SAXSdb — 6wgo

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Lysozyme

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 19–147	未记录	NA SODIUM ION × 1 ACT ACETATE ION × 2 U0J {(2R)-1-[(anthracen-9-yl)methyl]-3-methyl-2,3-dihydro-1H-imidazol-2-yl}(dichloro)ruthenium × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.7；291 K；0.1 M Sodium Acetate pH 4.7 and 0.8 M Sodium Chloride	分辨率 1.30 Å R-free 0.192

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 6WGO	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3OTP Crystal structure of the DegP dodecamer with a model substrate 提交 2010-09-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric	链 G 36–76（41 aa）片段：a model peptide substrate 链 H 36–76（41 aa）片段：a model peptide substrate 链 I 36–76（41 aa）片段：a model peptide substrate 链 J 36–76（41 aa）片段：a model peptide substrate 链 K 36–76（41 aa）片段：a model peptide substrate 链 L 36–76（41 aa）片段：a model peptide substrate	突变：C30S 突变：C30S 突变：C30S 突变：C30S 突变：C30S 突变：C30S	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 3.6；291 K；65 mM citric acid, 35 mM Bis-Tris propane, 8% PEG3350, pH 3.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 18K, temperature 291K	分辨率 3.76 Å R-free 0.251
5A3Z Structure of monoclinic Lysozyme obtained by multi crystal data collection 提交 2015-06-04	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–147（147 aa）	未记录	NO3 NITRATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.59 Å R-free 0.265
5A3Z Structure of monoclinic Lysozyme obtained by multi crystal data collection 提交 2015-06-04	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–147（147 aa）	未记录	NO3 NITRATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.59 Å R-free 0.265
6PBB Crystal structure of Hen Egg White Lysozyme in complex with I3C 提交 2019-06-13	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 19–147（129 aa）	未记录	I3C 5-amino-2,4,6-triiodobenzene-1,3-dicarboxylic acid × 4 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.1；289 K；0.2 M Ammonium acetate, 20% w/v Polyethylene glycol 3,350	分辨率 1.89 Å R-free 0.240
6PL9 Adduct formed after 1 month in the reaction of dichlorido(1,3-dimethylbenzimidaz ol-2-ylidene)(eta5-pentamethylcyclopentadienyl)rhodium(III) with HEWL 提交 2019-06-30	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 19–147（129 aa）	未记录	ORS dichloro[(1,2,3,4,5-eta)-pentamethylcyclopentadienyl]rhodium × 1 R1N 2-(1-chloranyl-2,3,4,5,6-pentamethyl-1$l^{7}-rhodapentacyclo[2.2.0.0^{1,3}.0^{1,5}.0^{2,6}]hexan-1-yl)-1,3-dimethyl-benzimidazole × 1 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；297 K；Hen egg white lysozyme (100mg/mL), 0.8 M sodium chloride, and 0.1 M sodium acetate pH 4.7. Rh(III)(Cp*)(1,3-dimethylbenzimidazol-2-ylidene)(Cl)2 (1.09 mg, 1 mg/mL) soak occurred in 0.8 M sodium nitrate and 0.1 M sodium acetate pH 4.7	分辨率 1.20 Å R-free 0.203
6PLA Adducts formed after 1 month in the reaction of dichlorido(1,3-dimethylbenzimidazol-2-ylidene)(eta6-p-cymene)osmium(II) with HEWL 提交 2019-06-30	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 19–147（129 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 1 O1N dichlorido(1,3-dimethylbenzimidazol-2-ylidene)(eta6-p-cymene)osmium(II) × 2 OS OSMIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；297 K；Hen egg white lysozyme (100mg/mL), 0.8 M sodium chloride, and 0.1 M sodium acetate pH 4.7. Os(II)(cymene)(1,3-dimethylbenzimidazol-2-ylidene)(Cl)2 (1.04 mg, 1 mg/mL) soak occurred in 0.8 M sodium nitrate and 0.1 M sodium acetate pH 4.7	分辨率 1.25 Å R-free 0.184
6PLB Adducts formed after 1 month in the reaction of dichlorido(1,3-dimethylbenzimida zol-2-ylidene)(eta5-pentamethylcyclopentadienyl)iridium(III) with HEWL 提交 2019-06-30	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 19–147（129 aa）	未记录	OT1 2-(1-chloranyl-2,3,4,5,6-pentamethyl-1$l^{7}-iridapentacyclo[2.2.0.0^{1,3}.0^{1,5}.0^{2,6}]hexan-1-yl)-1,3-dimethyl-benzimidazole × 1 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；297 K；Hen egg white lysozyme (100mg/mL), 0.8 M sodium chloride, and 0.1 M sodium acetate pH 4.7. Ir(III)(Cp*)(1,3-dimethylbenzimidazol-2-ylidene)(chlorido)2 (1.13 mg, 1 mg/mL) soak occurred in 0.8 M sodium nitrate and 0.1 M sodium acetate pH 4.7	分辨率 1.30 Å R-free 0.190
6W7P Crystal Structure Analysis of Space-grown Lysozyme - Ground experiment 提交 2020-03-19	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 19–147（129 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 LIQUID DIFFUSION；pH 4.6；296 K；PEG 6000, NaCl, Na Acetate	分辨率 1.60 Å R-free 0.220
6W8E Crystal Structure Analysis of Space-grown Lysozyme 提交 2020-03-20	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 19–147（129 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 LIQUID DIFFUSION；pH 4.6；296 K；PEG 6000, NaCl, Na Acetate	分辨率 2.68 Å R-free 0.306
6WEB Multi-Hit SFX using MHz XFEL sources 提交 2020-04-01	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 19–147（129 aa）	未记录	ACT ACETATE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 BATCH MODE；pH 3.5；293 K；NaCl, ethylene glycol, PEG 3350, acetate buffer pH 3.5	分辨率 2.10 Å R-free 0.216
6WEC Multi-Hit SFX using MHz XFEL sources 提交 2020-04-01	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 19–147（129 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 ACT ACETATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 BATCH MODE；pH 3.5；293 K；NaCl, ethylene glycol, PEG 3350, acetate buffer pH 3.5	分辨率 2.10 Å R-free 0.299
6WRL The interaction of chlorido(1,5-cyclooctadiene)([4-(2-((tert-butoxycarbonyl)amino)-3-methoxy-3-oxopropyl)-1,3-dimethyl-1H-imidazol-3-ide])rhodium(I) with HEWL after 1 week 提交 2020-04-29	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 19–147（129 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 1 ACT ACETATE ION × 3 RH Rhodium × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.7；291 K；0.1 M Sodium Acetate pH 4.7 and 0.8 M Sodium Chloride	分辨率 1.35 Å R-free 0.215
6WRM The interaction of chlorido(1,5-cyclooctadiene)([4-(2-((tert-butoxycarbonyl)amino)-3-methoxy-3-oxopropyl)-1,3-dimethyl-1H-imidazol-3-ide])rhodium(I) with HEWL after 1 month 提交 2020-04-29	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 19–147（129 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 2 RH Rhodium × 1 U8G (4-{2-[(tert-butoxycarbonyl)amino]-3-methoxy-3-oxopropyl}-1,3-dimethyl-2,3-dihydro-1H-imidazol-2-yl)rhodium × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.7；291 K；0.1 M Sodium Acetate pH 4.7 and 0.8 M Sodium Chloride	分辨率 1.55 Å R-free 0.249
6WX5 Adducts formed after 3 weeks in the reaction of chlorido[chlorido(2,2'-((2-([2,2':6',2''-Terpyridin]-4'-yloxy)ethyl)azanediyl)bis(ethan-1-ol))platinum(II)] with HEWL 提交 2020-05-09	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 19–147（129 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 1 ACT ACETATE ION × 1 PT PLATINUM (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.7；291 K；0.1 M Sodium Acetate pH 4.7 and 0.8 M Sodium Chloride pH 4.7	分辨率 1.30 Å R-free 0.202
7D0W Crystal structure of Hen Egg White Lysozyme 提交 2020-09-12	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 19–147（129 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；298.15 K；PEG 3000, TRIS pH 5.6	分辨率 1.80 Å R-free 0.226

共 14 个其他 PDB 条目、15 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	B8YK79_CHICK
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–129； UniProt 19–147

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6wgo
沉积日期 deposition_date	2020-04-06
结构标题 title	The interaction of dichlorido(3-(anthracen-9-ylmethyl)-1-methylimidazol-2-ylidene)(eta6-p-cymene)ruthenium(II) with HEWL after 1 week
关键词 keywords	;metal-based, anticancer, ruthenium, NHC, carbene, HEWL, Hen egg White Lysozyme, lysozyme, metallodrug, imidazole, dimethylimidazole, HYDROLASE ;; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	15.63 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	14.44 Å
零角强度 I(0) i0	5021760.00
分子量 molecular_weight	14907.0 kDa
排除体积 excluded_volume	18107 Å³
包络体积 envelope_volume	20421 Å³
水化壳体积 shell_volume	12258 Å³
包络直径 envelope_diameter	55.6 Å
壳层 Rg shell_rg	20.02 Å
包络 Rg envelope_rg	14.84 Å
形状 Rg shape_rg	14.39 Å
总 Rg total_rg	15.60 Å
总原子数 total_atoms	1034
残基数 n_residues	129
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	54.3 Å
Rg (实空间) rg_real	15.59 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.34 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.0220e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.6890e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	15.59 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	5022000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7782
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	19.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.302
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.124
角度范围 angular_range	— – 0.5000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	776300.0000
实空间数据点数 n_real_points	80
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.712; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.977; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Lysozyme
分子量 formula_weight	14331.2 kDa
EC 编号 ec_number	3.2.1.17
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1203

KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	ACETATE ION
分子量 formula_weight	59.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	{(2R)-1-[(anthracen-9-yl)methyl]-3-methyl-2,3-dihydro-1H-imidazol-2-yl}(dichloro)ruthenium
分子量 formula_weight	444.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	96

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	6wgoA01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	530 — Lysozyme
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	78.305 Å
晶胞边长 b length_b	78.305 Å
晶胞边长 c length_c	38.025 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 43 21 2
空间群编号 int_tables_number	96
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.300 Å
最低分辨率 resolution_low	35.040 Å
R 因子 r_factor	0.1529
R_work r_work	0.1508
R_free r_free	0.1924

fit	/app/data/saxs_computation/wg/6wgo/6wgo.fit
pddf	/app/data/pr_computation/wg/6wgo/6wgo.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/wg/6wgo/6wgo.dat

The interaction of dichlorido(3-(anthracen-9-ylmethyl)-1-methylimidazol-2-ylidene)(eta6-p-cymene)ruthenium(II) with HEWL after 1 week

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Lysozyme

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction