SAXSdb — 6x4h

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Sortilin

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合单体蛋白 × 1 其他聚合物 2 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 86–748	未记录	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 UOY 4-methyl-N-(6-phenoxypyridine-3-carbonyl)-L-leucine × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；20-25% PEG3350, 0.4M Na Malonate, pH8, 0.1M Tris, 5% Glycerol	分辨率 2.90 Å R-free 0.253

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 6X4H	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3F6K Crystal structure of the Vps10p domain of human sortilin/NTS3 in complex with neurotensin 提交 2008-11-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 78–756（679 aa）片段：UNP residues 78-756	未记录	PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.8；293 K；19% PEG 6000, 600 mM NaCl, 3% Glycerol, 100 mM HEPES, 93 mM Tris-HCl, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.00 Å R-free 0.229
3G2U VHS Domain of human GGA1 complexed with Sotilin C-terminal Peptide 提交 2009-02-01	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 819–831（13 aa）	未记录	IOD IODIDE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；292 K；15%(w/v) PEG 5000 mmE, 0.2M NH4I, 0.3M 1,6-hexanediol, 0.1M MES-NaOH, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K	分辨率 2.30 Å R-free 0.246
3G2U VHS Domain of human GGA1 complexed with Sotilin C-terminal Peptide 提交 2009-02-01	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 819–831（13 aa）	未记录	IOD IODIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；292 K；15%(w/v) PEG 5000 mmE, 0.2M NH4I, 0.3M 1,6-hexanediol, 0.1M MES-NaOH, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K	分辨率 2.30 Å R-free 0.246
3G2V VHS Domain of human GGA1 complexed with Sotilin C-terminal Phosphopeptide 提交 2009-02-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 819–831（13 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	IOD IODIDE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；292 K；16%(w/v) PEG 5000 mmE, 0.2M NH4I, 0.3M 1,6-hexanediol, 0.1M MES-NaOH, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K	分辨率 2.10 Å R-free 0.244
3G2V VHS Domain of human GGA1 complexed with Sotilin C-terminal Phosphopeptide 提交 2009-02-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 819–831（13 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	IOD IODIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；292 K；16%(w/v) PEG 5000 mmE, 0.2M NH4I, 0.3M 1,6-hexanediol, 0.1M MES-NaOH, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K	分辨率 2.10 Å R-free 0.244
4MSL Crystal structure of the Vps10p domain of human sortilin/NTS3 in complex with AF40431 提交 2013-09-18	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 78–756（679 aa）片段：Vps10p domain (UNP residues 78-756)	未记录	PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 2ET N-[(7-hydroxy-4-methyl-2-oxo-2H-chromen-8-yl)methyl]-L-leucine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.3；292 K；0.1 M HEPES-Tris, 0.4 M sodium malonate, 26 % (w/v) PEG 3350, 8 % (v/v) glycerol, pH 7.3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K	分辨率 2.70 Å R-free 0.227
4N7E Crystal structure of the Vps10p domain of human sortilin/NTS3 in complex with AF38469 提交 2013-10-15	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 78–756（679 aa）片段：UNP residues 78-756	突变：V617M	PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 2JQ 2-[(6-methylpyridin-2-yl)carbamoyl]-5-(trifluoromethyl)benzoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.3；292 K；0.1 M HEPES-Tris, 0.4 M sodium malonate, 27 % (w/v) PEG 3350, 4.5 % (v/v) glycerol, pH 7.3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K	分辨率 2.70 Å R-free 0.242
4PO7 Structure of the Sortilin:neurotensin complex at excess neurotensin concentration 提交 2014-02-25	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 78–756（679 aa）片段：unp residues 78-756	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.9；292 K；20% PEG 6k, 300 mM sodium malonate, 3% glycerol and 100 mM TrisHCl, pH 7.9, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K	分辨率 2.66 Å R-free 0.212
5MRH Crystal structure of the Vps10p domain of human sortilin/NTS3 in complex with Triazolone 1 提交 2016-12-23	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 78–756（679 aa）	未记录	Q9Z 3-(3-methylbutyl)-4~{H}-1,2,3-triazol-5-one × 1 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.3；292 K；0.1M HEPES-Tris pH=7.3 0.4 M Sodium malonate 22 % (w/V) PEG 3350 8 (V/V) glycerol	分辨率 2.50 Å R-free 0.233
5MRI Crystal structure of the Vps10p domain of human sortilin/NTS3 in complex with Triazolone 18 提交 2016-12-23	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 78–756（679 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 Q9Y ~{N}-methyl-3-(3-methylbutyl)-5-oxidanyl-1,2,3-triazole-4-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.3；292 K；0.1 M HEPES-Tris pH 7.3 0.4 M Sodium malonate 6 % (V/V) glycerol 26 % (w/V) PEG 3350	分辨率 2.00 Å R-free 0.219
6EHO Dimer of the Sortilin Vps10p domain at low pH 提交 2017-09-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 34–756（723 aa）	突变：R43G , R44G	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；291 K；2.0 Ammonium sulphate	分辨率 3.50 Å R-free 0.272
6X3L Sortilin-Progranulin Interaction With Compound 2 提交 2020-05-21	构建体不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–756（756 aa）	未记录	UMJ 1-benzyl-3-tert-butyl-1H-pyrazole-5-carboxylic acid × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；20-25% PEG3350, 0.4M Na Malonate, pH8, 0.1M Tris, 5% Glycerol	分辨率 2.70 Å R-free 0.269
6X48 Sortilin-Progranulin Interaction With Compound 17 提交 2020-05-22	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 86–748（663 aa）	未记录	UP4 N-(3,5-dichlorobenzene-1-carbonyl)-5,5-dimethyl-L-norleucine × 1 UNL UNKNOWN LIGAND × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；20-25% PEG3350, 0.4M Na Malonate, pH8, 0.1M Tris, 5% Glycerol	分辨率 2.90 Å R-free 0.252
8T8R Sortilin-PGRN peptide complex 提交 2023-06-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 79–756（678 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；20.00 %w/ PEG 3350, 0.20 M Sodium citrate	分辨率 2.87 Å R-free 0.287
8T8S Sortilin-PGRN peptide complex 提交 2023-06-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 79–756（678 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7；293 K；0.10 M Tris, 30.00 %w/v PEG 3000, 0.20 M NaCl	分辨率 2.99 Å R-free 0.275
8T8S Sortilin-PGRN peptide complex 提交 2023-06-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 79–756（678 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7；293 K；0.10 M Tris, 30.00 %w/v PEG 3000, 0.20 M NaCl	分辨率 2.99 Å R-free 0.275
9I0N Cryo-EM structure of human sortilin ectodomain 提交 2025-01-15	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 34–756（723 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å
9I0O Cryo-EM structure of human sortilin ectodomain in complex with a thyroglobulin C-terminal peptide 提交 2025-01-15	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 34–756（723 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.36 Å
9R18 Structure of Sortilin ECD in complex with TNFa-targeting SORTAC 提交 2025-04-25	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–756（756 aa）	突变：V650M	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 A1JCL (2~{S})-2-[[6-[3-[8-[2-[(2~{R})-4-[5-[1-[(2-cyanopyridin-3-yl)methyl]-2,2-dimethyl-3-oxidanylidene-pyrrolo[2,3-b]pyridin-6-yl]pyrimidin-2-yl]-2-methyl-piperazin-1-yl]-2-oxidanylidene-ethoxy]octylcarbamoyl]phenoxy]pyridin-3-yl]carbonylamino]-5,5-dimethyl-hexanoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；292.15 K；22 % PEG6000, 1.1 M NaCl, 8% glycerol, 50 mM HEPES pH 8.0	分辨率 2.80 Å R-free 0.253

共 16 个其他 PDB 条目、19 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SORT_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–663； UniProt 86–748

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6x4h
沉积日期 deposition_date	2020-05-22
结构标题 title	Sortilin-Progranulin Interaction With Compound 24
关键词 keywords	Protein Protein Interaction, UNKNOWN FUNCTION; UNKNOWN FUNCTION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	28.63 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	27.46 Å
零角强度 I(0) i0	93534000.00
分子量 molecular_weight	74326.0 kDa
排除体积 excluded_volume	92301 Å³
包络体积 envelope_volume	120830 Å³
水化壳体积 shell_volume	35786 Å³
包络直径 envelope_diameter	102.7 Å
壳层 Rg shell_rg	35.77 Å
包络 Rg envelope_rg	27.27 Å
形状 Rg shape_rg	27.43 Å
总 Rg total_rg	28.40 Å
总原子数 total_atoms	5230
残基数 n_residues	654
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	95.1 Å
Rg (实空间) rg_real	28.49 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.72 Å
I(0) (实空间) i0_real	9.3530e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.5650e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	28.55 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	93540000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8837
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	93.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.118
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.455
角度范围 angular_range	— – 0.2750 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	16860000.0000
实空间数据点数 n_real_points	56
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.837; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.973

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Sortilin
分子量 formula_weight	74255.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	5240

CGRVRDFVAKLANNTHQHVFDDLRGSVSLSWVGDSTGVILVLTTFHVPLVIMTFGQSKLYRSEDYGKNFKDITDLINNTFIRTEFGMAIGPENSGKVVLTAEVSGGSRGGRIFRSSDFAKNFVQTDLPFHPLTQMMYSPQNSDYLLALSTENGLWVSKNFGGKWEEIHKAVCLAKWGSDNTIFFTTYANGSCKADLGALELWRTSDLGKSFKTIGVKIYSFGLGGRFLFASVMADKDTTRRIHVSTDQGDTWSMAQLPSVGQEQFYSILAANDDMVFMHVDEPGDTGFGTIFTSDDRGIVYSKSLDRHLYTTTGGETDFTNVTSLRGVYITSVLSEDNSIQTMITFDQGGRWTHLRKPENSECDATAKNKNECSLHIHASYSISQKLNVPMAPLSEPNAVGIVIAHGSVGDAISVMVPDVYISDDGGYSWTKMLEGPHYYTILDSGGIIVAIEHSSRPINVIKFSTDEGQCWQTYTFTRDPIYFTGLASEPGARSMNISIWGFTESFLTSQWVSYTIDFKDILERNCEEKDYTIWLAHSTDPEDYEDGCILGYKEQFLRLRKSSMCQNGRDYVVTKQPSICLCSLEDFLCDFGYYRPENDSKCVEQPELKGHDLEFCLYGREEHLTTNGYRKIPGDKCQGGVNPVREVKDLKKKCTSNFLSPE

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Cricetulus griseus

实体 2 Entity 2 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	4-methyl-N-(6-phenoxypyridine-3-carbonyl)-L-leucine
分子量 formula_weight	342.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	10

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	6x4hA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	70 — Complement Module; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 — Sortilin Vps10-D, 10CC-a domain

结构域编号 domain_id	6x4hA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	60 — Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	270 —

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	161.458 Å
晶胞边长 b length_b	79.444 Å
晶胞边长 c length_c	111.545 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	127.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.900 Å
最低分辨率 resolution_low	32.290 Å
R 因子 r_factor	0.2037
R_work r_work	0.2010
R_free r_free	0.2526

fit	/app/data/saxs_computation/x4/6x4h/6x4h.fit
pddf	/app/data/pr_computation/x4/6x4h/6x4h.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/x4/6x4h/6x4h.dat

Sortilin-Progranulin Interaction With Compound 24

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Sortilin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction