7aag

Crystal structure of human phosphodiesterase 4D2 catalytic domain with inhibitor NPD-617

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

;cAMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase 4D ;

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白单体	单体	蛋白 1	ZINC ION × 1 MAGNESIUM ION × 2 1-cycloheptyl-3-(4-methoxy-3-{4-[4-(1H-1,2,3,4-tetrazol-5-yl)phenoxy]butoxy}phenyl)-4,4-dimethyl-4,5-dihydro-1H-pyrazol-5-one × 1 1,2-ETHANEDIOL × 15 DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 DIMETHYL SULFOXIDE × 5 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 water × 1	与蛋白数一致
2	蛋白单体	单体	蛋白 1	ZINC ION × 1 MAGNESIUM ION × 1 1-cycloheptyl-3-(4-methoxy-3-{4-[4-(1H-1,2,3,4-tetrazol-5-yl)phenoxy]butoxy}phenyl)-4,4-dimethyl-4,5-dihydro-1H-pyrazol-5-one × 1 1,2-ETHANEDIOL × 10 DIMETHYL SULFOXIDE × 3 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 2 water × 1	与蛋白数一致
3	蛋白单体	单体	蛋白 1	ZINC ION × 1 MAGNESIUM ION × 1 1-cycloheptyl-3-(4-methoxy-3-{4-[4-(1H-1,2,3,4-tetrazol-5-yl)phenoxy]butoxy}phenyl)-4,4-dimethyl-4,5-dihydro-1H-pyrazol-5-one × 1 1,2-ETHANEDIOL × 10 DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 DIMETHYL SULFOXIDE × 2 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 ISOLEUCINE × 1 PROLINE × 1 water × 1	与蛋白数一致
4	蛋白单体	单体	蛋白 1	ZINC ION × 1 MAGNESIUM ION × 1 1-cycloheptyl-3-(4-methoxy-3-{4-[4-(1H-1,2,3,4-tetrazol-5-yl)phenoxy]butoxy}phenyl)-4,4-dimethyl-4,5-dihydro-1H-pyrazol-5-one × 1 1,2-ETHANEDIOL × 15 DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 3 DIMETHYL SULFOXIDE × 2 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PDE4D_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 5–364； UniProt 381–740 作者链 B； PDB构建体 5–364； UniProt 381–740 作者链 C； PDB构建体 5–364； UniProt 381–740 作者链 D； PDB构建体 5–364； UniProt 381–740

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7aag
沉积日期 deposition_date	2020-09-04
结构标题 title	Crystal structure of human phosphodiesterase 4D2 catalytic domain with inhibitor NPD-617
关键词 keywords	Phosphodiesterase, hydrolase, cAMP hydrolysis, alternative splicing; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

7aag__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

7aag__assembly_2__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

7aag__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	21.00 Å
Rg（电子密度）	19.72 Å
总 Rg	20.80 Å
原子数	2746
残基数	324
排除体积	49033 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`7aag__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`7aag__assembly_2__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`7aag__assembly_3__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`7aag__assembly_4__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (11)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	;cAMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase 4D ;
分子量 formula_weight	41808.2 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.4.53
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	11980

GSHMIPRFGVKTEQEDVLAKELEDVNKWGLHVFRIAELSGNRPLTVIMHTIFQERDLLKTFKIPVDTLITYLMTLEDHYHADVAYHNNIHAADVVQSTHVLLSTPALEAVFTDLEILAAIFASAIHDVDHPGVSNQFLINTNSELALMYNDSSVLENHHLAVGFKLLQEENCDIFQNLTKKQRQSLRKMVIDIVLATDMSKHMNLLADLKTMVETKKVTSSGVLLLDNYSDRIQVLQNMVHCADLSNPTKPLQLYRQWTDRIMEEFFRQGDRERERGMEISPMCDKHNASVEKSQVGFIDYIVHPLWETWADLVHPDAQDILDTLEDNREWYQSTIPQSPSPAPDDPEEGRQGQTEKFQFELTL

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	1-cycloheptyl-3-(4-methoxy-3-{4-[4-(1H-1,2,3,4-tetrazol-5-yl)phenoxy]butoxy}phenyl)-4,4-dimethyl-4,5-dihydro-1H-pyrazol-5-one
分子量 formula_weight	546.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	50

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	DIMETHYL SULFOXIDE
分子量 formula_weight	78.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	12

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID
分子量 formula_weight	238.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	ISOLEUCINE
分子量 formula_weight	131.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 10 Entity 10 non-polymer

描述 description	PROLINE
分子量 formula_weight	115.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 11 Entity 11 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	878

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晶胞边长 a length_a	98.440 Å
晶胞边长 b length_b	110.820 Å
晶胞边长 c length_c	161.030 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.790 Å
最低分辨率 resolution_low	66.940 Å
R 因子 r_factor	0.1682
R_work r_work	0.1667
R_free r_free	0.1967

Crystal structure of human phosphodiesterase 4D2 catalytic domain with inhibitor NPD-617

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

;cAMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase 4D ;

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7aag__assembly_2__model_1

7aag__assembly_2__model_1 | I(q)

7aag__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (11)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 non-polymer

实体 11 Entity 11 water

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of human phosphodiesterase 4D2 catalytic domain with inhibitor NPD-617

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

;cAMP-specific 3',5'-cyclic phosphodiesterase 4D ;

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7aag__assembly_2__model_1

7aag__assembly_2__model_1 | I(q)

7aag__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (11)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 non-polymer

实体 11 Entity 11 water

7. 引用文献 (1)