SAXSdb — 6yat

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Serine/threonine-protein kinase 4

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–311 链 B； UniProt 1–311	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	3FX (2R)-3-(cyclohexylamino)-2-hydroxypropane-1-sulfonic acid × 1 GOL GLYCEROL × 7 OJ5 4-[5-(3-chlorophenyl)-7~{H}-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-4-yl]morpholine × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 11；293.15 K；0.6 M ammonium sulfate, 0.1 M lithium sulfate and 0.1 M CAPS, pH 11.0	分辨率 2.58 Å R-free 0.259

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 6YAT	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2JO8 Solution structure of C-terminal domain of human mammalian sterile 20-like kinase 1 (MST1) 提交 2007-02-26	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 432–480（49 aa）片段：C-terminal SARAH domain, database residues 432-480 链 B 432–480（49 aa）片段：C-terminal SARAH domain, database residues 432-480	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）125；压力 AMBIENT NMR样品组成 1 mM [U-13C; U-15N] c-terminal domain of Mammalian sterile 20-like kinase 1, 100 mM sodium chloride, 2 mM DTT, 25 mM HEPES, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
3COM Crystal structure of Mst1 kinase 提交 2008-03-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–311（310 aa）片段：Protein kinase domain: Residues 2-311	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 10.5；294 K；1700mM Ammonium sulfate, 300mM Lithium sulfate, 100mM CAPS pH 10.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K	分辨率 2.20 Å R-free 0.244
3COM Crystal structure of Mst1 kinase 提交 2008-03-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 2–311（310 aa）片段：Protein kinase domain: Residues 2-311	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 10.5；294 K；1700mM Ammonium sulfate, 300mM Lithium sulfate, 100mM CAPS pH 10.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K	分辨率 2.20 Å R-free 0.244
4NR2 Crystal structure of STK4 (MST1) SARAH domain 提交 2013-11-26	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 432–480（49 aa）片段：SARAH domain, UNP residues 432-480 链 B 432–480（49 aa）片段：SARAH domain, UNP residues 432-480	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；277.15 K；2.3M sodium formate, 0.1M acetate pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277.15K	分辨率 2.00 Å R-free 0.240
4NR2 Crystal structure of STK4 (MST1) SARAH domain 提交 2013-11-26	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 432–480（49 aa）片段：SARAH domain, UNP residues 432-480 链 D 432–480（49 aa）片段：SARAH domain, UNP residues 432-480	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；277.15 K；2.3M sodium formate, 0.1M acetate pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277.15K	分辨率 2.00 Å R-free 0.240
4NR2 Crystal structure of STK4 (MST1) SARAH domain 提交 2013-11-26	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 432–480（49 aa）片段：SARAH domain, UNP residues 432-480 链 F 432–480（49 aa）片段：SARAH domain, UNP residues 432-480	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；277.15 K；2.3M sodium formate, 0.1M acetate pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277.15K	分辨率 2.00 Å R-free 0.240
4NR2 Crystal structure of STK4 (MST1) SARAH domain 提交 2013-11-26	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 432–480（49 aa）片段：SARAH domain, UNP residues 432-480 链 H 432–480（49 aa）片段：SARAH domain, UNP residues 432-480	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；277.15 K；2.3M sodium formate, 0.1M acetate pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277.15K	分辨率 2.00 Å R-free 0.240
4OH8 Crystal Structure of the human MST1-RASSF5 SARAH heterodimer 提交 2014-01-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 432–480（49 aa）片段：MST1 SARAH domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.8；293 K；35% (v/v) 2-methyl-2,4-pentanediol (MPD) acetate, pH 4.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.28 Å R-free 0.278
8A5J Crystal structure of Human STE20-like kinase 1, MST1 in complex with compound XMU-MP-1 提交 2022-06-15	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 28–309（282 aa）链 B 28–309（282 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	5BS 4-[(5,10-dimethyl-6-oxo-6,10-dihydro-5H-pyrimido[5,4-b]thieno[3,2-e][1,4]diazepin-2-yl)amino]benzenesulfonamide × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2M Ammonium citrate pH 7.0, 18% PEG3350	分辨率 2.12 Å R-free 0.248
8PAV Crystal structure of MST1 with a MAP4K1 SMOL inhibitor 提交 2023-06-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–311（311 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	XOZ 1-[3,5-bis(fluoranyl)-4-[[3-(1,3-thiazol-5-yl)-1~{H}-pyrrolo[2,3-b]pyridin-4-yl]oxy]phenyl]-3-(2-methoxyethyl)urea × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；1.4 M NH4SO4, 0.3 M LiSO4, 0.1 M CAPS pH 9.8	分辨率 1.90 Å R-free 0.212
8PAV Crystal structure of MST1 with a MAP4K1 SMOL inhibitor 提交 2023-06-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–311（311 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	XOZ 1-[3,5-bis(fluoranyl)-4-[[3-(1,3-thiazol-5-yl)-1~{H}-pyrrolo[2,3-b]pyridin-4-yl]oxy]phenyl]-3-(2-methoxyethyl)urea × 1 GOL GLYCEROL × 1 CXS 3-CYCLOHEXYL-1-PROPYLSULFONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；1.4 M NH4SO4, 0.3 M LiSO4, 0.1 M CAPS pH 9.8	分辨率 1.90 Å R-free 0.212
8PAW Crystal structure of MST1 with a MAP4K1 SMOL inhibitor 提交 2023-06-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–311（311 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ASP ASPARTIC ACID × 1 XQL 1-[3,5-bis(fluoranyl)-4-[[3-(1-propan-2-ylpyrazol-3-yl)-1~{H}-pyrrolo[2,3-b]pyridin-4-yl]oxy]phenyl]-3-(2-methoxyethyl)urea × 1 GOL GLYCEROL × 1 CXS 3-CYCLOHEXYL-1-PROPYLSULFONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；1.4 M NH4SO4, 0.3 M LiSO4, 0.1 M CAPS pH 9.8	分辨率 2.14 Å R-free 0.226
8PAW Crystal structure of MST1 with a MAP4K1 SMOL inhibitor 提交 2023-06-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–311（311 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	XQL 1-[3,5-bis(fluoranyl)-4-[[3-(1-propan-2-ylpyrazol-3-yl)-1~{H}-pyrrolo[2,3-b]pyridin-4-yl]oxy]phenyl]-3-(2-methoxyethyl)urea × 1 GOL GLYCEROL × 1 CXS 3-CYCLOHEXYL-1-PROPYLSULFONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；1.4 M NH4SO4, 0.3 M LiSO4, 0.1 M CAPS pH 9.8	分辨率 2.14 Å R-free 0.226
9IIC Crystal structure of HOIP RING2-LDD in complex with STK4 KD domain 提交 2024-06-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 11–311（301 aa）片段：KD domain	突变：K59R	GOL GLYCEROL × 1 ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；0.2 M Ammonium citrate tribasic (pH 7.0), 20% w/v Polyethylene glycol 3350	分辨率 2.78 Å R-free 0.280
9IIC Crystal structure of HOIP RING2-LDD in complex with STK4 KD domain 提交 2024-06-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 11–311（301 aa）片段：KD domain	突变：K59R	GOL GLYCEROL × 1 ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；0.2 M Ammonium citrate tribasic (pH 7.0), 20% w/v Polyethylene glycol 3350	分辨率 2.78 Å R-free 0.280
9VX3 Crystal structure of the peptide-bound form of HisMab-1 Fv-clasp 提交 2025-07-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 432–480（49 aa）链 B 432–480（49 aa）	突变：S37C	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；16% (w/v) polyethylene glycol 3350, 0.1M HEPES (pH 7.0), 0.2M MgCl2	分辨率 2.39 Å R-free 0.237
9VX3 Crystal structure of the peptide-bound form of HisMab-1 Fv-clasp 提交 2025-07-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 432–480（49 aa）链 E 432–480（49 aa）	突变：S37C	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；16% (w/v) polyethylene glycol 3350, 0.1M HEPES (pH 7.0), 0.2M MgCl2	分辨率 2.39 Å R-free 0.237

共 9 个其他 PDB 条目、17 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	STK4_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–312； UniProt 1–311 作者链 B； PDB构建体 2–312； UniProt 1–311

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6yat
沉积日期 deposition_date	2020-03-13
结构标题 title	Crystal structure of STK4 (MST1) in complex with compound 6
关键词 keywords	;kinase, kinase inhibitor, MST1, STK4, hippo pathway, chemical probe, Structural Genomics, Structural Genomics Consortium, SGC, TRANSFERASE ;; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	26.40 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	25.19 Å
零角强度 I(0) i0	66425000.00
分子量 molecular_weight	63747.0 kDa
排除体积 excluded_volume	79971 Å³
包络体积 envelope_volume	101270 Å³
水化壳体积 shell_volume	32714 Å³
包络直径 envelope_diameter	87.9 Å
壳层 Rg shell_rg	33.14 Å
包络 Rg envelope_rg	24.97 Å
形状 Rg shape_rg	25.18 Å
总 Rg total_rg	26.12 Å
总原子数 total_atoms	4469
残基数 n_residues	563
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	81.9 Å
Rg (实空间) rg_real	26.24 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.42 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.6420e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	8.9330e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	26.29 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	66430000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7087
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	34.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.108
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.566
角度范围 angular_range	— – 0.3000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	18230000.0000
实空间数据点数 n_real_points	61
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.936; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.145; Positv: 1.000; Valcen: 0.995; Smooth: 0.970

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Serine/threonine-protein kinase 4
分子量 formula_weight	35811.9 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.11.1
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	4513

SMETVQLRNPPRRQLKKLDEDSLTKQPEEVFDVLEKLGEGSYGSVYKAIHKETGQIVAIKQVPVESDLQEIIKEISIMQQCDSPHVVKYYGSYFKNTDLWIVMEYCGAGSVSDIIRLRNKTLTEDEIATILQSTLKGLEYLHFMRKIHRDIKAGNILLNTEGHAKLADFGVAGQLTDTMAKRNTVIGTPFWMAPEVIQEIGYNCVADIWSLGITAIEMAEGKPPYADIHPMRAIFMIPTNPPPTFRKPELWSDNFTDFVKQCLVKSPEQRATATQLLQHPFVRSAKGVSILRDLINEAMDVKLKRQESQQREEG

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	(2R)-3-(cyclohexylamino)-2-hydroxypropane-1-sulfonic acid
分子量 formula_weight	237.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	7

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	4-[5-(3-chlorophenyl)-7~{H}-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-4-yl]morpholine
分子量 formula_weight	314.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	44

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d6yata_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.144 — Protein kinase-like (PK-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.144.1 — Protein kinase-like (PK-like)
家族 Family family	d.144.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d6yatb_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.144 — Protein kinase-like (PK-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.144.1 — Protein kinase-like (PK-like)
家族 Family family	d.144.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	6yatA02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	510 — Transferase(Phosphotransferase); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Transferase(Phosphotransferase) domain 1

结构域编号 domain_id	6yatB02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	510 — Transferase(Phosphotransferase); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Transferase(Phosphotransferase) domain 1

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	111.680 Å
晶胞边长 b length_b	111.680 Å
晶胞边长 c length_c	171.486 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 41 21 2
空间群编号 int_tables_number	92
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.580 Å
最低分辨率 resolution_low	48.000 Å
R 因子 r_factor	0.2269
R_work r_work	0.2252
R_free r_free	0.2585

fit	/app/data/saxs_computation/ya/6yat/6yat.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ya/6yat/6yat.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ya/6yat/6yat.dat

Crystal structure of STK4 (MST1) in complex with compound 6

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Serine/threonine-protein kinase 4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction