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6zfb

Structure of the B. subtilis RNA POLYMERASE in complex with HelD (dimer)

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 268.0 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

RNA polymerase subunit omega

物种未注明

UniProt A0A410WI33

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric（14） 与蛋白拷贝数一致 链 E； UniProt 1–69 链 e； UniProt 1–69 未记录 DNA-directed RNA polymerase subunit delta × 2 DNA-directed RNA polymerase subunit alpha × 4 （A0A063XB83） DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 2 （A0A2J0WBQ0） ;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ; × 2 （A0A063XB23） DNA helicase × 2 （A0A164TSE8） ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.90 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 6ZFB Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
6ZCA Structure of the B. subtilis RNA POLYMERASE in complex with HelD (monomer) 提交 2020-06-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 E 1–69（69 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.20 Å

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A0A410WI33_BACVA
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 E； PDB构建体 1–69； UniProt 1–69 作者链 e； PDB构建体 1–69； UniProt 1–69

DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

物种未注明

UniProt A0A063XB83

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric（14） 与蛋白拷贝数一致 链 U； UniProt 1–314 链 V； UniProt 1–314 链 u； UniProt 1–314 链 v； UniProt 1–314 未记录 DNA-directed RNA polymerase subunit delta × 2 RNA polymerase subunit omega × 2 （A0A410WI33） DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 2 （A0A2J0WBQ0） ;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ; × 2 （A0A063XB23） DNA helicase × 2 （A0A164TSE8） ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.90 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 6ZFB Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
6ZCA Structure of the B. subtilis RNA POLYMERASE in complex with HelD (monomer) 提交 2020-06-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 U 1–314（314 aa）
链 V 1–314（314 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.20 Å

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A0A063XB83_BACIU
Isoform —
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 U； PDB构建体 1–314； UniProt 1–314 作者链 V； PDB构建体 1–314； UniProt 1–314 作者链 u； PDB构建体 1–314； UniProt 1–314 作者链 v； PDB构建体 1–314； UniProt 1–314

DNA-directed RNA polymerase subunit beta

物种未注明

UniProt A0A2J0WBQ0

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric（14） 与蛋白拷贝数一致 链 X； UniProt 1–1193 链 x； UniProt 1–1193 未记录 DNA-directed RNA polymerase subunit delta × 2 RNA polymerase subunit omega × 2 （A0A410WI33） DNA-directed RNA polymerase subunit alpha × 4 （A0A063XB83） ;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ; × 2 （A0A063XB23） DNA helicase × 2 （A0A164TSE8） ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.90 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 6ZFB Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
6WVJ Cryo-EM structure of Bacillus subtilis RNA Polymerase elongation complex 提交 2020-05-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：octameric
链 C 1–1193（1193 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Sample loading volume ranged between 2 and 3 microlitres. Samples were blotted for 5 seconds prior to vitrification.
分辨率 3.36 Å
6ZCA Structure of the B. subtilis RNA POLYMERASE in complex with HelD (monomer) 提交 2020-06-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 X 1–1193（1193 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.20 Å

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A0A2J0WBQ0_BACIU
Isoform —
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 X； PDB构建体 1–1193； UniProt 1–1193 作者链 x； PDB构建体 1–1193； UniProt 1–1193

;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ;

物种未注明

UniProt A0A063XB23

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric（14） 与蛋白拷贝数一致 链 Y； UniProt 1–1199 链 y； UniProt 1–1199 未记录 DNA-directed RNA polymerase subunit delta × 2 RNA polymerase subunit omega × 2 （A0A410WI33） DNA-directed RNA polymerase subunit alpha × 4 （A0A063XB83） DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 2 （A0A2J0WBQ0） DNA helicase × 2 （A0A164TSE8） ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.90 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 6ZFB Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
6WVJ Cryo-EM structure of Bacillus subtilis RNA Polymerase elongation complex 提交 2020-05-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：octameric
链 D 1–1199（1199 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Sample loading volume ranged between 2 and 3 microlitres. Samples were blotted for 5 seconds prior to vitrification.
分辨率 3.36 Å
6ZCA Structure of the B. subtilis RNA POLYMERASE in complex with HelD (monomer) 提交 2020-06-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 Y 1–1199（1199 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.20 Å

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A0A063XB23_BACIU
Isoform —
PDB实体 5
链与序列区间 作者链 Y； PDB构建体 1–1199； UniProt 1–1199 作者链 y； PDB构建体 1–1199； UniProt 1–1199

DNA helicase

物种未注明

UniProt A0A164TSE8

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric（14） 与蛋白拷贝数一致 链 H； UniProt 1–774 链 h； UniProt 1–774 未记录 DNA-directed RNA polymerase subunit delta × 2 RNA polymerase subunit omega × 2 （A0A410WI33） DNA-directed RNA polymerase subunit alpha × 4 （A0A063XB83） DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 2 （A0A2J0WBQ0） ;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ; × 2 （A0A063XB23） ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.90 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 6ZFB Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
6VSX X-ray crystal structure of the C-terminal domain of Bacillus subtilis RNA polymerase binding helicase HelD 提交 2020-02-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 608–774（167 aa）
未记录 PO4 PHOSPHATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.2；300 K；0.1M Na/K phosphate, pH 6.2, 0.2 M NaCl, 50 % PEG200
分辨率 2.00 Å R-free 0.202
6ZCA Structure of the B. subtilis RNA POLYMERASE in complex with HelD (monomer) 提交 2020-06-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 H 1–774（774 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.20 Å

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A0A164TSE8_BACIU
Isoform —
PDB实体 6
链与序列区间 作者链 H； PDB构建体 1–774； UniProt 1–774 作者链 h； PDB构建体 1–774； UniProt 1–774

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6zfb

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6zfb
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6zfb
沉积日期 deposition_date2020-06-17
结构标题 titleStructure of the B. subtilis RNA POLYMERASE in complex with HelD (dimer)
关键词 keywordsTRANSCRIPTION/DNA/RNA, DNA-DEPENDENT RNA POLYMERASE, BACTERIAL, TRANSCRIPTION, Helicase; TRANSCRIPTION
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier77.78 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron77.89 Å
零角强度 I(0) i09270080000.00
分子量 molecular_weight816990.0 kDa
排除体积 excluded_volume1023100 ų
包络体积 envelope_volume1644300 ų
水化壳体积 shell_volume177930 ų
包络直径 envelope_diameter267.6 Å
壳层 Rg shell_rg73.61 Å
包络 Rg envelope_rg75.29 Å
形状 Rg shape_rg77.91 Å
总 Rg total_rg77.77 Å
总原子数 total_atoms57505
残基数 n_residues7313
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax268.0 Å
Rg (实空间) rg_real81.32 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.39 Å
I(0) (实空间) i0_real9.2740e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.8840e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal76.91 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal9248000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8713
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary80.4 Å
偏度 Skewness skewness0.475
峰度 Kurtosis kurtosis-0.356
角度范围 angular_range— – 0.1000 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha1.4070
最高正则化参数 α highest_alpha676400000.0000
实空间数据点数 n_real_points21
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.864; Stabil: 0.873; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.137
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 9 domains

CATH v4.4 (9 domains)

结构域编号 domain_id6zfbH01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases
结构域编号 domain_id6zfbX01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily150 — RNA polymerase II, Rpb2 subunit, wall domain
结构域编号 domain_id6zfbY01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology274 — Enzyme I; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily100 — RNA polymerase Rpb1, domain 3
结构域编号 domain_id6zfbY02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology132 — Topoisomerase I; Chain A, domain 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 — RNA polymerase Rpb1 funnel domain
结构域编号 domain_id6zfbh01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases
结构域编号 domain_id6zfbu01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture170 — Beta Complex
拓扑 Topology topology120 — RNA Polymerase Alpha Subunit; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily12 — DNA-directed RNA polymerase, insert domain
结构域编号 domain_id6zfbx01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily150 — RNA polymerase II, Rpb2 subunit, wall domain
结构域编号 domain_id6zfby01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology274 — Enzyme I; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily100 — RNA polymerase Rpb1, domain 3
结构域编号 domain_id6zfby02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology132 — Topoisomerase I; Chain A, domain 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 — RNA polymerase Rpb1 funnel domain
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)