SAXSdb — 7a0v

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Synaptojanin-1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 528–873 链 C； UniProt 528–873 链 E； UniProt 528–873	未记录	Nanobody 13015 × 3 PO4 PHOSPHATE ION × 3 MG MAGNESIUM ION × 3 GOL GLYCEROL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；293 K；15% PEG 4000, 0.1 M sodium citrate pH 5, 10% 2-propanol	分辨率 2.30 Å R-free 0.252

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 7A0V	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1W80 Crystal structure of the alpha-adaptin appendage domain, from the AP2 adaptor complex, bound to 2 peptides from Synaptojanin170 提交 2004-09-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 P 1479–1490（12 aa）片段：PEPTIDE CONTAINING WVXF MOTIF, RESIDUES 1479-1490 链 Q 1460–1471（12 aa）片段：PEPTIDE CONTAINING FXDXF MOTIF, RESIDUES 1460-1471	未记录	BEN BENZAMIDINE × 1 CO3 CARBONATE ION × 3 DTD DITHIANE DIOL × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；1.2M AMMONIUM SULFATE, 3% ISOPROPANOL, 0.05M SODIUM CITRATE, pH 6.50	分辨率 1.90 Å R-free 0.224
2DNR Solution structure of RNA binding domain in Synaptojanin 1 提交 2006-04-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 894–971（78 aa）片段：RNA recognition motif	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）120mM；压力 ambient NMR样品组成 1.11mM 13C-15N PROTEIN, 20mM d-Tris-HCl(pH7.0), 100mM NaCl, 1mM d-DTT, 0.02% NaN3, 90% H2O, 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2VJ0 Crystal structure of the alpha-adaptin appendage domain, from the AP2 adaptor complex, in complex with an FXDNF peptide from amphiphysin1 and a WVXF peptide from synaptojanin P170 提交 2007-12-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 P 1479–1490（12 aa）片段：PEPTIDE CONTAINING WVXF MOTIF, RESIDUES 1479-1490	未记录	BEN BENZAMIDINE × 1 DTD DITHIANE DIOL × 1 SO4 SULFATE ION × 3 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；1.2M AMMONIUM SULPHATE, 3% ISOPROPANOL AND 0.05M SODIUM CITRATE PH 6.5	分辨率 1.60 Å R-free 0.208
7A17 Crystal structure of the 5-phosphatase domain of Synaptojanin1 bound to its substrate diC8-PI(3,4,5)P3 in complex with a nanobody 提交 2020-08-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 528–873（346 aa）	未记录	IP9 (2R)-3-{[(R)-{[(1S,2S,3R,4S,5S,6S)-2,6-dihydroxy-3,4,5-tris(phosphonooxy)cyclohexyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}propane -1,2-diyl dioctanoate × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；15% PEG 3350, 0.1 M sodium citrate pH 5.5, 13% ethanol	分辨率 2.73 Å R-free 0.257
7A17 Crystal structure of the 5-phosphatase domain of Synaptojanin1 bound to its substrate diC8-PI(3,4,5)P3 in complex with a nanobody 提交 2020-08-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 529–873（345 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；15% PEG 3350, 0.1 M sodium citrate pH 5.5, 13% ethanol	分辨率 2.73 Å R-free 0.257
7A17 Crystal structure of the 5-phosphatase domain of Synaptojanin1 bound to its substrate diC8-PI(3,4,5)P3 in complex with a nanobody 提交 2020-08-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 529–873（345 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；15% PEG 3350, 0.1 M sodium citrate pH 5.5, 13% ethanol	分辨率 2.73 Å R-free 0.257

共 4 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SYNJ1_HUMAN
Isoform	O43426-2
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 4–349； UniProt 528–873 作者链 C； PDB构建体 4–349； UniProt 528–873 作者链 E； PDB构建体 4–349； UniProt 528–873

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7a0v
沉积日期 deposition_date	2020-08-11
结构标题 title	Crystal structure of the 5-phosphatase domain of Synaptojanin1 in complex with a nanobody
关键词 keywords	;Inositol polyphosphate 5-phosphatase, Phosphoinositide, Parkinson's disease, Epilepsy, HYDROLASE ;; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	37.13 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	36.23 Å
零角强度 I(0) i0	349528000.00
分子量 molecular_weight	149960.0 kDa
排除体积 excluded_volume	186770 Å³
包络体积 envelope_volume	234380 Å³
水化壳体积 shell_volume	53743 Å³
包络直径 envelope_diameter	126.3 Å
壳层 Rg shell_rg	42.62 Å
包络 Rg envelope_rg	35.93 Å
形状 Rg shape_rg	36.22 Å
总 Rg total_rg	36.64 Å
总原子数 total_atoms	10578
残基数 n_residues	1331
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	118.0 Å
Rg (实空间) rg_real	36.97 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.73 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.4950e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.7200e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	37.07 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	349600000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9013
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	49.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.135
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.565
角度范围 angular_range	— – 0.2150 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha	68950000.0000
实空间数据点数 n_real_points	44
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.931; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.921

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Synaptojanin-1
分子量 formula_weight	39866.4 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.3.36
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,E
原子数 atom_count	10975

GAMSKPKKIRVCVGTWNVNGGKQFRSIAFKNQTLTDWLLDAPKLAGIQEFQDKRSKPTDIFAIGFEEMVELNAGNIVSASTTNQKLWAVELQKTISRDNKYVLLASEQLVGVCLFVFIRPQHAPFIRDVAVDTVKTGMGGATGNKGAVAIRMLFHTTSLCFVCSHFAAGQSQVKERNEDFIEIARKLSFPMGRMLFSHDYVFWCGDFNYRIDLPNEEVKELIRQQNWDSLIAGDQLINQKNAGQVFRGFLEGKVTFAPTYKYDLFSDDYDTSEKCRTPAWTDRVLWRRRKWPFDRSAEDLDLLNASFQDESKILYTWTPGTLLHYGRAELKTSDHRPVVALIDIDIFEV

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Nanobody 13015
分子量 formula_weight	14559.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D,F

QVQLVESGGGFAQAGGSLRLSCAASGSTFRFRAMGWFRQAPGKEREFVAGISWSGSTKYTDSVKGRFTISRDNAKNTVHLQMNNLTPEDTAVYYCAQSRAIEADDSRGYDYWGQGTQVTVSSHHHHHHEPEA

来源 Source

来源生物 organism	Lama glama
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9844
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	359

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 9 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_id	d7a0vb1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d7a0vb2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d7a0vd1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d7a0vd2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d7a0vf1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d7a0vf2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	7a0vB01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	7a0vD01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	7a0vF01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	168.874 Å
晶胞边长 b length_b	108.793 Å
晶胞边长 c length_c	100.974 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	120.72 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	2.300 Å
最低分辨率 resolution_low	86.810 Å
R 因子 r_factor	0.1992
R_work r_work	0.1964
R_free r_free	0.2523

fit	/app/data/saxs_computation/a0/7a0v/7a0v.fit
pddf	/app/data/pr_computation/a0/7a0v/7a0v.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/a0/7a0v/7a0v.dat

Crystal structure of the 5-phosphatase domain of Synaptojanin1 in complex with a nanobody

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Synaptojanin-1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 9 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

CATH v4.4 (3 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)