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6yhr

Crystal structure of Werner syndrome helicase

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 103.9 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Werner syndrome ATP-dependent helicase

Homo sapiens

UniProt Q14191

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 517–1094 未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；1M Na Acetate, 0.1 M Cacodylate pH 6.5 分辨率 2.20 Å R-free 0.236

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 6YHR Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
10AJ Crystal Structure of Human WRN helicase with compound 1 提交 2026-01-08 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 518–946（429 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 A1C4J 4-(4-methyl-4H-1,2,4-triazol-3-yl)-1-[4-(1H-pyrrol-1-yl)benzene-1-sulfonyl]piperidine × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；290 K；protocol was established using PROTEROS Standard Protocols
分辨率 2.42 Å R-free 0.254
10AK Crystal Structure of Human WRN helicase with compound 4 提交 2026-01-08 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 516–946（431 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 A1C4L N-benzyl-N-[(3R)-1,1-dioxo-1lambda~6~-thiolan-3-yl]-2-[4-(1H-pyrrol-1-yl)phenyl]acetamide × 1 CL CHLORIDE ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；290 K；protocol was established using PROTEROS Standard Protocols
分辨率 1.37 Å R-free 0.214
10AP Crystal Structure of Human WRN helicase with compound 26 提交 2026-01-08 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 500–946（447 aa）
未记录 A1C4O (2R)-N-[(3R)-1,1-dioxo-1lambda~6~-thiolan-3-yl]-N-{[2-(2-hydroxypropan-2-yl)pyridin-4-yl]methyl}-2-methoxy-2-[(1M)-3,3',4'-trifluoro[1,1'-biphenyl]-4-yl]acetamide × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；277 K；co-crystallization additive 46 [Proplex-E2-B4+29% glycerol]
分辨率 2.58 Å R-free 0.286
2AXL Solution structure of a multifunctional DNA- and protein-binding domain of human Werner syndrome protein 提交 2005-09-05 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 949–1092（144 aa） 片段：The DPBD
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7.4；295.2 K；离子强度（mmCIF原始值）25 mM KPi + 25 mM NaCl；压力 1
NMR样品组成 0.35 mM in KPi buffer (pH7.4) 25 mM NaCl | 92.5% H2O/7.5% D2O
分辨率未提供
2DGZ Solution structure of the Helicase and RNase D C-terminal domain in Werner syndrome ATP-dependent helicase 提交 2006-03-16 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1140–1239（100 aa） 片段：Helicase and RNase D C-terminal domain
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100mM；压力 ambient
NMR样品组成 20mM d-Tris-HCl(pH7.0), 100mM NaCl, 1mM d-DTT, 0.02% NaN3, 10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
2E1E Crystal structure of the HRDC Domain of Human Werner Syndrome Protein, WRN 提交 2006-10-25 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1142–1242（101 aa） 片段：HRDC domain
未记录 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 9.5；293 K；pH 9.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K
分辨率 2.30 Å R-free 0.279
2E1E Crystal structure of the HRDC Domain of Human Werner Syndrome Protein, WRN 提交 2006-10-25 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1142–1242（101 aa） 片段：HRDC domain
未记录 CL CHLORIDE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 9.5；293 K；pH 9.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K
分辨率 2.30 Å R-free 0.279
2E1F Crystal structure of the HRDC Domain of Human Werner Syndrome Protein, WRN 提交 2006-10-25 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1142–1242（101 aa） 片段：HRDC domain
未记录 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 5.5；293 K；pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K
分辨率 2.00 Å R-free 0.255
2E1F Crystal structure of the HRDC Domain of Human Werner Syndrome Protein, WRN 提交 2006-10-25 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1142–1242（101 aa） 片段：HRDC domain
未记录 CL CHLORIDE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 5.5；293 K；pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K
分辨率 2.00 Å R-free 0.255
2FBT WRN exonuclease 提交 2005-12-10 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 38–236（199 aa） 片段：Exonculease domain
未记录 ACY ACETIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 4.5；277 K；5ul of 4.5mg/ml WRN exonuclease buffered in 25mM Tris HCl, 100mM NaCl, pH7.5, mixed with 5ul 1% MPEG 2K, 200mM Na Acetate, pH 4.5 from the reservoir solution and 1ul EDTA additive. , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K, pH 4.50
分辨率 2.05 Å R-free 0.241
2FBV WRN exonuclease, Mn complex 提交 2005-12-10 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 38–236（199 aa） 片段：Exonuclease domain
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；277 K；5ul of 4.5mg/ml WRN exonuclease buffered in 25mM Tris HCL, 100mM NaCl, pH7.5, mixed with 5ul 1% MPEG 2K, 200mM Na Acetate, pH 4.5 from the reservior solution and 1ul EDTA additive, pH 4.50, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 2.40 Å R-free 0.277
2FBX WRN exonuclease, Mg complex 提交 2005-12-10 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 38–236（199 aa） 片段：Exonuclease domain
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；5ul of 4.5mg/ml WRN exonuclease buffered in 25mM Tris HCL, 100mM NaCl, pH 7.5, mixed with 5ul 1% MPEG 2K, 200mM Na Acetate, pH 4.5 from the reservior solution and 1ul EDTA additive, pH 4.50, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP
分辨率 2.20 Å R-free 0.262
2FBY WRN exonuclease, Eu complex 提交 2005-12-10 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 38–236（199 aa） 片段：Exonuclease domain
未记录 EU3 EUROPIUM (III) ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 4.5；5ul of 4.5mg/ml WRN exonuclease buffered in 25mM Tris HCL, 100mM NaCl, pH 7.5, mixed with 5ul 1% MPEG 2K, 200mM Na Acetate, pH 4.5 from the reservior solution and 1ul EDTA additive, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, pH 4.50
分辨率 2.00 Å R-free 0.245
2FC0 WRN exonuclease, Mn dGMP complex 提交 2005-12-10 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 38–236（199 aa） 片段：Exonuclease domain
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 2 DGP 2'-DEOXYGUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 4.5；277 K；5ul of 4.5mg/ml WRN exonuclease buffered in 25mM Tris HCl, 100mM NaCl, pH 7.5, mixed with 5ul 1% MPEG 2K, 200mM Na Acetate, pH 4.5 from the reservior solution and 1ul EDTA additive, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K, pH 4.50
分辨率 2.00 Å R-free 0.238
3AAF Structure of WRN RQC domain bound to double-stranded DNA 提交 2009-11-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 A 949–1079（131 aa） 片段：RecQ C-terminal (RQC) domain
链 B 949–1079（131 aa） 片段：RecQ C-terminal (RQC) domain
未记录 ACT ACETATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 9；293 K；20% PEG 4000, 0.2M sodium acetate, 0.1M CAPS-NaOH, pH 9, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K
分辨率 1.90 Å R-free 0.244
7GQS Crystal Structure of Werner helicase fragment 517-945 in complex with ADP 提交 2023-10-19 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 517–945（429 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 CD CADMIUM ION × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；277 K；5 mg/mL protein in 20mM TRIS/HCl pH7.5, 350mM NaCl, 0.25mM TCEP, 2.5% glycerol mixed 40nL with 180nL reservoir consisting of 9.091 %w/v Silver Bullets 42, 0.091 M MES monohydrate, 2.727 %v/v Jeffamine T-403, 13.6 %v/v pentaerythritol ethoxylate, 0.182M Potassium acetate pH6
分辨率 1.57 Å R-free 0.218
7GQT Crystal Structure of Werner helicase fragment 517-945 in complex with ATP 提交 2023-10-19 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 517–945（429 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.2；277 K；5 mg/mL protein in 20mM TRIS/HCl pH7.5, 350mM NaCl, 0.25mM TCEP, 2.5% glycerol mixed 20nL with 20nL seed solution and 110nL reservoir consisting of 0.2M NaCl, 0.1M Na/K Phosphate, 10%w/v PEG8000
分辨率 2.21 Å R-free 0.263
7GQU Crystal Structure of Werner helicase fragment 517-945 in covalent complex with N-[(E,1S)-1-cyclopropyl-3-methylsulfonylprop-2-enyl]-2-(1,1-difluoroethyl)-4-phenoxypyrimidine-5-carboxamide 提交 2023-10-19 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 517–945（429 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 X1L N-[(1S)-1-cyclopropyl-3-(methanesulfonyl)propyl]-2-(1,1-difluoroethyl)-4-phenoxypyrimidine-5-carboxamide × 1 GOL GLYCEROL × 1 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.2；293 K；5 mg/mL protein in 20mM TRIS/HCl pH7.5, 350mM NaCl, 0.25mM TCEP, 2.5% glycerol mixed 40nL with 180nL reservoir consisting of 20 %v/v Ethylene glycol, 11 %w/v PEG8000, 0.08M MES/NaOH pH6.2, 0.08M imidazole
分辨率 1.54 Å R-free 0.209
7XUT Crystal structure of RPA70N-WRN fusion 提交 2022-05-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 435–451（17 aa）
链 B 435–451（17 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；278 K；20% PEG3350, 200 mM ammonium sulfate
分辨率 1.60 Å R-free 0.214
8PFL Crystal structure of WRN helicase domain in complex with 3 提交 2023-06-16 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 517–945（429 aa）
突变：E625A, R564A, R785A, R803A, E886A, R942A ZN ZINC ION × 1 YH8 2-[2-(3,6-dihydro-2~{H}-pyran-4-yl)-5-ethyl-7-oxidanylidene-6-[4-(3-oxidanylpyridin-2-yl)carbonylpiperazin-1-yl]-[1,2,4]triazolo[1,5-a]pyrimidin-4-yl]-~{N}-[2-methyl-4-(trifluoromethyl)phenyl]ethanamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；30% Jeffamine ED-2001 0.1 M Hepes pH 7
分辨率 1.80 Å R-free 0.226
8PFO Crystal structure of WRN helicase domain in complex with HRO761 提交 2023-06-16 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 517–945（429 aa）
突变：E625A, R564A, R785A, R803A, E886A, R942A ZN ZINC ION × 1 YHC ~{N}-[2-chloranyl-4-(trifluoromethyl)phenyl]-2-[2-(3,6-dihydro-2~{H}-pyran-4-yl)-5-ethyl-6-[4-(6-methyl-5-oxidanyl-pyrimidin-4-yl)carbonylpiperazin-1-yl]-7-oxidanylidene-[1,2,4]triazolo[1,5-a]pyrimidin-4-yl]ethanamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；25.5 % PEG 4000 0.17 M ammonium sulfate 15 % glycerol
分辨率 1.90 Å R-free 0.248
8PFP Crystal structure of WRN helicase domain in complex with ATPgammaS 提交 2023-06-16 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 517–945（429 aa）
突变：E625A, R716A, K804A, E886A, R942A ZN ZINC ION × 1 AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20 % PEG3350 0.2 M Sodium citrate tribasic dihydrate
分辨率 1.60 Å R-free 0.238
8YLE Crystal structure of Werner syndrome helicase complexed with AMP-PCP 提交 2024-03-06 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 517–945（429 aa）
未记录 ACP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；277 K；pH 6.5,0.1 M Amino acids,0.1 M Buffer System 1, 30.00% % v/v EDO_P8K
分辨率 1.86 Å R-free 0.214
9HZG Ku70/80 bound to WRN-exo 提交 2025-01-13 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric
链 E 1–1432（1432 aa）
未记录 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.33 Å
9MJS Crystal structure of WRN helicase with bound AMPPNP 提交 2024-12-16 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 500–942（443 aa） 片段：UNP residues 500-942
未记录 ZN ZINC ION × 1 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；277 K；30% Jeffamine ED 2003, 0.2 M NaCl, 0.2 M NDSB-201, 0.1 M MES
分辨率 1.84 Å R-free 0.225
9MJS Crystal structure of WRN helicase with bound AMPPNP 提交 2024-12-16 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 500–942（443 aa） 片段：UNP residues 500-942
未记录 ZN ZINC ION × 1 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；277 K；30% Jeffamine ED 2003, 0.2 M NaCl, 0.2 M NDSB-201, 0.1 M MES
分辨率 1.84 Å R-free 0.225
9MJT Crystal structure of apo WRN helicase in Form D 提交 2024-12-16 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 500–942（443 aa） 片段：UNP residues 500-942
未记录 ZN ZINC ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；21-27.5% w/v PEG1500, 0.1 M MMT, pH 5.75-6.25
分辨率 1.73 Å R-free 0.259
9MJU Crystal structure of WRN helicase with allosteric fragment 1 提交 2024-12-16 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 500–942（443 aa） 片段：UNP residues 500-942
未记录 ZN ZINC ION × 1 A1BL1 N-[4-(trifluoromethyl)phenyl]acetamide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；20% v/v PEG6000, 0.1 M HEPES, pH 6.25-6.5
分辨率 1.58 Å R-free 0.243
9MJV Crystal structure of WRN helicase with bound allosteric fragment 2 提交 2024-12-16 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 500–942（443 aa） 片段：UNP residues 500-942
未记录 ZN ZINC ION × 1 A1BL2 2-[4-(trifluoromethoxy)phenyl]-2H-tetrazole-5-carboxylic acid × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；21-27.5% w/v PEG1500, 0.1 M MMT, pH 5.75-6.25
分辨率 2.58 Å R-free 0.288
9MJW Crystal structure of WRN helicase with bound allosteric fragment 3. 提交 2024-12-16 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 500–942（443 aa） 片段：UNP residues 500-942
未记录 ZN ZINC ION × 1 A1BL3 6-chloro-7-methyl-1lambda~6~,2,4-benzothiadiazine-1,1,3(2H,4H)-trione × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；21%-27.5% (w/v) PEG 1500 and 0.1 M MMT pH 5.75-6.25
分辨率 2.00 Å R-free 0.263
9MJX Crystal structure of WRN helicase with bound allosteric fragment 4 提交 2024-12-16 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 500–942（443 aa） 片段：UNP residues 500-942
未记录 ZN ZINC ION × 1 A1BL4 (4R)-8-amino-2-cyclopropylimidazo[1,2-a]pyridine-6-carboxylic acid × 1 A1BL5 5,6-diaminopyridine-3-carboxylic acid × 1 SO4 SULFATE ION × 2 CL CHLORIDE ION × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；21%-27.5% (w/v) PEG 1500 and 0.1 M MMT pH 5.75-6.25
分辨率 1.73 Å R-free 0.229
9MJY Crystal structure of WRN helicase with bound allosteric compound 1 提交 2024-12-16 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 500–942（443 aa） 片段：UNP residues 500-942
未记录 ZN ZINC ION × 1 A1BL0 (3-{[4-(trifluoromethyl)phenyl]carbamoyl}furan-2-yl)acetic acid × 2 CL CHLORIDE ION × 5 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；21%-27.5% (w/v) PEG 1500 and 0.1 M MMT pH 5.75-6.25
分辨率 1.63 Å R-free 0.222
9MJZ Crystal structure of WRN helicase with bound allosteric compound 3 提交 2024-12-16 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 500–942（443 aa） 片段：UNP residues 500-942
未记录 ZN ZINC ION × 1 A1BL6 (2-anilino-5-{[4-(trifluoromethyl)phenyl]carbamoyl}-1,3-thiazol-4-yl)acetic acid × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 8 GOL GLYCEROL × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；21-27.5% w/v PEG1500, 0.1 M MMT, pH 5.75-6.25
分辨率 1.70 Å R-free 0.261
9MK0 Crystal structure of WRN helicase with bound allosteric compound 5 提交 2024-12-16 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 500–942（443 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 A1BL7 (2-[4-(pyrimidine-4-carbonyl)piperazin-1-yl]-4-{[4-(trifluoromethyl)phenyl]carbamoyl}pyrimidin-5-yl)acetic acid × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 12 CL CHLORIDE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；20% w/v PEG6000, 0.2 M calcium chloride, 0.1 M MES, pH 6.0
分辨率 1.89 Å R-free 0.230
9MK1 Crystal structure of WRN helicase with bound compound 6 提交 2024-12-16 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 500–942（443 aa） 片段：UNP residues 500-942
未记录 ZN ZINC ION × 1 A1BL8 (2-[(2R)-2-(phenylcarbamoyl)-2,3-dihydro-1H-inden-4-yl]-5-{[4-(trifluoromethyl)phenyl]carbamoyl}-1,3-thiazol-4-yl)acetic acid × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；24.5% w/v PEG1500, 0.1 M MMT, pH 6.0
分辨率 2.12 Å R-free 0.267
9OG3 Crystal structure of WRN in complex with compound 4 提交 2025-04-30 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 526–946（421 aa）
未记录 A1CA4 (3R,4S)-N-[(2R)-3-cyclohexyl-1-(dimethylamino)-1-oxopropan-2-yl]-1-[(2-fluoro-4-methylphenyl)acetyl]-4-[3-(2-oxo-2,3-dihydro-1H-1,3-benzimidazol-1-yl)propanamido]piperidine-3-carboxamide × 1 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；290.15 K；18% w/v PEG3350 and 0.18 M Tri-sodium citrate
分辨率 2.06 Å R-free 0.258
9OG8 Crystal structure of WRN in complex with compound 43 提交 2025-04-30 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 526–946（421 aa）
未记录 A1CA5 (3R,4S)-N-[(2R)-3-cyclohexyl-1-(methylamino)-1-oxopropan-2-yl]-4-{3-[6-(ethanesulfonamido)-2-oxo-2,3-dihydro-1H-1,3-benzimidazol-1-yl]propanamido}-1-[(2-fluoro-4-methylphenyl)acetyl]piperidine-3-carboxamide × 1 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；290.15 K；18.0% w/v PEG 3350, 0.18 M Tri-ammonium citrate
分辨率 1.66 Å R-free 0.239
9OW9 Human WRN helicase in complex with allosteric ligand Compound 1 提交 2025-06-02 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 500–942（443 aa） 片段：UNP residues 500-942
未记录 ZN ZINC ION × 1 A1CEV 2-[(9R)-1'-[(1,3-benzoxazol-2-yl)acetyl]-2-(morpholin-4-yl)-8-oxo-5,8-dihydro-4H-spiro[furo[3,4-d][1,2,4]triazolo[1,5-a]pyrimidine-7,4'-piperidin]-4-yl]-N-[2-chloro-4-(trifluoromethyl)phenyl]acetamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；23-24.5% w/v PEG1500, 100 mM MMT, pH 5.75-6.25
分辨率 2.34 Å R-free 0.301
9OWA Human WRN helicase in complex with allosteric ligand Compound 2 提交 2025-06-02 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 500–942（443 aa） 片段：UNP residues 500-942
未记录 ZN ZINC ION × 1 A1CEW N-[2-chloro-4-(trifluoromethyl)phenyl]-2-[(5'R,10'R)-2'-(3,6-dihydro-2H-pyran-4-yl)-1-(5-hydroxy-6-methylpyrimidine-4-carbonyl)-5'-methyl-9'-oxo-5',9'-dihydrospiro[piperidine-4,8'-pyrano[4,3-d][1,2,4]triazolo[1,5-a]pyrimidin]-4'(6'H)-yl]acetamide × 1 CL CHLORIDE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；23-24.5% w/v PEG1500, 100 mM MMT, pH 5.75-6.25
分辨率 1.98 Å R-free 0.306
9OWB Human WRN helicase in complex with allosteric ligand Compound 6 提交 2025-06-02 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 500–942（443 aa） 片段：UNP residues 500-942
未记录 ZN ZINC ION × 1 A1CEX N-[2-chloro-4-(trifluoromethyl)phenyl]-2-[(10'R)-1-(3-hydroxypyridine-2-carbonyl)-2'-(morpholin-4-yl)-9'-oxo-5',9'-dihydrospiro[piperidine-4,8'-pyrano[4,3-d][1,2,4]triazolo[1,5-a]pyrimidin]-4'(6'H)-yl]acetamide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 7 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；20.0% w/v PEG3350, 200 mM ammonium tartrate
分辨率 1.56 Å R-free 0.192
9OWB Human WRN helicase in complex with allosteric ligand Compound 6 提交 2025-06-02 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 500–942（443 aa） 片段：UNP residues 500-942
未记录 ZN ZINC ION × 1 A1CEX N-[2-chloro-4-(trifluoromethyl)phenyl]-2-[(10'R)-1-(3-hydroxypyridine-2-carbonyl)-2'-(morpholin-4-yl)-9'-oxo-5',9'-dihydrospiro[piperidine-4,8'-pyrano[4,3-d][1,2,4]triazolo[1,5-a]pyrimidin]-4'(6'H)-yl]acetamide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；20.0% w/v PEG3350, 200 mM ammonium tartrate
分辨率 1.56 Å R-free 0.192
9OWB Human WRN helicase in complex with allosteric ligand Compound 6 提交 2025-06-02 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 500–942（443 aa） 片段：UNP residues 500-942
未记录 ZN ZINC ION × 1 A1CEX N-[2-chloro-4-(trifluoromethyl)phenyl]-2-[(10'R)-1-(3-hydroxypyridine-2-carbonyl)-2'-(morpholin-4-yl)-9'-oxo-5',9'-dihydrospiro[piperidine-4,8'-pyrano[4,3-d][1,2,4]triazolo[1,5-a]pyrimidin]-4'(6'H)-yl]acetamide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；20.0% w/v PEG3350, 200 mM ammonium tartrate
分辨率 1.56 Å R-free 0.192
9OWB Human WRN helicase in complex with allosteric ligand Compound 6 提交 2025-06-02 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 D 500–942（443 aa） 片段：UNP residues 500-942
未记录 ZN ZINC ION × 1 A1CEX N-[2-chloro-4-(trifluoromethyl)phenyl]-2-[(10'R)-1-(3-hydroxypyridine-2-carbonyl)-2'-(morpholin-4-yl)-9'-oxo-5',9'-dihydrospiro[piperidine-4,8'-pyrano[4,3-d][1,2,4]triazolo[1,5-a]pyrimidin]-4'(6'H)-yl]acetamide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；20.0% w/v PEG3350, 200 mM ammonium tartrate
分辨率 1.56 Å R-free 0.192
9OWC Human WRN helicase in complex with allosteric ligand Compound 7 提交 2025-06-02 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 500–942（443 aa） 片段：UNP residues 500-942
未记录 ZN ZINC ION × 1 A1CEY N-[2-chloro-4-(trifluoromethyl)phenyl]-2-[(5S,9R)-1'-(3-hydroxypyridine-2-carbonyl)-5-methyl-2-(morpholin-4-yl)-8-oxo-5,8-dihydrospiro[cyclopenta[d][1,2,4]triazolo[1,5-a]pyrimidine-7,4'-piperidin]-4(6H)-yl]acetamide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 8 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；23-24.5% w/v PEG1500, 100 mM MMT, pH 5.75-6.25
分辨率 1.67 Å R-free 0.206
9OWD Human WRN helicase in complex with allosteric ligand Compound 9 提交 2025-06-02 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 500–942（443 aa） 片段：UNP residues 500-942
未记录 ZN ZINC ION × 1 A1CEZ N-[2-chloro-4-(trifluoromethyl)phenyl]-2-[(9R)-1'-(5-hydroxy-6-methylpyrimidine-4-carbonyl)-2-(morpholin-4-yl)-8-oxo-5,8-dihydrospiro[cyclopenta[d][1,2,4]triazolo[1,5-a]pyrimidine-7,4'-piperidin]-4(6H)-yl]acetamide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；23-24.5% w/v PEG1500, 100 mM MMT, pH 5.75-6.25
分辨率 1.96 Å R-free 0.272
9QBU Crystal structure of WRN in complex with (S)-27 (GSK5819992) 提交 2025-03-03 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 500–942（443 aa）
未记录 A1I5L 1-[(2~{S})-2-(2-azaspiro[3.3]heptan-2-ylcarbonyl)-4-[2-[4-(trifluoromethyl)phenyl]ethanoyl]piperazin-1-yl]propan-1-one × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277.15 K；7% PEG 20000, 0.1 M MES pH 5.5
分辨率 2.10 Å R-free 0.249
9QBU Crystal structure of WRN in complex with (S)-27 (GSK5819992) 提交 2025-03-03 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 500–942（443 aa）
未记录 A1I5L 1-[(2~{S})-2-(2-azaspiro[3.3]heptan-2-ylcarbonyl)-4-[2-[4-(trifluoromethyl)phenyl]ethanoyl]piperazin-1-yl]propan-1-one × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277.15 K；7% PEG 20000, 0.1 M MES pH 5.5
分辨率 2.10 Å R-free 0.249
9QBV Crystal structure of WRN in complex with (R)-11 (GSK4766470) 提交 2025-03-03 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 500–942（443 aa）
未记录 A1I5F 1-[(2~{R})-2-methyl-4-[2-[4-(trifluoromethyl)phenyl]ethanoyl]piperazin-1-yl]propan-1-one × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277.15 K；10% PEG 6000, 0.1 M HEPES pH 7.0
分辨率 2.15 Å R-free 0.258
9RTI Structure of WRN in complex with ATPgS and covalent ligand Compound 7 提交 2025-07-02 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 517–941（425 aa）
未记录 AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 15 A1JJ8 ~{N}-[1-[(4-fluorophenyl)methyl]-7-methyl-indazol-3-yl]propanamide × 1 A1JJQ ~{N}-[1-[(4-fluorophenyl)methyl]-7-methyl-indazol-3-yl]prop-2-enamide × 1 MLT D-MALATE × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 5 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；293 K；100 mM MMT pH 7.2, 25% w/v PEG 1500, 20% EG
分辨率 2.20 Å R-free 0.274
9RUR Structure of WRN in complex with ATPgS and covalent ligand Compound 4d 提交 2025-07-04 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 517–941（425 aa）
未记录 AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 A1JJK 2-ethylsulfanyl-~{N}-[1-[(4-fluorophenyl)methyl]indazol-3-yl]ethanamide × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；293 K；0.1 mM MMT pH 7.2, 25 %w/v PEG 1500 and 20 %v/v EG
分辨率 2.30 Å R-free 0.281
9RUR Structure of WRN in complex with ATPgS and covalent ligand Compound 4d 提交 2025-07-04 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 517–941（425 aa）
未记录 AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 ZN ZINC ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；293 K；0.1 mM MMT pH 7.2, 25 %w/v PEG 1500 and 20 %v/v EG
分辨率 2.30 Å R-free 0.281
9RUS Structure of WRN in complex with ATPgS and Compound 3 提交 2025-07-04 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 517–941（425 aa）
未记录 AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 GQP 1-[(4-fluorophenyl)methyl]benzimidazole × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；293 K；0.1 mM MMT pH 7.2, 25 %w/v PEG 1500
分辨率 2.19 Å R-free 0.298
9RUS Structure of WRN in complex with ATPgS and Compound 3 提交 2025-07-04 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 517–941（425 aa）
未记录 AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；293 K；0.1 mM MMT pH 7.2, 25 %w/v PEG 1500
分辨率 2.19 Å R-free 0.298
9S17 WRN helicase in complex with molecule 81 提交 2025-07-18 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 517–941（425 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 A1JKV (2~{R},4~{R})-4-ethyl-~{N}-[(2~{S})-4-methylsulfonylbutan-2-yl]-2-phenyl-piperidine-1-carboxamide × 1 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.8；293 K；100 mM BIS-TRIS 5.8 pH, 26 % w/v PEG 3350 and 275 mM LiSO4
分辨率 1.91 Å R-free 0.248
9S17 WRN helicase in complex with molecule 81 提交 2025-07-18 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 517–941（425 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 12 A1JKV (2~{R},4~{R})-4-ethyl-~{N}-[(2~{S})-4-methylsulfonylbutan-2-yl]-2-phenyl-piperidine-1-carboxamide × 1 SO4 SULFATE ION × 4 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.8；293 K；100 mM BIS-TRIS 5.8 pH, 26 % w/v PEG 3350 and 275 mM LiSO4
分辨率 1.91 Å R-free 0.248
9S18 WRN helicase in complex with HRO761 提交 2025-07-18 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 517–943（427 aa）
未记录 FLC CITRATE ANION × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 YHC ~{N}-[2-chloranyl-4-(trifluoromethyl)phenyl]-2-[2-(3,6-dihydro-2~{H}-pyran-4-yl)-5-ethyl-6-[4-(6-methyl-5-oxidanyl-pyrimidin-4-yl)carbonylpiperazin-1-yl]-7-oxidanylidene-[1,2,4]triazolo[1,5-a]pyrimidin-4-yl]ethanamide × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；277 K；0.3M trisodium citrate tetrahydrate, 0.1M sodium citrate, pH 4.25 and 10% PEG 3350.
分辨率 2.00 Å R-free 0.251
9S19 WRN helicase in complex with ATPgS and ssDNA 提交 2025-07-18 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric
链 A 517–941（425 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；293 K；100mM HEPES pH 7.2 and 15% w/v PEG 8K
分辨率 2.30 Å R-free 0.257
9S19 WRN helicase in complex with ATPgS and ssDNA 提交 2025-07-18 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric
链 B 517–941（425 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；293 K；100mM HEPES pH 7.2 and 15% w/v PEG 8K
分辨率 2.30 Å R-free 0.257
9S1A WRN helicase in the absence of nucleotide or DNA 提交 2025-07-18 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 517–941（425 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.8；293 K；100mM BIS-TRIS pH 5.8, 25% w/v PEG3350 and 200mM LiSO4.
分辨率 1.96 Å R-free 0.247
9S1A WRN helicase in the absence of nucleotide or DNA 提交 2025-07-18 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 517–941（425 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 2 GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.8；293 K；100mM BIS-TRIS pH 5.8, 25% w/v PEG3350 and 200mM LiSO4.
分辨率 1.96 Å R-free 0.247
9S1B WRN helicase in complex with covalent inhibitor GSK_WRN3 提交 2025-07-18 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 517–943（427 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 A1JKU ~{N}-[(3~{R})-1,1-bis(oxidanylidene)thiolan-3-yl]-5-oxidanyl-2-oxidanylidene-6-phenyl-1~{H}-pyridine-3-carboxamide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；277 K；0.3M trisodium citrate tetrahydrate, 0.1M sodium citrate, pH 4.25 and 10% PEG 3350
分辨率 2.22 Å R-free 0.294

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UniProt名称 WRN_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 2–579； UniProt 517–1094

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SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6yhr

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6yhr
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6yhr
沉积日期 deposition_date2020-03-30
结构标题 titleCrystal structure of Werner syndrome helicase
关键词 keywordsHelicase, Werners syndrome, DNA repair, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier28.86 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron28.77 Å
零角强度 I(0) i062361200.00
分子量 molecular_weight61497.0 kDa
排除体积 excluded_volume76861 ų
包络体积 envelope_volume97613 ų
水化壳体积 shell_volume29828 ų
包络直径 envelope_diameter110.6 Å
壳层 Rg shell_rg34.09 Å
包络 Rg envelope_rg29.02 Å
形状 Rg shape_rg28.79 Å
总 Rg total_rg29.22 Å
总原子数 total_atoms4304
残基数 n_residues541
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax103.9 Å
Rg (实空间) rg_real29.01 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.03 Å
I(0) (实空间) i0_real6.2360e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error9.1990e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal28.95 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal62360000.0000
解质量估计 total_estimate0.8325
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary30.2 Å
偏度 Skewness skewness0.535
峰度 Kurtosis kurtosis-0.085
角度范围 angular_range— – 0.2750 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha12340000.0000
实空间数据点数 n_real_points56
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.703; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.756; Smooth: 0.952
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id6yhrA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases
结构域编号 domain_id6yhrA02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases
结构域编号 domain_id6yhrA03
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)