SAXSdb — 6zcl

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

capsid protein VP1

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 240	4-[[4-[1,3-bis(oxidanylidene)isoindol-2-yl]phenyl]sulfonylamino]benzoic acid × 60 MYRISTIC ACID × 60	与蛋白数一致
2	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 4	4-[[4-[1,3-bis(oxidanylidene)isoindol-2-yl]phenyl]sulfonylamino]benzoic acid × 1 MYRISTIC ACID × 1	与蛋白数一致
3	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 20	4-[[4-[1,3-bis(oxidanylidene)isoindol-2-yl]phenyl]sulfonylamino]benzoic acid × 5 MYRISTIC ACID × 5	与蛋白数一致
4	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 24	4-[[4-[1,3-bis(oxidanylidene)isoindol-2-yl]phenyl]sulfonylamino]benzoic acid × 6 MYRISTIC ACID × 6	与蛋白数一致
5	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 4	4-[[4-[1,3-bis(oxidanylidene)isoindol-2-yl]phenyl]sulfonylamino]benzoic acid × 1 MYRISTIC ACID × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	POLG_CXB3N
Isoform	—
PDB实体	1, 2, 3, 4
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–269； UniProt 583–851 作者链 B； PDB构建体 1–252； UniProt 79–330 作者链 C； PDB构建体 1–237； UniProt 333–569 作者链 D； PDB构建体 1–68； UniProt 2–69

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6zcl
沉积日期 deposition_date	2020-06-11
结构标题 title	Coxsackievirus B3 in complex with capsid binder compound 17
关键词 keywords	Enterovirus, coxackievirus B4, capsid binder, inhibitor, VIRUS; VIRUS
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6zcl__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6zcl__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6zcl__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	0.00 Å
Rg（电子密度）	133.60 Å
总 Rg	133.60 Å
原子数	382200
残基数	48780
排除体积	6775500 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6zcl__assembly_1__model_1`	240-meric （240）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`6zcl__assembly_2__model_1`	tetrameric （4）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
3	1	`6zcl__assembly_3__model_1`	eicosameric （20）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
4	1	`6zcl__assembly_4__model_1`	24-meric （24）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
5	1	`6zcl__assembly_5__model_1`	tetrameric （4）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	capsid protein VP1
分子量 formula_weight	30268.9 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.22.29,3.6.1.15,3.4.22.28,2.7.7.48
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	6370

RVADTVGTGPTNSEAIPALTAAETGHTSQVVPGDTMQTRHVKNYHSRSESTIENFLCRSACVYFTEYKNSGAKRYAEWVLTPRQAAQLRRKLEFFTYVRFDLELTFVITSTQQPSTTQNQDAQILTHQIMYVPPGGPVPDKVDSYVWQTSTNPSVFWTEGNAPPRMSIPFLSIGNAYSNFYDGWSEFSRNGVYGINTLNNMGTLYARHVNAGSTGPIKSTIRIYFKPKHVKAWIPRPPRLCQYEKAKNVNFQPSGVTTTRQSITTMTNT

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	capsid protein VP2
分子量 formula_weight	27604.2 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.22.29,3.6.1.15,3.4.22.28,2.7.7.48
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

SDRARSITLGNSTITTQECANVVVGYGVWPDYLKDSEATAEDQPTQPDVATCRFYTLDSVQWQKTSPGWWWKLPDALSNLGLFGQNMQYHYLGRTGYTVHVQCNASKFHQGCLLVVCVPEAEMGCATLDNTPSSAELLGGDTAKEFADKPVASGSNKLVQRVVYNAGMGVGVGNLTIFPHQWINLRTNNSATIVMPYTNSVPMDNMFRHNNVTLMVIPFVPLDYCPGSTTYVPITVTIAPMCAEYNGLRLAG

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	capsid protein VP3
分子量 formula_weight	26067.6 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.22.29,3.6.1.15,3.4.22.28,2.7.7.48
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

GLPTMNTPGSCQFLTSDDFQSPSAMPQYDVTPEMRIPGEVKNLMEIAEVDSVVPVQNVGEKVNSMEAYQIPVRSNEGSGTQVFGFPLQPGYSSVFSRTLLGEILNYYTHWSGSIKLTFMFCGSAMATGKFLLAYSPPGAGAPTKRVDAMLGTHVIWDVGLQSSCVLCIPWISQTHYRFVASDEYTAGGFITCWYQTNIVVPADAQSSCYIMCFVSACNDFSVRLLKDTPFISQQNFF

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	capsid protein VP4
分子量 formula_weight	7449.2 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.22.29,3.6.1.15,3.4.22.28,2.7.7.48
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

GAQVSTQKTGAHETRLNASGNSIIHYTNINYYKDAASNSANRQDFTQDPGKFTEPVKDIMIKSLPALN

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	4-[[4-[1,3-bis(oxidanylidene)isoindol-2-yl]phenyl]sulfonylamino]benzoic acid
分子量 formula_weight	422.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	MYRISTIC ACID
分子量 formula_weight	228.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d6zcla_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamily	b.121.4 — Positive stranded ssRNA viruses
家族 Family family	b.121.4.1 — Picornaviridae-like VP (VP1, VP2, VP3 and VP4)

结构域编号 domain_id	d6zclc_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamily	b.121.4 — Positive stranded ssRNA viruses
家族 Family family	b.121.4.1 — Picornaviridae-like VP (VP1, VP2, VP3 and VP4)

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分辨率 resolution	2.80 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	18626

Coxsackievirus B3 in complex with capsid binder compound 17

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

capsid protein VP1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6zcl__assembly_1__model_1

6zcl__assembly_1__model_1 | I(q)

6zcl__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

Coxsackievirus B3 in complex with capsid binder compound 17

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

capsid protein VP1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6zcl__assembly_1__model_1

6zcl__assembly_1__model_1 | I(q)

6zcl__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

7. 引用文献 (1)