6z32

Human cation-independent mannose 6-phosphate/IGF2 receptor domains 7-11

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 142.7 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cation-independent mannose-6-phosphate receptor

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合单体蛋白 × 1 其他聚合物 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 927–1649	未记录	;alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1 SO4 SULFATE ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；298 K；0.1 M MES pH 6.5, 1.6 M MgSO4, 10 mM mannose 6-phosphate	分辨率 3.47 Å R-free 0.300
2	其他组合单体蛋白 × 1 其他聚合物 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 927–1649	未记录	;alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；298 K；0.1 M MES pH 6.5, 1.6 M MgSO4, 10 mM mannose 6-phosphate	分辨率 3.47 Å R-free 0.300

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 6Z32	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1E6F Human MIR-receptor, repeat 11 提交 2000-08-15	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1508–1650（143 aa）片段：IGF-II-BINDING DOMAIN, REPEAT 11, RESIDUES 1508-1650	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；PRECIPITANT: 0.2 M AMMONIUM ACETATE, 0.1 M CACODYLATE PH 5 28% PEG 4000. PROTEIN SOLUTION: 8 MG/ML IN 10 MM TRIS-HCL PH7.5, 150 MM N VAPOUR DIFFUSION, HANGING DROPS,1:1 RATIO.	分辨率 1.75 Å R-free 0.273
1E6F Human MIR-receptor, repeat 11 提交 2000-08-15	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1508–1650（143 aa）片段：IGF-II-BINDING DOMAIN, REPEAT 11, RESIDUES 1508-1650	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；PRECIPITANT: 0.2 M AMMONIUM ACETATE, 0.1 M CACODYLATE PH 5 28% PEG 4000. PROTEIN SOLUTION: 8 MG/ML IN 10 MM TRIS-HCL PH7.5, 150 MM N VAPOUR DIFFUSION, HANGING DROPS,1:1 RATIO.	分辨率 1.75 Å R-free 0.273
1GP0 Human IGF2R domain 11 提交 2001-10-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1508–1650（143 aa）片段：IGF-II-BINDING DOMAIN, REPEAT 11 RESIDUES 1508-1650	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 0.2 M LITHIUM SULFATE, 0.1 M TRIS HCL PH 8.5, 30 % PEG 4000	分辨率 1.40 Å R-free 0.237
1GP3 Human IGF2R domain 11 提交 2001-10-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1508–1650（143 aa）片段：IGF-II BINDING DOMAIN REPEAT 11 RESIDUES 1508-1650	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 0.2 M SODIUM ACETATE, 0.1 M TRIS HCL PH 8.5, 30 % W/V PEG 4000	分辨率 1.95 Å R-free 0.255
1GQB HUMAN MIR-RECEPTOR, REPEAT 11 提交 2001-11-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1508–1650（143 aa）片段：IGF-II-BINDING DOMAIN, REPEAT 11, RESIDUES 1508-1650	未记录	BR BROMIDE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；PRECIPITANT: 0.2 M AMMONIUM ACETATE, 0.1 M CACODYLATE PH 5, 28% PEG 4000. PROTEIN SOLUTION: 8 MG/ML IN 10 MM TRIS-HCL PH7.5, 150 MM VAPOUR DIFFUSION, HANGING DROPS,1:1 RATIO.	分辨率 1.80 Å R-free 0.253
1GQB HUMAN MIR-RECEPTOR, REPEAT 11 提交 2001-11-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1508–1650（143 aa）片段：IGF-II-BINDING DOMAIN, REPEAT 11, RESIDUES 1508-1650	未记录	BR BROMIDE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；PRECIPITANT: 0.2 M AMMONIUM ACETATE, 0.1 M CACODYLATE PH 5, 28% PEG 4000. PROTEIN SOLUTION: 8 MG/ML IN 10 MM TRIS-HCL PH7.5, 150 MM VAPOUR DIFFUSION, HANGING DROPS,1:1 RATIO.	分辨率 1.80 Å R-free 0.253
1JPL GGA3 VHS domain complexed with C-terminal peptide from cation-independent mannose 6-phosphate receptor 提交 2001-08-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 2480–2491（12 aa）片段：C-terminal peptide	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 10.6；293 K；1.5M Sodium/Potassium Phosphate, 200mM Lithium Sulfate, pH 10.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.40 Å R-free 0.257
1JPL GGA3 VHS domain complexed with C-terminal peptide from cation-independent mannose 6-phosphate receptor 提交 2001-08-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 10 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 E 2480–2491（12 aa）片段：C-terminal peptide 链 F 2480–2491（12 aa）片段：C-terminal peptide	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 10.6；293 K；1.5M Sodium/Potassium Phosphate, 200mM Lithium Sulfate, pH 10.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.40 Å R-free 0.257
1JPL GGA3 VHS domain complexed with C-terminal peptide from cation-independent mannose 6-phosphate receptor 提交 2001-08-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 2480–2491（12 aa）片段：C-terminal peptide	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 10.6；293 K；1.5M Sodium/Potassium Phosphate, 200mM Lithium Sulfate, pH 10.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.40 Å R-free 0.257
1JPL GGA3 VHS domain complexed with C-terminal peptide from cation-independent mannose 6-phosphate receptor 提交 2001-08-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 2480–2491（12 aa）片段：C-terminal peptide	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 10.6；293 K；1.5M Sodium/Potassium Phosphate, 200mM Lithium Sulfate, pH 10.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.40 Å R-free 0.257
1JPL GGA3 VHS domain complexed with C-terminal peptide from cation-independent mannose 6-phosphate receptor 提交 2001-08-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 2480–2491（12 aa）片段：C-terminal peptide	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 10.6；293 K；1.5M Sodium/Potassium Phosphate, 200mM Lithium Sulfate, pH 10.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.40 Å R-free 0.257
1JPL GGA3 VHS domain complexed with C-terminal peptide from cation-independent mannose 6-phosphate receptor 提交 2001-08-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 E 2480–2491（12 aa）片段：C-terminal peptide 链 F 2480–2491（12 aa）片段：C-terminal peptide 链 G 2480–2491（12 aa）片段：C-terminal peptide 链 H 2480–2491（12 aa）片段：C-terminal peptide	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 10.6；293 K；1.5M Sodium/Potassium Phosphate, 200mM Lithium Sulfate, pH 10.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.40 Å R-free 0.257
1JPL GGA3 VHS domain complexed with C-terminal peptide from cation-independent mannose 6-phosphate receptor 提交 2001-08-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 E 2480–2491（12 aa）片段：C-terminal peptide 链 F 2480–2491（12 aa）片段：C-terminal peptide 链 G 2480–2491（12 aa）片段：C-terminal peptide 链 H 2480–2491（12 aa）片段：C-terminal peptide	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 10.6；293 K；1.5M Sodium/Potassium Phosphate, 200mM Lithium Sulfate, pH 10.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.40 Å R-free 0.257
1JPL GGA3 VHS domain complexed with C-terminal peptide from cation-independent mannose 6-phosphate receptor 提交 2001-08-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 7 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 E 2480–2491（12 aa）片段：C-terminal peptide 链 F 2480–2491（12 aa）片段：C-terminal peptide 链 G 2480–2491（12 aa）片段：C-terminal peptide 链 H 2480–2491（12 aa）片段：C-terminal peptide	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 10.6；293 K；1.5M Sodium/Potassium Phosphate, 200mM Lithium Sulfate, pH 10.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.40 Å R-free 0.257
1JPL GGA3 VHS domain complexed with C-terminal peptide from cation-independent mannose 6-phosphate receptor 提交 2001-08-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 8 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 E 2480–2491（12 aa）片段：C-terminal peptide 链 F 2480–2491（12 aa）片段：C-terminal peptide 链 G 2480–2491（12 aa）片段：C-terminal peptide 链 H 2480–2491（12 aa）片段：C-terminal peptide	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 10.6；293 K；1.5M Sodium/Potassium Phosphate, 200mM Lithium Sulfate, pH 10.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.40 Å R-free 0.257
1JPL GGA3 VHS domain complexed with C-terminal peptide from cation-independent mannose 6-phosphate receptor 提交 2001-08-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 9 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 G 2480–2491（12 aa）片段：C-terminal peptide 链 H 2480–2491（12 aa）片段：C-terminal peptide	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 10.6；293 K；1.5M Sodium/Potassium Phosphate, 200mM Lithium Sulfate, pH 10.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.40 Å R-free 0.257
1JWG VHS Domain of human GGA1 complexed with cation-independent M6PR C-terminal Peptide 提交 2001-09-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 2479–2491（13 aa）片段：C-terminal fragment	未记录	IOD IODIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；PEG 3350, ammonium iodide, Tris, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.00 Å R-free 0.261
1JWG VHS Domain of human GGA1 complexed with cation-independent M6PR C-terminal Peptide 提交 2001-09-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 2479–2491（13 aa）片段：C-terminal fragment	未记录	IOD IODIDE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；PEG 3350, ammonium iodide, Tris, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.00 Å R-free 0.261
1LF8 Complex of GGA3-VHS Domain and CI-MPR C-terminal Phosphopeptide 提交 2002-04-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 2480–2491（12 aa）片段：C-terminus (residues 2480-2491)	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；100mM CAPS 10.2-11.0, 200 mM Lithium Sulfate, 1.3-2M Sodium/Potassium phosphate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.30 Å R-free 0.255
1LF8 Complex of GGA3-VHS Domain and CI-MPR C-terminal Phosphopeptide 提交 2002-04-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 2480–2491（12 aa）片段：C-terminus (residues 2480-2491)	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；100mM CAPS 10.2-11.0, 200 mM Lithium Sulfate, 1.3-2M Sodium/Potassium phosphate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.30 Å R-free 0.255
1LF8 Complex of GGA3-VHS Domain and CI-MPR C-terminal Phosphopeptide 提交 2002-04-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 2480–2491（12 aa）片段：C-terminus (residues 2480-2491)	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；100mM CAPS 10.2-11.0, 200 mM Lithium Sulfate, 1.3-2M Sodium/Potassium phosphate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.30 Å R-free 0.255
1LF8 Complex of GGA3-VHS Domain and CI-MPR C-terminal Phosphopeptide 提交 2002-04-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 2480–2491（12 aa）片段：C-terminus (residues 2480-2491)	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；100mM CAPS 10.2-11.0, 200 mM Lithium Sulfate, 1.3-2M Sodium/Potassium phosphate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.30 Å R-free 0.255
2CNJ NMR studies on the interaction of Insulin-Growth Factor II (IGF-II) with IGF2R domain 11 提交 2006-05-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 1508–1650（143 aa）片段：DOMAIN 11, RESIDUES 1508-1650	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 5.5；298 K；压力 1.0 NMR样品组成 5% D2O/ 95% H2O	分辨率未提供
2V5N STRUCTURE OF HUMAN IGF2R DOMAINS 11-12 提交 2007-07-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1508–1799（292 aa）片段：DOMAINS 11 AND 12, RESIDUES 1508-1799	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；0.2 M POTASSIUM SODIUM TARTRATE, 20% (W/V) PEG 3350, pH 7.5	分辨率 3.20 Å R-free 0.317
2V5O STRUCTURE OF HUMAN IGF2R DOMAINS 11-14 提交 2007-07-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1508–2128（621 aa）片段：DOMAINS 11-14, RESIDUES 1508-2128	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.4；0.1 M MES PH6.4, 2.5% (W/V) PEG 3000	分辨率 2.91 Å R-free 0.304
2V5P COMPLEX STRUCTURE OF HUMAN IGF2R DOMAINS 11-13 BOUND TO IGF-II 提交 2007-07-06	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1508–1992（485 aa）片段：DOMAINS 11-13, RESIDUES 1508-1992	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 9；0.1 M TRIS-HCL PH 9.0, 15% (V/V) MPD	分辨率 4.10 Å R-free 0.327
2V5P COMPLEX STRUCTURE OF HUMAN IGF2R DOMAINS 11-13 BOUND TO IGF-II 提交 2007-07-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1508–1992（485 aa）片段：DOMAINS 11-13, RESIDUES 1508-1992	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 9；0.1 M TRIS-HCL PH 9.0, 15% (V/V) MPD	分辨率 4.10 Å R-free 0.327
5IEI X-ray crystallographic structure of a high affinity IGF2 antagonist (Domain11 AB5 RHH) based on human IGF2R domain 11 提交 2016-02-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1508–1649（142 aa）片段：UNP residues 1508-1649	突变：Q1569R, P1597H, S1602H	GOL GLYCEROL × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；2.0 M Ammonium Sulphate, 0.1M Bis-(2-hydroxyethyl)imino-tris(hydroxymethyl methane, pH 7.0.	分辨率 2.80 Å R-free 0.249
6N5X Crystal structure of the SNX5 PX domain in complex with the CI-MPR (space group P212121 - Form 1) 提交 2018-11-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2347–2377（31 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 1 JEF O-(O-(2-AMINOPROPYL)-O'-(2-METHOXYETHYL)POLYPROPYLENE GLYCOL 500) × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；293 K；75% of 0.2 M (NH4)SO4, 0.1 M MES pH 6.5, 30% (w/v) PEG5000 MME + 15% glycerol + 40% v/v Polypropylene glycol P400	分辨率 2.05 Å R-free 0.234
6N5Y Crystal structure of the SNX5 PX domain in complex with the CI-MPR (space group P212121 - Form 1) 提交 2018-11-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2347–2377（31 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；293 K；75% of 0.2 M (NH4)SO4, 0.1 M MES pH 6.5, 30% (w/v) PEG5000 MME + 15% glycerol + 30% v/v (+/-)-2-Methyl-2,4-pentanediol	分辨率 2.26 Å R-free 0.235
6P8I N-terminal 5 domains of IGFIIR 提交 2019-06-07	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 36–763（728 aa）片段：N-terminal 5 domains	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；292.15 K；100mM ammonium citrate dibasic, 20% PEG 3350	分辨率 2.54 Å R-free 0.282
6V02 N-terminal 5 domains of CI-MPR 提交 2019-11-18	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 43–763（721 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；292.15 K；100 mM HEPES pH 7.0, 30% Jeffamine ED-2003	分辨率 2.46 Å R-free 0.308
6Z30 Human cation-independent mannose 6-phosphate/ IGF2 receptor domains 9-10 提交 2020-05-19	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1222–1510（289 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9；298 K；0.1 M SPG buffer (succinic acid, sodium dihydrogen phosphate monohydrate, glycine) pH 9, 25 % PEG 1500	分辨率 1.50 Å R-free 0.228
6Z31 Human cation-independent mannose 6-phosphate/ IGF2 receptor domain 8 提交 2020-05-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1082–1220（139 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 1 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；298 K；1.5 M Ammonium sulphate, 0.1 M Tris pH 8.5, 12 % glycerol	分辨率 2.56 Å R-free 0.251
6Z31 Human cation-independent mannose 6-phosphate/ IGF2 receptor domain 8 提交 2020-05-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1082–1220（139 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 1 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；298 K；1.5 M Ammonium sulphate, 0.1 M Tris pH 8.5, 12 % glycerol	分辨率 2.56 Å R-free 0.251
8AFZ Architecture of the ESCPE-1 membrane coat 提交 2022-07-18	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 2347–2377（31 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Incubation time 30s Blotting time 2s	分辨率 10.00 Å

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查看构建体与数据证据

UniProt名称	MPRI_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 15–737； UniProt 927–1649 作者链 B； PDB构建体 15–737； UniProt 927–1649

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6z32
沉积日期 deposition_date	2020-05-19
结构标题 title	Human cation-independent mannose 6-phosphate/IGF2 receptor domains 7-11
关键词 keywords	Cation-independent mannose 6-phosphate receptor, Insulin-like growth factor 2 receptor, Mannose 6-phosphate, SUGAR BINDING PROTEIN; SUGAR BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	38.30 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	38.02 Å
零角强度 I(0) i0	364719000.00
分子量 molecular_weight	150690.0 kDa
排除体积 excluded_volume	186970 Å³
包络体积 envelope_volume	263520 Å³
水化壳体积 shell_volume	58940 Å³
包络直径 envelope_diameter	155.9 Å
壳层 Rg shell_rg	43.01 Å
包络 Rg envelope_rg	37.85 Å
形状 Rg shape_rg	38.00 Å
总 Rg total_rg	38.41 Å
总原子数 total_atoms	10549
残基数 n_residues	1351
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	142.7 Å
Rg (实空间) rg_real	38.34 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.41 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.6470e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.9000e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	38.31 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	364700000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8085
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	48.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.496
峰度 Kurtosis kurtosis	0.394
角度范围 angular_range	— – 0.2050 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	34990000.0000
实空间数据点数 n_real_points	42
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.514; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.994; Smooth: 0.971

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Cation-independent mannose-6-phosphate receptor
分子量 formula_weight	80832.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	10549

ETGQLKHHHHHHEFTTDTDQACSIRDPNSGFVFNLNPLNSSQGYNVSGIGKIFMFNVCGTMPVCGTILGKPASGCEAETQTEELKNWKPARPVGIEKSLQLSTEGFITLTYKGPLSAKGTADAFIVRFVCNDDVYSGPLKFLHQDIDSGQGIRNTYFEFETALACVPSPVDCQVTDLAGNEYDLTGLSTVRKPWTAVDTSVDGRKRTFYLSVCNPLPYIPGCQGSAVGSCLVSEGNSWNLGVVQMSPQAAANGSLSIMYVNGDKCGNQRFSTRITFECAQISGSPAFQLQDGCEYVFIWRTVEACPVVRVEGDNCEVKDPRHGNLYDLKPLGLNDTIVSAGEYTYYFRVCGKLSSDVCPTSDKSKVVSSCQEKREPQGFHKVAGLLTQKLTYENGLLKMNFTGGDTCHKVYQRSTAIFFYCDRGTQRPVFLKETSDCSYLFEWRTQYACPPFDLTECSFKDGAGNSFDLSSLSRYSDNWEAITGTGDPEHYLINVCKSLAPQAGTEPCPPEAAACLLGGSKPVNLGRVRDGPQWRDGIIVLKYVDGDLCPDGIRKKSTTIRFTCSESQVNSRPMFISAVEDCEYTFAWPTATACPMKSNEHDDCQVTNPSTGHLFDLSSLSGRAGFTAAYSEKGLVYMSICGENENCPPGVGACFGQTRISVGKANKRLRYVDQVLQLVYKDGSPCPSKSGLSYKSVISFVCRPEAGPTNRPMLISLDKQTCTLFFSWHTPLACEQA

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 2 Entity 2 branched

描述 description	;alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	1073.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	139.204 Å
晶胞边长 b length_b	139.204 Å
晶胞边长 c length_c	234.682 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 41 21 2
空间群编号 int_tables_number	92
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.470 Å
最低分辨率 resolution_low	89.720 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2607
R_free r_free	0.3000

fit	/app/data/saxs_computation/z3/6z32/6z32.fit
pddf	/app/data/pr_computation/z3/6z32/6z32.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/z3/6z32/6z32.dat