PHD finger protein 1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Histone H3.1t peptide × 2 （Q16695） UNKNOWN ATOM OR ION × 12 water × 4	与蛋白数一致
10	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Histone H3.1t peptide × 2 （Q16695） UNKNOWN ATOM OR ION × 10 water × 4	与蛋白数一致
11	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Histone H3.1t peptide × 2 （Q16695） UNKNOWN ATOM OR ION × 2 water × 2	与蛋白数一致
12	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Histone H3.1t peptide × 2 （Q16695） UNKNOWN ATOM OR ION × 3 water × 3	与蛋白数一致
13	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Histone H3.1t peptide × 2 （Q16695） UNKNOWN ATOM OR ION × 2 water × 1	与蛋白数一致
14	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Histone H3.1t peptide × 2 （Q16695） UNKNOWN ATOM OR ION × 4	与蛋白数一致
15	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Histone H3.1t peptide × 2 （Q16695） UNKNOWN ATOM OR ION × 3	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Histone H3.1t peptide × 2 （Q16695） UNKNOWN ATOM OR ION × 11 water × 4	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Histone H3.1t peptide × 2 （Q16695） UNKNOWN ATOM OR ION × 15 water × 4	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Histone H3.1t peptide × 2 （Q16695） UNKNOWN ATOM OR ION × 11 water × 4	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Histone H3.1t peptide × 2 （Q16695） UNKNOWN ATOM OR ION × 18 water × 4	与蛋白数一致
6	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Histone H3.1t peptide × 2 （Q16695） UNKNOWN ATOM OR ION × 12 water × 4	与蛋白数一致
7	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Histone H3.1t peptide × 2 （Q16695） UNKNOWN ATOM OR ION × 8 water × 4	与蛋白数一致
8	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Histone H3.1t peptide × 2 （Q16695） UNKNOWN ATOM OR ION × 15 water × 4	与蛋白数一致
9	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Histone H3.1t peptide × 2 （Q16695） UNKNOWN ATOM OR ION × 4 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PHF1_HUMAN
Isoform	O43189-2
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 AA； PDB构建体 2–61； UniProt 28–87 作者链 AC； PDB构建体 2–61； UniProt 28–87 作者链 BA； PDB构建体 2–61； UniProt 28–87 作者链 BC； PDB构建体 2–61； UniProt 28–87 作者链 CA； PDB构建体 2–61； UniProt 28–87 作者链 CC； PDB构建体 2–61； UniProt 28–87 作者链 DA； PDB构建体 2–61； UniProt 28–87 作者链 DC； PDB构建体 2–61； UniProt 28–87 作者链 EA； PDB构建体 2–61； UniProt 28–87 作者链 EC； PDB构建体 2–61； UniProt 28–87 作者链 FA； PDB构建体 2–61； UniProt 28–87 作者链 FC； PDB构建体 2–61； UniProt 28–87 作者链 GA； PDB构建体 2–61； UniProt 28–87 作者链 GC； PDB构建体 2–61； UniProt 28–87 作者链 HA； PDB构建体 2–61； UniProt 28–87 作者链 HC； PDB构建体 2–61； UniProt 28–87 作者链 IA； PDB构建体 2–61； UniProt 28–87 作者链 IC； PDB构建体 2–61； UniProt 28–87 作者链 JA； PDB构建体 2–61； UniProt 28–87 作者链 JC； PDB构建体 2–61； UniProt 28–87 作者链 KA； PDB构建体 2–61； UniProt 28–87 作者链 KC； PDB构建体 2–61； UniProt 28–87 作者链 LA； PDB构建体 2–61； UniProt 28–87 作者链 LC； PDB构建体 2–61； UniProt 28–87 作者链 MA； PDB构建体 2–61； UniProt 28–87 作者链 MC； PDB构建体 2–61； UniProt 28–87 作者链 NA； PDB构建体 2–61； UniProt 28–87 作者链 NC； PDB构建体 2–61； UniProt 28–87 作者链 OA； PDB构建体 2–61； UniProt 28–87 作者链 OC； PDB构建体 2–61； UniProt 28–87

Histone H3.1t peptide

物种未注明

UniProt Q16695

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	PHD finger protein 1 × 2 （O43189） UNKNOWN ATOM OR ION × 12 water × 4	与蛋白数一致
10	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	PHD finger protein 1 × 2 （O43189） UNKNOWN ATOM OR ION × 10 water × 4	与蛋白数一致
11	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	PHD finger protein 1 × 2 （O43189） UNKNOWN ATOM OR ION × 2 water × 2	与蛋白数一致
12	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	PHD finger protein 1 × 2 （O43189） UNKNOWN ATOM OR ION × 3 water × 3	与蛋白数一致
13	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	PHD finger protein 1 × 2 （O43189） UNKNOWN ATOM OR ION × 2 water × 1	与蛋白数一致
14	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	PHD finger protein 1 × 2 （O43189） UNKNOWN ATOM OR ION × 4	与蛋白数一致
15	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	PHD finger protein 1 × 2 （O43189） UNKNOWN ATOM OR ION × 3	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	PHD finger protein 1 × 2 （O43189） UNKNOWN ATOM OR ION × 11 water × 4	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	PHD finger protein 1 × 2 （O43189） UNKNOWN ATOM OR ION × 15 water × 4	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	PHD finger protein 1 × 2 （O43189） UNKNOWN ATOM OR ION × 11 water × 4	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	PHD finger protein 1 × 2 （O43189） UNKNOWN ATOM OR ION × 18 water × 4	与蛋白数一致
6	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	PHD finger protein 1 × 2 （O43189） UNKNOWN ATOM OR ION × 12 water × 4	与蛋白数一致
7	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	PHD finger protein 1 × 2 （O43189） UNKNOWN ATOM OR ION × 8 water × 4	与蛋白数一致
8	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	PHD finger protein 1 × 2 （O43189） UNKNOWN ATOM OR ION × 15 water × 4	与蛋白数一致
9	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	PHD finger protein 1 × 2 （O43189） UNKNOWN ATOM OR ION × 4 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	H31T_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–9； UniProt 22–30 作者链 B； PDB构建体 1–9； UniProt 22–30 作者链 C； PDB构建体 1–9； UniProt 22–30 作者链 D； PDB构建体 1–9； UniProt 22–30 作者链 E； PDB构建体 1–9； UniProt 22–30 作者链 F； PDB构建体 1–9； UniProt 22–30 作者链 G； PDB构建体 1–9； UniProt 22–30 作者链 H； PDB构建体 1–9； UniProt 22–30 作者链 I； PDB构建体 1–9； UniProt 22–30 作者链 J； PDB构建体 1–9； UniProt 22–30 作者链 K； PDB构建体 1–9； UniProt 22–30 作者链 L； PDB构建体 1–9； UniProt 22–30 作者链 M； PDB构建体 1–9； UniProt 22–30 作者链 N； PDB构建体 1–9； UniProt 22–30 作者链 O； PDB构建体 1–9； UniProt 22–30 作者链 P； PDB构建体 1–9； UniProt 22–30 作者链 Q； PDB构建体 1–9； UniProt 22–30 作者链 R； PDB构建体 1–9； UniProt 22–30 作者链 S； PDB构建体 1–9； UniProt 22–30 作者链 T； PDB构建体 1–9； UniProt 22–30 作者链 V； PDB构建体 1–9； UniProt 22–30 作者链 Y； PDB构建体 1–9； UniProt 22–30 作者链 Z； PDB构建体 1–9； UniProt 22–30 作者链 a； PDB构建体 1–9； UniProt 22–30 作者链 b； PDB构建体 1–9； UniProt 22–30 作者链 c； PDB构建体 1–9； UniProt 22–30 作者链 d； PDB构建体 1–9； UniProt 22–30 作者链 e； PDB构建体 1–9； UniProt 22–30 作者链 f； PDB构建体 1–9； UniProt 22–30 作者链 g； PDB构建体 1–9； UniProt 22–30

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6wat
沉积日期 deposition_date	2020-03-26
结构标题 title	complex structure of PHF1
关键词 keywords	PHF1, Tudor, histone variant, complex, Structural Genomics, Structural Genomics Consortium, SGC, GENE REGULATION; GENE REGULATION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6wat__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	排除	—	—
	排除原因：来源记录无法明确判定原子或离子的元素，因此不能可靠计算。
2	1	`6wat__assembly_2__model_1`	tetrameric （4）	排除	—	—
	排除原因：来源记录无法明确判定原子或离子的元素，因此不能可靠计算。
3	1	`6wat__assembly_3__model_1`	tetrameric （4）	排除	—	—
	排除原因：来源记录无法明确判定原子或离子的元素，因此不能可靠计算。
4	1	`6wat__assembly_4__model_1`	tetrameric （4）	排除	—	—
	排除原因：来源记录无法明确判定原子或离子的元素，因此不能可靠计算。
5	1	`6wat__assembly_5__model_1`	tetrameric （4）	排除	—	—
	排除原因：来源记录无法明确判定原子或离子的元素，因此不能可靠计算。
6	1	`6wat__assembly_6__model_1`	tetrameric （4）	排除	—	—
	排除原因：来源记录无法明确判定原子或离子的元素，因此不能可靠计算。
7	1	`6wat__assembly_7__model_1`	tetrameric （4）	排除	—	—
	排除原因：来源记录无法明确判定原子或离子的元素，因此不能可靠计算。
8	1	`6wat__assembly_8__model_1`	tetrameric （4）	排除	—	—
	排除原因：来源记录无法明确判定原子或离子的元素，因此不能可靠计算。
9	1	`6wat__assembly_9__model_1`	tetrameric （4）	排除	—	—
	排除原因：来源记录无法明确判定原子或离子的元素，因此不能可靠计算。
10	1	`6wat__assembly_10__model_1`	tetrameric （4）	排除	—	—
	排除原因：来源记录无法明确判定原子或离子的元素，因此不能可靠计算。
11	1	`6wat__assembly_11__model_1`	tetrameric （4）	排除	—	—
	排除原因：来源记录无法明确判定原子或离子的元素，因此不能可靠计算。
12	1	`6wat__assembly_12__model_1`	tetrameric （4）	排除	—	—
	排除原因：来源记录无法明确判定原子或离子的元素，因此不能可靠计算。
13	1	`6wat__assembly_13__model_1`	tetrameric （4）	排除	—	—
	排除原因：来源记录无法明确判定原子或离子的元素，因此不能可靠计算。
14	1	`6wat__assembly_14__model_1`	tetrameric （4）	排除	—	—
	排除原因：来源记录无法明确判定原子或离子的元素，因此不能可靠计算。
15	1	`6wat__assembly_15__model_1`	tetrameric （4）	排除	—	—
	排除原因：来源记录无法明确判定原子或离子的元素，因此不能可靠计算。

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	PHD finger protein 1
分子量 formula_weight	6938.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	30

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	AA,AC,BA,BC,CA,CC,DA,DC,EA,EC,FA,FC,GA,GC,HA,HC,IA,IC,JA,JC,KA,KC,LA,LC,MA,MC,NA,NC,OA,OC
原子数 atom_count	16435

GRPRLWEGQDVLARWTDGLLYLGTIKKVDSAREVCLVQFEDDSQFLVLWKDISPAALPGEE

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Histone H3.1t peptide
分子量 formula_weight	1018.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	30

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,V,Y,Z,a,b,c,d,e,f,g

ATKVARKSA

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	UNKNOWN ATOM OR ION
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	130

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	564

▶

晶胞边长 a length_a	32.753 Å
晶胞边长 b length_b	286.814 Å
晶胞边长 c length_c	123.536 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.72 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	60

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	1.800 Å
最低分辨率 resolution_low	40.760 Å
R 因子 r_factor	0.2356
R_work r_work	0.2338
R_free r_free	0.2680

complex structure of PHF1

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PHD finger protein 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Histone H3.1t peptide

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

7. 引用文献 (1)

complex structure of PHF1

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PHD finger protein 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Histone H3.1t peptide

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

7. 引用文献 (1)