SAXSdb — 6wwz

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1

Rattus norvegicus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	C-C motif chemokine 20 × 1 （P78556） Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 × 1 Guanine nucleotide-binding protein G(o) subunit alpha,Guanine nucleotide-binding protein G(o) subunit alpha × 1 （P09471） scFv16 × 1 C-C chemokine receptor type 6,C-C chemokine receptor type 6 × 1 （P51684）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GBB1_RAT
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 13–351； UniProt 2–340

C-C motif chemokine 20

Homo sapiens

UniProt P78556

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 × 1 （P54311） Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 × 1 Guanine nucleotide-binding protein G(o) subunit alpha,Guanine nucleotide-binding protein G(o) subunit alpha × 1 （P09471） scFv16 × 1 C-C chemokine receptor type 6,C-C chemokine receptor type 6 × 1 （P51684）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CCL20_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–70； UniProt 27–96

Guanine nucleotide-binding protein G(o) subunit alpha,Guanine nucleotide-binding protein G(o) subunit alpha

Homo sapiens

UniProt P09471

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 × 1 （P54311） C-C motif chemokine 20 × 1 （P78556） Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 × 1 scFv16 × 1 C-C chemokine receptor type 6,C-C chemokine receptor type 6 × 1 （P51684）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	GNAO_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 16–69； UniProt 4–57 作者链 A； PDB构建体 78–250； UniProt 182–354

C-C chemokine receptor type 6,C-C chemokine receptor type 6

Homo sapiens

UniProt P51684

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 × 1 （P54311） C-C motif chemokine 20 × 1 （P78556） Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 × 1 Guanine nucleotide-binding protein G(o) subunit alpha,Guanine nucleotide-binding protein G(o) subunit alpha × 1 （P09471） scFv16 × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CCR6_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	6
链与序列区间	作者链 R； PDB构建体 147–519； UniProt 2–374

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6wwz
沉积日期 deposition_date	2020-05-09
结构标题 title	Cryo-EM structure of the human chemokine receptor CCR6 in complex with CCL20 and a Go protein
关键词 keywords	GPCR, Chemokine, Chemokine receptor, Complex, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6wwz__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6wwz__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6wwz__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	43.47 Å
Rg（电子密度）	43.77 Å
总 Rg	43.97 Å
原子数	9450
残基数	1211
排除体积	169210 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6wwz__assembly_1__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
分子量 formula_weight	38744.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B
原子数 atom_count	9450

MHHHHHHGSLLQSELDQLRQEAEQLKNQIRDARKACADATLSQITNNIDPVGRIQMRTRRTLRGHLAKIYAMHWGTDSRLLVSASQDGKLIIWDSYTTNKVHAIPLRSSWVMTCAYAPSGNYVACGGLDNICSIYNLKTREGNVRVSRELAGHTGYLSCCRFLDDNQIVTSSGDTTCALWDIETGQQTTTFTGHTGDVMSLSLAPDTRLFVSGACDASAKLWDVREGMCRQTFTGHESDINAICFFPNGNAFATGSDDATCRLFDLRADQELMTYSHDNIICGITSVSFSKSGRLLLAGYDDFNCNVWDALKADRAGVLAGHDNRVSCLGVTDDGMAVATGSWDSFLKIWN

来源 Source

来源生物 organism	Rattus norvegicus
通用名 common_name	Norway rat
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10116
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	C-C motif chemokine 20
分子量 formula_weight	8043.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

ASNFDCCLGYTDRILHPKFIVGFTRQLANEGCDINAIIFHTKKKLSVCANPKQTWVKYIVRLLSKKVKNM

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
分子量 formula_weight	7563.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Y

MASNNTASIAQARKLVEQLKMEANIDRIKVSKAAADLMAYCEAHAKEDPLLTPVPASENPFREKKFFC

来源 Source

来源生物 organism	Rattus norvegicus
通用名 common_name	Norway rat
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10116
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Guanine nucleotide-binding protein G(o) subunit alpha,Guanine nucleotide-binding protein G(o) subunit alpha
分子量 formula_weight	28195.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A

MGHHHHHHENLYFQGTLSAEERAALERSKAIEKNLKEDGISAAKDVKLLLLGADNSGKSTIVKQMKIIHGGSGGSGGTTGIVETHFTFKNLHFRLFDVGGQRSERKKWIHCFEDVTAIIFCVDLSDYDQVLHEDETTNRMHESLMDFDSICNNKFFIDTSIILFLNKKDLFGEKIKKSPLTICFPEYTGPNTYEDAAAYIQAQFESKNRSPNKEIYCHMTCATDTNNAQVIFDAVTDIIIANNLRGCGLY

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	scFv16
分子量 formula_weight	30895.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	S

METDTLLLWVLLLWVPGSTGDVQLVESGGGLVQPGGSRKLSCSASGFAFSSFGMHWVRQAPEKGLEWVAYISSGSGTIYYADTVKGRFTISRDDPKNTLFLQMTSLRSEDTAMYYCVRSIYYYGSSPFDFWGQGTTLTVSSGGGGSGGGGSGGGGSDIVMTQATSSVPVTPGESVSISCRSSKSLLHSNGNTYLYWFLQRPGQSPQLLIYRMSNLASGVPDRFSGSGSGTAFTLTISRLEAEDVGVYYCMQHLEYPLTFGAGTKLELKAAALEVLFQGPHHHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	Mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	C-C chemokine receptor type 6,C-C chemokine receptor type 6
分子量 formula_weight	60064.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	R

MKTIIALSYIFCLVFADYKDDDDAKLQTMGTADLEDNWETLNDNLKVIEKADNAAQVKDALTKMRAAALDAQKATPPKLEDKSPDSPEMKDFRHGFDILVGQIDDALKLANEGKVKEAQAAAEQLKTTRNAYIQKYLGSENLYFQGSGESMNFSDVFDSSEDYFVSVNTSYYSVDSEMLLCSLQEVRQFSRLFVPIAYSLICVFGLLGNILVVITFAFYKKARSMTDVYLLNMAIADILFVLTLPFWAVSHATGAWVFSNATCKLLKGIYAINFNCGMLLLTCISMDRYIAIVQATKSFRLRSRTLPRSKIICLVVWGLSVIISSSTFVFNQKYNTQGSDVCEPKYQTVSEPIRWKLLMLGLELLFGFFIPLMFMIFCYTFIVKTLVQAQNSKRHKAIRVIIAVVLVFLACQIPHNMVLLVTAANLGKMNRSCQSEKLIGYTKTVTEVLAFLHCCLNPVLYAFIGQKFRNYFLKILKDLWCVRRKYKSSGFSCAGRYSENISRQTSETADNDNASSFTMHHHHHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	6wwzA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	6wwzB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	130 — 7 Propeller
拓扑 Topology topology	10 — Methylamine Dehydrogenase; Chain H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase

结构域编号 domain_id	6wwzC00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 —

结构域编号 domain_id	6wwzY00
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	260 — G Protein Gi Gamma 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Transducin (heterotrimeric G protein), gamma chain

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.340 Å
最低分辨率 resolution_low	154.000 Å
R 因子 r_factor	0.3813
R_work r_work	0.3813
R_free r_free	—

分辨率 resolution	3.34 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	230450

Cryo-EM structure of the human chemokine receptor CCR6 in complex with CCL20 and a Go protein

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

C-C motif chemokine 20

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Guanine nucleotide-binding protein G(o) subunit alpha,Guanine nucleotide-binding protein G(o) subunit alpha

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

C-C chemokine receptor type 6,C-C chemokine receptor type 6

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6wwz__assembly_1__model_1

6wwz__assembly_1__model_1 | I(q)

6wwz__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)