SAXSdb — 6zzw

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Lectin

Burkholderia cenocepacia (strain ATCC BAA-245 / DSM 16553 / LMG 16656 / NCTC 13227 / J2315 / CF5610)

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	同源多聚体	蛋白 3 其他聚合物 3	;alpha-L-fucopyranose-(1-2)-beta-D-galactopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactopyranose-(1-3)-alpha-D-galactopyranose-(1-4)-beta-D-galactopyranose ; × 2 alpha-L-fucopyranose-(1-2)-beta-D-galactopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactopyranose-(1-3)-alpha-D-galactopyranose × 1 [3-(2-methylimidazol-1-yl)phenyl]methanamine × 3 SODIUM ION × 1 water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	B4EH86_BURCJ
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–134； UniProt 1–132 作者链 B； PDB构建体 3–134； UniProt 1–132 作者链 C； PDB构建体 3–134； UniProt 1–132

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6zzw
沉积日期 deposition_date	2020-08-05
结构标题 title	Structure of the N terminal domain of Bc2L-C lectin (1-131) in complex with Globo H (H-type 3) and CAS No 912569-62-1
关键词 keywords	lectins, drug resistance, glycomimetics, anti-adhesive therapy, drug design, fragment based screening, SUGAR BINDING PROTEIN; SUGAR BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6zzw__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6zzw__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6zzw__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	21.08 Å
Rg（电子密度）	19.79 Å
总 Rg	20.80 Å
原子数	3087
残基数	395
排除体积	55592 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6zzw__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Lectin
分子量 formula_weight	14010.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,B
原子数 atom_count	3296

GHMPLLSASIVSAPVVTSETYVDIPGLYLDVAKAGIRDGKLQVILNVPTPYATGNNFPGIYFAIATNQGVVADGCFTYSSKVPESTGRMPFTLVATIDVGSGVTFVKGQWKSVRGSAMHIDSYASLSAIWGTAA

来源 Source

来源生物 organism	Burkholderia cenocepacia (strain ATCC BAA-245 / DSM 16553 / LMG 16656 / NCTC 13227 / J2315 / CF5610)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	216591
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 branched

描述 description	;alpha-L-fucopyranose-(1-2)-beta-D-galactopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactopyranose-(1-3)-alpha-D-galactopyranose-(1-4)-beta-D-galactopyranose ;
分子量 formula_weight	853.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 branched

描述 description	alpha-L-fucopyranose-(1-2)-beta-D-galactopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactopyranose-(1-3)-alpha-D-galactopyranose
分子量 formula_weight	691.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	[3-(2-methylimidazol-1-yl)phenyl]methanamine
分子量 formula_weight	187.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	192

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晶胞边长 a length_a	74.459 Å
晶胞边长 b length_b	42.912 Å
晶胞边长 c length_c	103.345 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	96.10 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.900 Å
最低分辨率 resolution_low	37.130 Å
R 因子 r_factor	0.1836
R_work r_work	0.1809
R_free r_free	0.2382

Structure of the N terminal domain of Bc2L-C lectin (1-131) in complex with Globo H (H-type 3) and CAS No 912569-62-1

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Lectin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6zzw__assembly_1__model_1

6zzw__assembly_1__model_1 | I(q)

6zzw__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 branched

实体 3 Entity 3 branched

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

7. 引用文献 (1)

Structure of the N terminal domain of Bc2L-C lectin (1-131) in complex with Globo H (H-type 3) and CAS No 912569-62-1

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Lectin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6zzw__assembly_1__model_1

6zzw__assembly_1__model_1 | I(q)

6zzw__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 branched

实体 3 Entity 3 branched

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

7. 引用文献 (1)