6xfv

CRYSTAL STRUCTURE OF RAR-RELATED ORPHAN RECEPTOR C IN COMPLEX WITH A NOVEL INVERSE AGONIST

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 83.9 Å Quality: EXCELLENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Nuclear receptor ROR-gamma

Homo sapiens

UniProt P51449

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 265–508 未记录 V27 1-(4-{(3S,4S)-4-[4-(1,1,1,3,3,3-hexafluoro-2-hydroxypropan-2-yl)phenyl]-3-methyl-3-phenylpyrrolidine-1-carbonyl}piperidin-1-yl)ethan-1-one × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;295 K;1.0M NaAcetate, 0.3 M NaSCN, 0.1M Tris pH 8.0 分辨率 2.15 Å R-free 0.277
2 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 265–508 未记录 V27 1-(4-{(3S,4S)-4-[4-(1,1,1,3,3,3-hexafluoro-2-hydroxypropan-2-yl)phenyl]-3-methyl-3-phenylpyrrolidine-1-carbonyl}piperidin-1-yl)ethan-1-one × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;295 K;1.0M NaAcetate, 0.3 M NaSCN, 0.1M Tris pH 8.0 分辨率 2.15 Å R-free 0.277

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 161 个其他 PDB 条目、266 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RORG_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 22–265; UniProt 265–508 作者链 B; PDB构建体 22–265; UniProt 265–508

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6xfv

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6xfv
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6xfv
沉积日期 deposition_date2020-06-16
结构标题 titleCRYSTAL STRUCTURE OF RAR-RELATED ORPHAN RECEPTOR C IN COMPLEX WITH A NOVEL INVERSE AGONIST
关键词 keywordsRORGT, NUCLEAR HORMONE RECEPTOR, LIGAND-BINDING DOMAIN, INVERSE AGONIST, TRANSCRIPTION-Agonist complex; TRANSCRIPTION/Agonist
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier26.77
回转半径 Rg (电子) rg_electron25.55
零角强度 I(0) i044792500.00
分子量 molecular_weight51452.0 kDa
排除体积 excluded_volume64223 ų
包络体积 envelope_volume82179 ų
水化壳体积 shell_volume26775 ų
包络直径 envelope_diameter86.4
壳层 Rg shell_rg32.86
包络 Rg envelope_rg25.19
形状 Rg shape_rg25.57
总 Rg total_rg26.36
总原子数 total_atoms3612
残基数 n_residues442
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax83.9
Rg (实空间) rg_real26.67
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.55
I(0) (实空间) i0_real4.4790e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error7.0210e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal26.70
I(0) (倒空间) i0_reciprocal44790000.0000
解质量估计 total_estimate0.9072
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary28.4
偏度 Skewness skewness0.134
峰度 Kurtosis kurtosis-0.623
角度范围 angular_range— – 0.2950 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha8782000.0000
实空间数据点数 n_real_points60
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.944; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 0.961

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd6xfva_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.123 — Nuclear receptor ligand-binding domain
超家族 Superfamily superfamilya.123.1 — Nuclear receptor ligand-binding domain
家族 Family familya.123.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd6xfvb_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.123 — Nuclear receptor ligand-binding domain
超家族 Superfamily superfamilya.123.1 — Nuclear receptor ligand-binding domain
家族 Family familya.123.1.0 — automated matches

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)