SAXSdb — 6zvq

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Mothers against decapentaplegic homolog 2

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 241–467	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	Ski oncogene × 3 （P12755） SO4 SULFATE ION × 6 GOL GLYCEROL × 24 TAR D(-)-TARTARIC ACID × 9	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；293 K；1.5M Ammonium Sulphate, 0.15M Sodium Potassium Tartrate, 0.08M Tri-Sodium Citrate pH 5.6, 25% v/v Glycerol	分辨率 2.03 Å R-free 0.210

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 6ZVQ	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1DEV CRYSTAL STRUCTURE OF SMAD2 MH2 DOMAIN BOUND TO THE SMAD-BINDING DOMAIN OF SARA 提交 1999-11-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 261–456（196 aa）片段：SMAD2 MH2 DOMAIN	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；TRIS, DIOXANE, AMMONIUM SULFATE, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 4K	分辨率 2.20 Å R-free 0.276
1DEV CRYSTAL STRUCTURE OF SMAD2 MH2 DOMAIN BOUND TO THE SMAD-BINDING DOMAIN OF SARA 提交 1999-11-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 261–456（196 aa）片段：SMAD2 MH2 DOMAIN	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；TRIS, DIOXANE, AMMONIUM SULFATE, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 4K	分辨率 2.20 Å R-free 0.276
1KHX Crystal structure of a phosphorylated Smad2 提交 2001-12-01	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 241–467（227 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；dioxane, potassium phosphate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.80 Å R-free 0.241
1U7V Crystal Structure of the phosphorylated Smad2/Smad4 heterotrimeric complex 提交 2004-08-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 270–466（197 aa）片段：MH2 and Linker domains 链 C 270–466（197 aa）片段：MH2 and Linker domains	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；50 mM Tris-HCl, 0-15 mM magnesium chloride, 5-15% ethanol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.70 Å R-free 0.279
2LB3 Structure of the WW domain of PIN1 in complex with a human phosphorylated Smad3 derived peptide 提交 2011-03-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 217–224（8 aa）片段：residues 176-183	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；285 K；离子强度（mmCIF原始值）0.420；压力 ambient NMR样品组成 1 mM NEDD4LWW3, 3 mM SMAD3, 20 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 2 mM sodium azide, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1 mM [U-100% 15N] NEDD4LWW3, 3 mM SMAD3, 20 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 2 mM sodium azide, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] NEDD4LWW3, 3 mM SMAD3, 20 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 2 mM sodium azide, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
5XOD Crystal structure of human Smad2-Ski complex 提交 2017-05-27	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 262–458（197 aa）片段：UNP residues 262-458	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；293 K；0.1 M sodium acetate tri-hydrate pH 4.6 and 1.85 M sodium formate	分辨率 1.85 Å R-free 0.254
5ZOJ Crystal structure of human SMAD2-MAN1 complex 提交 2018-04-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 262–458（197 aa）片段：UNP residues 262-458 链 B 262–458（197 aa）片段：UNP residues 262-458 链 C 262–458（197 aa）片段：UNP residues 262-458	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.1；277 K；0.1M acetate, 7.5% PEG4000, 10% 2-propanol	分辨率 2.79 Å R-free 0.269
6M64 Crystal structure of SMAD2 in complex with CBP 提交 2020-03-13	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 262–464（203 aa）链 C 262–464（203 aa）链 E 262–464（203 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；293 K；0.1 M HEPES pH 7.2, 0.2 M NaCl and 31% PEG3350	分辨率 1.45 Å R-free 0.189
7CO1 Crystal structure of SMAD2 in complex with wild-type CBP 提交 2020-08-03	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 262–467（206 aa）链 C 262–467（206 aa）链 E 262–467（206 aa）	突变：S465E, S467E 突变：S465E, S467E 突变：S465E, S467E	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.2；293 K；1 M sodium phosphate monobasic monohydrate-potassium phosphate dibasic	分辨率 3.30 Å R-free 0.283

共 8 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SMAD2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–227； UniProt 241–467

Ski oncogene

物种未注明

UniProt P12755

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 11–45	未记录	Mothers against decapentaplegic homolog 2 × 3 （Q15796） SO4 SULFATE ION × 6 GOL GLYCEROL × 24 TAR D(-)-TARTARIC ACID × 9	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；293 K；1.5M Ammonium Sulphate, 0.15M Sodium Potassium Tartrate, 0.08M Tri-Sodium Citrate pH 5.6, 25% v/v Glycerol	分辨率 2.03 Å R-free 0.210

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 6ZVQ	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1MR1 Crystal Structure of a Smad4-Ski Complex 提交 2002-09-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 219–313（95 aa）片段：Smad4-binding domain	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；295 K；dioxane, potassium phosphate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.85 Å R-free 0.280
1MR1 Crystal Structure of a Smad4-Ski Complex 提交 2002-09-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 219–313（95 aa）片段：Smad4-binding domain	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；295 K；dioxane, potassium phosphate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.85 Å R-free 0.280
1SBX Crystal structure of the Dachshund-homology domain of human SKI 提交 2004-02-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 91–192（102 aa）片段：Dachshund-homology domain of human SKI	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 5.5；298 K；PEG 3350, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K	分辨率 1.65 Å R-free 0.206
5XOD Crystal structure of human Smad2-Ski complex 提交 2017-05-27	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 B 15–40（26 aa）片段：UNP residues 15-40	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；293 K；0.1 M sodium acetate tri-hydrate pH 4.6 and 1.85 M sodium formate	分辨率 1.85 Å R-free 0.254

共 3 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SKI_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–35； UniProt 11–45

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6zvq
沉积日期 deposition_date	2020-07-27
结构标题 title	Complex between SMAD2 MH2 domain and peptide from Ski corepressor
关键词 keywords	Phosphoserine, Signal transduction, Transcription modulation, TRANSCRIPTION; TRANSCRIPTION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	19.87 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	18.53 Å
零角强度 I(0) i0	13653100.00
分子量 molecular_weight	26525.0 kDa
排除体积 excluded_volume	32648 Å³
包络体积 envelope_volume	39316 Å³
水化壳体积 shell_volume	17873 Å³
包络直径 envelope_diameter	63.9 Å
壳层 Rg shell_rg	24.79 Å
包络 Rg envelope_rg	19.13 Å
形状 Rg shape_rg	18.45 Å
总 Rg total_rg	19.68 Å
总原子数 total_atoms	1879
残基数 n_residues	227
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	64.1 Å
Rg (实空间) rg_real	19.81 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.41 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.3650e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.6800e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	19.82 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	13650000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8996
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	22.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.259
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.461
角度范围 angular_range	— – 0.4000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	2039000.0000
实空间数据点数 n_real_points	72
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.901; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.993; Smooth: 0.994

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Mothers against decapentaplegic homolog 2
分子量 formula_weight	25540.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1971

MDTGSPAELSPTTLSPVNHSLDLQPVTYSEPAFWCSIAYYELNQRVGETFHASQPSLTVDGFTDPSNSERFCLGLLSNVNRNATVEMTRRHIGRGVRLYYIGGEVFAECLSDSAIFVQSPNCNQRYGWHPATVCKIPPGCNLKIFNNQEFAALLAQSVNQGFEAVYQLTRMCTIRMSFVKGWGAEYRRQTVTSTPCWIELHLNGPLQWLDKVLTQMGSPSVRCSSMS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Ski oncogene
分子量 formula_weight	3846.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

FQPHPGLQKTLEQFHLSSMSSLGGPAAFSARWAQE

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	D(-)-TARTARIC ACID
分子量 formula_weight	150.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	76

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	113.820 Å
晶胞边长 b length_b	113.820 Å
晶胞边长 c length_c	113.820 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	I 21 3
空间群编号 int_tables_number	199
晶系 crystal_system	cubic

分辨率 resolution	2.030 Å
最低分辨率 resolution_low	56.910 Å
R 因子 r_factor	0.1665
R_work r_work	0.1641
R_free r_free	0.2101

fit	/app/data/saxs_computation/zv/6zvq/6zvq.fit
pddf	/app/data/pr_computation/zv/6zvq/6zvq.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/zv/6zvq/6zvq.dat

Complex between SMAD2 MH2 domain and peptide from Ski corepressor

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Mothers against decapentaplegic homolog 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Ski oncogene

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)