SAXSdb — 6x0o

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Integral membrane indolylacetylinositol arabinosyltransferase EmbB

Mycolicibacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155)

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白单体	单体	蛋白 1	CALCIUM ION × 2 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	I7GAQ2_MYCS2
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–1082； UniProt 1–1082

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6x0o
沉积日期 deposition_date	2020-05-17
结构标题 title	Single-Particle Cryo-EM Structure of Arabinosyltransferase EmbB from Mycobacterium smegmatis
关键词 keywords	Glycosyltransferase, membrane protein, nanodisc; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6x0o__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6x0o__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6x0o__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	35.81 Å
Rg（电子密度）	35.19 Å
总 Rg	35.71 Å
原子数	16092
残基数	1037
排除体积	143790 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6x0o__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Integral membrane indolylacetylinositol arabinosyltransferase EmbB
分子量 formula_weight	118835.4 kDa
EC 编号 ec_number	2.4.2.34
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	16092

MSGNMDEAVSGNMDEAVSAGKDVRIARWVATIAGLLGFVLSVSIPLLPVTQTTATLNWPQQGRLDNVTAPLISQAPLELTATVPCSVVRDLPPEGGLVFGTAPAEGRDAALNAMLVNVTETRVDVIVRNVVVASVNRDRVAGPDCQRIEITSNLDGTYADFVGLTQISGEDAGKLQRTGYPDPNLRPAIVGVFTDLTGPAPQGLSVSAEIDTRFTTHPTALKLAAMLLAIVSTVIALLALWRLDRLDGRRMHRLIPTRWRTVTAVDGVVVGGMAIWYVIGANSSDDGYILQMARTAEHAGYMANYFRWFGSPEDPFGWYYNVLALMTKVSDASIWIRLPDLICALICWLLLSREVLPRLGPAVAGSRAAMWAAGLVLLGAWMPFNNGLRPEGQIATGALITYVLIERAVTSGRLTPAALAITTAAFTLGIQPTGLIAVAALLAGGRPILRIVMRRRRLVGTWPLIAPLLAAGTVILAVVFADQTIATVLEATRIRTAIGPSQEWWTENLRYYYLILPTTDGAISRRVAFVFTAMCLFPSLFMMLRRKHIAGVARGPAWRLMGIIFATMFFLMFTPTKWIHHFGLFAAVGGAMAALATVLVSPTVLRSARNRMAFLSLVLFVLAFCFASTNGWWYVSNFGAPFNNSVPKVGGVQISAIFFALSAIAALWAFWLHLTRRTESRVVDRLTAAPIPVAAGFMVVVMMASMAIGVVRQYPTYSNGWANIRAFAGGCGLADDVLVEPDSNAGFLTPLPGAYGPLGPLGGEDPQGFSPDGVPDRIIAEAIRLNNPQPGTDYDWNRPIKLDEPGINGSTVPLPYGLDPKRVPVAGTYSTEAQQESRLSSAWYELPARDETERAAHPLVVITAAGTITGESVANGLTTGQTVDLEYATRGPDGTLVPAGRVTPYDVGPTPSWRNLRYPRSEIPDDAVAVRVVAEDLSLSQGDWIAVTPPRVPELQSVQEYVGSDQPVLMDWAVGLAFPCQQPMLHANGVTEVPKFRISPDYYAKLQSTDTWQDGINGGLLGITDLLLRASVMSTYLSQDWGQDWGSLRKFDTVVEATPAELDFGSQTHSGLYSPGPLRIRPAENLYFQGWSHPQFEK

来源 Source

来源生物 organism	Mycolicibacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	246196
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
分子量 formula_weight	723.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	6x0oA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	610 — arabinofuranosyltransferase like domain

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

Single-Particle Cryo-EM Structure of Arabinosyltransferase EmbB from Mycobacterium smegmatis

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Integral membrane indolylacetylinositol arabinosyltransferase EmbB

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6x0o__assembly_1__model_1

6x0o__assembly_1__model_1 | I(q)

6x0o__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (1)

Single-Particle Cryo-EM Structure of Arabinosyltransferase EmbB from Mycobacterium smegmatis

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Integral membrane indolylacetylinositol arabinosyltransferase EmbB

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6x0o__assembly_1__model_1

6x0o__assembly_1__model_1 | I(q)

6x0o__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (1)