6xby

Cryo-EM structure of V-ATPase from bovine brain, state 2

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 217.6 Å Quality: EXCELLENT

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

V-type proton ATPase catalytic subunit A

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 30 PDB 声明：30-meric（30）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–617 链 B； UniProt 1–617 链 C； UniProt 1–617	未记录	V-type proton ATPase subunit B, brain isoform × 3 （P31408） V-type proton ATPase subunit C 1 × 1 （P21282） V-type proton ATPase subunit D × 1 （A0A3Q1M4W9） V-type proton ATPase subunit E 1 × 3 （P11019） V-type proton ATPase subunit F × 1 （Q28029） V-type proton ATPase subunit G × 3 （Q0VCV6） V-type proton ATPase subunit H × 1 （F1MZL6） V-type proton ATPase subunit a × 1 （F1MJV0） V-type proton ATPase 21 kDa proteolipid subunit × 1 （Q2TA24） V-type proton ATPase subunit d 1 × 1 （P61420） V-type proton ATPase 16 kDa proteolipid subunit × 9 （P23956） V-type proton ATPase subunit S1 × 1 （P40682） Renin receptor × 1 （P81134） MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 7 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.79 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 6XBY	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
6XBW Cryo-EM structure of V-ATPase from bovine brain, state 1 提交 2020-06-07	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 32 PDB 声明：32-meric	链 A 1–617（617 aa）链 B 1–617（617 aa）链 C 1–617（617 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 9 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 OLA OLEIC ACID × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.37 Å
7KHR Cryo-EM structure of bafilomycin A1-bound intact V-ATPase from bovine brain 提交 2020-10-21	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 32 PDB 声明：32-meric	链 A 1–617（617 aa）链 B 1–617（617 aa）链 C 1–617（617 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 WJP methyl (3R,6Z,10E,14E)-3,7,11,15,19-pentamethylicosa-6,10,14,18-tetraen-1-yl dihydrogen diphosphate × 1 POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 8 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7 OLA OLEIC ACID × 1 WEV (5R)-2,4-dideoxy-1-C-{(2S,3R,4S)-3-hydroxy-4-[(2R,3S,4E,6E,9R,10S,11R,12E,14Z)-10-hydroxy-3,15-dimethoxy-7,9,11,13-tetramethyl-16-oxo-1-oxacyclohexadeca-4,6,12,14-tetraen-2-yl]pentan-2-yl}-4-methyl-5-propan-2-yl-alpha-D-threo-pentopyranose × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.62 Å
7UNE The V1 region of bovine V-ATPase in complex with human mEAK7 (focused refinement) 提交 2022-04-10	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric	链 L 1–617（617 aa）链 M 1–617（617 aa）链 N 1–617（617 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.73 Å

共 3 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	VATA_BOVIN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–617； UniProt 1–617 作者链 B； PDB构建体 1–617； UniProt 1–617 作者链 C； PDB构建体 1–617； UniProt 1–617

V-type proton ATPase subunit B, brain isoform

物种未注明

UniProt P31408

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 30 PDB 声明：30-meric（30）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 1–511 链 E； UniProt 1–511 链 F； UniProt 1–511	未记录	V-type proton ATPase catalytic subunit A × 3 （P31404） V-type proton ATPase subunit C 1 × 1 （P21282） V-type proton ATPase subunit D × 1 （A0A3Q1M4W9） V-type proton ATPase subunit E 1 × 3 （P11019） V-type proton ATPase subunit F × 1 （Q28029） V-type proton ATPase subunit G × 3 （Q0VCV6） V-type proton ATPase subunit H × 1 （F1MZL6） V-type proton ATPase subunit a × 1 （F1MJV0） V-type proton ATPase 21 kDa proteolipid subunit × 1 （Q2TA24） V-type proton ATPase subunit d 1 × 1 （P61420） V-type proton ATPase 16 kDa proteolipid subunit × 9 （P23956） V-type proton ATPase subunit S1 × 1 （P40682） Renin receptor × 1 （P81134） MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 7 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.79 Å

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 6XBY	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
6XBW Cryo-EM structure of V-ATPase from bovine brain, state 1 提交 2020-06-07	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 32 PDB 声明：32-meric	链 D 1–511（511 aa）链 E 1–511（511 aa）链 F 1–511（511 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 9 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 OLA OLEIC ACID × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.37 Å
7KHR Cryo-EM structure of bafilomycin A1-bound intact V-ATPase from bovine brain 提交 2020-10-21	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 32 PDB 声明：32-meric	链 D 1–511（511 aa）链 E 1–511（511 aa）链 F 1–511（511 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 WJP methyl (3R,6Z,10E,14E)-3,7,11,15,19-pentamethylicosa-6,10,14,18-tetraen-1-yl dihydrogen diphosphate × 1 POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 8 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7 OLA OLEIC ACID × 1 WEV (5R)-2,4-dideoxy-1-C-{(2S,3R,4S)-3-hydroxy-4-[(2R,3S,4E,6E,9R,10S,11R,12E,14Z)-10-hydroxy-3,15-dimethoxy-7,9,11,13-tetramethyl-16-oxo-1-oxacyclohexadeca-4,6,12,14-tetraen-2-yl]pentan-2-yl}-4-methyl-5-propan-2-yl-alpha-D-threo-pentopyranose × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.62 Å
7UNE The V1 region of bovine V-ATPase in complex with human mEAK7 (focused refinement) 提交 2022-04-10	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric	链 O 1–511（511 aa）链 P 1–511（511 aa）链 Q 1–511（511 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.73 Å

共 3 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	VATB2_BOVIN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–511； UniProt 1–511 作者链 E； PDB构建体 1–511； UniProt 1–511 作者链 F； PDB构建体 1–511； UniProt 1–511

V-type proton ATPase subunit C 1

物种未注明

UniProt P21282

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 30 PDB 声明：30-meric（30）与蛋白拷贝数一致	链 G； UniProt 1–382	未记录	V-type proton ATPase catalytic subunit A × 3 （P31404） V-type proton ATPase subunit B, brain isoform × 3 （P31408） V-type proton ATPase subunit D × 1 （A0A3Q1M4W9） V-type proton ATPase subunit E 1 × 3 （P11019） V-type proton ATPase subunit F × 1 （Q28029） V-type proton ATPase subunit G × 3 （Q0VCV6） V-type proton ATPase subunit H × 1 （F1MZL6） V-type proton ATPase subunit a × 1 （F1MJV0） V-type proton ATPase 21 kDa proteolipid subunit × 1 （Q2TA24） V-type proton ATPase subunit d 1 × 1 （P61420） V-type proton ATPase 16 kDa proteolipid subunit × 9 （P23956） V-type proton ATPase subunit S1 × 1 （P40682） Renin receptor × 1 （P81134） MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 7 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.79 Å

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 6XBY	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
6XBW Cryo-EM structure of V-ATPase from bovine brain, state 1 提交 2020-06-07	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 32 PDB 声明：32-meric	链 G 1–382（382 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 9 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 OLA OLEIC ACID × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.37 Å
7KHR Cryo-EM structure of bafilomycin A1-bound intact V-ATPase from bovine brain 提交 2020-10-21	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 32 PDB 声明：32-meric	链 G 1–382（382 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 WJP methyl (3R,6Z,10E,14E)-3,7,11,15,19-pentamethylicosa-6,10,14,18-tetraen-1-yl dihydrogen diphosphate × 1 POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 8 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7 OLA OLEIC ACID × 1 WEV (5R)-2,4-dideoxy-1-C-{(2S,3R,4S)-3-hydroxy-4-[(2R,3S,4E,6E,9R,10S,11R,12E,14Z)-10-hydroxy-3,15-dimethoxy-7,9,11,13-tetramethyl-16-oxo-1-oxacyclohexadeca-4,6,12,14-tetraen-2-yl]pentan-2-yl}-4-methyl-5-propan-2-yl-alpha-D-threo-pentopyranose × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.62 Å

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称	VATC1_BOVIN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 G； PDB构建体 1–382； UniProt 1–382

V-type proton ATPase subunit D

物种未注明

UniProt A0A3Q1M4W9

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 30 PDB 声明：30-meric（30）与蛋白拷贝数一致	链 H； UniProt 1–247	未记录	V-type proton ATPase catalytic subunit A × 3 （P31404） V-type proton ATPase subunit B, brain isoform × 3 （P31408） V-type proton ATPase subunit C 1 × 1 （P21282） V-type proton ATPase subunit E 1 × 3 （P11019） V-type proton ATPase subunit F × 1 （Q28029） V-type proton ATPase subunit G × 3 （Q0VCV6） V-type proton ATPase subunit H × 1 （F1MZL6） V-type proton ATPase subunit a × 1 （F1MJV0） V-type proton ATPase 21 kDa proteolipid subunit × 1 （Q2TA24） V-type proton ATPase subunit d 1 × 1 （P61420） V-type proton ATPase 16 kDa proteolipid subunit × 9 （P23956） V-type proton ATPase subunit S1 × 1 （P40682） Renin receptor × 1 （P81134） MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 7 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.79 Å

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 6XBY	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
6XBW Cryo-EM structure of V-ATPase from bovine brain, state 1 提交 2020-06-07	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 32 PDB 声明：32-meric	链 H 1–247（247 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 9 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 OLA OLEIC ACID × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.37 Å
7KHR Cryo-EM structure of bafilomycin A1-bound intact V-ATPase from bovine brain 提交 2020-10-21	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 32 PDB 声明：32-meric	链 H 1–247（247 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 WJP methyl (3R,6Z,10E,14E)-3,7,11,15,19-pentamethylicosa-6,10,14,18-tetraen-1-yl dihydrogen diphosphate × 1 POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 8 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7 OLA OLEIC ACID × 1 WEV (5R)-2,4-dideoxy-1-C-{(2S,3R,4S)-3-hydroxy-4-[(2R,3S,4E,6E,9R,10S,11R,12E,14Z)-10-hydroxy-3,15-dimethoxy-7,9,11,13-tetramethyl-16-oxo-1-oxacyclohexadeca-4,6,12,14-tetraen-2-yl]pentan-2-yl}-4-methyl-5-propan-2-yl-alpha-D-threo-pentopyranose × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.62 Å
7UNE The V1 region of bovine V-ATPase in complex with human mEAK7 (focused refinement) 提交 2022-04-10	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric	链 D 1–247（247 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.73 Å

共 3 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A3Q1M4W9_BOVIN
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 H； PDB构建体 1–247； UniProt 1–247

V-type proton ATPase subunit E 1

物种未注明

UniProt P11019

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 30 PDB 声明：30-meric（30）与蛋白拷贝数一致	链 I； UniProt 1–226 链 J； UniProt 1–226 链 K； UniProt 1–226	未记录	V-type proton ATPase catalytic subunit A × 3 （P31404） V-type proton ATPase subunit B, brain isoform × 3 （P31408） V-type proton ATPase subunit C 1 × 1 （P21282） V-type proton ATPase subunit D × 1 （A0A3Q1M4W9） V-type proton ATPase subunit F × 1 （Q28029） V-type proton ATPase subunit G × 3 （Q0VCV6） V-type proton ATPase subunit H × 1 （F1MZL6） V-type proton ATPase subunit a × 1 （F1MJV0） V-type proton ATPase 21 kDa proteolipid subunit × 1 （Q2TA24） V-type proton ATPase subunit d 1 × 1 （P61420） V-type proton ATPase 16 kDa proteolipid subunit × 9 （P23956） V-type proton ATPase subunit S1 × 1 （P40682） Renin receptor × 1 （P81134） MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 7 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.79 Å

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 6XBY	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
6XBW Cryo-EM structure of V-ATPase from bovine brain, state 1 提交 2020-06-07	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 32 PDB 声明：32-meric	链 I 1–226（226 aa）链 J 1–226（226 aa）链 K 1–226（226 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 9 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 OLA OLEIC ACID × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.37 Å
7KHR Cryo-EM structure of bafilomycin A1-bound intact V-ATPase from bovine brain 提交 2020-10-21	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 32 PDB 声明：32-meric	链 I 1–226（226 aa）链 J 1–226（226 aa）链 K 1–226（226 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 WJP methyl (3R,6Z,10E,14E)-3,7,11,15,19-pentamethylicosa-6,10,14,18-tetraen-1-yl dihydrogen diphosphate × 1 POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 8 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7 OLA OLEIC ACID × 1 WEV (5R)-2,4-dideoxy-1-C-{(2S,3R,4S)-3-hydroxy-4-[(2R,3S,4E,6E,9R,10S,11R,12E,14Z)-10-hydroxy-3,15-dimethoxy-7,9,11,13-tetramethyl-16-oxo-1-oxacyclohexadeca-4,6,12,14-tetraen-2-yl]pentan-2-yl}-4-methyl-5-propan-2-yl-alpha-D-threo-pentopyranose × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.62 Å
7UNE The V1 region of bovine V-ATPase in complex with human mEAK7 (focused refinement) 提交 2022-04-10	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric	链 b 1–226（226 aa）链 c 1–226（226 aa）链 d 1–226（226 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.73 Å

共 3 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	VATE1_BOVIN
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 I； PDB构建体 1–226； UniProt 1–226 作者链 J； PDB构建体 1–226； UniProt 1–226 作者链 K； PDB构建体 1–226； UniProt 1–226

V-type proton ATPase subunit F

物种未注明

UniProt Q28029

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 30 PDB 声明：30-meric（30）与蛋白拷贝数一致	链 L； UniProt 1–119	未记录	V-type proton ATPase catalytic subunit A × 3 （P31404） V-type proton ATPase subunit B, brain isoform × 3 （P31408） V-type proton ATPase subunit C 1 × 1 （P21282） V-type proton ATPase subunit D × 1 （A0A3Q1M4W9） V-type proton ATPase subunit E 1 × 3 （P11019） V-type proton ATPase subunit G × 3 （Q0VCV6） V-type proton ATPase subunit H × 1 （F1MZL6） V-type proton ATPase subunit a × 1 （F1MJV0） V-type proton ATPase 21 kDa proteolipid subunit × 1 （Q2TA24） V-type proton ATPase subunit d 1 × 1 （P61420） V-type proton ATPase 16 kDa proteolipid subunit × 9 （P23956） V-type proton ATPase subunit S1 × 1 （P40682） Renin receptor × 1 （P81134） MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 7 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.79 Å

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 6XBY	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
6XBW Cryo-EM structure of V-ATPase from bovine brain, state 1 提交 2020-06-07	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 32 PDB 声明：32-meric	链 L 1–119（119 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 9 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 OLA OLEIC ACID × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.37 Å
7KHR Cryo-EM structure of bafilomycin A1-bound intact V-ATPase from bovine brain 提交 2020-10-21	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 32 PDB 声明：32-meric	链 L 1–119（119 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 WJP methyl (3R,6Z,10E,14E)-3,7,11,15,19-pentamethylicosa-6,10,14,18-tetraen-1-yl dihydrogen diphosphate × 1 POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 8 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7 OLA OLEIC ACID × 1 WEV (5R)-2,4-dideoxy-1-C-{(2S,3R,4S)-3-hydroxy-4-[(2R,3S,4E,6E,9R,10S,11R,12E,14Z)-10-hydroxy-3,15-dimethoxy-7,9,11,13-tetramethyl-16-oxo-1-oxacyclohexadeca-4,6,12,14-tetraen-2-yl]pentan-2-yl}-4-methyl-5-propan-2-yl-alpha-D-threo-pentopyranose × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.62 Å

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称	VATF_BOVIN
Isoform	—
PDB实体	6
链与序列区间	作者链 L； PDB构建体 1–119； UniProt 1–119

V-type proton ATPase subunit G

物种未注明

UniProt Q0VCV6

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 30 PDB 声明：30-meric（30）与蛋白拷贝数一致	链 M； UniProt 1–118 链 N； UniProt 1–118 链 O； UniProt 1–118	未记录	V-type proton ATPase catalytic subunit A × 3 （P31404） V-type proton ATPase subunit B, brain isoform × 3 （P31408） V-type proton ATPase subunit C 1 × 1 （P21282） V-type proton ATPase subunit D × 1 （A0A3Q1M4W9） V-type proton ATPase subunit E 1 × 3 （P11019） V-type proton ATPase subunit F × 1 （Q28029） V-type proton ATPase subunit H × 1 （F1MZL6） V-type proton ATPase subunit a × 1 （F1MJV0） V-type proton ATPase 21 kDa proteolipid subunit × 1 （Q2TA24） V-type proton ATPase subunit d 1 × 1 （P61420） V-type proton ATPase 16 kDa proteolipid subunit × 9 （P23956） V-type proton ATPase subunit S1 × 1 （P40682） Renin receptor × 1 （P81134） MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 7 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.79 Å

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 6XBY	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
6XBW Cryo-EM structure of V-ATPase from bovine brain, state 1 提交 2020-06-07	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 32 PDB 声明：32-meric	链 M 1–118（118 aa）链 N 1–118（118 aa）链 O 1–118（118 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 9 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 OLA OLEIC ACID × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.37 Å
7KHR Cryo-EM structure of bafilomycin A1-bound intact V-ATPase from bovine brain 提交 2020-10-21	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 32 PDB 声明：32-meric	链 M 1–118（118 aa）链 N 1–118（118 aa）链 O 1–118（118 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 WJP methyl (3R,6Z,10E,14E)-3,7,11,15,19-pentamethylicosa-6,10,14,18-tetraen-1-yl dihydrogen diphosphate × 1 POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 8 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7 OLA OLEIC ACID × 1 WEV (5R)-2,4-dideoxy-1-C-{(2S,3R,4S)-3-hydroxy-4-[(2R,3S,4E,6E,9R,10S,11R,12E,14Z)-10-hydroxy-3,15-dimethoxy-7,9,11,13-tetramethyl-16-oxo-1-oxacyclohexadeca-4,6,12,14-tetraen-2-yl]pentan-2-yl}-4-methyl-5-propan-2-yl-alpha-D-threo-pentopyranose × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.62 Å
7UNE The V1 region of bovine V-ATPase in complex with human mEAK7 (focused refinement) 提交 2022-04-10	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric	链 e 1–118（118 aa）链 f 1–118（118 aa）链 g 1–118（118 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.73 Å

共 3 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称	Q0VCV6_BOVIN
Isoform	—
PDB实体	7
链与序列区间	作者链 M； PDB构建体 1–118； UniProt 1–118 作者链 N； PDB构建体 1–118； UniProt 1–118 作者链 O； PDB构建体 1–118； UniProt 1–118

V-type proton ATPase subunit H

物种未注明

UniProt F1MZL6

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 30 PDB 声明：30-meric（30）与蛋白拷贝数一致	链 P； UniProt 1–465	未记录	V-type proton ATPase catalytic subunit A × 3 （P31404） V-type proton ATPase subunit B, brain isoform × 3 （P31408） V-type proton ATPase subunit C 1 × 1 （P21282） V-type proton ATPase subunit D × 1 （A0A3Q1M4W9） V-type proton ATPase subunit E 1 × 3 （P11019） V-type proton ATPase subunit F × 1 （Q28029） V-type proton ATPase subunit G × 3 （Q0VCV6） V-type proton ATPase subunit a × 1 （F1MJV0） V-type proton ATPase 21 kDa proteolipid subunit × 1 （Q2TA24） V-type proton ATPase subunit d 1 × 1 （P61420） V-type proton ATPase 16 kDa proteolipid subunit × 9 （P23956） V-type proton ATPase subunit S1 × 1 （P40682） Renin receptor × 1 （P81134） MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 7 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.79 Å

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 6XBY	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
6XBW Cryo-EM structure of V-ATPase from bovine brain, state 1 提交 2020-06-07	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 32 PDB 声明：32-meric	链 P 1–465（465 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 9 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 OLA OLEIC ACID × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.37 Å
7KHR Cryo-EM structure of bafilomycin A1-bound intact V-ATPase from bovine brain 提交 2020-10-21	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 32 PDB 声明：32-meric	链 P 1–465（465 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 WJP methyl (3R,6Z,10E,14E)-3,7,11,15,19-pentamethylicosa-6,10,14,18-tetraen-1-yl dihydrogen diphosphate × 1 POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 8 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7 OLA OLEIC ACID × 1 WEV (5R)-2,4-dideoxy-1-C-{(2S,3R,4S)-3-hydroxy-4-[(2R,3S,4E,6E,9R,10S,11R,12E,14Z)-10-hydroxy-3,15-dimethoxy-7,9,11,13-tetramethyl-16-oxo-1-oxacyclohexadeca-4,6,12,14-tetraen-2-yl]pentan-2-yl}-4-methyl-5-propan-2-yl-alpha-D-threo-pentopyranose × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.62 Å

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称	F1MZL6_BOVIN
Isoform	—
PDB实体	8
链与序列区间	作者链 P； PDB构建体 1–465； UniProt 1–465

V-type proton ATPase subunit a

物种未注明

UniProt F1MJV0

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 30 PDB 声明：30-meric（30）与蛋白拷贝数一致	链 a； UniProt 1–838	未记录	V-type proton ATPase catalytic subunit A × 3 （P31404） V-type proton ATPase subunit B, brain isoform × 3 （P31408） V-type proton ATPase subunit C 1 × 1 （P21282） V-type proton ATPase subunit D × 1 （A0A3Q1M4W9） V-type proton ATPase subunit E 1 × 3 （P11019） V-type proton ATPase subunit F × 1 （Q28029） V-type proton ATPase subunit G × 3 （Q0VCV6） V-type proton ATPase subunit H × 1 （F1MZL6） V-type proton ATPase 21 kDa proteolipid subunit × 1 （Q2TA24） V-type proton ATPase subunit d 1 × 1 （P61420） V-type proton ATPase 16 kDa proteolipid subunit × 9 （P23956） V-type proton ATPase subunit S1 × 1 （P40682） Renin receptor × 1 （P81134） MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 7 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.79 Å

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 6XBY	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
6XBW Cryo-EM structure of V-ATPase from bovine brain, state 1 提交 2020-06-07	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 32 PDB 声明：32-meric	链 a 1–838（838 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 9 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 OLA OLEIC ACID × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.37 Å
7KHR Cryo-EM structure of bafilomycin A1-bound intact V-ATPase from bovine brain 提交 2020-10-21	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 32 PDB 声明：32-meric	链 a 1–838（838 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 WJP methyl (3R,6Z,10E,14E)-3,7,11,15,19-pentamethylicosa-6,10,14,18-tetraen-1-yl dihydrogen diphosphate × 1 POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 8 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7 OLA OLEIC ACID × 1 WEV (5R)-2,4-dideoxy-1-C-{(2S,3R,4S)-3-hydroxy-4-[(2R,3S,4E,6E,9R,10S,11R,12E,14Z)-10-hydroxy-3,15-dimethoxy-7,9,11,13-tetramethyl-16-oxo-1-oxacyclohexadeca-4,6,12,14-tetraen-2-yl]pentan-2-yl}-4-methyl-5-propan-2-yl-alpha-D-threo-pentopyranose × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.62 Å

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	F1MJV0_BOVIN
Isoform	—
PDB实体	9
链与序列区间	作者链 a； PDB构建体 1–838； UniProt 1–838

V-type proton ATPase 21 kDa proteolipid subunit

物种未注明

UniProt Q2TA24

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 30 PDB 声明：30-meric（30）与蛋白拷贝数一致	链 b； UniProt 1–205	未记录	V-type proton ATPase catalytic subunit A × 3 （P31404） V-type proton ATPase subunit B, brain isoform × 3 （P31408） V-type proton ATPase subunit C 1 × 1 （P21282） V-type proton ATPase subunit D × 1 （A0A3Q1M4W9） V-type proton ATPase subunit E 1 × 3 （P11019） V-type proton ATPase subunit F × 1 （Q28029） V-type proton ATPase subunit G × 3 （Q0VCV6） V-type proton ATPase subunit H × 1 （F1MZL6） V-type proton ATPase subunit a × 1 （F1MJV0） V-type proton ATPase subunit d 1 × 1 （P61420） V-type proton ATPase 16 kDa proteolipid subunit × 9 （P23956） V-type proton ATPase subunit S1 × 1 （P40682） Renin receptor × 1 （P81134） MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 7 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.79 Å

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 6XBY	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
6XBW Cryo-EM structure of V-ATPase from bovine brain, state 1 提交 2020-06-07	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 32 PDB 声明：32-meric	链 b 1–205（205 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 9 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 OLA OLEIC ACID × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.37 Å
7KHR Cryo-EM structure of bafilomycin A1-bound intact V-ATPase from bovine brain 提交 2020-10-21	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 32 PDB 声明：32-meric	链 b 1–205（205 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 WJP methyl (3R,6Z,10E,14E)-3,7,11,15,19-pentamethylicosa-6,10,14,18-tetraen-1-yl dihydrogen diphosphate × 1 POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 8 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7 OLA OLEIC ACID × 1 WEV (5R)-2,4-dideoxy-1-C-{(2S,3R,4S)-3-hydroxy-4-[(2R,3S,4E,6E,9R,10S,11R,12E,14Z)-10-hydroxy-3,15-dimethoxy-7,9,11,13-tetramethyl-16-oxo-1-oxacyclohexadeca-4,6,12,14-tetraen-2-yl]pentan-2-yl}-4-methyl-5-propan-2-yl-alpha-D-threo-pentopyranose × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.62 Å

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	VATO_BOVIN
Isoform	—
PDB实体	10
链与序列区间	作者链 b； PDB构建体 1–205； UniProt 1–205

V-type proton ATPase subunit d 1

物种未注明

UniProt P61420

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 30 PDB 声明：30-meric（30）与蛋白拷贝数一致	链 d； UniProt 1–351	未记录	V-type proton ATPase catalytic subunit A × 3 （P31404） V-type proton ATPase subunit B, brain isoform × 3 （P31408） V-type proton ATPase subunit C 1 × 1 （P21282） V-type proton ATPase subunit D × 1 （A0A3Q1M4W9） V-type proton ATPase subunit E 1 × 3 （P11019） V-type proton ATPase subunit F × 1 （Q28029） V-type proton ATPase subunit G × 3 （Q0VCV6） V-type proton ATPase subunit H × 1 （F1MZL6） V-type proton ATPase subunit a × 1 （F1MJV0） V-type proton ATPase 21 kDa proteolipid subunit × 1 （Q2TA24） V-type proton ATPase 16 kDa proteolipid subunit × 9 （P23956） V-type proton ATPase subunit S1 × 1 （P40682） Renin receptor × 1 （P81134） MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 7 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.79 Å

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 6XBY	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
6XBW Cryo-EM structure of V-ATPase from bovine brain, state 1 提交 2020-06-07	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 32 PDB 声明：32-meric	链 d 1–351（351 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 9 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 OLA OLEIC ACID × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.37 Å
7KHR Cryo-EM structure of bafilomycin A1-bound intact V-ATPase from bovine brain 提交 2020-10-21	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 32 PDB 声明：32-meric	链 d 1–351（351 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 WJP methyl (3R,6Z,10E,14E)-3,7,11,15,19-pentamethylicosa-6,10,14,18-tetraen-1-yl dihydrogen diphosphate × 1 POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 8 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7 OLA OLEIC ACID × 1 WEV (5R)-2,4-dideoxy-1-C-{(2S,3R,4S)-3-hydroxy-4-[(2R,3S,4E,6E,9R,10S,11R,12E,14Z)-10-hydroxy-3,15-dimethoxy-7,9,11,13-tetramethyl-16-oxo-1-oxacyclohexadeca-4,6,12,14-tetraen-2-yl]pentan-2-yl}-4-methyl-5-propan-2-yl-alpha-D-threo-pentopyranose × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.62 Å

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	VA0D1_BOVIN
Isoform	—
PDB实体	11
链与序列区间	作者链 d； PDB构建体 1–351； UniProt 1–351

V-type proton ATPase 16 kDa proteolipid subunit

物种未注明

UniProt P23956

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 30 PDB 声明：30-meric（30）与蛋白拷贝数一致	链 c； UniProt 1–155 链 g； UniProt 1–155 链 k； UniProt 1–155 链 l； UniProt 1–155 链 m； UniProt 1–155 链 n； UniProt 1–155 链 o； UniProt 1–155 链 p； UniProt 1–155 链 q； UniProt 1–155	未记录	V-type proton ATPase catalytic subunit A × 3 （P31404） V-type proton ATPase subunit B, brain isoform × 3 （P31408） V-type proton ATPase subunit C 1 × 1 （P21282） V-type proton ATPase subunit D × 1 （A0A3Q1M4W9） V-type proton ATPase subunit E 1 × 3 （P11019） V-type proton ATPase subunit F × 1 （Q28029） V-type proton ATPase subunit G × 3 （Q0VCV6） V-type proton ATPase subunit H × 1 （F1MZL6） V-type proton ATPase subunit a × 1 （F1MJV0） V-type proton ATPase 21 kDa proteolipid subunit × 1 （Q2TA24） V-type proton ATPase subunit d 1 × 1 （P61420） V-type proton ATPase subunit S1 × 1 （P40682） Renin receptor × 1 （P81134） MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 7 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.79 Å

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 6XBY	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
6XBW Cryo-EM structure of V-ATPase from bovine brain, state 1 提交 2020-06-07	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 32 PDB 声明：32-meric	链 c 1–155（155 aa）链 g 1–155（155 aa）链 k 1–155（155 aa）链 l 1–155（155 aa）链 m 1–155（155 aa）链 n 1–155（155 aa）链 o 1–155（155 aa）链 p 1–155（155 aa）链 q 1–155（155 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 9 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 OLA OLEIC ACID × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.37 Å
7KHR Cryo-EM structure of bafilomycin A1-bound intact V-ATPase from bovine brain 提交 2020-10-21	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 32 PDB 声明：32-meric	链 c 1–155（155 aa）链 g 1–155（155 aa）链 k 1–155（155 aa）链 l 1–155（155 aa）链 m 1–155（155 aa）链 n 1–155（155 aa）链 o 1–155（155 aa）链 p 1–155（155 aa）链 q 1–155（155 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 WJP methyl (3R,6Z,10E,14E)-3,7,11,15,19-pentamethylicosa-6,10,14,18-tetraen-1-yl dihydrogen diphosphate × 1 POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 8 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7 OLA OLEIC ACID × 1 WEV (5R)-2,4-dideoxy-1-C-{(2S,3R,4S)-3-hydroxy-4-[(2R,3S,4E,6E,9R,10S,11R,12E,14Z)-10-hydroxy-3,15-dimethoxy-7,9,11,13-tetramethyl-16-oxo-1-oxacyclohexadeca-4,6,12,14-tetraen-2-yl]pentan-2-yl}-4-methyl-5-propan-2-yl-alpha-D-threo-pentopyranose × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.62 Å

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称	VATL_BOVIN
Isoform	—
PDB实体	12
链与序列区间	作者链 c； PDB构建体 1–155； UniProt 1–155 作者链 g； PDB构建体 1–155； UniProt 1–155 作者链 k； PDB构建体 1–155； UniProt 1–155 作者链 l； PDB构建体 1–155； UniProt 1–155 作者链 m； PDB构建体 1–155； UniProt 1–155 作者链 n； PDB构建体 1–155； UniProt 1–155 作者链 o； PDB构建体 1–155； UniProt 1–155 作者链 p； PDB构建体 1–155； UniProt 1–155 作者链 q； PDB构建体 1–155； UniProt 1–155

V-type proton ATPase subunit S1

物种未注明

UniProt P40682

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 30 PDB 声明：30-meric（30）与蛋白拷贝数一致	链 s； UniProt 1–468	未记录	V-type proton ATPase catalytic subunit A × 3 （P31404） V-type proton ATPase subunit B, brain isoform × 3 （P31408） V-type proton ATPase subunit C 1 × 1 （P21282） V-type proton ATPase subunit D × 1 （A0A3Q1M4W9） V-type proton ATPase subunit E 1 × 3 （P11019） V-type proton ATPase subunit F × 1 （Q28029） V-type proton ATPase subunit G × 3 （Q0VCV6） V-type proton ATPase subunit H × 1 （F1MZL6） V-type proton ATPase subunit a × 1 （F1MJV0） V-type proton ATPase 21 kDa proteolipid subunit × 1 （Q2TA24） V-type proton ATPase subunit d 1 × 1 （P61420） V-type proton ATPase 16 kDa proteolipid subunit × 9 （P23956） Renin receptor × 1 （P81134） MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 7 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.79 Å

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 6XBY	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
6XBW Cryo-EM structure of V-ATPase from bovine brain, state 1 提交 2020-06-07	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 32 PDB 声明：32-meric	链 s 1–468（468 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 9 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 OLA OLEIC ACID × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.37 Å
7KHR Cryo-EM structure of bafilomycin A1-bound intact V-ATPase from bovine brain 提交 2020-10-21	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 32 PDB 声明：32-meric	链 s 1–468（468 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 WJP methyl (3R,6Z,10E,14E)-3,7,11,15,19-pentamethylicosa-6,10,14,18-tetraen-1-yl dihydrogen diphosphate × 1 POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 8 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7 OLA OLEIC ACID × 1 WEV (5R)-2,4-dideoxy-1-C-{(2S,3R,4S)-3-hydroxy-4-[(2R,3S,4E,6E,9R,10S,11R,12E,14Z)-10-hydroxy-3,15-dimethoxy-7,9,11,13-tetramethyl-16-oxo-1-oxacyclohexadeca-4,6,12,14-tetraen-2-yl]pentan-2-yl}-4-methyl-5-propan-2-yl-alpha-D-threo-pentopyranose × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.62 Å

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称	VAS1_BOVIN
Isoform	—
PDB实体	13
链与序列区间	作者链 s； PDB构建体 1–468； UniProt 1–468

Renin receptor

物种未注明

UniProt P81134

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 30 PDB 声明：30-meric（30）与蛋白拷贝数一致	链 r； UniProt 1–351	未记录	V-type proton ATPase catalytic subunit A × 3 （P31404） V-type proton ATPase subunit B, brain isoform × 3 （P31408） V-type proton ATPase subunit C 1 × 1 （P21282） V-type proton ATPase subunit D × 1 （A0A3Q1M4W9） V-type proton ATPase subunit E 1 × 3 （P11019） V-type proton ATPase subunit F × 1 （Q28029） V-type proton ATPase subunit G × 3 （Q0VCV6） V-type proton ATPase subunit H × 1 （F1MZL6） V-type proton ATPase subunit a × 1 （F1MJV0） V-type proton ATPase 21 kDa proteolipid subunit × 1 （Q2TA24） V-type proton ATPase subunit d 1 × 1 （P61420） V-type proton ATPase 16 kDa proteolipid subunit × 9 （P23956） V-type proton ATPase subunit S1 × 1 （P40682） MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 7 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.79 Å

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 6XBY	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
6XBW Cryo-EM structure of V-ATPase from bovine brain, state 1 提交 2020-06-07	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 32 PDB 声明：32-meric	链 r 1–351（351 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 9 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 OLA OLEIC ACID × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.37 Å
7KHR Cryo-EM structure of bafilomycin A1-bound intact V-ATPase from bovine brain 提交 2020-10-21	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 32 PDB 声明：32-meric	链 r 1–351（351 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 WJP methyl (3R,6Z,10E,14E)-3,7,11,15,19-pentamethylicosa-6,10,14,18-tetraen-1-yl dihydrogen diphosphate × 1 POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 8 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7 OLA OLEIC ACID × 1 WEV (5R)-2,4-dideoxy-1-C-{(2S,3R,4S)-3-hydroxy-4-[(2R,3S,4E,6E,9R,10S,11R,12E,14Z)-10-hydroxy-3,15-dimethoxy-7,9,11,13-tetramethyl-16-oxo-1-oxacyclohexadeca-4,6,12,14-tetraen-2-yl]pentan-2-yl}-4-methyl-5-propan-2-yl-alpha-D-threo-pentopyranose × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.62 Å

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称	RENR_BOVIN
Isoform	—
PDB实体	14
链与序列区间	作者链 r； PDB构建体 1–351； UniProt 1–351

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6xby
沉积日期 deposition_date	2020-06-07
结构标题 title	Cryo-EM structure of V-ATPase from bovine brain, state 2
关键词 keywords	PROTON TRANSPORT; PROTON TRANSPORT
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	79.81 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	80.98 Å
零角强度 I(0) i0	9026650000.00
分子量 molecular_weight	817500.0 kDa
排除体积 excluded_volume	1027000 Å³
包络体积 envelope_volume	1681200 Å³
水化壳体积 shell_volume	178020 Å³
包络直径 envelope_diameter	283.1 Å
壳层 Rg shell_rg	77.84 Å
包络 Rg envelope_rg	76.94 Å
形状 Rg shape_rg	80.96 Å
总 Rg total_rg	81.01 Å
总原子数 total_atoms	57516
残基数 n_residues	7765
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	217.6 Å
Rg (实空间) rg_real	76.29 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.76 Å
I(0) (实空间) i0_real	8.6600e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.5970e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal	78.06 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	8983000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9162
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	76.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.355
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.652
角度范围 angular_range	— – 0.1000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.7912
最高正则化参数 α highest_alpha	2167000000.0000
实空间数据点数 n_real_points	21
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.983; Stabil: 0.987; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.003

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (18)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	V-type proton ATPase catalytic subunit A
分子量 formula_weight	68420.9 kDa
EC 编号 ec_number	7.1.2.2
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C
原子数 atom_count	57516

MDFSKLPKIRDEDKESTFGYVHGVSGPVVTACDMAGAAMYELVRVGHSELVGEIIRLEGDMATIQVYEETSGVSVGDPVLRTGKPLSVELGPGIMGAIFDGIQRPLSDISSQTQSIYIPRGVNVSALSRDVKWDFTPCKNLRVGSHITGGDIYGIVNENSLIKHKIMLPPRNRGTVTYIAPPGNYDTSDVVLELEFEGIKEKFSMVQVWPVRQVRPVTEKLPANHPLLTGQRVLDALFPCVQGGTTAIPGAFGCGKTVISQSLSKYSNSDVIIYVGCGERGNEMSEVLRDFPELTMEVDGKVESIMKRTALVANTSNMPVAAREASIYTGITLSEYFRDMGYHVSMMADSTSRWAEALREISGRLAEMPADSGYPAYLGARLASFYERAGRVKCLGNPEREGSVSIVGAVSPPGGDFSDPVTSATLGIVQVFWGLDKKLAQRKHFPSVNWLISYSKYMRALDEYYDKHFTEFVPLRTKAKEILQEEEDLAEIVQLVGKASLAETDKITLEVAKLIKDDFLQQNGYTPYDRFCPFYKTVGMLSNMIAFYDMARRAVETTAQSDNKITWSIIREHMGEILYKLSSMKFKDPVKDGEAKIKADYAQLLEDMQNAFRSLED

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	V-type proton ATPase subunit B, brain isoform
分子量 formula_weight	56637.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,E,F

MALRAMRGIVNGAAPELPVPTSGPLAGSREQALAVSRNYLSQPRLTYKTVSGVNGPLVILDHVKFPRYAEIVHLTLPDGTKRSGQVLEVSGSKAVVQVFEGTSGIDAKKTSCEFTGDILRTPVSEDMLGRVFNGSGKPIDRGPVVLAEDFLDIMGQPINPQCRIYPEEMIQTGISAIDGMNSIARGQKIPIFSAAGLPHNEIAAQICRQAGLVKKSKDVVDYSEENFAIVFAAMGVNMETARFFKSDFEENGSMDNVCLFLNLANDPTIERIITPRLALTTAEFLAYQCEKHVLVILTDMSSYAEALREVSAAREEVPGRRGFPGYMYTDLATIYERAGRVEGRNGSITQIPILTMPNDDITHPIPDLTGYITEGQIYVDRQLHNRQIYPPINVLPSLSRLMKSAIGEGMTRKDHADVSNQLYACYAIGKDVQAMKAVVGEEALTSDDLLYLEFLQKFERNFIAQGPYENRTVYETLDIGWQLLRIFPKEMLKRIPQSTLSEFYPRDSAKH

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	V-type proton ATPase subunit C 1
分子量 formula_weight	44042.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G

MTEFWLISAPGEKTCQQTWEKLHAATTKNNNLAVSSKFNIPDLKVGTLDVLVGLSDELAKLDAFVEGVVKKVAQYMADVLEDSKDKVQENLLANGVDLVTYITRFQWDMAKYPIKQSLKNISEIIAKGVTQIDNDLKSRASAYNNLKGNLQNLERKNAGSLLTRSLAEIVKKDDFVLDSEYLVTLLVVVPKLNHNDWIKQYETLAEMVVPRSSNVLSEDQDSYLCNVTLFRKAVDDFRHKARENKFIVRDFQYNEEEMKADKEEMNRLSTDKKKQFGPLVRWLKVNFSEAFIAWIHVKALRVFVESVLRYGLPVNFQAMLLQPNKKTMKKLREVLYELYKHLDSSAAAIIDAPMDIPGLNLSQQEYYPYVYYKIDCNLLEFK

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	V-type proton ATPase subunit D
分子量 formula_weight	28297.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

MSGKDRIEIFPSRMAQTIMKARLKGAQTGRNLLKKKSDALTLRFRQILKKIIETKMLMGEVMREAAFSLAEAKFTAGDFSTTVIQNVNKAQVKIRAKKDNVAGVTLPVFEHYHEGTDSYELTGLARGGEQLAKLKRNYAKAVELLVELASLQTSFVTLDEAIKITNRRVNAIEHVIIPRIERTLAYIITELDEREREEFYRLKKIQEKKKILKEKSDKDLEQRRAAGEVIEPANLLAEEKDEDLLFE

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	V-type proton ATPase subunit E 1
分子量 formula_weight	26178.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I,J,K

MALSDADVQKQIKHMMAFIEQEANEKAEEIDAKAEEEFNIEKGRLVQTQRLKIMEYYEKKEKQIEQQKKIQMSNLMNQARLKVLRARDDLITDLLNEAKQRLSKVVKDTTRYQVLLDGLVLQGLYQLLEPRMIVRCRKQDFPLVKAAVQKAIPVYKVATKRDVDVQIDQEAYLPEEIAGGVEIYNGDRKIKVSNTLESRLDLIAQQMMPEVRGALFGANANRKFLD

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	V-type proton ATPase subunit F
分子量 formula_weight	13417.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

MAGRGKLIAVIGDEDTVTGFLLGGIGELNKNRHPNFLVVEKDTTINEIEDTFRQFLNRDDIGIILINQYIAEMVRHALDAHQRSIPAVLEIPSKEHPYDAAKDSILRRARGMFTAEDLR

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	V-type proton ATPase subunit G
分子量 formula_weight	13588.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M,N,O

MASQSQGIQQLLQAEKRAAEKVADARKRKARRLKQAKEEAQMEVDQYRREREQEFQSKQQAAMGSQGNLSAEVEQATRRQVQGMQSSQQRNRERVLAQLLGMVCDVRPQVHPNYRIAA

实体 8 Entity 8 polymer

描述 description	V-type proton ATPase subunit H
分子量 formula_weight	54155.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	P

MTKMDIRGAVDAAVPTNIIAAKAAEVRANKVNWQSYLQGQMISSEDCEFIQRFEMKRSPEEKQEMLQTEGSQCAKTFINLMTHISKEQTVQYILTLVDDTLQENHQRVSIFFDYAKRSKNTAWSYFLPMLNRQDLFTVHMAARIIAKLAAWGKELMEGSDLNYYFNWIKTQLSSQSSQYVQCVAGCLQLMLRVNEYRFAWVEADGVNCIMGVLSNKCGFQLQYQMIFSVWLLAFSPQMCEHLRRYNIIPVLSDILQESVKEKVTRIILAAFRNFLEKSVERETRQEYALAMIQCKVLKQLENLEQQKYDDEDISEDIKFLLEKLGESVQDLSSFDEYSSELKSGRLEWSPVHKSEKFWRENAARLNEKNYELLKILTKLLEVSDDPQVLAVAAHDVGEYVRHYPRGKRVIEQLGGKQLVMNHMHHEDQQVRYNALLAVQKLMVHNWEYLGKQLQSEQPQTAAARS

实体 9 Entity 9 polymer

描述 description	V-type proton ATPase subunit a
分子量 formula_weight	96431.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	a

MGELFRSEEMTLAQLFLQSEAAYCCVSELGELGKVQFRDLNPDVNVFQRKFVNEVRRCEEMDRKLRFVEKEIRKANIPIMDTGENPEVPFPRDMIDLEANFEKIENELKEINTNQEALKRNFLELTELKFILRKTQQFFDEMADPDLLEESSSLLEPSEMGRGTPLRLGFVAGVINRERIPTFERMLWRVCRGNVFLRQAEIENPLEDPVTGDYVHKSVFIIFFQGDQLKNRVKKICEGFRASLYPCPETPQERKEMASGVNTRIDDLQMVLNQTEDHRQRVLQAAAKNIRVWFIKVRKMKAIYHTLNLCNIDVTQKCLIAEVWCPVTDLDSIQFALRRGTEHSGSTVPSILNRMQTNQTPPTYNKTNKFTYGFQNIVDAYGIGTYREINPAPYTIITFPFLFAVMFGDLGHGILMTLFAVWMVLRESRILSQKNENEMFSTIFSGRYIILLMGVFSIYTGLIYNDCFSKSLNIFGSSWSVRPMFDIYNWTEETLRGNPVLQLNPAVTGVFGGPYPFGIDPIWNIATNKLTFLNSFKMKMSVILGIIHMLFGVSLSLFNHTYFKKPLNIYFGFIPEIIFMTSLFGYLVILIFYKWTAYNAKTSEKAPSLLIHFINMFLFSYGDSGNSMLYSGQKGIQCFLVVVALLCVPWMLLFKPLVLRRQYLRRKHLGTLNFGGIRVGNGPTEEDAEIIQHDQLSTHSEDAEEPTEDEVFDFGDTMVHQAIHTIEYCLGCISNTASYLRLWALSLAHAQLSEVLWTMVIHIGLKVKSLAGGLALFFIFAAFATLTVAILLIMEGLSAFLHALRLHWVEFQNKFYSGTGFKFLPFSFEHIREGKFDD

实体 10 Entity 10 polymer

描述 description	V-type proton ATPase 21 kDa proteolipid subunit
分子量 formula_weight	21530.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	b

MTGLVLLYSGVFVAFWACLLVVGICYTIFDLGFRFDVAWFLTETSPFMWSNLGIGLAISLSVVGAAWGIYITGSSIIGGGVKAPRIKTKNLVSIIFCEAVAIYGIIMAIVISNMAEPFSATDPKAIGHRNYHAGYSMFGAGLTVGLSNLFCGVCVGIVGSGAALADAQNPSLFVKILIVEIFGSAIGLFGVIVAILQTSRVKMGD

实体 11 Entity 11 polymer

描述 description	V-type proton ATPase subunit d 1
分子量 formula_weight	40369.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	d

MSFFPELYFNVDNGYLEGLVRGLKAGVLSQADYLNLVQCETLEDLKLHLQSTDYGNFLANEASPLTVSVIDDRLKEKMVVEFRHMRNHAYEPLASFLDFITYSYMIDNVILLITGTLHQRSIAELVPKCHPLGSFEQMEAVNIAQTPAELYNAILVDTPLAAFFQDCISEQDLDEMNIEIIRNTLYKAYLESFYKFCTLLGGTTADAMCPILEFEADRRAFIITINSFGTELSKEDRAKLFPHCGRLYPEGLAQLARADDYEQVKNVADYYPEYKLLFEGAGSNPGDKTLEDRFFEHEVKLNKLAFLNQFHFGVFYAFVKLKEQECRNIVWIAECIAQRHRAKIDNYIPIF

实体 12 Entity 12 polymer

描述 description	V-type proton ATPase 16 kDa proteolipid subunit
分子量 formula_weight	15727.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	9

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	q,p,c,g,k,l,m,n,o

MSEAKNGPEYASFFAVMGASAAMVFSALGAAYGTAKSGTGIAAMSVMRPEMIMKSIIPVVMAGIIAIYGLVVAVLIANSLNDGISLYRSFLQLGAGLSVGLSGLAAGFAIGIVGDAGVRGTAQQPRLFVGMILILIFAEVLGLYGLIVALILSTK

实体 13 Entity 13 polymer

描述 description	V-type proton ATPase subunit S1
分子量 formula_weight	51818.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	s

MMAATAAAQVRAGTRWAPALCRMPWLPLMLVAAAAATSEQQVPLVLWSSDRGLWAPAADTHEGHITSDMQLSTYLDPALELGPRNVLLFLQDKLSIEDFTAYGGVFGNKQDSAFSNLENALDLAPSSLVLPAVDWYAISTLTTYLQEKLGASPLHVDLATLQELKLNASIPALLLIRLPYTASSGLMAPKEVLMGNDEVIGQVLSTLKSEDIPYTAALTAVRPSRVARDVAMVTGGLGRQLLQRTVVPPTMNVPVSYNDSYDTRILFWAQNFSVAYGEHWEDLTSRTFGVQDLNLTGSFWNDTVARLVLTYDSLFGTMVTFKFILANSYYSVSARHWFTLENLEIHSNGSVAYFNASQVTGPSIYSFHCEHVSSENEDGNLLVPDTQPSLWQMTFRDFQIQAFNVTDKKFSYASDCAGFFSPGIWMGLLTSLFMLFIFTYGLHMILSLKTMDRFDDHKGPTITLTQIV

实体 14 Entity 14 polymer

描述 description	Renin receptor
分子量 formula_weight	39529.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	r

MAVLVVFLSFLVADVFGNEFSILRSPGSVVFRNGNWPIPGERIPDVAALSMGFSVKEDLSWPGLAVGNLFHRPRATVMVMVKGVDKLALPPGSVISYPLENAVPFSLDSVANSIHSLFSEETPVVLQLAPSEERVYMVGKANSVFEDLSVTLRQLRNRLFQENSVLTSLPLNSLSRNNEVDLLFLSELQVLRDISSLLSRHKHLAKDHSPDLYSLELAGLDEIGKHYGEDSEQFRDASKILIDALQKFADDMYNLYGGNAVVELVTVRSFDTSLVRKTRNILETKQVKDPSTTYNLAYKYNFEYPVVFNLVLWIMIGLALTLIVTCYNIWNMDPGYDSIIYRMTNQKIRMD

实体 15 Entity 15 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 16 Entity 16 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	427.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 17 Entity 17 non-polymer

描述 description	(2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate
分子量 formula_weight	760.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	7

实体 18 Entity 18 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	6xbyH01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	3240 —

结构域编号 domain_id	6xbyI01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	2320 — hypothetical protein PF0899 fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — ATP synthase, E subunit, C-terminal

结构域编号 domain_id	6xbyJ01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	2320 — hypothetical protein PF0899 fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — ATP synthase, E subunit, C-terminal

结构域编号 domain_id	6xbyK01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	2320 — hypothetical protein PF0899 fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — ATP synthase, E subunit, C-terminal

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8. 引用文献 (1)

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分辨率 resolution	3.79 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	41821

fit	/app/data/saxs_computation/xb/6xby/6xby.fit
pddf	/app/data/pr_computation/xb/6xby/6xby.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/xb/6xby/6xby.dat

Cryo-EM structure of V-ATPase from bovine brain, state 2

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

V-type proton ATPase catalytic subunit A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

V-type proton ATPase subunit B, brain isoform

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

V-type proton ATPase subunit C 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

V-type proton ATPase subunit D

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

V-type proton ATPase subunit E 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

V-type proton ATPase subunit F

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

V-type proton ATPase subunit G

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

V-type proton ATPase subunit H

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

V-type proton ATPase subunit a

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

V-type proton ATPase 21 kDa proteolipid subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

V-type proton ATPase subunit d 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

V-type proton ATPase 16 kDa proteolipid subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

V-type proton ATPase subunit S1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Renin receptor

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (18)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

实体 7 Entity 7 polymer

聚合物 Polymer

实体 8 Entity 8 polymer

聚合物 Polymer

实体 9 Entity 9 polymer

聚合物 Polymer

实体 10 Entity 10 polymer

聚合物 Polymer

实体 11 Entity 11 polymer

聚合物 Polymer

实体 12 Entity 12 polymer

聚合物 Polymer

实体 13 Entity 13 polymer

聚合物 Polymer

实体 14 Entity 14 polymer

聚合物 Polymer