6wl2

preTCRbeta-pMHC complex crystal structure

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 126.6 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

H-2 class I histocompatibility antigen, K-B alpha chain

Mus musculus

UniProt P01901

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 22–206 突变:G56C, C121Q ARG-GLY-TYR-VAL-TYR-GLN-GLY-LEU × 1 N15 preTCR beta × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;289.15 K;0.100 M Bicine pH 9.0, 15% (w/v)PEG 20000 分辨率 3.30 Å R-free 0.270
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 22–206 突变:G56C, C121Q ARG-GLY-TYR-VAL-TYR-GLN-GLY-LEU × 1 N15 preTCR beta × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;289.15 K;0.100 M Bicine pH 9.0, 15% (w/v)PEG 20000 分辨率 3.30 Å R-free 0.270
3 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 G; UniProt 22–206 突变:G56C, C121Q ARG-GLY-TYR-VAL-TYR-GLN-GLY-LEU × 1 N15 preTCR beta × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;289.15 K;0.100 M Bicine pH 9.0, 15% (w/v)PEG 20000 分辨率 3.30 Å R-free 0.270

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 83 个其他 PDB 条目、138 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 HA1B_MOUSE
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–185; UniProt 22–206 作者链 D; PDB构建体 1–185; UniProt 22–206 作者链 G; PDB构建体 1–185; UniProt 22–206

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6wl2

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6wl2
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6wl2
沉积日期 deposition_date2020-04-18
结构标题 titlepreTCRbeta-pMHC complex crystal structure
关键词 keywordspreTCR, H-2Kb, T cell development, beta selection, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier38.33
回转半径 Rg (电子) rg_electron37.52
零角强度 I(0) i0346652000.00
分子量 molecular_weight145580.0 kDa
排除体积 excluded_volume179900 ų
包络体积 envelope_volume253580 ų
水化壳体积 shell_volume56010 ų
包络直径 envelope_diameter135.7
壳层 Rg shell_rg44.19
包络 Rg envelope_rg36.51
形状 Rg shape_rg37.52
总 Rg total_rg37.96
总原子数 total_atoms10279
残基数 n_residues1265
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax126.6
Rg (实空间) rg_real38.14
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.98
I(0) (实空间) i0_real3.4670e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error5.9730e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal38.26
I(0) (倒空间) i0_reciprocal346700000.0000
解质量估计 total_estimate0.8779
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary52.5
偏度 Skewness skewness0.160
峰度 Kurtosis kurtosis-0.333
角度范围 angular_range— – 0.2050 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha33830000.0000
实空间数据点数 n_real_points42
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.825; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.994; Smooth: 0.940

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)