6yeo

Crystal structure of AmpC from E. coli with cyclic boronate 2

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 127.0 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Beta-lactamase

Escherichia coli (strain K12)

UniProt P00811

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 20–377 未记录 OK3 (4~{R})-4-[[4-(aminomethyl)phenyl]carbonylamino]-3,3-bis(oxidanyl)-2-oxa-3-boranuidabicyclo[4.4.0]deca-1(10),6,8-triene-10-carboxylic acid × 1 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 1 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 NA SODIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7.5;298 K;16 mg/mL AmpC, 20 mM cyclic boronate inhibitor, 0.15 M HEPES pH 7.5, 65 % MDP 分辨率 2.04 Å R-free 0.203
2 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 20–377 未记录 OK3 (4~{R})-4-[[4-(aminomethyl)phenyl]carbonylamino]-3,3-bis(oxidanyl)-2-oxa-3-boranuidabicyclo[4.4.0]deca-1(10),6,8-triene-10-carboxylic acid × 1 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 1 CL CHLORIDE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7.5;298 K;16 mg/mL AmpC, 20 mM cyclic boronate inhibitor, 0.15 M HEPES pH 7.5, 65 % MDP 分辨率 2.04 Å R-free 0.203
3 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 20–377 未记录 OK3 (4~{R})-4-[[4-(aminomethyl)phenyl]carbonylamino]-3,3-bis(oxidanyl)-2-oxa-3-boranuidabicyclo[4.4.0]deca-1(10),6,8-triene-10-carboxylic acid × 1 GOL GLYCEROL × 3 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7.5;298 K;16 mg/mL AmpC, 20 mM cyclic boronate inhibitor, 0.15 M HEPES pH 7.5, 65 % MDP 分辨率 2.04 Å R-free 0.203
4 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 20–377 未记录 OK3 (4~{R})-4-[[4-(aminomethyl)phenyl]carbonylamino]-3,3-bis(oxidanyl)-2-oxa-3-boranuidabicyclo[4.4.0]deca-1(10),6,8-triene-10-carboxylic acid × 1 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 1 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7.5;298 K;16 mg/mL AmpC, 20 mM cyclic boronate inhibitor, 0.15 M HEPES pH 7.5, 65 % MDP 分辨率 2.04 Å R-free 0.203

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 114 个其他 PDB 条目、226 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 AMPC_ECOLI
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–358; UniProt 20–377 作者链 B; PDB构建体 1–358; UniProt 20–377 作者链 C; PDB构建体 1–358; UniProt 20–377 作者链 D; PDB构建体 1–358; UniProt 20–377

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6yeo

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6yeo
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6yeo
沉积日期 deposition_date2020-03-25
结构标题 titleCrystal structure of AmpC from E. coli with cyclic boronate 2
关键词 keywordsbeta lactamase, antibiotic resistance, bicyclic boronate, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier39.96
回转半径 Rg (电子) rg_electron39.52
零角强度 I(0) i0335539000.00
分子量 molecular_weight156550.0 kDa
排除体积 excluded_volume198380 ų
包络体积 envelope_volume252830 ų
水化壳体积 shell_volume53216 ų
包络直径 envelope_diameter133.4
壳层 Rg shell_rg45.63
包络 Rg envelope_rg38.45
形状 Rg shape_rg39.55
总 Rg total_rg39.78
总原子数 total_atoms11086
残基数 n_residues1431
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax127.0
Rg (实空间) rg_real39.85
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.33
I(0) (实空间) i0_real3.3550e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error5.8350e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal39.96
I(0) (倒空间) i0_reciprocal335600000.0000
解质量估计 total_estimate0.8799
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary57.1
偏度 Skewness skewness0.124
峰度 Kurtosis kurtosis-0.516
角度范围 angular_range— – 0.2000 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha110200000.0000
实空间数据点数 n_real_points41
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.868; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.831

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_idd6yeoa_
类 Class classe — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold folde.3 — beta-lactamase/transpeptidase-like
超家族 Superfamily superfamilye.3.1 — beta-lactamase/transpeptidase-like
家族 Family familye.3.1.1 — beta-Lactamase/D-ala carboxypeptidase
结构域编号 domain_idd6yeob_
类 Class classe — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold folde.3 — beta-lactamase/transpeptidase-like
超家族 Superfamily superfamilye.3.1 — beta-lactamase/transpeptidase-like
家族 Family familye.3.1.1 — beta-Lactamase/D-ala carboxypeptidase
结构域编号 domain_idd6yeoc_
类 Class classe — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold folde.3 — beta-lactamase/transpeptidase-like
超家族 Superfamily superfamilye.3.1 — beta-lactamase/transpeptidase-like
家族 Family familye.3.1.1 — beta-Lactamase/D-ala carboxypeptidase
结构域编号 domain_idd6yeod_
类 Class classe — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold folde.3 — beta-lactamase/transpeptidase-like
超家族 Superfamily superfamilye.3.1 — beta-lactamase/transpeptidase-like
家族 Family familye.3.1.1 — beta-Lactamase/D-ala carboxypeptidase

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id6yeoA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology710 — Beta-lactamase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — DD-peptidase/beta-lactamase superfamily
结构域编号 domain_id6yeoB00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology710 — Beta-lactamase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — DD-peptidase/beta-lactamase superfamily
结构域编号 domain_id6yeoC00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology710 — Beta-lactamase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — DD-peptidase/beta-lactamase superfamily
结构域编号 domain_id6yeoD00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology710 — Beta-lactamase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — DD-peptidase/beta-lactamase superfamily

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)