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6xj5

Carboxypeptidase G2 modified with a versatile bioconjugate for metalloprotein design

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 170.9 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Carboxypeptidase G2

Pseudomonas sp. (strain RS-16)

UniProt P06621

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 24–415 链 B； UniProt 24–415 突变：S203C 突变：S203C 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ZN ZINC ION × 12 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；Reservoir consisted of 750 uL of 0.2 M Tris pH 7.5, 10% PEG 3350, and 5% glycerol. 2 uL of reservoir solution was mixed with 2 uL of protein solution, consisting of 4.7 mg/mL CPG2 in 50 mM Tris 100 mM NaCl pH 7.4 supplemented with 0.1 M ZnSO4 分辨率 3.11 Å R-free 0.309
2 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 C； UniProt 24–415 链 D； UniProt 24–415 突变：S203C 突变：S203C 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ZN ZINC ION × 14 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；Reservoir consisted of 750 uL of 0.2 M Tris pH 7.5, 10% PEG 3350, and 5% glycerol. 2 uL of reservoir solution was mixed with 2 uL of protein solution, consisting of 4.7 mg/mL CPG2 in 50 mM Tris 100 mM NaCl pH 7.4 supplemented with 0.1 M ZnSO4 分辨率 3.11 Å R-free 0.309
3 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 E； UniProt 24–415 链 F； UniProt 24–415 突变：S203C 突变：S203C 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ZN ZINC ION × 17 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；Reservoir consisted of 750 uL of 0.2 M Tris pH 7.5, 10% PEG 3350, and 5% glycerol. 2 uL of reservoir solution was mixed with 2 uL of protein solution, consisting of 4.7 mg/mL CPG2 in 50 mM Tris 100 mM NaCl pH 7.4 supplemented with 0.1 M ZnSO4 分辨率 3.11 Å R-free 0.309
4 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 G； UniProt 24–415 链 H； UniProt 24–415 突变：S203C 突变：S203C 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ZN ZINC ION × 13 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；Reservoir consisted of 750 uL of 0.2 M Tris pH 7.5, 10% PEG 3350, and 5% glycerol. 2 uL of reservoir solution was mixed with 2 uL of protein solution, consisting of 4.7 mg/mL CPG2 in 50 mM Tris 100 mM NaCl pH 7.4 supplemented with 0.1 M ZnSO4 分辨率 3.11 Å R-free 0.309

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 6XJ5 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1CG2 CARBOXYPEPTIDASE G2 提交 1996-12-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 23–415（393 aa）
链 B 23–415（393 aa）
链 C 23–415（393 aa）
链 D 23–415（393 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 13 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；291 K；HANGING DROPS WERE FORMED BY MIXING 4 MICROLITERS OF PROTEIN SOLUTION AT 16-20 MG/ML WITH 4 MICROLITERS OF RESERVOIR SOLUTION CONTAINING 10-12% PEG 4000, 0.2M TRIS (PH 7.2), 0.2M ZINC ACETATE 10% GLYCEROL. CRYSTALS GREW AT 18-20 DEGREES WITHIN A FEW DAYS., vapor diffusion - hanging drop, temperature 291K
分辨率 2.50 Å R-free 0.224
7M6U Crystal structure of a circular permutation and computationally designed pro-enzyme of carboxypeptidase G2 提交 2021-03-26 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 89–415（327 aa）
链 A 25–88（64 aa）
链 C 89–415（327 aa）
链 C 25–88（64 aa）
突变：K177A 突变：K177A 突变：K177A 突变：K177A ZN ZINC ION × 11 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；Protein was prepared to a concentration of 19 mg/mL in 50 mM Tris 100 mM NaCl pH 7.4 0.2 mM ZnSO4. Reservoirs containing 750 uL of 20 mM Tris pH 8.0, 10% glycerol, and 10% PEG 3350 were prepared in 24 well hanging drop vapor diffusion plates. Equal volumes of protein solution and reservoir solution were mixed on a cover slip and suspended over the reservoir
分辨率 2.59 Å R-free 0.279
7M6U Crystal structure of a circular permutation and computationally designed pro-enzyme of carboxypeptidase G2 提交 2021-03-26 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 89–415（327 aa）
链 B 25–88（64 aa）
链 D 89–415（327 aa）
链 D 25–88（64 aa）
突变：K177A 突变：K177A 突变：K177A 突变：K177A ZN ZINC ION × 9 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；Protein was prepared to a concentration of 19 mg/mL in 50 mM Tris 100 mM NaCl pH 7.4 0.2 mM ZnSO4. Reservoirs containing 750 uL of 20 mM Tris pH 8.0, 10% glycerol, and 10% PEG 3350 were prepared in 24 well hanging drop vapor diffusion plates. Equal volumes of protein solution and reservoir solution were mixed on a cover slip and suspended over the reservoir
分辨率 2.59 Å R-free 0.279

共 2 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CBPG_PSES6
Isoform —
PDB实体 1, 2
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 20–411； UniProt 24–415 作者链 C； PDB构建体 20–411； UniProt 24–415 作者链 E； PDB构建体 20–411； UniProt 24–415 作者链 G； PDB构建体 20–411； UniProt 24–415 作者链 B； PDB构建体 20–411； UniProt 24–415 作者链 D； PDB构建体 20–411； UniProt 24–415 作者链 F； PDB构建体 20–411； UniProt 24–415 作者链 H； PDB构建体 20–411； UniProt 24–415

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6xj5

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6xj5
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6xj5
沉积日期 deposition_date2020-06-22
结构标题 titleCarboxypeptidase G2 modified with a versatile bioconjugate for metalloprotein design
关键词 keywordsmetalloprotein design, bivalent metal ion co-ordination, bis-imidazoles, bioconjugation, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier51.74 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron51.66 Å
零角强度 I(0) i01442470000.00
分子量 molecular_weight306240.0 kDa
排除体积 excluded_volume378150 ų
包络体积 envelope_volume577770 ų
水化壳体积 shell_volume93797 ų
包络直径 envelope_diameter174.7 Å
壳层 Rg shell_rg55.95 Å
包络 Rg envelope_rg49.27 Å
形状 Rg shape_rg51.66 Å
总 Rg total_rg51.80 Å
总原子数 total_atoms21421
残基数 n_residues3103
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax170.9 Å
Rg (实空间) rg_real51.60 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.62 Å
I(0) (实空间) i0_real1.4420e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.7670e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal51.83 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal1443000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8880
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary62.7 Å
偏度 Skewness skewness0.187
峰度 Kurtosis kurtosis-0.452
角度范围 angular_range— – 0.1500 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha84910000.0000
实空间数据点数 n_real_points31
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.895; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.977; Smooth: 0.880
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)