9h0t

N terminal domain of BC2L-C lectin (1-131) in complex with a beta-fucosylamide side-product

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 44.9 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9h0t
沉积日期 deposition_date	2024-10-09
最后修订 last_revision	2026-04-22
结构标题 title	N terminal domain of BC2L-C lectin (1-131) in complex with a beta-fucosylamide side-product
关键词 keywords	Lectin, beta-fucosylamide, Burkholderia, SUGAR BINDING PROTEIN; SUGAR BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	16.34 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	15.61 Å
零角强度 I(0) i0	6581850.00
分子量 molecular_weight	12960.0 kDa
排除体积 excluded_volume	12666 Å³
包络体积 envelope_volume	19725 Å³
水化壳体积 shell_volume	11483 Å³
包络直径 envelope_diameter	60.0 Å
壳层 Rg shell_rg	20.50 Å
包络 Rg envelope_rg	16.16 Å
形状 Rg shape_rg	15.56 Å
总 Rg total_rg	16.38 Å
总原子数 total_atoms	983
残基数 n_residues	132
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	44.9 Å
Rg (实空间) rg_real	15.61 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.07 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.2940e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.5360e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	16.44 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	6582000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6779
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	17.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.408
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.357
角度范围 angular_range	— – 0.4850 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	4.5710
最高正则化参数 α highest_alpha	1674000.0000
实空间数据点数 n_real_points	79
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.001; Oscil: 0.954; Stabil: 0.984; Sysdev: 0.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	Lectin
分子量 formula_weight	14010.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1190

GHMPLLSASIVSAPVVTSETYVDIPGLYLDVAKAGIRDGKLQVILNVPTPYATGNNFPGIYFAIATNQGVVADGCFTYSSKVPESTGRMPFTLVATIDVGSGVTFVKGQWKSVRGSAMHIDSYASLSAIWGTAA

来源 Source

来源生物 organism	Burkholderia cenocepacia J2315
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	216591
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 non-polymer

描述 description	2-cyano-~{N}-[(2~{S},3~{S},4~{R},5~{S},6~{S})-6-methyl-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]ethanamide
分子量 formula_weight	230.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	171

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	42.936 Å
晶胞边长 b length_b	42.936 Å
晶胞边长 c length_c	94.555 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 63
空间群编号 int_tables_number	173
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.322 Å
最低分辨率 resolution_low	29.244 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1160
R_free r_free	0.1552

fit	/app/data/saxs_computation/h0/9h0t/9h0t.fit
pddf	/app/data/pr_computation/h0/9h0t/9h0t.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/h0/9h0t/9h0t.dat

N terminal domain of BC2L-C lectin (1-131) in complex with a beta-fucosylamide side-product

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction