7afd

Bacterial 30S ribosomal subunit assembly complex state A (head domain)

Method: ELECTRON MICROSCOPY

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

30S ribosomal protein S2

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 8 RNA 1	16SrRNA of the head domain (residue C931 to G1386) × 1 30S ribosomal protein S3 × 1 （C3SQX2） 30S ribosomal protein S7 × 1 （A0A5Q2GFB5） 30S ribosomal protein S9 × 1 （C3SRY2） 30S ribosomal protein S10 × 1 （C3SQT7） 30S ribosomal protein S13 × 1 （C3SR52） 30S ribosomal protein S14 × 1 （C3SR07） 30S ribosomal protein S19 × 1 （C3SQW2） MAGNESIUM ION × 22 ZINC ION × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	C3TPN2_ECOLX
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–241； UniProt 1–241

30S ribosomal protein S3

物种未注明

UniProt C3SQX2

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 8 RNA 1	16SrRNA of the head domain (residue C931 to G1386) × 1 30S ribosomal protein S2 × 1 （C3TPN2） 30S ribosomal protein S7 × 1 （A0A5Q2GFB5） 30S ribosomal protein S9 × 1 （C3SRY2） 30S ribosomal protein S10 × 1 （C3SQT7） 30S ribosomal protein S13 × 1 （C3SR52） 30S ribosomal protein S14 × 1 （C3SR07） 30S ribosomal protein S19 × 1 （C3SQW2） MAGNESIUM ION × 22 ZINC ION × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	C3SQX2_ECOLX
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–233； UniProt 1–233

30S ribosomal protein S7

物种未注明

UniProt A0A5Q2GFB5

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 8 RNA 1	16SrRNA of the head domain (residue C931 to G1386) × 1 30S ribosomal protein S2 × 1 （C3TPN2） 30S ribosomal protein S3 × 1 （C3SQX2） 30S ribosomal protein S9 × 1 （C3SRY2） 30S ribosomal protein S10 × 1 （C3SQT7） 30S ribosomal protein S13 × 1 （C3SR52） 30S ribosomal protein S14 × 1 （C3SR07） 30S ribosomal protein S19 × 1 （C3SQW2） MAGNESIUM ION × 22 ZINC ION × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A5Q2GFB5_ECOLX
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 G； PDB构建体 1–179； UniProt 1–179

30S ribosomal protein S9

物种未注明

UniProt C3SRY2

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 8 RNA 1	16SrRNA of the head domain (residue C931 to G1386) × 1 30S ribosomal protein S2 × 1 （C3TPN2） 30S ribosomal protein S3 × 1 （C3SQX2） 30S ribosomal protein S7 × 1 （A0A5Q2GFB5） 30S ribosomal protein S10 × 1 （C3SQT7） 30S ribosomal protein S13 × 1 （C3SR52） 30S ribosomal protein S14 × 1 （C3SR07） 30S ribosomal protein S19 × 1 （C3SQW2） MAGNESIUM ION × 22 ZINC ION × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	C3SRY2_ECOLX
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 I； PDB构建体 1–130； UniProt 1–130

30S ribosomal protein S10

物种未注明

UniProt C3SQT7

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 8 RNA 1	16SrRNA of the head domain (residue C931 to G1386) × 1 30S ribosomal protein S2 × 1 （C3TPN2） 30S ribosomal protein S3 × 1 （C3SQX2） 30S ribosomal protein S7 × 1 （A0A5Q2GFB5） 30S ribosomal protein S9 × 1 （C3SRY2） 30S ribosomal protein S13 × 1 （C3SR52） 30S ribosomal protein S14 × 1 （C3SR07） 30S ribosomal protein S19 × 1 （C3SQW2） MAGNESIUM ION × 22 ZINC ION × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	C3SQT7_ECOLX
Isoform	—
PDB实体	6
链与序列区间	作者链 J； PDB构建体 1–103； UniProt 1–103

30S ribosomal protein S13

物种未注明

UniProt C3SR52

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 8 RNA 1	16SrRNA of the head domain (residue C931 to G1386) × 1 30S ribosomal protein S2 × 1 （C3TPN2） 30S ribosomal protein S3 × 1 （C3SQX2） 30S ribosomal protein S7 × 1 （A0A5Q2GFB5） 30S ribosomal protein S9 × 1 （C3SRY2） 30S ribosomal protein S10 × 1 （C3SQT7） 30S ribosomal protein S14 × 1 （C3SR07） 30S ribosomal protein S19 × 1 （C3SQW2） MAGNESIUM ION × 22 ZINC ION × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	C3SR52_ECOLX
Isoform	—
PDB实体	7
链与序列区间	作者链 M； PDB构建体 1–118； UniProt 1–118

30S ribosomal protein S14

物种未注明

UniProt C3SR07

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 8 RNA 1	16SrRNA of the head domain (residue C931 to G1386) × 1 30S ribosomal protein S2 × 1 （C3TPN2） 30S ribosomal protein S3 × 1 （C3SQX2） 30S ribosomal protein S7 × 1 （A0A5Q2GFB5） 30S ribosomal protein S9 × 1 （C3SRY2） 30S ribosomal protein S10 × 1 （C3SQT7） 30S ribosomal protein S13 × 1 （C3SR52） 30S ribosomal protein S19 × 1 （C3SQW2） MAGNESIUM ION × 22 ZINC ION × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	C3SR07_ECOLX
Isoform	—
PDB实体	8
链与序列区间	作者链 N； PDB构建体 1–101； UniProt 1–101

30S ribosomal protein S19

物种未注明

UniProt C3SQW2

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 8 RNA 1	16SrRNA of the head domain (residue C931 to G1386) × 1 30S ribosomal protein S2 × 1 （C3TPN2） 30S ribosomal protein S3 × 1 （C3SQX2） 30S ribosomal protein S7 × 1 （A0A5Q2GFB5） 30S ribosomal protein S9 × 1 （C3SRY2） 30S ribosomal protein S10 × 1 （C3SQT7） 30S ribosomal protein S13 × 1 （C3SR52） 30S ribosomal protein S14 × 1 （C3SR07） MAGNESIUM ION × 22 ZINC ION × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	C3SQW2_ECOLX
Isoform	—
PDB实体	9
链与序列区间	作者链 S； PDB构建体 1–92； UniProt 1–92

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	7afd
沉积日期 deposition_date	2020-09-19
结构标题 title	Bacterial 30S ribosomal subunit assembly complex state A (head domain)
关键词 keywords	Cryo-EM, 30S biogenesis, ribosome assembly, RbfA, RsgA, YjeQ, RimP, KsgA, RsmA, RIBOSOME; RIBOSOME
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

7afd__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

7afd__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

7afd__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	41.52 Å
Rg（电子密度）	42.68 Å
总 Rg	42.76 Å
原子数	18531
残基数	1561
排除体积	294660 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`7afd__assembly_1__model_1`	nonameric （9）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (11)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	16SrRNA of the head domain (residue C931 to G1386)
分子量 formula_weight	499528.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	1
原子数 atom_count	18531

AAAUUGAAGAGUUUGAUCAUGGCUCAGAUUGAACGCUGGCGGCAGGCCUAACACAUGCAAGUCGAACGGUAACAGGAAGAAGCUUGCUUCUUUGCUGACGAGUGGCGGACGGGUGAGUAAUGUCUGGGAAACUGCCUGAUGGAGGGGGAUAACUACUGGAAACGGUAGCUAAUACCGCAUAACGUCGCAAGACCAAAGAGGGGGACCUUCGGGCCUCUUGCCAUCGGAUGUGCCCAGAUGGGAUUAGCUAGUAGGUGGGGUAACGGCUCACCUAGGCGACGAUCCCUAGCUGGUCUGAGAGGAUGACCAGCCACACUGGAACUGAGACACGGUCCAGACUCCUACGGGAGGCAGCAGUGGGGAAUAUUGCACAAUGGGCGCAAGCCUGAUGCAGCCAUGCCGCGUGUAUGAAGAAGGCCUUCGGGUUGUAAAGUACUUUCAGCGGGGAGGAAGGGAGUAAAGUUAAUACCUUUGCUCAUUGACGUUACCCGCAGAAGAAGCACCGGCUAACUCCGUGCCAGCAGCCGCGGUAAUACGGAGGGUGCAAGCGUUAAUCGGAAUUACUGGGCGUAAAGCGCACGCAGGCGGUUUGUUAAGUCAGAUGUGAAAUCCCCGGGCUCAACCUGGGAACUGCAUCUGAUACUGGCAAGCUUGAGUCUCGUAGAGGGGGGUAGAAUUCCAGGUGUAGCGGUGAAAUGCGUAGAGAUCUGGAGGAAUACCGGUGGCGAAGGCGGCCCCCUGGACGAAGACUGACGCUCAGGUGCGAAAGCGUGGGGAGCAAACAGGAUUAGAUACCCUGGUAGUCCACGCCGUAAACGAUGUCGACUUGGAGGUUGUGCCCUUGAGGCGUGGCUUCCGGAGCUAACGCGUUAAGUCGACCGCCUGGGGAGUACGGCCGCAAGGUUAAAACUCAAAUGAAUUGACGGGGGCCCGCACAAGCGGUGGAGCAUGUGGUUUAAUUCGAUGCAACGCGAAGAACCUUACCUGGUCUUGACAUCCACGGAAGUUUUCAGAGAUGAGAAUGUGCCUUCGGGAACCGUGAGACAGGUGCUGCAUGGCUGUCGUCAGCUCGUGUUGUGAAAUGUUGGGUUAAGUCCCGCAACGAGCGCAACCCUUAUCCUUUGUUGCCAGCGGUCCGGCCGGGAACUCAAAGGAGACUGCCAGUGAUAAACUGGAGGAAGGUGGGGAUGACGUCAAGUCAUCAUGGCCCUUACGACCAGGGCUACACACGUGCUACAAUGGCGCAUACAAAGAGAAGCGACCUCGCGAGAGCAAGCGGACCUCAUAAAGUGCGUCGUAGUCCGGAUUGGAGUCUGCAACUCGACUCCAUGAAGUCGGAAUCGCUAGUAAUCGUGGAUCAGAAUGCCACGGUGAAUACGUUCCCGGCCUUGUACACACCGCCCGUCACACCAUGGGAGUGGGUUGCAAAAGAAGUAGGUAGCUUAACCUUCGGGAGGGCGCUUACCACUUUGUGAUUCAUGACUGGGGUGAAGUCGUAACAAGGUAACCGUAGGGGAACCUGCGGUUGGAUCACCUCCUUA

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	30S ribosomal protein S2
分子量 formula_weight	26781.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MATVSMRDMLKAGVHFGHQTRYWNPKMKPFIFGARNKVHIINLEKTVPMFNEALAELNKIASRKGKILFVGTKRAASEAVKDAALSCDQFFVNHRWLGGMLTNWKTVRQSIKRLKDLETQSQDGTFDKLTKKEALMRTRELEKLENSLGGIKDMGGLPDALFVIDADHEHIAIKEANNLGIPVFAIVDTNSDPDGVDFVIPGNDDAIRAVTLYLGAVAATVREGRSQDLASQAEESFVEAE

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	30S ribosomal protein S3
分子量 formula_weight	26031.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MGQKVHPNGIRLGIVKPWNSTWFANTKEFADNLDSDFKVRQYLTKELAKASVSRIVIERPAKSIRVTIHTARPGIVIGKKGEDVEKLRKVVADIAGVPAQINIAEVRKPELDAKLVADSITSQLERRVMFRRAMKRAVQNAMRLGAKGIKVEVSGRLGGAEIARTEWYREGRVPLHTLRADIDYNTSEAHTTYGVIGVKVWIFKGEILGGMAAVEQPEKPAAQPKKQQRKGRK

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	30S ribosomal protein S7
分子量 formula_weight	20055.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G

MPRRRVIGQRKILPDPKFGSELLAKFVNILMVDGKKSTAESIVYSALETLAQRSGKSELEAFEVALENVRPTVEVKSRRVGGSTYQVPVEVRPVRRNALAMRWIVEAARKRGDKSMALRLANELSDAAENKGTAVKKREDVHRMAEANKAFAHYRWLSLRSFSHQAGASSKQPALGYLN

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	30S ribosomal protein S9
分子量 formula_weight	14886.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I

MAENQYYGTGRRKSSAARVFIKPGNGKIVINQRSLEQYFGRETARMVVRQPLELVDMVEKLDLYITVKGGGISGQAGAIRHGITRALMEYDESLRSELRKAGFVTRDARQVERKKVGLRKARRRPQFSKR

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	30S ribosomal protein S10
分子量 formula_weight	11755.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	J

MQNQRIRIRLKAFDHRLIDQATAEIVETAKRTGAQVRGPIPLPTRKERFTVLISPHVNKDARDQYEIRTHLRLVDIVEPTEKTVDALMRLDLAAGVDVQISLG

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	30S ribosomal protein S13
分子量 formula_weight	13128.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M

MARIAGINIPDHKHAVIALTSIYGVGKTRSKAILAAAGIAEDVKISELSEGQIDTLRDEVAKFVVEGDLRREISMSIKRLMDLGCYRGLRHRRGLPVRGQRTKTNARTRKGPRKPIKK

实体 8 Entity 8 polymer

描述 description	30S ribosomal protein S14
分子量 formula_weight	11606.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	N

MAKQSMKAREVKRVALADKYFAKRAELKAIISDVNASDEDRWNAVLKLQTLPRDSSPSRQRNRCRQTGRPHGFLRKFGLSRIKVREAAMRGEIPGLKKASW

实体 9 Entity 9 polymer

描述 description	30S ribosomal protein S19
分子量 formula_weight	10455.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	S

MPRSLKKGPFIDLHLLKKVEKAVESGDKKPLRTWSRRSTIFPNMIGLTIAVHNGRQHVPVFVTDEMVGHKLGEFAPTRTYRGHAADKKAKKK

实体 10 Entity 10 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	22

实体 11 Entity 11 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.44 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	19301

Bacterial 30S ribosomal subunit assembly complex state A (head domain)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

30S ribosomal protein S2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

30S ribosomal protein S3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

30S ribosomal protein S7

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

30S ribosomal protein S9

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

30S ribosomal protein S10

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

30S ribosomal protein S13

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

30S ribosomal protein S14

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

30S ribosomal protein S19

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

7afd__assembly_1__model_1

7afd__assembly_1__model_1 | I(q)

7afd__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (11)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer