SAXSdb — 6xrv

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Lipase

Thermomyces lanuginosus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 3	OCTANOIC ACID (CAPRYLIC ACID) × 3 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 2-hydroxy-3-(octadecanoyloxy)propyl pentacosanoate × 3 PHOSPHATE ION × 5 CALCIUM ION × 2 water × 3	与蛋白数一致
2	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 3	OCTANOIC ACID (CAPRYLIC ACID) × 3 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 2-hydroxy-3-(octadecanoyloxy)propyl pentacosanoate × 3 PHOSPHATE ION × 4 CALCIUM ION × 4 water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	LIP_THELA
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–291； UniProt 1–291 作者链 B； PDB构建体 1–291； UniProt 1–291 作者链 C； PDB构建体 1–291； UniProt 1–291 作者链 D； PDB构建体 1–291； UniProt 1–291 作者链 E； PDB构建体 1–291； UniProt 1–291 作者链 F； PDB构建体 1–291； UniProt 1–291

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6xrv
沉积日期 deposition_date	2020-07-13
结构标题 title	X-ray structure of the monoclinic crystal form at 1.43 A resolution of lipase from Thermomyces (Humicola) lanuginosa at 173 K
关键词 keywords	substrate complex, diacylglycerol, covalent intermediate, interfacial activation, LIPID BINDING PROTEIN; LIPID BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6xrv__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6xrv__assembly_2__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6xrv__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	29.07 Å
Rg（电子密度）	27.71 Å
总 Rg	28.52 Å
原子数	12365
残基数	807
排除体积	113970 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6xrv__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`6xrv__assembly_2__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Lipase
分子量 formula_weight	31836.5 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.1.3
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,E,D,F
原子数 atom_count	26832

MRSSLVLFFVSAWTALASPIRREVSQDLFNQFNLFAQYSAAAYCGKNNDAPAGTNITCTGNACPEVEKADATFLYSFEDSGVGDVTGFLALDNTNKLIVLSFRGSRSIENWIGNLNFDLKEINDICSGCRGHDGFTSSWRSVADTLRQKVEDAVREHPDYRVVFTGHSLGGALATVAGADLRGNGYDIDVFSYGAPRVGNRAFAEFLTVQTGGTLYRITHTNDIVPRLPPREFGYSHSSPEYWIKSGTLVPVTRNDIVKIEGIDATGGNNQPNIPDIPAHLWYFGLIGTCL

来源 Source

来源生物 organism	Thermomyces lanuginosus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	5541
宿主生物 host_organism	Aspergillus aculeatinus

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	OCTANOIC ACID (CAPRYLIC ACID)
分子量 formula_weight	144.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	2-hydroxy-3-(octadecanoyloxy)propyl pentacosanoate
分子量 formula_weight	723.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	9

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 7 Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1618

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_id	d6xrva_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.69 — alpha/beta-Hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.69.1 — alpha/beta-Hydrolases
家族 Family family	c.69.1.17 — Fungal lipases

结构域编号 domain_id	d6xrvb_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.69 — alpha/beta-Hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.69.1 — alpha/beta-Hydrolases
家族 Family family	c.69.1.17 — Fungal lipases

结构域编号 domain_id	d6xrvc_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.69 — alpha/beta-Hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.69.1 — alpha/beta-Hydrolases
家族 Family family	c.69.1.17 — Fungal lipases

结构域编号 domain_id	d6xrvd_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.69 — alpha/beta-Hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.69.1 — alpha/beta-Hydrolases
家族 Family family	c.69.1.17 — Fungal lipases

结构域编号 domain_id	d6xrve_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.69 — alpha/beta-Hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.69.1 — alpha/beta-Hydrolases
家族 Family family	c.69.1.17 — Fungal lipases

结构域编号 domain_id	d6xrvf_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.69 — alpha/beta-Hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.69.1 — alpha/beta-Hydrolases
家族 Family family	c.69.1.17 — Fungal lipases

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晶胞边长 a length_a	76.929 Å
晶胞边长 b length_b	89.937 Å
晶胞边长 c length_c	123.422 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	94.49 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.430 Å
最低分辨率 resolution_low	77.000 Å
R 因子 r_factor	0.1514
R_work r_work	0.1495
R_free r_free	0.1871

X-ray structure of the monoclinic crystal form at 1.43 A resolution of lipase from Thermomyces (Humicola) lanuginosa at 173 K

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Lipase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6xrv__assembly_2__model_1

6xrv__assembly_2__model_1 | I(q)

6xrv__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

7. 引用文献 (1)

X-ray structure of the monoclinic crystal form at 1.43 A resolution of lipase from Thermomyces (Humicola) lanuginosa at 173 K

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Lipase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6xrv__assembly_2__model_1

6xrv__assembly_2__model_1 | I(q)

6xrv__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

7. 引用文献 (1)